我公司所开发的一个经济适用房小区，按2%预征了土地增值税后，当地税务机关不予清算，也不退税，请问这样处理对吗？

问题：根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》的规定，房地产开发企业在取得预售许可证预售房产时，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工，办理结算后在进行清算，多退少补。但是，我公司所开发的一个经济适用房小区，按2%预征了土地增值税后，当地税务机关不予清算，也不退税，请问这样处理对吗？
       考虑到房地产企业的开发产品建造周期较长，在开发项目建造达到一定程度后可以取得预售许可证，预售房产。为了发挥土地增值税在房产预售阶段的税收调节作用，《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十六条规定：“纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，”而无法依据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工，办理结算后再进行清算，多退少补《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税【2006】21号）第三条“关于土地增值税的预征和清算问题”规定：各地要进一步完善土地增值税预征办法，根据本地区房地产业增值税水平和市场发展情况，区别普通住房、非普通住房和商用住房等不同类型，科学、合理地确定预征率，并适时调整。工程项目竣工结算后，应及时进行清算，多退少补。对未按预征规定期限预交税款的，应根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则的有关规定，从先定的缴纳税款期限届满的次日起，加收滞纳金。
从上诉规定可以看出，房地产开发项目在预售时应当预征土地增值税，待改项目全部竣工，办理结算后再进行清算，多退少补。
为深入贯彻《国务院关于坚决遏制部分城市房价过快上涨的通知》（国发【2010】10号）精神，促进房地产行业健康发展，合理调节房地产开发受益，充分发挥土地增值税调控作用，《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的同志爱》（国税发【2010】53号）规定：为了发挥土地增值税在预征阶段的调节作用，各地须对目前的预征率进行调整。除保障性住房外，东部地区省份预征率不得低于2%，中部和东北部地区省份不得低于1.5%，西部地区省份不得低于1%，各地要根据不同类型房地产确定适当的预征率（地区的划分按照国务院有关文件的规定执行）。对尚未预征或暂缓预征的地区，应切实按照税收法律法规开展预征，确保土地增值税在预征阶段及时、充分发挥调节作用。
保障性住房包括经济适用房、限价房、全租房、廉租房。其中房地产开发企业建成后可以对外出售的是经济适用房和限价房。此两类房产的定价由当地政府有关部门定价，根据国务院的规定，利润率要控制在3%以内，按照土地增值税征管办法计算，此两类房产的增值额为负数，没有增值额不应当征收土地增值税，如果已经征收了土地增值税，也应当按照“先预征后清算，多退少补”德尔政策予以退税。
下面再介绍北京市政府有关部门的规定，供各地税务机关和房地产开发企业参考。为了贯彻落实《住房和城乡建设部、国土资源部、监察部关于进一步贯彻落实国发[2010]10号文件的通知》（间房【2010】115号）、《国土资源部、住房和城乡建设部关于进一步加强房地产用地和建设管理调控的通知》（国税发【2010】53号）、《财政部 国家税务总局关于支出公共租赁住房建设和运营有关税收优惠政策的通知》（财税【2010】88号）、《财政部 国家税务总局、住房和城乡建设部关于调整房地产交易环节契税个人所得税优惠政策的通知》（财税【2010】94号）等精神，巩固北京市房地产调控成果，促进房地产市场健康发展，结合北京实际情况，《北京市住房和城乡建设委员会、北京市财政局、北京市地方税务局关于贯彻落实国家有关部门房地产市场宏观调控政策有关问题的通知》（京建发【2010】677号）第一条“关于土地增值税预征率问题”规定，自2010年10月1日起，房地产开发企业销售商品房取得的收入，按如下标准预征土地增值税：
（1） 房地产开发企业销售经济适用住房、限价商品住房等保障性住房取得的收入，暂不预征收土地增值税。
（2） 容积率小于1.0的房地产开发项目，按照销售收入的3%预征土地增值税。
（3） 其他房地产开发项目，按照销售收入的2%预征土地增值税。
增值额是土地增值税的核心，在什么情况下可以不征土地增值税呢？可按下列方法求证：
设销售收入总额为X，设不含息建造成本为Y。
于是，按照建造成本10%计算的房地产开发费用为0.1Y;
财政部规定的加计2%扣除额为0.2Y;
允许扣除的营业税、城建税、教育费附加为5.5%X=0.055X
当销售收入总额小于等于1.375 66 倍的建造成本时，增值额等于或小于零，增值率小于等于零，不应当交土地增值税。
由于经济适用房的利润率要控制在3%以内，土地增值税的增值额会小于零。所以，国家税务总局规定在预征土地增值税时，将保障性住房除外，北京市的规定，销售经济适用房‘限价商品住房等保障性住房取得的收入，暂不征收土地增值税。各地在征税时应当效仿北京，和中央政府的规定保持一致。