文字是人类最伟大的发明，有了文字人类就可以实现远距离交流，可以记录人类的思想和活动，可以将今天人类的生活方式介绍给未来。对于文字尚未出现之前远古人类的思想和生活的追寻，原本只能靠人类口口相传，虽然难免出现讹误，似乎还可以“捕风捉影”。但对于人类记忆尚未留下痕迹的年代，我们就只能依靠对古人类遗迹的探寻和解读远古人类的历史。考古学就是这样一门学问，发现并发掘远古人类留下的踪迹，从中解读出当时人类的活动、思想以及社会形态。
古遗址都埋藏于地下，迄今为止发现的古遗址几乎都是偶然的机遇所成就，或者露头于断崖，或者因河岸受到侵蚀，或者因工程施工的进展等才有机会发现并进行发掘。这说明一个很简单的道理，历史上，尤其是越近的年代，人类曾经的活动区域已经被现代人类全部占用，凡是能够保留至今的遗迹都是近现代人类的大规模开发与建设未能涉及的地方。所以，每一个人，尤其是直接参与考古发掘的人，都必须清醒地认识到古代遗迹的宝贵，是不可再生的人类社会财富。
我们现在的考古发掘报告的撰写范式已经不是发掘报告，而是研究报告，因为它已经是被发掘者消化、提炼、系统化以后的结论性意见。它固然不是某一个人的观点，也不应是某个小团体的意见，从某种意义上说是考古界普遍的、主流的意见。尽管如此，那也只是一个时期或一个时代的判断和认知，以后被重新解读、重下结论是大概率事件。为了后人能有一个纯净的研究资源，在研究报告之前还应该有一个真正的发掘报告，尽可能记录全部发掘过程和发现的全部遗迹现象，包括地层堆积不应简化合并，土壤性状描述尽可能详细、准确，遗物的位置和状态要清晰区分，地形地貌也要尽可能表述，遗址范围内需要通过不同方向的贯通性探沟确定不同时代的地形及其演变特征，同时也必须清楚周边环境对遗址地形地貌可能的影响，在弄清各类遗迹与遗物出现的层位、详细尺寸与状态以及与地形地貌的关系的同时，还要关注与之相关的不同时期的气候特征。总之，任何一个遗迹要素都需要全面准确的解读，任何一个误读和忽略都可能造成系统性错误。
长方形地穴中出现人类骨骸在考古发掘的早期被判定为墓葬并不奇怪，因为它与人们观念中的墓葬太相像了。但是，当我们发掘的多了的时候就会发现它们与真正的墓葬之间存在太多的不同。许多死者的骨骸呈惊恐状，不少人张大口似呼喊或似呼吸；一些人四肢或躯体呈挣扎状，象是被活埋；有些随葬品直接摆放在死者下肢之上，甚至整个躯体之上。这些现象都指向一个事实，即死者并非死后被他人所掩埋，而是自己死在了自己开挖的栖身之处。这证明墓葬式地穴是早期人类的一种栖息方式。有些死者骨骸保持完好，有些则零乱不堪，骨骸保存完好者系死于掩埋事件，无论是洪水还是泥土，而骨骸零乱者则是因为死后尸体没有被直接掩埋，完全或部分地曝露于泥土之外，并在被彻底掩埋之前已经遭到动物或人类的损毁。同一地穴之中出现多人一次葬，是因为他们在共同生活中同时全部被突然掩埋。一次葬与二次葬合葬的现象则是因为后来者被掩埋于已经白骨化的前死者的地穴。多人甚至多至几十人合葬的二次葬都是掩埋大规模死于洪水且都已白骨化骨骸的遗迹。
这些非同寻常的遗迹现象一旦证实了长方形地穴无论其中有没有人类骨骸，它都是人类远古的一种栖身方式的时候，就可以从逻辑上理解这些所谓的“墓葬”不可能是墓葬，毕竟人类的丧葬文化是一种社会化发展到一定程度的高级文化表现，在人类相互之间尚没有出现较密切关系时，更高层次的社会文化现象是不可能出现的。这也是我们对远古遗存作出判断时不可缺少的逻辑思维，少了这一环，低级逻辑错误在所难免。
