建文帝迫不及待地用理想主义态度去拥抱所谓的新世界，却没意识到朱元璋遗留下来的两个深层次问题，帝都位置和继承安排，以至于坐拥全国之力结果败给了叔叔燕王朱棣。朱棣以“皇帝守国门”的形式将雄兵悍将置于眼前，重用宦官掌权，结果子孙两百余年未受挑战。
明太祖朱元璋洪武二十五年（1392年），太子朱标去世了。晚年丧子除了给朱元璋造成巨大的精神创伤之外，还给他和他一手创立的大明王朝带了两个严峻的现实问题：迁都计划胎死腹中、传位安排推倒重来。这两个问题都没有妥善解决，成为建文皇帝没打过他叔叔燕王朱棣的深层次原因。
第一个，迁都问题。朱元璋和他的淮西集团起家于江淮流域，翦除群雄之后北讨南征，推翻了蒙元，定都南京建立明朝。此后，外部威胁主要来自于帝国的北部，蒙元残余势力和原本生活在草原的游牧部落结合在一次，仍有极强的战斗力，频频南下骚扰。朱元璋一方面挑选精兵强将数次北伐，一方面册封最能干的9个儿子在北部边境从东到西建立一连串诸侯国，各拥雄兵，以“塞王”的名义出任“镇将”，抵御外部威胁。
帝国首都南京远离外部威胁、紧邻繁华之地，看似安全富足，实则危机重重。在不断加强的中央集权制度之下，如果不采取特殊措施，一切资源和注意力都将向首都及周边地区集中，边境防线只会不断萎缩，最终崩溃；如果将资源向边境倾斜，就会造成“强枝弱干”的局面，唐朝安史之乱和藩镇割据就是前车之鉴。因此，首都远离防线的模式难以维持长治久安，必须做出调整。
百战成功而且深谙历史的朱元璋很清楚这一点，也一直在为迁都做准备，他曾经亲自到访过北宋故都开封，并派太子朱标多次巡视开封、西安、太原等地，甚至制定了迁都西安的计划。洪武二十四年，太子朱标出巡陕西，着手启动迁都准备工作。然而，太子回京之后就一病不起，转年春天就去世了。年过六旬的老皇帝无可奈何，只能眼睁睁地看着迁都计划胎死腹中。唯一的补救就是陆续向北边增派亲王，并不断扩大他们的兵权，寄希望于这些有血缘关系的藩王——至少在短期之内——能够稳固大明帝国的江山。
第二个，继承问题。自古以来，太子继位表面上只用一道遗诏，但是，新皇掌权实际上需要复杂安排。建国之后，朱元璋曾经做了复杂的准备，先后用胡惟庸案、郭桓案和空印案杀戮和处罚了大批功臣和官员，消除了“权臣当政”的可能性；陆续将儿子分封到对外防御和对内弹压的战略要地建立藩国，使宗室力量遍布天下。
作为帝国的未来继承人，“长房”太子朱标迎娶了帝国第一战将常遇春的女儿，借助外戚力量掌权。洪武十五年以后，太子开始管理国政，太子妻弟、常遇春之子常茂和常胜，常遇春亲家、朱元璋心腹、太子姻亲冯胜，太子妻舅、常遇春妻弟蓝玉等三个公爵级别的外戚将领掌握精兵出征，继承问题安排得极为妥当。
然而，太子朱标去世打乱了一切部署，更为严重的是，太子朱标的长子朱雄英已经幼年夭折。那个未能活过十岁的孩子是朱元璋的嫡长孙、常遇春的外孙，大明帝国最狡诈的头脑和最锋利的宝剑的血脉传人。只要他在，对于宗室内部，他是名正言顺的继承人、对于掌军将领，他是外戚联合执政的纽带。太子和嫡长孙的去世，让所有人事安排都乱了套。
