温病的伏邪理论是历代医家在治疗温热病的临床实践中，随着对疾病和人体体质认识的不断深入，逐渐发展起来的。
温病学说起源于《内经》，是后世医家在《伤寒论》的基础上发展起来的。《内经·生气通天论》中说：“冬伤于寒，春必病温”，《热论篇》说：“凡伤寒而成温者，先夏至日者为病温，后夏至日者为病暑”，这些是温病最早的记载。《难经·五十八难》所云“伤寒有五”之“湿温”、“热病”、“温病”皆属于温病的范围，《伤寒论》也有一些对温病的明确论述，但论述较少，治疗手段也较单纯，如《伤寒论》中说：“太阳病，发热而渴，不恶寒者为温病。若发汗已，身灼热者为风温。风温为病，脉阴阳俱浮，自汗出，身重，多眠睡，鼻息必鼾，语言难出。”治疗上也只有白虎承气阳明清下之法，而风温初起及热入心包等证均未论及。而且仲景也认识到温病治疗不当会出现许多坏病，如：“若发汗已，身灼热者为风温。”“若被下者，小便不利，直视失溲。若被火者，微发黄色，剧则如惊痫，时瘛疭，若火熏之，一逆尚引日，再逆促命期”。金元刘完素首倡“火热论”，提出外感“六气皆从火化论”、“伤寒六经传变皆是热症”的理论，立双解散、通圣散等解表清里之剂，主张用凉药治疗热病；至明代吴又可的《瘟疫论》已经认识到某些热病是传染病，首创“戾气学说”，提出“夫疫者，感天地之戾气也。戾气者，非风、非寒、非暑、非凉，亦非四时交错之气，乃天地间别有一种戾气。”其创制的“达原饮”至今仍被临床广泛应用；至清代，在叶天士、吴鞠通、王孟英等人的努力下，温病学说日臻成熟，逐渐形成了以“卫气营血”和“三焦”辩证的完整的理论体系。
温病学说中又有伏气与新感之说。
新感温病侧重于温病发生的外因——温邪的存在，和单纯温邪侵袭人体后的发病规律。而伏邪温病研究的是易于发生温病的内因——体内因素，其要点有二，一是易于发生温病的体质，二是所伏之邪。
新感温病首先肯定了温邪的存在及感而即发的特点，其发病规律是按照卫气营血和三焦的传遍顺序，一般初起较轻，由表及里，逐渐加重。而伏邪温病的发病特点是由于伏邪的存在，当感受温邪的侵袭后，热势往往由里及表或由里及里，一般初起即病情较重，初起即见气分热盛，甚至气血两燔，逆传心包之证。
伏邪学说源于《内经》。《素问·阴阳应象大论》中说：“冬伤于寒，春必病温”。晋·王叔和《伤寒序例》中据此立论：“冬令严寒杀厉之气，中而即病者为伤寒，不即病者，寒毒藏于肌肤，至春变为温病，至夏变为暑病，暑病者，热极重于温也”。首先提出了温病的伏邪学说。历代医家在各自的临床实践中各自提出自己的认识，使得伏邪学说不断丰富和发展。
伏邪具体是什么，王叔和说是伏寒；王肯堂提出伏暑；吴又可认为是戾气感染；何廉臣认为是伏火。也有人认为，邪是泛指各种邪气，包括六淫邪气及疫疠之气，体内各种病理产物如“瘀血、痰饮”等也属痰饮的范围。
邪伏的位置也有不同的说法：王叔和认为邪伏肌肤，吴又可认为邪伏膜原，柳宝诒则认为邪伏少阴，雷少逸认为劳力表虚者邪伏肌肤，肾精内亏者邪伏少阴，俞根初认为初证为湿热内蕴者发于募原，初证为郁热伤阴者发于少阴。
伏邪温病的发病有“伏邪自发”与“新感引动伏邪”之说。
以上诸说都是历代医家根据自己的临床实践提出的，但由于时代不同，地域不同，流行的病种不同，人群的体质不同，研究的角度不同所得到的结论也就不同，众说纷坛，莫衷一是，这是可以理解的。研究伏邪的意义在于指导今天的临床，不必拘泥前人之说。先父孔伯华在前人研究的基础上，结合自己的临床实践，提出了自己的观点，略述如下：
