十二经脉从四肢末端至肘或膝方向各有井、荥、输、经、合五个特定穴，总称“五腧”。这是以水流的大小来形容各经脉气由小到大、由浅入深的特点。“所出为井，所溜不荥，所注为输，所行为经，所入为合，二十七气所行，皆在五输也。”（《灵枢·九针十二原》）意指经气自四肢末端向上作用于头面躯干，象水流一样由小到大，由浅入深，经气初出，如水的源头，所以称“井”，多位于四肢爪甲之侧。经气稍盛，如水成微流，所以称“荥”，多位于指（趾）掌（跖）部。经气渐盛，如较大水流灌注，所以称“输”，多位于腕（踝）关节附近。经气充盛，象水流之长行，所以称“经”，多位于腕（踝）或臂（胫）部。经气统盛深入处，宛如水流汇合，所以称“合”，多位于肘（膝）部附近。
阴经五腧穴表
阳经五腧穴表
为方便记忆，古人将上述五腧穴内容编成歌诀记忆如下：
少商鱼际与太渊，经渠尺泽肺相连，
商阳二三间合谷，阳溪曲池大肠牵。
隐白大都太白脾，商丘阴陵泉要知，
厉兑内庭陷谷胃，冲阳解溪三里随。
少冲少府属于心，神门灵道少海寻，
少泽前谷后溪腕，阳谷小海小肠经。
涌泉然谷与太溪，复溜阴谷肾所宜，
至阴通谷束京骨，昆仑委中膀胱知。
中冲劳宫心包络，大陵间使传曲泽，
关冲液门中渚焦，阳池支沟天井索。
大敦行间太冲看，中封曲泉属于肝，
窍阴侠溪临泣胆，丘墟阳辅阳陵泉
五腧穴主治病症各有特点：井穴开窍醒神，可用于神识昏迷、心下烦闷；荧穴清泄邪火，可用于热病；输穴可用于发作性病症、关节痛；经穴可用于喘咳和咽喉病症；合穴可用于肠胃等六腑病症。这就是《灵枢·顺气一日分为四时》所说：“病在藏者，取之井；病变于色者，取之荥；病时间时甚者，取之输，病变于音者，取之经；经满而血者，病在胃，及以饮食不节得病者，取之于合。”以及《难经·六十八难》所作的补充解释：“井主心下满，荥主身热，输主体重节痛，经主喘咳、寒热，合主逆气而泄。”《灵枢·邪气藏府病形》归纳为：“荥输治外经，合治内府。”意指各经的荥穴和输穴主治外行经脉所过处的病症，合穴治六腑症。《难经》还将五腧穴配合五行，并在此基础上提出了“补母泻子”法。
井穴又是十二经脉的“根”穴，因其位于四肢末端便于临床诊察施治。针刺、按压或脉冲电刺激井穴常可出现经络现象；疾病时左右两侧井穴温差显著，可用测温仪测定人体两侧井穴的温差来检查经络平衡状态，为脏腑经络辨证提供参考。
合穴是五腧穴的最后一穴，位于肘、膝关节附近。六腑中的大肠、小肠、三焦，在足三阳经上又有一合穴，称下合穴。《灵枢·邪气藏府病形》说：“荥，输治外经，合治内府”。这是指六腑下合穴而言。足三阳经上的六腑合穴，总称“六腑之合”，即“胃合于（足）三里，大肠合入于巨虚上廉（上巨虚），小肠合入于巨虚下廉（下巨虚），三焦合入于委阳，膀胱合入于委中央，胆合入于阳陵泉。”这是因为“大肠、小肠皆属于胃”，故其合穴同在足阳明胃经上；三焦水道，出于膀胱，故其合穴在足太阳膀胱经上；六腑下合穴是“阳脉之别入于内，属于府者”，临床上治疗“腑症”有显著作用。其他荥、输等穴则以治疗各经的外部病症（外经病）为主。
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