地穴、窖穴与灰坑是另一类重要的遗迹现象。在考古发掘中对于它们的区分却似乎不太那么清楚。也许在考古学家眼中是清楚的，地穴是人类的栖身之所，窖穴是人类贮藏东西的地方，灰坑则是古人倾倒垃圾的地方。但在诸多的考古报告中，真正被确认为地穴和窖穴的很少，而灰坑则多得不成比例。
难道古人对处理垃圾特别重视？其实完全不是这样。远古时人类几乎不产生垃圾，即使偶有食余垃圾，如兽骨等，除了还会成为其它动物的食物外，基本都可以降解。而且由于人口数量极少，真正所产生的垃圾数量可以忽略不计。发掘者在许多人类开挖的坑内填土中发现多为各类杂物，如陶片、兽骨、草木灰、红烧土块、木炭等垃圾，可能因此而命名为“垃圾坑”。其实，无疑人类定是挖坑在前，填土则是其后许多年逐步发生的。前人挖坑并不专门为后人处理垃圾，而是另有用途，即仍然是为了栖身而挖。在中国大部分地区，气候温暖的季节早期人类可能并不需要专门的保护设施，但是，在寒冷的冬季挖坑避寒是远古人类重要的自我保护方式。灰坑可以有多种形制，圆形、椭圆形、不规则形等等，也会有大有小，有深有浅，这取决于挖掘者的价值判断和审美能力，当然也与季节、气候直接有关。有人生活认真，审美能力强，坑就挖得精致漂亮，天气寒冷的季节一般都会挖得比较深。如果个人生活懵懂，可能找片洼地，稍加处理就作为栖身之处，就成了不规则形灰坑。那些已经被发掘者理解为人类栖身的地穴，定是修筑具有明显的人类居所的地穴。把留存有较多陶器的地穴命名为储物窖穴显然也是误解。远古人类尚没有多余的物品需要设专门贮藏之所，而且早期即使需要贮藏也不需要专门的地穴。猎获短时间消耗不掉时人们会挖坑埋藏，心爱的玉器直到石家河遗址时期才出现放置于陶罐的现象。所以，大约可以容纳下一个人身体的地穴大体上都是人类的栖身之所，如果有其它用途，也是对地穴再利用的表现。
早期房屋式建筑遗存比较稀少也比较简陋。大概舞阳贾湖遗址与新郑唐户遗址的房屋都是比较早的，建筑也基本处于同一水平。所不同的是贾湖比较少，只有几处明显的房屋基址。唐户则非常密集，数量也比较多。显示唐户是早期房屋式建筑的发源地和广泛为当时当地人类所接受的栖息方式。再到新密莪沟北岗遗址，圆形半地穴式房屋已经比较规整、成熟。在关中诸遗址、秦安大地湾遗址和郑州大河村遗址，房屋逐步发展出方形、长方形大型建筑。在淅川下王岗遗址进一步发展成由20多间房间组成的排屋。然而，把河姆渡遗址稠密的木桩和木板理解为杆栏式建筑却是错误的，那是一片建设于水中的捕鱼设施。作为立柱它的尺寸太小，不足以支撑起杆栏式建筑庞大的上层建筑。立柱下部为尖头，不符合支撑性立柱的逻辑。大量的立柱虽然密集但构不成杆栏式建筑的逻辑关系。木板的数量和尺寸都不是杆栏式建筑的合理构件。
除了房屋类建筑以外还有一种比较罕见的以独立木柱为主的栖息形式。在湖南澧县的彭头山与八十垱遗址就有出现，表现为一片密集的立柱遗迹。在浙江湖州毗山遗址与良渚庙前遗址表现为成排的立柱。彭头山与八十垱遗址的发掘者认为属“杆栏式”建筑，但它构不成杆栏式建筑的任何逻辑关系。杆栏式建筑一定是在一般房屋基础上发展起来的，在一般房屋式建筑尚未出现的地方不可能出现杆栏式建筑。它应该是一种仿生树木的建筑形式，只立一根木柱，上部设置树枝和树叶编织的棚顶，以挡烈日或风雨，背靠木柱休息。在彭头山与八十垱因为人们反复在一小块地方树立立柱，所以柱洞显得杂乱无章。浙江一带的独木立柱式栖息方式应该是彭头山与八十垱同类文化的发展。还在湖南时他们各自独立生活，到浙江时他们已经形成一个共同生活群体，尽管栖息方式没有大的变化。桂林甑皮岩遗址出土的“蹲倨姿”骨骸应该与他们属于同一种栖息文化者。
遗址是由各种复杂的遗迹现象在不同时间和不同环境条件下组成，所以遗址的情况就更复杂了。
