1 宇宙中正反物质不对称和暗能量
2 宇宙深处的γ射线暴
3 天体物理吸积盘中的反常黏滞
4 天体巨耀斑与引力磁发电机
5 量子引力的探针：黑洞物理
6 极高能宇宙线
7 “冷聚变”争论及其现象与机制的解释
8 夸克物质与奇异星
9 宇宙中的生命
10 日地系统扰动预测
11 磁大气中的天气过程
12 太阳活动如何影响天气气候变化
13 软物质
14 量子力学测量问题与量子信息
15 关于量子信息的若干思考
16 爱因斯坦的相对论与超光速运动
17 时间的开始与终结
18 超旋理论：量子理论和广义相对论的统一
19 电容层析成像的机制和线性逆过程
20 温室气体控制一体化原理
21 多波段有机分子激光限幅
22 极端条件下的固体润滑机制
23 高放废物的安全处置
24 Z箍缩与多级能量放大核聚变
25 自旋电子学
26 孤立系统中的自组织与熵增疑难
27 复杂系统分形（自相似）结构与功能及行为
28 陶瓷材料的脆性
29 广义本构关系与智能新材料和智能结构
30 核素氘氚律
31 分子机器
32 Si基材料中实现受激光发射
33 关于材料中原子相互作用势的反问题
34 纳米颗粒的毒性问题
35 分子马达
36 地磁场高斯分析中的唯一性问题
37 建立“地球系统模拟实验室”
38 二氧化碳利用与太阳能转存
39 大气湍流
40 慢汁辐射——地球动力学的基本内因
41 喀斯特石漠化的成因与防治
42 地球内部物质与能量交换和动力学过程
43 寒武纪大暴发：从有关化石库旋升周期找解答
44 天灾成因与预测
45 地球表层微生物地球化学作用的认知
46 非生物成因天然气
47 能源动力系统与环境协调
48 地球表层大规模水平运动的起因
49 细胞进化论中的难题
50 后基因组时代基因产物的功能确认
51 真核细胞的起源进化如何叩开生物多样性大暴发之门
52 有第三遗传密码吗
53 什么决定着生物体的复杂功能
54 DNA的单分子力学及相关的生物信息学
55 肮病毒致病因子的本质与自由基化学过程
56 作为生命起源标识的分子手性起源
57 生物体的电磁场及其作用
58 生命科学中的若干问题
59 真核生物调控序列启动子的预测
60 中草药科学原理之谜
61 生物在成壤、成矿和元素迁移过程中的生物化学作用
62 对称性破缺和生物节律的起源及统一
63 全球化污染下的生物命运
64 陆生植物的起源
65 蛋白质序列、结构与功能的进化关系及其挑战
66 多视角探讨现代人类的起源和迁移
67 探索决策过程的脑机制
68 大脑压缩态与纠缠态
69 人类大脑信号处理机制
70 脑电图数据动力学：混沌和噪声
71 脑与意识
72 脑的微环路研究
73 大脑高级功能的时空整合
74 人性：自然与社会科学的交叉点
75 灰色的复杂和绿色的交叉
76 艾滋病的难题
77 信号传导——生命的表述语言
78 揭开意识的奥秘——兼谈认知相对论纲领
79 人工智能能否完全替代人类智能
80 大脑活动的动力学问题
81 网络时代的生命科学和生物信息技术
82 机器思维的探讨
83 图灵测试——机器是否有智能
84 诞生在电脑屏幕上的“人工生命”
85 Stewart平台的正运动学问题
86 混合计算
87 连续统假设
88 信息是什么
89 分子考古学
90 面对基因社会学
91 基因治疗的伦理思考
92 治疗性克隆中的伦理难题
93 扬弃悖论命题的方法和标准
94 不可通约性：科学进步与交叉科学悖论
95 历史动态演变的定量规律
96 社会物理学派在交叉科学领域中的学科意义与价值
97 科学与宗教的关系
98 哲理与数理的融合
99 自然科学四大基本问题的交叉与统一
100 自然科学三大理论体系的交叉与统一问题
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