迫于无奈，朱元璋将太子的二儿子朱允炆——太子侧妃吕氏所生——立为皇太孙，并为他重新安排了继位班底。次年，朱元璋以蓝玉案为导火索，将常家、蓝家、冯家及其关系密切的大批文臣武将全部干掉，把朝中的开国勋贵诛戮殆尽，勉强能够带兵打仗的高级将领仅剩魏国公徐辉祖（徐达之子）、曹国公李景隆（李文忠之子）、长兴侯耿炳文和驸马梅殷等寥寥几人。与此同时，朱元璋为了补充政府缺额，破格提拔了一大批儒生，使中央政府文官比例大幅增加，各级官员中舞文弄墨的水平越来越高，谈兵知兵的越来越少。
在这种背景下，洪武三十一年，20岁的建文帝朱允炆继位了。对于建文帝来说，开国时期的惨烈战事和复杂斗争已经是遥远的过去，现在是要改变爷爷的严酷统治、转向“文治”的新阶段了。
建文帝觉得叔叔们拥兵自重、多有不法，是自己地位和权力的巨大威胁，必须“削藩”；爷爷朱元璋遗留下来的政治太苛刻、太粗鄙，应该依“周礼”改制。建文帝年少气盛，毫无保留，一上来就把周王、代王、湘王、齐王、岷王等五个叔叔废掉了，同时任用黄子澄、齐泰和方孝孺等三位儒家大师，对政府言论和行事进行温顺和儒雅的改革。
建文帝或多或少地认识到迁都问题和继承问题的遗留影响，但是并没有采取最实际的策略去应对，而是迫不及待地用理想主义的态度去拥抱所谓的新世界了。但是，帝国的绝大多数官员和民众并没有忘记元末明初的残酷斗争和巨大变化，思维模式并没有太大改变，也没有和他们的新皇帝一起进入所谓的“新世界”。
在燕王朱棣起兵之后，在帝国各处掌兵的藩王选择观望、各州县文臣不知所措，建文帝发现，真正和他站在一起的只有首都地区的卫戍部队和为数不多的几个地方官，绝大多数人都认为这是一场朱家“长房”和“四房”之间的争夺家产的战争，只要战火不烧到自己身边，就没有参与的必要。
当五十万卫戍部队开赴北方却屡次被燕军击败、举全国之力却拿不下燕王占据的区区三个府的时候，建文帝逐渐发现，全国上下并不是在听命剿匪，而是在等待一个结果。
宽松的法令使大家不再惧怕官府的权威、熟悉经典的官员并不能解决战场上的敌人。更重要的是，建文帝逐渐意识到，爷爷朱元璋不仅把他的叔叔们分封到全国各地，而且把开国过程中的各种“有功之人”安排到了王府。朱元璋最信任的厨师在晋王府管事、魏国公徐达的三个女儿分别嫁给了自己的叔叔燕王、代王和安王，因此徐达的长子徐辉祖支持自己，小儿子徐增寿却在与姐夫燕王暗通款曲。他本以为“削藩”打击的是几个王爷，没想到触动的是整整一大片。
在他自己认为的“新世界”里，只要燕王的军队一到，那些被各种“旧世界”关系连在一起的文臣武将都纷纷倒戈投降，百姓也表示支持。渐渐地，连建文帝自己都认识到了，儒家经典中被定性为“谋朝篡位”的叛乱已经变成了朝臣眼中的“个人恩怨”，除了建文帝自己和极少数人之外，其他人似乎都没有什么理由和燕王血战到底。
很快，建文帝曾经信任又宽大赦免的大表哥曹国公李景隆向燕王献上了南京城的金川门，来自北部边境的“藩王”兼“镇将”朱棣成功地抓住了继承问题的弱点，迅速夺取了帝国政权。
此后，登上帝位的朱棣用了二十年时间解决了父亲和侄子都没有解决好的那两个制度性问题，把首都迁到北京，以“皇帝守国门”的形式将帝国边境防线的雄兵悍将置于中央咫尺之内，严加管束；将宗室、外戚、勋贵全都排除在权力之外，重用内侍宦官掌握各处权力要害。
经过朱棣的变革，尽管其后两百余年明朝各种奇葩皇帝迭出，儒学水平和敬业程度都不如建文，但是，朱棣子孙们的皇帝宝座却稳如泰山。
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