舞阳贾湖遗址时间跨度大约1500年，这里出现的墓葬式建筑遗迹400多座，平均大约4年才有1座，再加上灰坑、房子等遗迹，平均1年不到1座。然而，实际上曾经出现在贾湖的人远不止这些。从那些大型灰坑和墓葬式建筑中数人共居一穴和许多遗迹曾为止一次地被人利用的情况看，曾经利用过贾湖的人数可能为以上估算人口的数倍。这说明了什么？说明贾湖并非被几个氏族独占持续利用一千多年，而是许多人在漫长的岁月中不断在此停留又不断迁徙它处的结果。说明早期人类曾经有一个时期个人处于不断迁徙之中。
在华县元君庙遗址我们更清楚地看到，在渭河高水位时期，具有各种文化背景的人在迁徙途中，在元君庙遗址短暂停留时生命被洪水永远留在元君庙的场景。发掘者却把元君庙遗址视为氏族墓地，然而，又苦于找不到他们的生活居住区。事实是，墓地就是生活区，怎么可能再找到一个生活区！
西安半坡遗址、临潼姜寨遗址、宝鸡北首岭遗址，还有宝鸡福临堡遗址表现为另一种迁徙形态。这几个遗址都有一片墓地，也有一片房屋。除了福临堡以外，其它三个遗址发掘者都将墓地理解为与房屋同一时期，甚至认为墓地属于房屋的主人。福临堡遗址的发掘者识别出了东部墓葬早于中部和西部的灰坑和房屋。其实其它三个遗址也一样，墓葬早于房屋，虽然发掘者已经发现墓地的陶器与居住区的不同，但还是忽略了这一重要信息。墓葬的位置略高于所谓居住区的位置，说明当时渭河水位更高。墓葬式栖息文化基本上都是单人独立生活，但在姜寨和北首岭遗址晚一点时已经表现出人际关系更趋紧密的倾向。半坡遗址也有少量数人共同生活的情况。在北首岭则表现得更明显，后期多出现三二人共同行动的迹象。在福临堡遗址中部还有一段房屋与墓葬之间的栖息形式，即较大型的长方形灰坑上加棚盖类设施，为多人共同生活的生活方式。而这些遗址中出现的房屋的主人们同样也处于不断迁徙之中，他们的迁徙动因与墓葬式栖息方式者相同，一是因为洪水袭击，一是因为食物短缺。半坡的房屋遗迹显示不断地被摧毁又不断地被重新建立起来。姜寨和北首岭则显示随着水位的变化房址不断变化。
在蒙东辽西，敖汉兴隆洼遗址、赵宝沟遗址以及凌源牛河梁的所谓冢、坛、庙貌似统一规划后才建的遗迹，实际上也是不断处于不断迁徙状态的人类遗迹，只不过与其它地方的迁徙方式稍有不同。兴隆洼遗址数量众多的房子经历了由小到大，再由大逐步变小，直到最终彻底消失。他们不是守在兴隆洼原地翻建，而是周期性地迁徙到它处，然后再返回原地。赵宝沟与兴隆洼的情况其实一样，有所不同的是赵宝沟单位生活群体的规模已经稳定，但地貌陷入严重不稳定状态，他们几个群体每隔一段时间再回到赵宝沟，原来的房址已经不适用，因为水源地越来越低，每次再回到这里都不得不把新房址向下移动，所以它也不是一次性规划建设的聚落遗址。牛河梁遗址群的情况稍有点复杂，早期第五地点的下层文化以及后来出现在海拔670米左右的长方形遗迹、红烧土遗迹以及几个山台上的石墙遗迹，表现为不断变更地点的迁徙，其中有不同文化群体。而中期的所谓“庙、冢、坛”，既与真正的庙、冢、坛无关，也不是统一规划同时建设。它们是当时人类为了应对持续降雨和泥泞的周边环境而搬运铺设的尺寸不同的石块，从5号冢开始直到1号冢逐一建成，事实上，正是因为前面的设施已经失去功能，他们才不得不另外建设新家园。
郑州大河村遗址从仰韶各时期到龙山文化时房屋遗迹的变化显示了另一种不同的迁徙形式的演变。早在仰韶文化一期时，只有墓葬式建筑和瓮棺葬，仰韶二期有1间房屋，7座瓮棺葬，仰韶三期有17座房屋和20座瓮棺葬，仰韶四期房址27座，瓮棺葬137座，仰韶文化时期人们在此居住，迁徙是为了躲避洪水。龙山文化早段没有发现房址，瓮棺葬只有3座，到龙山文化中段，房子2座并开始出现多层地坪现象，瓮棺葬只有1座，龙山文化晚段已经没有明显的房址出现，瓮棺葬也不见了。此后的二里头、商文化遗存在大河村就更稀薄了。遗迹面貌的变化所反映的是，龙山文化早期人们基本不再到大河村，龙山文化中段时人们不在此居住但每年来此采集，此后他们则不再出现在大河村。
