真菌（Fungus）是一种真核生物。最常见的真菌是各类蕈类，另外真菌也包括霉菌和酵母。现在已经发现了七万多种真菌，估计只是所有存在的一小半。大多真菌原先被分入动物或植物，现在成为自己的界，分为四门。
真菌（Fungus）一词的“拉丁文”Fungus 原意是蘑菇。真菌是生物界中很大的一个类群，世界上已被描述的真菌约有 1万属12万余种（属与种都是单位，且属大于种），真菌学家戴芳澜教授估计中国大约有4万种（种为单位）。按照林奈（Linneaus）的两界分类系统，人们通常将真菌门，分为鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门和半知菌亚门。其中，担子菌亚门是一群多种多样的高等真菌，多数种具有食用和药用价值，如银耳、金针菇、竹荪、牛肝菌、灵芝等，但也有豹斑毒伞、马鞍、鬼笔蕈等有毒种。另外，半知菌亚门中约有300属是农作物和森林病害的病原菌，还有些属是能引起人类和一些动物皮肤病的病原菌，如稻瘟病菌，可以引起苗瘟、节瘟和谷里瘟等。
（fungus；eumycetes）是具有细胞核和细胞壁的异养生物。种属很多，已报道的属达1万以上，种超过10万个。其营养体除少数低等类型为单细胞外，大多是由纤细管状菌丝构成的菌丝体。低等真菌的菌丝无隔膜，高等真菌的菌丝都有隔膜，前者称为无隔菌丝（coenocytic hypha），后者称有隔菌丝（septate hypha）。在多数真菌的细胞壁中最具特征性的是含有甲壳质(chitin），其次是纤维素。常见的真菌细胞器有：线粒体，微体，核糖体，液泡，溶酶体，泡囊，内质网，微管，鞭毛等；常见的内含物有肝糖，晶体，脂体等。
在历史上，真菌曾被认为和植物的关系相近，甚至曾被植物学家认为就是一类植物，但真菌其实是单鞭毛生物，而植物却是双鞭毛生物。不同于有胚植物和藻类，真菌不进行光合作用，而是属于腐生生物——经由腐化并吸收周围物质来获取食物。大多数真菌是由被称为菌丝的微型构造所构成的，这些菌丝或许不被视为细胞，但却有着真核生物的细胞核。成熟的个体（如最为人熟悉的蕈）是它们的生殖器官。它们和任何可行光合作用的生物都不相关，反而跟动物很亲近，两者同属后鞭毛生物。因此，真菌被归类自成一界。
虽然很早就已经知悉真菌和动物的演化关系比植物要来得相近，但很长的一段时间里，植物学入门对它们的介绍仍然比动物学入门要深入得多。
真菌通常又分为三类，即酵母菌、霉菌和蕈菌（大型真菌），它们归属于不同的亚门。大型真菌是指能形成肉质或胶质的子实体或菌核，大多数属于担子菌亚门，少数属于子囊菌亚门。常见的大型真菌有香菇、草菇、金针菇、双孢蘑菇、平菇、木耳、银耳、竹荪、羊肚菌等。它们既是一类重要的菌类蔬菜，又是食品和制药工业的重要资源。
真菌的细胞既不含叶绿体，也没有质体，是典型异养生物。它们从动物、植物的活体、死体和它们的排泄物，以及断枝、落叶和土壤腐殖质中、来吸收和分解其中的有机物，作为自己的营养。真菌的异养方式有寄生和腐生。
真菌常为丝状和多细胞的有机体，其营养体除大型菌外，分化很小。高等大型菌有定型的子实体。除少数例外，真菌都有明显的细胞壁，通常不能运动，以孢子的方式进行繁殖。
常见的真菌感染多为白色念珠菌、阴道纤毛菌、放线菌等。盐水涂片中注意寻找真菌孢子、菌丝或纤毛菌丛。
分类研究史外国学者分类
1、在林奈（1735)建立的两界分类系统（动物界和植物界）中，真菌属于植物界。
2、在Hogg(1860）和 Haeckel(1866）先后建立的三界分类系统（原生生物界、动物界和植物界）中，真菌属于原生生物界。
3、在Copeland(1938）建立的四界分类系统（菌界、原生生物界、动物界和植物界）中，真菌属于原生生物界。
4、在Wittaker(1969）建立的五界分类系统（原核生物界、原生生物界、植物界、真菌界和动物界）中，把真菌单独作为一界处理。这是一个比较完整的纵横统一的系统，在纵的方面显示了生物进化的三大阶段，即无细胞生物→原核单胞生物→真核（单胞→多胞）生物。在横的方面显示了生物演化的三大方向，即光合作用的植物，吸收营养的真菌和摄食的动物。
[1]1、胡先驌(1965）把生物分为二个总界分类系统（始生总界和胞生总界），其中，始生总界包括病毒，胞生总界包括（细菌界、粘菌界、植物界、真菌界和动物界）。
2、陈世骧等（1979）建议的五界分类系统，根据生命进化历史的主要阶段，即无细胞阶段→原核阶段→真核阶段而分的。无细胞阶段包括病毒；原核阶段包括细菌和蓝藻，形成一个菌藻生态系统；真核阶段是由植物、真菌和动物形成的生态系统。三个阶段成为三个总界，总界下设六个界：即病毒界、细菌界、蓝藻界、植物界、真菌界、动物界。
⑴非细胞总界（无细胞阶段）
①病毒界
⑵原核总界（原核阶段）
②细菌界
③蓝藻界
⑶真核总界（真核阶段）
④植物界
⑤真菌界
⑥动物界
编辑本段与细菌和病毒区别植物和动物都是由细胞组成的，细胞内都有细胞核，而微生物中只有真菌具有真正的细胞核和完整的细胞器，故又称真核细胞型微生物；细菌仅有原始核结构，无核膜和核仁，细胞器很少，属于原核细胞型微生物；而病毒则没有细胞结构，属于原生微生物。所以，虽然有些真菌也很微小，也能使人生病，但它与细菌和病毒有着本质的区别。
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