熙宁六年（1073）六月，沈括以“中央督察”的身份，到浙江视察农田水利和新法执行情况。临行前，宋神宗特意嘱咐他：“苏轼通判杭州，卿其善遇之。”
原来，苏轼站在司马光一边，组成了反对新法的保守派。他态度坚决，言辞激切，成为推行新法的阻力。早两年前，就被贬至杭州担任通判去了。苏轼在当时已是全国享有盛名的青年诗人，宋神宗乃至他的祖母曹太后都是苏轼的热心读者。一心一意想变法图强的宋神宗虽然将苏轼贬了官，但内心里还是非常欣赏他的才华，所以对沈括才有了要善待苏轼的吩咐。
沈括到了杭州。
苏轼对这位比自己年长五岁，却比自己晚中进士六年的昔日崇文馆的老同事，虽然说政见不同，还是尽地主之谊，给予了热情的接待。沈括也很友善地“与轼论旧”，并把苏轼新作的诗词抄了，要带回去慢慢品赏。
回到汴京以后，沈括以其政治上的敏感，在苏轼的新作中发现了很多反对革新、嘲讽新政的诗句。于是一一详加注解，用附笺的方式，上呈宋神宗。宋神宗当时并不在意，此事也就搁置下来。但沈括的这种“发明”和“发现”，却给一些屑小之徒提供了构害苏轼的方法和方式。
元丰二年（1079）三月，苏轼由徐州调任湖州，他在《湖州谢上表》中有几句牢骚话：“陛下知其愚不适时，难以追陪新进，察其老不生事，或能牧养小民。”句中“其”为自称，他以自己同“新进”相对，说自己不“生事”，就是暗示“新进”人物“生事”。监察御史何正臣摘引“新进”、“生事”等语上奏，给苏轼扣上了“愚弄朝廷，妄自尊大”的帽子。监察御史舒亶更从苏诗中找岔子，他上奏弹劾说：“至于包藏祸心，怨望其上，讪渎漫骂，而无复人臣之节者，未有如轼也。盖陛下发钱以本业贫民，则曰‘赢得儿童语音好，一年强半在城中’；陛下明法以课试郡吏，则曰‘读书万卷不读律，致君尧舜知无术’；陛下兴水利，则曰‘东海若知明主意，应教斥卤变桑田’；陛下谨盐禁，则曰‘岂是闻韶解忘味，尔来三月食无盐’；其他触物即事，应口所言，无一不以讥谤为主。” 字字句句上纲上线。国子博士李宜、御史中丞李定历数苏轼的种种罪行，声称必须因其无礼于朝廷而斩首，并列举了应处苏轼极刑的四项理由。群小都欲置苏轼于死地，好在宋神宗无意杀苏轼，只同意拘捕，并且不允许在湖州进京的押送途中，将苏轼关于狱中过夜。
元丰二年八月十八日，苏轼被关进御史台监狱。御史台又名“乌台”，因官署内遍植柏树，成群的乌鸦在柏树上栖息筑巢乃名。苏轼在乌台被关押了130天，涉及到他的100多首诗作，牵连他的亲友39人，这就是历史上著名的文字狱——乌台诗案。
苏轼下狱后，天天受审，生死未卜，一日数惊。对于指控他的于新法不满、嘲讽时政的罪名，他都坦然承认，辑录的交待材料就有数万字之多。虽然罪名成立，但当时新法已废，凭此不能判重罪。群小又急忙搜集罪证，他们从苏轼《王复秀才所居双桧》诗：“凛然相对敢相欺，直干凌空未要奇。根到九泉无曲处，世间唯有蛰龙知”中抓住“蛰龙”二字大做文章，在宋神宗面前诬告苏轼：“陛下飞龙在天，轼以为不知己，反求之地下之蛰龙，非不臣而何？”宋神宗倒也不是一位昏庸无道的君主，他淡然地回答：“诗人之词，安可如此论？彼自咏桧，何预朕事？”
苏轼入狱以后，有许多人仗义执言，为他求情。
时任宰相的吴充上奏：“陛下以尧舜为法，薄魏武固宜，然魏武猜忌如此，犹能容祢衡，陛下不能容一苏轼何也？”
告老还乡的老丞相张方平也在家乡愤然上书，痛骂李定之流“怀论己之私仇，结奸邪之赏类，风闻枉奏，不得人心”。
身患重病的曹太后也出面干预：“昔仁宗（宋神宗的祖父）策贤良归，喜甚，曰：‘吾今又为吾子孙得太平宰相两人’，盖轼、辙也，而杀之可乎？”
最难能可贵的是，已罢相退居金陵的王安石，摒弃政见上的分歧，以政治家的宽阔胸怀，也上书劝说宋神宗：“安有圣世而杀才士乎？”