长期、持续记录人类迁徙的遗址一个是淅川下王岗，一个是秦安大地湾。两个遗址略有不同，下王岗遗址位于汉水边的半岛型地块上，面积很小，包含了仰韶一、二、三期，屈家岭一、二期，龙山文化，二里头文化的第一期、第三期以及西周文化等。大地湾遗址位于陇中黄土高原腹地清水河畔，遗址空间相对较大。文化遗存包含了前仰韶文化、整个仰韶文化和常山下层文化。但是，各个时期不同文化都不是本地文化的发展，而是这些母文化腹地向外扩散迁徙的记录。下王岗每次大洪水都会掩埋一个时期的文化层，大地湾早期与下王岗的情况相同，主要受洪水的影响，而后期则主要受堰塞湖水位的影响。
无论是为了洪水、水源或者食物而迁徙一般都是溯河流而上，或者沿河流而下，跨流域迁徙要冒极大的风险，同样要跨过一条较大的河流也是需要极大的勇气和特殊技能才能成功，所以一般人不会轻易冒险。宜都城背溪遗址群长江两岸都有分布，但大部分在江南。早期遗迹大约距今8000年左右，江南的遗迹现象又都非常单薄，其分布位置的波动范围又非常之大。有在长江江边甚至大水时即被淹没的，也有在江边高出平地30米左右的小山上，而在此波遗迹之后新一波遗迹的出现已是3000年以后的事情了。所以城背溪不可能是一支独立的考古学文化，他们是长江枯水年份由江北来到江南的勇于冒险的少数人。而且，在距今8000年左右爆发的长江大水以后这批人就不复存在了。彭头山与八十垱遗址与城背溪同时，只是表现不同于长江主河道，这里是湖区的边缘，在长江大水上涨到此之后，这一带的文化现象也消失不见了。长江中游的远古文化由于长江此阶段的大水而基本灭绝。
在长江下游杭嘉湖地区，大约距今7000年前出现过马家浜文化，6000年前出现过崧泽文化，5000年前出现良渚文化，考古学界一般认为这三种文化是一个发展系列。虽然它们依次出现在同一地区，从文化面貌看似乎存在某种内在联系，但又没有明确的证据。历史上曾经出现的重大自然地理事件切断了它们之间任何可能的直接关系。马家浜文化的消失缘于大海侵，崧泽文化的产生显然是一群追踪海退最早出现的勇者，该文化消失于来自太湖的大洪水，良渚文化也是这样一群人，在5000年前寻机来到杭嘉湖平原，遇上了二次海侵、太湖大水和本地持续降雨造成的堰塞坝决堤的叠加冲击而消失。三种文化虽然依次出现，但它们之间没有可能存在依次的发展关系，也不可能分别独立地发生于本地，大自然没有给它们任何机会。
这三种文化内在的某种基因性联系应该来自渊源接近的母文化，它只能来自安徽一带以及更遥远的河南、山东。这一事实指向另一个我们从未发现的历史，即长江现今主水道实际形成比较晚，5000年前的长江之水并不是直接经南京、镇江入海，而是被堰塞于南京以西，达一定水位时由芜湖、马鞍山一带直扑太湖，然后由太湖向东入海。所以，7000年前马家浜文化出现在嘉兴并非人们从海上而是长江枯水年份沿南京、镇江一线到达杭嘉湖平原。此后的崧泽文化和良渚文化也都是利用枯水年份沿此路线抵达。长江现今水道应该是二次海侵结束以后才最终完成疏通的。
