文德元年（888年）三月六日，27岁的僖宗终于在颠沛流离之后离开了人世。唐懿宗李漼第七子，唐僖宗李儇之弟李晔（867年2月22日—904年）即位，是为唐昭宗。在昭宗即位的第一年，主要政治问题仍然是宦官控制朝政的问题，此时的宦官头目正是力排众议拥立昭宗即位的杨复恭。
杨复恭拥立昭宗成功，所得赏赐丰厚，加金吾上将军。此后，他利用手中的权力，上胁天子，下凌大臣，进行了一系列擅权朝政的阴谋活动。为了巩固自己的地位，扩大手中的权力，他不仅恃宠广收养子，广植党羽，而且安插亲信，让他的心腹义子担任节度使、刺史要职，杨守立为天威军使，杨守信为玉山军使，杨守贞为龙剑节度使，杨守忠为武定节度使，杨守厚为绵州刺史等等。这些人，被人们称之为“外宅郎君”。他还将所收养子六百人，派往各地担任监军，从而把地方军政大权控制在自己手中。
昭宗这个人从来没有像他哥哥僖宗依赖田令孜那样依赖杨复恭。表面上，昭宗一再对杨复恭表示尊敬。同时，却尽量回避与杨复恭等人的接触，政事都和宰相们商议。暗地里，昭宗经常与大臣们谈论限制宦官，提高君权的事情。昭宗的舅舅王瓌要求出任节度使，因杨复恭从中阻挠，王瓌没能当上节度使。后来，杨复恭担心王瓌同自己争权夺势，先是主动提出让王瓌出任黔南节度使，然后在他赴任的途中，派自己的亲信把王瓌所乘的船弄沉，王瓌一家及仆人全部淹死。不久，昭宗得知了王瓌的真正死因，对杨复恭痛恨非常。无论是个人恩怨，还是对权力的争夺，杨复恭都成为了昭宗的最大敌人，因此昭宗决心将其铲除。为了除掉杨复恭，昭宗对杨复恭的干儿子进行拉拢，挑拨双方的矛盾。杨复恭有个干儿子叫杨守立，本名叫胡弘立，官为天威军使，勇武过人，官兵都很怕他。昭宗采用离间的办法，使他们反目为仇，先是封杨守立为六军统领，并赐姓李，赐名顺节。不到一年，连续提升为天武都头、领镇海节度使，寻加同平章事。唐昭宗笼络住李顺节以后，对杨复恭便不再假以颜色了。
此后，杨复恭和昭宗的矛盾公开化了。杨复恭写信给他在各地的干儿子，让他们拥兵自立。他的干儿子龙剑节度使杨守贞和洋州节度使杨守忠，开始不向唐廷进贡，并且还上书攻击朝廷。对此，昭宗也毫不示弱，于大顺二年（891），夺了杨复恭的兵权，转而派他到凤翔去做监军。杨复恭针锋相对，留在长安拒不上任，同时，上奏要求回家养老，以此对昭宗进行要挟。昭宗趁机同意了他的请求，免去了他的官职，只给他留了一个上将军的空闲职位。杨复恭看到要挟不成，反而失了兵权，恼羞成怒，派人将宣布皇帝旨意的使臣杀死于归途中，然后自己逃到商山隐居。不久，他又回到长安昭化坊的官邸。其官邸距离玉山军营很近，他的干儿子杨守信是玉山军使，经常到他家中探望。杨复恭还给他的侄子兴元节度使杨守亮写信，说昭宗对不起自己，忘记了他的拥立之功，不仅不知恩图报，还对他百般刁难。他还指示杨守亮要“积粟练兵，不要进奉”，公开和昭宗抗衡。
此时，昭宗得知杨复恭同杨守信合谋造反。昭宗正在等待最有利的时机，他把以往搜集到的杨复恭的罪证连同谋反的消息一同公布，派李顺节等人带兵前去逮捕杨复恭。杨复恭令其家人抗拒官兵，杨守信也带兵前来助战，双方发生大战，从白天一直打到深夜。这时，守卫城门的禁军想趁乱打劫，昭宗对此早有准备，命令宰相刘崇望率领人马守护财物，防止有人抢劫。刘崇望看到禁军要抢劫，斥责道：“皇帝正在亲自督战，你们都是皇帝的宿卫之士，应当前去杀贼立功，而不是趁火打劫。”众军士都表示愿意听命，跟着刘崇望前去助战。杨复恭看到刘崇望带兵增援，自料难以继续对抗下去，于是带领全家出逃，直奔兴元。杨复恭到兴元后，纠集兵力，向朝廷开战，昭宗也借助各地节度使的力量与之对抗。经过一年多的战斗，杨复恭的军队被节度使李茂贞打败。最终，杨复恭在逃亡的途中被捉，当即被斩首。
杨复恭出逃后，李顺节也失去了利用价值，被昭宗纳入了铲除的名单之中。昭宗命令两军中尉铲除李顺节。两军中尉以昭宗的名义诏李顺节入宫，李顺节带三百士兵来到宫门，宫门侍卫拦住随行军士，只让李顺节一人进宫。李顺节一进宫，即被埋伏的士兵所杀。经过一系列斗争，昭宗初步掌握了权力，狠狠打击了多年以来宦官骄横跋扈的状况，使宦官势力多年来第一次遭受重创。但是在打击宦官势力的过程中，另一个令昭宗头痛的难题又出现了，这就是越来越庞大的藩镇势力。
昭宗时，藩镇势力已成尾大不掉之势。面对这种情况，昭宗认识到皇室微弱的主要原因是没有一支足够震慑诸侯的武装力量，所以藩镇才各自拥兵，目无天子。僖宗时，中央禁军已经被彻底摧毁。因此，昭宗即位后不久，便招兵买马，扩充禁军，得十万之众，“欲以武功胜天下。”在禁军初建后，昭宗便开始了对藩镇的斗争。
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