当怀疑肺炎链球菌感染时，应在使用抗生素前采集标本，如呼吸道分泌物、血液和胸腔积液等，进行病原学检测，避免因抗生素应用造成病原学检测的假阴性结果。而且，选择抗生素时应考虑到其他可能病原、疾病严重程度、病程、病患年龄等因素，根据抗生素—机体 —致病菌三者关系，选择最适宜的、有效而安全的抗生素，并要兼顾个体特点。
国内已有资料显示肺炎链球菌对大环内酯类（包括红霉素、阿奇霉素等）、磺胺类等抗生素耐药率很高，疑诊或明确为该菌感染时不宜选用。在某些地区，肺炎链球菌对青霉素、头孢克洛、头孢呋新等不敏感率也较高，应根据当地实际情况决定是否选用。肺炎链球菌对阿莫西林、头孢曲松普遍敏感，可作为经验选择。如有抗生素敏感性检测结果，则根据药物敏感性来选择药物。
可以通过接种肺炎链球菌疫苗来预防感染。肺炎链球菌有90个血清型，目前还不能制备包含所有血清型的疫苗。根据临床感染菌株血清型分布的资料，目前上市的疫苗主要有两类：包含7种血清型的蛋白－多糖结合疫苗（7价肺炎球菌结合疫苗）和包含23种血清型的荚膜多糖疫苗（PPV）。7价肺炎球菌结合疫苗在各个年龄段都有良好的免疫效果，但其注册使用的对象是5岁以下儿童。小于2岁儿童接种需要在2、4、6和12～15月龄各接种1剂；2～5岁具有患严重肺炎链球菌感染危险因素的儿童（如镰状红细胞病、脾脏损伤或无脾、艾滋病、慢性心肺疾病，或具有影响免疫功能的其他状况）也需要接种，接种的次数取决于儿童的年龄。7价肺炎球菌结合疫苗接种通常是安全的，偶可引起发热和易激惹。已知对7价肺炎球菌结合疫苗中某种成分具有严重过敏反应的儿童不能接种。一般感冒仍可接种，但如病情较重，则应康复后再接种。通常这种疫苗可以和其他疫苗同时接种。
由于荚膜多糖抗原性质的特殊性，2岁以下儿童接种PPV不能引起有效的免疫反应。因此，PPV主要应用于老年人，或具有易感危险因素的2岁以上儿童，以增加保护范围。PPV注射后可出现局部疼痛和红肿，常于48小时内消失；个别出现发热和肌痛的全身反应；全身严重反应，如过敏反应罕见。通常情况下，PPV只需接种一次。
接种疫苗除了可以保护接种者，在公共卫生方面还可以获得其他益处。因为7价肺炎球菌结合疫苗覆盖的血清型也是耐药肺炎链球菌的主要血清型。所以，推广接种7价肺炎球菌结合疫苗有利于阻止耐药菌株的传播。儿童普遍接种7价肺炎球菌结合疫苗后，可通过群体免疫效应减少老年人和没有接种的儿童感染肺炎链球菌。
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