在中原地区，距今8000年前的裴李岗文化蓬勃发展，东方临近的后李文化稍晚才有微弱的表现，7000年以后河南进入仰韶文化，山东一带进入了北辛文化模式，所谓的大汶口文化在山东表现强势，此后两地龙山文化表现也各不相同。在历史上济水比黄河的名气更大，济水还可以几次穿越黄河。这些文化和自然地理现象指向另一个重大事件，历史上的黄河中下游可能也是5000年以后才贯通入海的。直到距今5000年前，由于黄河在郑州以西有荥泽，以东有圃田泽等一系列大型沼泽，在黄河中上游来水较少时，发源于太行山的济水就成了主角。此外，山东的泗水、汶水以及河南的贾鲁河、双洎河、颖河、汝河等由于持续降雨隔断了河南与山东之间的正常联系，使两地形成具有明显不同的文化形态和发展路径。
黄河来水量大小取决于河南、陕西和山西的主要支流的来水量，这些黄土塬台区的河流的重要特点之一就是极易发生堰塞。洛阳盆地就是伊洛河的蓄水池，整个关中平原是渭河的蓄水池，而渭河各主要支流也各有一连串的蓄水池。关中平原的远古遗址都分布于渭河两岸，两岸遗址之间的距离就是当年渭河堰塞状态下水面的实际宽度。汾河盆地天生就是汾河的蓄水池。其中汾河的疏通时间可能比较早，当陶寺遗址出现庙底沟二期文化时说明汾河之水已经顺利汇入黄河。在渭河下游，临潼姜寨和西安半坡遗址的晚期遗迹还都处于高水位状态。秦安大地湾遗址清楚地显示常山下层文化期间那里的堰塞坝才溃坝。如果古籍所载无误，伊洛河之水是在夏文化期间汇入黄河的。因为古籍有载“伊洛竭而夏亡”。二里头遗址似乎也有此证据。
我们研究远古人类历史只能通过考古这条唯一的途径。但是，考古学虽然说其最终目的为探寻远古人类发展的规律，但又非常谨慎地搞出个“考古学文化”的概念。按考古学对考古学文化所下定义，“考古学文化是指同一个历史时期的、不以分布地点为转移的遗迹、遗物的综合体，同样的工具、用具以及相同的制造技术等是同一种文化的特征。”历史学的研究对象是人类活动的规律，考古学的研究对象是人类活动留下的痕迹。考古学文化不等同于远古人类文化，它们之间又相差多远呢？
根据上述定义，考古学文化本来希望框定的是同时期共同生活的人群及其分布，以及大致的迁徙轨迹和演变趋势。该定义显然是人们根据自己的假设而确立，首先假设人类都是成群活动的，其次假设他们会同时聚居于某处，第三还要假设他们的迁徙是群体行为，第四还要假设他们都以同样的行为方式生活。该定义在上述思维逻辑下应该是可以成立的。凡是人类生活过的地方，都会留下生活的印记，即各种遗迹和遗物，于是，认为我们将遗迹和遗物重新识别区分和归类，就能还原远不同古文化存在的方式、迁徙的路径以及演变的过程。
一百年来的考古实践告诉我们，几乎没有两个完全相同的远古遗址。这也为考古学命名新的考古学文化打开了方便之门。各省的考古发掘都不断宣称发现了新的考古学文化。各地为了强调历史的古老和独特，纷纷认为有独立的考古学文化，甚至自成体系的考古学文化。按考古学所下定义他们的观点也不无道理。那么问题究竟出在哪里？实际上考古学界早就有所感悟，“见物不见人”才是最大的问题。仰韶文化最早称“彩陶文化”，山东龙山文化曾被视为黑陶文化，新郑裴李岗文化被发现时还奇怪怎么没有房子只有墓葬，新密莪沟北岗遗址的发现还算好，认识到墓葬比房子早，舞阳贾湖遗址被视为一种文化、几个氏族持续生存了一千多年。这样的考古学文化为人们提供了什么有关人类历史发展的信息？
