南明的首位皇帝是朱由崧，其是万历帝朱翊钧之孙，福王朱常洵之子。李自成克洛阳后，朱由崧缒城而逃，辗转避难于淮安。1644年三月十九日，崇祯帝自缢于煤山，五月十五日，朱由崧在南京武英殿即帝位，改元弘光，定策拥立者为凤阳总督马士英和江北四镇总兵高杰、黄得功等。但朱由崧继承了其父的心宽体胖，却没有继承其祖的雄才武略，弘光朝刚刚建立便露败亡之相。内部，掌握实权的马士英、阮大铖只知官场倾轧，致使镇守武昌的左良玉以“清君侧”为名率军东下；外部，拥兵将领纷纷观望自保，致使坚决抗战的史可法孤掌难鸣，在扬州誓死抵抗七日后，终因寡不敌众而英勇就义。1645年五月初八，清军自瓜州渡长江，十六日入南京，朱由崧逃至芜湖时被俘，弘光朝历时一载而亡。随后朱聿键在福建开创的隆武政权走向前台。
朱聿键是朱元璋第23子唐王朱桱的八世孙，按族谱是崇祯皇帝的爷爷辈。崇祯自缢时，朱聿键正被圈禁在凤阳的皇室监狱，罪名是公然违背“藩王不掌兵”的国制，率兵北上勤王。南京弘光政权建立后获释，然在南下广西平乐府就藩的途中听闻南京陷落，遂避居浙江等地。1645年闰六月二十七日，在南安伯郑芝龙、礼部尚书黄道周的拥戴下，朱聿键在福州称帝，改元隆武。隆武帝锐意进取，颇有中兴之主的气概，招纳大顺军李过、郝摇旗所部联合抗清，针对剃发民众遭杀害一事，曾严厉制止：“兵行所至，不可妄杀。有发为顺民，无发为难民”。
但胸怀大志的隆武帝却受制于嚣张跋扈的郑氏集团，郑芝龙是横行在江浙沿海地区亦盗亦商的军阀头子。1646年，大清征南将军博洛率军自浙江衢州、江西上饶分两路夹攻福建，因已决意降清，故平国公郑芝龙“撤守仙霞关，施福等还安平”，施福是郑芝龙的精锐家将，驻扎在自江西进入福建的咽喉要道分水关。关隘尽失，清军如入无人之境，隆武帝出奔汀州，八月二十八日被俘，后绝食而亡（亦有记载是被戕害在汀州的府堂）。朱聿键在南明诸帝中，虽是以远藩子孙承继大统的，但最具帝王象，可惜的是常遭掣肘，最终大志难成，含恨而终。
隆武帝死后，其亲弟朱聿鐭yù在广州被大学士苏观生和广东布政使顾元镜等拥立为帝，年号邵武，时间是十一月初五。而十一月十八日，监国朱由榔在原两广总督丁魁楚的支持下，于广东肇庆称帝，改元永历。就这样，在两广地区出现了两帝并立的局面。十一月二十九日，南明内战爆发，结果邵武军大获全胜，全歼了永历政权兵部右侍郎林佳鼎所率领的数万士卒，捷报传来，广州城张灯结彩粉饰太平。但危险已骤然降临，清军李成栋所部趁邵武军布置在肇庆一线的良机，以乔装混入的方式出其不意的占领广州，首辅苏观生和朱聿鐭均自缢殉国。邵武政权仅存活了一月有余，朱由榔成为了南明唯一的皇帝。
永历帝朱由榔是万历帝朱翊钧之孙，桂王朱常瀛之子，其联合李定国、孙可望等大西军余部共同抗清。李定国堪称南明脊梁，永历六年（1652）率八万精兵东出，先在广西桂林迫使大清定南王孔有德自杀，后在湖南衡州斩杀清廷的敬谨亲王尼堪。尼勘是努尔哈赤长子褚英的第三子，其统率十五万精兵南下救援时，顺治帝亲赐御服、佩刀和鞍马，并送至南苑。李定国连战连捷，收复湘桂两省，且两厥名王，天下震动，极大提振了南明军民的抗清斗志，更被黄宗羲称赞为是万历戊午年以来全盛天下所不能有。
但后来孙可望以武力挟持永历朝廷而导致内讧，永历十年（1656）李定国将朱由榔自贵州安隆所迁至云南昆明，孙可望于怨愤中发动内战，失败后降清，尽数供出西南军事情报。尽知虚实的清军遂发兵三路直指云贵，李定国全军设伏磨盘山，因光禄寺少卿卢桂生临阵投敌而未能全歼已进入伏击区的吴三桂所部，虽然也取得了击毙固山额真祖泽润（祖大寿长子）和辅国公扎喀纳（舒尔哈齐之孙）的战果，但南明军的最后精锐亦被消耗殆尽。康熙元年（1662），吴三桂入缅索获朱由榔，绞杀于昆明，南明永历政权宣告终结。
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