首先要更正问题的两个bug：
牛顿拥有超过30本的圣经。他坚信上帝的存在，相信圣经里提到的这个世界有结束的一天，即基督耶稣要来审判的时候。但是圣经没有说明具体的日期，于是牛顿将圣经作为研究领域的一部分，对但以理书与启示录进行反复的计算，在耶路撒冷图书馆遗留的一份牛顿手稿中，人们发现他甚至根据圣经计算出了世界末日的大限：2060年。
作为天才，牛顿发明了数学的新分支—微积分；揭示了光的组成原理，宇宙的三大运动定理，但这些都在他三十岁之前，只占他人生的很少一部分。牛顿大部分的人生里，准确地说有差不多二十年，只专心做一件事情：炼金。
在牛顿成为剑桥大学教授（非常年轻，也就是三十岁刚出点头）的那一年，他买了两个熔炉，一堆化学品，一堆奇怪的书——艾萨克.牛顿变成了一个炼金术士。牛顿对宗教一直很痴迷，反映在其将大部分时间投入到炼金术和占卜星中。在炼金期间他关于光的组成论文收到了另一位学者胡克的公开质疑，这对于敏感的牛顿来说实在难以忍受，他甚至宣布不再发表论文，取而代之在剑桥的实验室里与世隔绝，完全投身于炼金术中去
这样疯狂的实验持续了20年！不同于早期在物理和数学上的丰收，在炼金场上的牛顿可以说是一无所获——除了收获一副衰弱的神经。有段时间牛顿的神经甚至有点儿异常，他用颤抖的笔记写信给朋友，因为并没有发生的对牛顿的迫害（牛顿脑中的臆想）指责谩骂他们。
后来牛顿自己也觉得不能这样下去了，于是搬去伦敦并被委任为造币厂厂长，开始涉足金融业。这是一份高薪的工作，主要负责发行新货币和打击假币。在他任职期间，大约有二十几个造假币者被处决。牛顿成了国会议员，英国皇家学会会长，被封为爵士。他开始戴浮夸的假发、请人给自己绘制了十四幅画像，沉浸在自己这个伟人的角色中，直到84岁去世被葬于英国威斯敏斯特教堂（这里面葬着的一般都是国王级别的人物，牛顿是英国的国宝）。
所以，牛顿是一生信奉神学，只不过人生不同阶段侧重点不一样：年轻时期搞科研、中年时期开始炼金、老年时期搞金融，并不是老年时期才信的神学。
因为在那个时代，科学和神学本就一体啊。
西方的大学，如今天的耶鲁、牛津，正是源自中世纪的欧洲教会。
罗马帝国走向灭亡，也一并带走了希腊罗马时期的那种教育机构，中世纪的漫漫黑夜里，唯有教会点亮着小小的文明火光。
在十一十二世纪教会势力如日中天的时候，教育、法律、医疗、手工技术等等行业都无一例外被教会垄断。可以说除了贵族，能读能写能算的人都在教会里。如今的英语单词里，clerk一次就既有文书，又有教会的意思，可见当时将识字和教会融为一体，教会里的人都是“识字人”。
教会的迅猛发展，让麾下的修道院、大主教区学校和教区学校开得跟今天的麦当劳一样多。在那里，教士和僧侣进行读、写、算和教义基本知识的学习。他们一面汲取古典文化成果，形成了被称为“七艺”（语法、修辞、逻辑、算术、几何、音乐、天文）的课程；一面开展辩论与讨论，渐渐地形成了一些联盟或者说是协会系，这是大学的雏形。
离开了教会，国王甚至不能阻止自己的朝政：比如说，在拉丁文作为英格兰政府和公共事务中唯一官方语言，而拉丁文的学习和教育又被教会垄断的情况下，所有的政府、教师、会计、律师、医生这些维持社会运转的精英阶层全由教会的人担当，国王的智囊团也都出自教会的培养。
接着富人信徒们觉得教会的精神文明建设搞得很好，就与教会一起兴建起学校，把自己的孩子送了进去，跟着僧侣修士们学习。于是就有了1150年的巴黎大学、1167年的牛津大学、1209年的剑桥大学等等等等。
不光是大学，你看今天的西方医学、建筑、法律、甚至音乐，绘画，那一项不是从教会中萌芽，为宗教服务而发展起来的。
所以对于牛顿的时代，神学与科学并不是渭泾分明甚至对立，而是科学从神学中萌发出来，就像我们今天说“哲学”是各种学科之母一样；当时的神学也是科学他妈妈。
所以，科学家牛顿信奉神学简直再合理不过，用神学来探索和解释科学也是时代里的必然路径：比如说：不同于其他炼金师为了追求不劳而获的黄金，牛顿炼金的原因在于：他认为宇宙的秘密先人早已得知，物质的秘密就隐藏在早期的神话里，于是牛顿用希腊神话的故事来做炼金配方。在牛顿的炼金术中，维纳斯、战神和火神意味着铜、铁与火。虽然看上去风马牛不相及，但作为最早的化学实验，牛顿其实是在试图弄清楚物质的基本结构。
最后要说，在那样一个时代能出现牛顿这种天才真是“人类群星闪耀时的一霎那”，牛顿宇宙论已经巍然屹立了200多年，这是一个宏大的架构。正是在这一架构之内，发生了欧洲的启蒙运动、工业革命，以及作为19世纪典型特征的人类知识，自由和繁荣的巨大扩张。它构成了18世纪启蒙运动的框架，甚至可以说促成了现代民族民族主义和革命政治的产生。
蠢材常见而天才不常有，且爱且珍惜！
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