五行学说用以解释人体内脏之间的相互关系、脏腑组织器官的属性、运动变化及人体与外界环境的关系。
一、用于指导疾病的诊断
人体是一个有机整体，当内脏有病时，人体内脏功能活动及其相互关系的异常变化，可以反映到体表相应的组织器官，出现色泽、声音、形态、脉象等诸方面的异常变化。由于五脏与五色、五音、五味等都以五行分类归属形成了一定的联系，这种五脏系统的层次结构，为诊断和治疗奠定了理论基础。因此，在临床诊断疾病时，就可以综合望、闻、问、切四诊所得的材料，根据五行的所属及其生克乘侮的变化规律，来推断病情。
1．从本脏所主之色、味、脉来诊断本脏之病。如面见青色，喜食酸味，脉见弦象，可以诊断为肝病；面见赤色，口味苦，脉象洪，可以诊断为心火亢盛。
2．推断脏腑相兼病变：从他脏所主之色来推测五脏病的传变。脾虚的病人，面见青色，为木来乘土；心脏病人，面见黑色，为水来克火等等。
3．推断病变的预后：从脉与色之间的生克关系来判断疾病的预后。如肝病色青见弦脉，为色脉相符，如果不得弦脉反见浮脉则属相胜之脉，即克色之脉（金克木）为逆；若得沉脉则属相生之脉，即生色之脉（水生木）为顺?
二、用于指导疾病的治疗
五行学说在治疗上的应用，体现于药物、针灸、精神等疗法之中，主要表现在以下几个方面：
1、控制疾病传变：运用五行子母相及和乘侮规律，可以判断五脏疾病的发展趋势。一脏受病，可以波及其他四脏，他脏有病亦可传给本脏。因此，在治疗时，除对所病本脏进行处理外，还应考虑到其他有关脏腑的传变关系。根据五行的生克乘侮规律，来调整其太过与不及，控制其传变，使其恢复正常的功能活动。
2、确定治则治法：五行学说不仅用以说明人体的生理活动和病理现象，综合四诊，推断病情，而且也可以确定治疗原则和制订治疗方法。
（1）根据相生规律确定治疗原则：临床上运用相生规律来治疗疾病，多属母病及子，其次为子盗母气。其基本治疗原则是补母和泻子。临床上运用相生规律来治疗，除母病及子、子盗母气外，还有单纯子病，均可用母子关系加强相生力量。所以相生治法的运用，主要是掌握母子关系，它的原则是“虚则补其母”，“实则泻其子”。凡母虚累子，应先有母的症状；子盗母气，应先有子的症状；单纯子病，须有子虚久不复原的病史。这样三者治法相似，处方则有主次之分。
（2）根据相克规律确定治疗原则：临床上由于相克规律的异常而出现的病理变化，虽有相克太过、相克不及和反克之不同，但总的来说，可分强弱两个方 面，即克者属强，表现为功能亢进，被克者属弱，表现为功能衰退。因而，在治疗上同时采取抑强扶弱的手段，并侧重在制其强盛，使弱者易于恢复。另一方面强盛而尚未发生相克现象，必要时也可利用这一规律，预先加强被克者的力量，以防止病情的发展。运用五行生克规律来治疗，必须分清主次，或是治母为主，兼顾其子；治子为主，兼顾其母。或是抑强为主，扶弱为辅，扶弱为主，抑强为辅。但是又要从矛盾双方来考虑，不得顾此失彼。
3、指导脏腑用药：中药以色味为基础，以归经和性能为依据，按五行学说加以归类：如青色、酸味人肝；赤色、苦味人心；黄色、甘味人脾；白色、辛味人肺；黑色、咸味入肾。这种归类是脏腑选择用药的参考依据。
4、指导针灸取穴：在针灸疗法上，针灸医学将手足十二经四肢末端的穴位分属于五行，即井、荥、俞、经、合五种穴位属于木、火、土、金、水。临床根据不同的病情以五行生克乘侮规律进行选穴治疗。
5、指导情志疾病的治疗：精神疗法主要用于治疗情志疾病。情志生于五脏，五脏之间有着生克关系，所以；隋志之间也存在这种关系。由于在生理上人的情 志变化有着相互抑制的作用，在病理上和内脏有密切关系，故在临床上可以用情志的相互制约关系来达到治疗的目的。
临床上依据五行生克规律进行治疗，确有其一定的实用价值。但是并非所有的疾病都可用五行生克这一规律来治疗，不要机械地生搬硬套。总之，临证时既要正确地掌握五行生克的规律，又要根据具体病情进行辨证施治。
祖国医学认为：“有诸内，必形诸外”。机体内脏功能活动及其相互关系的异常变化都可以反映到体表，而在色泽、形态、声音等方面表现出来。因此，在诊断上可用五行综合望闻问切四诊所得的资料，根据五行所属及其生克乘侮的变化规律来推断疾病。
例如，病人有目赤肿痛，烦躁易怒等表现，便可考虑肝木为病，肺阴虚的病人，出现两颧红色，则是“火乘金”的征象，病情较重，脾虚柏病人面见青色，为“术乘土”的征象；心脏病人面见黑色，为“水克火”的征象。所以，《难经》说：“望而知之者，望见其五色，以知其病。闻而知之者，闻其五音，以别其病。问而知之者，问其所欲五味，以知其病所起所在电。”
在辨清了脏与脏之间的相互关系后，在治疗时，除了对本脏病变进行处理外，还应考虑到其他有关的脏腑，并调整其关系，控制其传变，以达到治疗的目的。五行学说在治疗上的具体运用，可归纳以下几个方面：
1、木郁达之。木郁是指肝气郁结而致瘸，达之是通过治疗使之畅选。也就是说肝气郁结的病人，如果在临床上表现两胁胀满或窜痛、胸闷不舒、呕吐酸水、食欲不振、腹痛、腹泄等症状时需用“疏肝法”治疗。
2、火郁发之。火郁是指热邪伏于体内，发之是因势利导而开泄的意思。例如，心火上炎，出现烦躁不安、失眠，或口舌糜烂、小便色赤而淋沥疼痛、舌质红与绛，此时，需用“清心泄火法”。
3、土夺之。土郁是指湿邪郁阻脾胃，夺之是指祛除湿邪不使滞留。也就是说如果湿热之邪郁阻脾胃，临床上出现大便稀薄而热臭、舌苔黄腻、脉濡数等症状，需用“苫寒燥湿法”治疗，或寒湿之邪郁阻脾胃，临床上出现胸闷恶心、呕吐、腹胀、大便清稀，舌苔白腻、脉濡缓等症状，需用“苦温化湿法”治疗，或湿热蕴结下焦，临床上出现小腹急胀、小便浑赤，小便时涩痛、淋沥不畅、舌苔黄腻等症状，需用“清热利湿法”治疗。
4、金郁泄之。金郁是指肺气不宣，泄之是用宣降法使之通畅。例如，因风寒袭肺，导致肺气不宣，临床上出班鼻塞、喉痒、咳嗽、痰多，苔薄白等症状，需用“宣肺化痰法”治疗。
5、水郁折之。水郁是指水气郁滞于内，折之是指调节、制约的意思。例如慢性肾炎周肾阳衰弱不能化气行水，临床上出现颜面苍白、眩晕，腰痉痛、四肢发冷，小便短少、浮肿自头面部开始延及下半身，按之凹陷不起，舌淡苔薄白，脉细弱等症状，需用“温阳利水法”治疗。此外，“汗法”、“逐水法”也属于水郁折之的范围。
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