考古学文化的命名是以首先发现的遗址所在地命名，例如新郑裴李岗文化，以新郑裴李岗遗址命名，但加入裴李岗文化行列的诸遗址，如舞阳贾湖、郏县水泉寨、新郑唐户、新密莪沟等与新郑裴李岗又有多少共同之处呢？裴李岗只有墓葬，水泉寨有灰坑也有墓葬，但第二期只有墓葬。新郑唐户有灰坑，房子也很多但几乎不见墓葬，新密莪沟北岗墓葬、灰坑和房子都有，但房子比唐户的规整漂亮，墓葬比房屋早。再到贾湖，灰坑、房子和墓葬都有，虽然有很富有的墓葬，也有几副骨骸同居一穴、墓圹叠压打破的情况，远没有水泉寨、裴李岗和莪沟北岗的墓葬排列整齐，房子也没有莪沟的漂亮，但其经烘烤的较大型灰坑，即被发掘者误读为陶窑的灰坑，在其它几个遗址中均不曾见。石磨盘和石磨棒裴李岗发现较多，水泉寨和莪沟北岗也不少，贾湖和唐户几乎不见。这几个遗址的遗迹现象说明了这样两个问题，它们既不是同一种文化，也不处于同一时点。灰坑是一种持续出现的遗迹，即既有较早的也有较晚的。墓葬遗迹相对持续但有中断，从贾湖的现象看，豪华的墓葬属于早期，规整的墓葬属于中期，潦草紊乱的墓葬属于晚期，水泉寨没有早期的墓葬，晚期也不多。贾湖与唐户的房子都属于房子的早期，莪沟的房子则略晚于二者。
如果我们再以历史的眼光去看贾湖遗址，其时间跨度从距今9000年前开始，直到7600年前消失的大约1500年间所发生的变化是，早期灰坑大范围稀疏分布，然后灰坑开始变大，坑内经火烘烤；中期墓葬由少数豪华墓葬开始，然后迅速发展，后段叠压打破甚至不同时间死者的骨骸出现在同一地穴；然后才是房屋建筑的出现。在此期间，墓葬增长最快时扩散到了裴李岗、水泉寨以及莪沟北岗遗址，携带石磨盘和石磨棒的墓葬可能并不出自本地，而是来自诸河流下游广袤草原，该现象在贾湖和唐户遗址没有流行证明此波迁徙的主流没有经过两地。在唐户下层偶有残碎石磨盘出现，说明它们早于房子的流行。
贾湖大型灰坑的出现，异性多人同居于一穴，促成人口快速增长。人口增长的结果，食物开始短缺，人类不得不为觅食付出更多的时间和精力。没有时间构筑大型地穴，没有时间照顾儿童，所以，长方形地穴成了流行的居住形式。墓葬式建筑的优越性使其迅速流行。原本人们主要以狩猎为生，由于狩猎越来越难有收获，更多的人开始以植物性食物为主食。本来已经有一些人已经开始烹煮熟食，但在人口最多时许多人不得不选择生食植物籽实，这才是裴李岗文化的开始。裴李岗文化的最盛期，是以石磨盘和石磨棒为代表的对植物籽实磨碎后生食的时代，他们曾经生活在以东广袤草原。到裴李岗文化的晚期，一方面是石磨盘和石磨棒退出历史舞台，另一方面是房屋式居所开始进入发展期。这已经开始踏入仰韶文化的门槛。
在远古遗迹现象中还有几个需要予以特别关注。
第一个就是城或都邑的出现。在解决该问题之前首先必须解决的是“邑”或“聚落”的形成。因为“城”或“邑”都是在“聚落”的基础上形成。其实前面已经说过从遗迹现象上将遗址直接理解为“聚落遗址”是不正确的。“聚落”是人类聚居和生活的场所，远古遗址从外观上看好像许多人聚居一处，但实际上他们并不同时长期聚居一地，而是处于不断的迁徙之中。许多人都会出现在某地是因为那里有水源有食物。食物往往具有很强的时效性，人多了就不能狩猎。植物性籽实季节性很强，而禾本植物的自然群落不会很大，一地的食物资源很快即被消耗殆尽，所以人类早期一直处于不断的迁徙之中。真正“聚落”的形成应该以定居为前提，而真正的定居又必须以耕作农业为必要条件。“城”和“邑”在语义上相同，都是在城墙保护下的土地和人。“城”和“邑”的产生是在“聚落”的基础之上增加了“城”的保护。“聚落”需要保护是因为出现了危害定居人群利益的事态。
从郑州大河村的遗迹现象演变历程看，龙山文化早段开始实现了定居和一夫一妻制耕作农业社会，已经没有房址出现，瓮棺葬也只有3座。就在前一期的仰韶四期文化期间，出现房址27座，瓮棺葬137座。前后期形成鲜明对照。到龙山文化中段，有房子2座并开始出现多层地坪现象，瓮棺葬只有1座。说明龙山文化早段家庭规模小，耕作农业满足小家庭生活需要，而中段的现象显示由于人口的增加耕作不能满足需要，所以他们每年重开到黄河滩上采集自然生长的植物籽实。龙山文化晚段已经没有明显的房址出现，瓮棺葬也不见了。