阿米巴经营是一种集多种经营管理于一体的集合体管理模式，即包括中国的儒学、禅宗、阳明心学，也有欧美的管理、商业伦理，及日本本土的经营管理思想，因此，它并不是纯正血统的日本经营模式。
阿米巴经营哲学具有浓厚的中国哲学色彩，而阿米巴实学，西方的成份多一些。
人人都是经营者，全员自主经营，是对企业所有员工思维的一次大解放，一次大变革。阿米巴经营是一次企业变革，更是一次人生变革。
没有人的变革，就没有企业的变革。
全员自主经营不是停留在口头上，而是让员工实实在在当老板，因为阿米巴经营将企业划分成很多小集体，这些小集体都用自主经营、独立核算加以经营，每个小集体都有巴长（相当于小集体组长），这些巴长，就是各自集体的老板。
培养人才与全员经营，是阿米巴经营的目的，这也是阿米巴经营的最显著的特征，更是阿米巴经营模式的力量源泉所在。
在诸多经营管理模式中，阿米巴经营真正从模型上、体制上实现了以人为本的人文思想。
“阿米巴经营”；其核心内容是“自主经营”的价值化、价值经营的“自主化”；其本质是建立在员工第一、创造员工成就、利他精神等哲学理念基础上的员工自主经营体建设；其要义是以各个阿米巴(自主经营体)的领导为核心，紧扣“经营销售最大化、经营费用最小化”的经营主题，遵循“定价为经营之本”的法则，让其各自制定各自的计划，并依靠全体成员的智慧和努力来完成目标，从而让一线的每一位员工都能成为主角，主动参与经营，进而实现“全员参与经营”：其秘诀是充分调动人的积极性、能动性、创造性，最大限度地激发释放人的无限潜能，创造单位时间核算的超限价值，实现真正意义上的“最大化和最小化”；其两大前提条件是：
1.企业经营者的人格魅力。经营者必须具备“追求全体员工物质和精神两方面幸福并为社会做贡献”的明确信念。领导人的公平无私是调动员工积极性的最大动力，也是实施“阿米巴经营”的首要条件。
2.哲学共有。各个“阿米巴”之间，每个“阿米巴”内部的每个成员，在为自己和自己的“阿米巴”的业绩考虑时，如果缺乏为别人、为别的“阿米巴”以及为企业整体着想的“利他之心”，“阿米巴经营”将难以推行。
换句话说，在实施“阿米巴经营”的管理手法时，需要协调利己和利他、协调部门利益和整体利益的辩证法，需要“作为人，何谓正确”这种高层次的哲学；其难点是：
1. 利他精神的培育，尤其是市场机制、价值规律的利己性动因与动机至善、私心了无、拼命工作、超限付出的利他性动因之间的调和。
2. 众多自主经营体负责人、领导者的选拔培养。一般体制的经营者是以少数精英为主体，大多数人按分工、按标准做对事即可。而阿米巴经营则需要全员面向价值源，并组成众多的自主经营体，是一个彻底的“倒金字塔”模式。在此过程中，必须进行全流程改造，能否成功取决于众多“阿米巴”自主经营体的负责人是否都懂管理、善经营，任何一个不胜任者都可能造成流程梗阻。甚至整个“金字塔”的坍塌。
3. 会计核算体系的建立建设。这是一个极其复杂的系统工程，建立过程需要大量深入细致、繁复精准的测量核算，还要不厌其烦地调试、调整。建设维护过程更需要艰苦艰难、坚定坚强、持之以恒的意志。所以，稻盛先生无论是讲经营十二条，还是经营三法则，讲得最多的是与意志力有关的内容。
阿米巴经营核心要点包括：
定义：小单位核算
思路：收入—费用＝附加值
本质：经营心法，心性修炼
基础：高层次的哲学（共有价值观）
灵魂：全员参与，自主经营
心脏：单位时间核算
宗旨：循环改善，日益精进
目标：全体员工物质与精神双丰收
关键：充分享受游戏的乐趣
诚然，做企业不是做学术，做企业得循序渐进，切忌一步到位；讲究活学活用实用主义，避免照本宣科教条主义；不追求完整完美，追求匹配适合，哪怕是变革，也需如此。
如果你的企业做到下面一点，你的“阿米巴经营” 就是成功的。
1.管理机制－－构筑强健的企业体质。
2.员工的管理与参与能力－－改善活动自主化
3.经营数据－－目标进度管理日常化。
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