宋神宗对苏轼本就有爱才惜才之心，关押苏轼，原只为挫挫他的傲气。加上宋朝有不杀士大夫的惯例，又有这么多人为苏轼说情请免，十二月十九日，宋神宗下发圣喻，对苏轼从轻发落，贬至黄州任团练副使，但不准擅离职地，且无签署公文权。其他与诗案有涉人员，也分别给予处罚。处罚最重的是驸马王诜，因其与苏轼交往过密，案发前又泄密与苏辙，调查时又不及时交出苏轼的诗文，被削掉一切官爵；苏辙奏请赦免兄长，愿纳还一切官位为兄长赎罪，虽没有收藏严重的毁谤诗，但由于兄弟连带关系，降职任筠州酒监；前宰相张方平等大官各罚红铜三十斤；司马光、范镇及苏轼的十八个朋友各罚红铜二十斤。
折腾了四个多月的乌台诗案终于定谳，苏学士也有惊无险松了一口气，但沈括却从此落下了骂名。当然，沈括不是苏轼入狱的主谋，主谋是王安石手下的四个小人，但史家却认定沈括是始作俑者，因为乌台诗案正是以沈括上呈的那些“发现”为基础的，“其后李定、舒亶论轼诗置狱，实本于括。”
沈括为什么要做这样一件不光彩的事？历史上也有多种观点。
有“嫉妒”说。是因为沈括嫉妒苏轼的才名，所以要陷害他。但嫉妒只在差距相近的人中才有可能发生，如按文名，沈括在当时根本没有与苏轼可比的基础。
有“政见不同”说。苏轼是保守派的精英，沈括是革新派的中坚，扳倒苏轼，就能减少变法的阻力，所以沈括才会采取如此的对策。但观点不同，仍然可以君子式的互相争论，未必非要置人于死地。苏轼反对新法，就从不隐瞒自己的观点。他在《上神宗皇帝书》和《再上皇帝书》中，对王安石的变法就进行了全面的批评。他反对汴水工程，甚至危言耸听：“万一堤防决口，洪水滔滔四处奔流，到那时，即使吃了倡议者的肉，也无法补救百姓的损失！”而沈括正好负责汴河水利，他不打嘴巴官司，而是亲临一线，亲自测量，亲自指挥，取得了治理的丰硕成果，以事实驳斥了保守派的攻击。这样一位务实的人，又怎么能去施展阴谋诡计呢？
有“操守品德有亏”说。认为沈括是个反复无常的小人，并举出另一个实例加以说明。熙宁七年（1074），王安石第一次罢相，沈括作为变法革新的参与者，反而上书反对王安石的一些变法法令，以至王安石复出后，痛斥沈括是“小人”！为此，在新旧两派之中，沈括成了两面都不讨好的角色。
乌台诗案之后，沈括的名声更臭了。元丰五年（1082），他虽然因军功升为龙图阁直学士，但并没有像当年包拯升任此职被人尊称为“包龙图”那样，而被人称为“沈龙图”。相反的是，是年八月，由朝廷派来的徐禧，擅权专断，推翻了沈括和种谔原来筑乌延城的计划，而改变为筑永乐城。九月，城刚筑成，西夏兵大举来攻，徐禧又不听沈括的意见，以致永乐城陷落，宋军损失惨重。虽说沈括作为军政长官难逃其咎，但主要责任不在沈括而在徐禧，何况胜败乃兵家常事，沈括前不久还立有大功，本不应给予太大的处分，但朝廷上的两派大员，谁也不为沈括说话。结果沈括被免除官职，贬为均州团练副使，安置到随州闲住。从此，沈括便彻底地退出了北宋朝廷的政治舞台。
沈括在随州给云禅寺过了三年孤囚般的生活，这时他已经五十五岁了。因宋神宗在这年病逝，宋哲宗以十岁的童龄继位，照例举行大赦，沈括得到秀州（今浙江嘉兴）团练副使的空衔，诏书中注明“不得签署公事”，他得以从湖北的随州迁往浙江的秀州居住。这几年来，沈括的仕途命运几乎与乌台诗案后苏轼的命运一模一样，都是从大学士贬为团练副使，都是不得擅离职地，都是不得签署公事，原先的要员都变成了闲人。有人说风凉话，沈括是咎由自取，天理难容，一报还一报！
其实沈括是蒙受了不白之冤，世人对他的误解他有口难辩！他究竟做错了什么呢？他什么都没有做错！
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