相对于新感学说，伏邪学说侧重的是研究人体易于感受温邪的体内因素。《内经·金匱真言论》中说：“夫精者，身之本也，故藏于精者，春不病温”。这说明之所以容易病温，是因为精不藏之故。精者，肾精也，阴精也，阴精之不藏，必生内热。清邵新甫说：“冬伤于寒，春必病温者，重在冬不藏精也。盖烦劳多欲之人，阴精久耗，入春则里气大泄，木火内燃，阳强无制，燎原之势，直从里发”。先父在临床实践中也证实，今人的体质确如朱丹溪所说“阳常有余，阴常不足”，常因热火相加之体而生热火相加之病，由此可见，阴虚内热是伏邪温病的体质因素。先父在临床中还发现兼有湿热的患者也极多，于是阴虚火热之体或再兼加湿邪，就形成了一种“郁热伏气”，一遇温邪，则易引发伏气温病，故先父在其《论外感温热病因》中提出：“夫外感温热病者，必先赖于体内之郁热伏气而后感之于天地疠气淫邪而成，……是以内因之郁热伏气乃外感温热病发病之本也。”对于伏邪温病的发病及治疗，先父又说：“盖因郁热伏气轻者，则温邪上受，首先犯肺，此时病邪在表，投以辛凉解表之轻剂即可迎刃而解。若郁热伏邪气盛，或初感解之未当，及误治误补使邪内陷者，即可逆传心包，此时病已入里，投以辛凉驱邪之重剂即可效如桴鼓。若邪为湿固，热深厥深者，临证中反见阴象，此热极似寒之假寒也，倘辩证不清，误用热药，必使立毙，然则只设凉化寒凝之品，不惟温热不得解，反使邪愈加闭固，轻则废，重则不治，此时必施以辛凉清热，渗化湿邪之法，佐芳香辛散之味，以攘开其湿邪外围，不使湿热相搏而直捣其巢穴，则固邪易解，热退厥除，病可瘥也。”由此可见，先父的伏邪温病说是先有郁热伏气，后有温引发的“新感引动伏邪”说。而他所说的“郁热伏气”即是阴虚内热或兼有湿热。温病发病之轻重主要原因是此郁热伏气之轻重。
基于以上伏邪温病的认识，先父在治疗上亦极具特点，疗效卓著，试略述其治疗要点。对于伏邪轻者，发病亦轻，清疏肺卫之桑菊、银翘加减足矣。若伏邪重者，发病亦重，常热自里发，由里出表，甚至由里入里，初起即见气分之病，甚至牵营动血，若挟湿不重，以内热为主者，往往一开始即重用清里达表之剂，在发病初期即投生石膏、黄芩、栀子、川连、胆草、莲子心、生知柏、紫雪丹等重剂清涤里热方药，配合桑菊饮、银翘散、甘露消毒丹等轻清宣泄，清里透表同施，其热易退；清热同时不忘护阴，故常配伍鲜生地、鲜石斛护卫肾阴胃液；发颐、大头瘟、咽喉肿痛者，必用六神丸或梅花点舌丹以消肿解毒止痛；一见壮热神昏，即投安宫牛黄丸或局方至宝丹以清心开窍，涤热透邪，谨防热极动风，劫阴耗液而致痉厥闭脱之变。若湿邪偏盛者，则必在辛凉清热的同时兼用滑石、通草等以淡渗；藿香、佩兰、荷叶等以芳透，无汗恶寒身痛者，可略佐苏合香丸以辛通芳开，使热随湿解，以免凉遏之弊。先父治疗温病可谓有胆有识，积累了丰富的经验。在早年曾与同行运用中医温病学说治疗鼠疫霍乱等皆性传染病，取得良好效果，活人甚众。
这种阴虚湿热的伏邪，不仅是引发温热的的重要原因，也是内伤杂病的重要原因，许多疾病是在这个基础上产生的，尤其在当今社会尤为明显。余在数十年临床中，深刻体会到今人体质阴虚者多，其中尤以肝肾阴虚者为多见，肾为先天之本，肾阴一虚，诸阴皆虚。阴虚则相火内动，则为肝热；今人生活水平提高，嗜食膏粱厚味而易生湿热，因而相当部分病人的体质都是阴虚肝热脾湿之体，所生之病是阴虚肝热脾湿之病，故对这些病人立一滋潜渗化和调方（见前），滋阴凉肝与清利湿热同施，随症加减，广泛应用于各种内科疾病，取得良好效果。
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