进入定居状态的家庭发展成家族，一旦聚居的家族的利益受到侵害，他们共同筑起城墙保护自己的家园，从而使一般聚落成为“城”或“邑”。具有家族身份的成员成为“国族”，而由他们收留的迁徙者则成为“黎民”。直到此时，才开始最早的社会分层。这一社会进化过程在二里头遗址表现得比较充分。二号宫殿基址是早期数个家庭聚居的表现，各家庭仍然保持相对独立。到一号宫殿基址时期，几个家庭实现了更紧密的聚合，虽然房子数量保持不变，分布状态也不变，但是他们已经统合为一个院子，周围有墙严密保护，所谓的“四庑”，既有围墙的功能，同时也具有仓库和收容“黎民”的作用。
澧县彭头山遗址被发掘者理解为“城”是仅仅从地貌看有点像，“城墙”遗迹为误读。石家河邓家湾遗址的“城墙”同样为洪水携带泥土堆积造成的假象。此两处不但社会发展阶段没有到那个时期，即使地理位置也不容许“城”的建立。良渚也一样，貌似城池的地貌实际是山区堰塞湖溃坝以后的泥土堆积，而距今5000年左右因为受二次海侵和多方洪水的侵扰，整个杭嘉湖平原都人烟极为稀少，大自然没有给他们机会。凌源牛河梁“冢、坛、庙”都有了，可国又在哪里？人又在哪里？所谓的“冢、坛、庙”实际上是人们应对自然环境的需要陆续建立的居住遗迹。二里头遗址如果把“院墙”理解为城墙就对了，而发掘者理解的“城墙”不是城墙，是二里头的灌溉系统所留下的冲积与沉积的残留。其它“城”均为误读。考古学界最近又有新“发现”，巩义大槐树仰韶文化遗址成了“古国”，山东滕州也出了大汶口文化时期的“古城”。全都抛开社会发展阶段和考古学对遗迹现象全要素进行严谨研究的科学态度。如果仰韶文化和大汶口文化出现“古国”或“古城”，仰韶文化和大汶口文化的实质内涵是什么？社会组织、社会矛盾、社会环境是什么状态？它们与二里头文化之间还隔着龙山文化，不同文化的发展又是什么意义？
与“聚落”和“城”、“邑”的出现同样重要的还有耕作农业的发生。从江南到江北，最早从一万年前的遗址开始就一直在讨论水稻的种植。在对待水稻种植问题上人们一直在犯着一个严重的逻辑错误，凡是发现有水稻遗存的地方就努力寻找人工栽培稻的影子，一旦找到可能与人工栽培稻存在某种联系的迹象，马上就理直气壮地宣称发现了人工驯化水稻。人工栽培稻的定义是稻米形态上不同于野生稻，更接近现世人工栽培稻。这种研究方法的逻辑漏洞在于并没有任何科学证据证明此类稻子系经过人工驯化。实际上也不可能经过人工驯化。如果8000年前或1万年前已经出现了人工驯化水稻，那人类是从什么时候就已经开始种植、驯化水稻的？经过多少年的驯化才育成当时的人工栽培水稻?
与其说人类对水稻等农作物的驯化不如说人类只是对优势物种进行了选育。水稻等农作物的生物特性不是人类赋于的，而是先天的、自然携带的，人类只是有意识的选择并保留了其生物特性。人类对优势物种的选育前提是耕作农业的出现，在耕作农业出现之前不会出现对农作物的选育。
家畜的人工驯化与农作物驯化情况相同，所谓的“家猪”、“家鸡”、“家犬”等也都是动物自身所携带的生物学特性决定的，与人类的驯化没有关系。人类所做的是将携带优势基因的动物有选择地保留下来，并有意识地通过优良品种的交配达到保留动物优势性状的目的。同样，动物的饲养前提也是定居和拥有多余的饲料资源。它同样与耕作农业直接相关。没有耕作农业就没有家庭饲养。余姚河姆渡遗址出现过养鱼设施遗迹，但它与家庭饲养还不处于同一时代，其饲养并非为了家庭养殖，而是对多余的食物进行“保鲜”，不至于待到食用时腐朽变质。
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