元朝灭亡后，蒙古人又退回了蒙古草原过起了游牧生活，明末清初，游牧在北方的蒙古族，在地域上又被分为漠南的科尔沁蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西的厄鲁特蒙古这三大部。
1616年努尔哈赤统一女真各部建立起后金政权之后，就将蒙古各部作为下一步目标。
清太宗皇太极继位当年，就以蒙古各部“杀掠，私通于明”的借口，对蒙古各部进行军事征服，并最终将蒙古各部统一之后纳入了清王朝的版图之中。
终清朝一朝，也一直用“联姻”等方式，保持着和蒙古各部的良好关系，统一蒙古，对清朝的发展有多重要，才让清朝各代都这么重视它？
努尔哈赤带领的建州女真在女真各部中崭露头角时，引起了周围部落的恐慌，遭到了以叶赫部为首的九部联军的攻击，蒙古的科尔沁部当时实力虽然相对较弱，但还是参加了对建州女真的打击。
即使后金政权建立，蒙古各部也没有把他们放在眼里，蒙古诸部共主，察哈尔蒙古的林丹汗就曾以蔑视的胃口，称努尔哈赤为“水滨三万人英主”，根本比不上有四十万众的自己。
林丹汗既以“共主”自居，对蒙古各部也多有欺凌之举，而后金为了扩大自己的势力，对蒙古各部表现出了比较友善的态度，仅用了十年左右的时间，便“绥服”了漠南蒙古。
最先向后金靠拢的，就是漠南蒙古的科尔沁部。
因为受到林丹汗察哈尔部的威胁，科尔沁蒙古从后金建立前一年，也就是公元1615年开始，就遣使向努尔哈赤纳贡。
纳贡的同时，科尔沁部还将本族之女嫁给努尔哈赤家族，皇太极的大福晋哲哲，就是科尔沁贝勒莽古斯的女儿，而莽古斯的孙女布木布泰，就是在入关后，对满清有重要影响的孝庄文皇后。
有了姻亲的关系，1626年林丹汗和漠南的喀尔喀蒙古攻略科尔沁蒙古奥巴部时，努尔哈赤就立即派兵为科尔沁解围。
解围之后，努尔哈赤还将自幼在宫中抚养的一位侄孙女许嫁给科尔沁部，并赐奥巴为土谢图汗，从此科尔沁蒙古彻底倒向后金。
有了科尔沁蒙古的支持，皇太极在即位当年，就以“败盟杀掠，私通于明”的借口，征讨喀尔喀、和扎鲁特两部，以武力迫使两部归附。
此时林丹汗仍不改变做法，依然举兵劫掠扎鲁特和巴林蒙古，致使越来越多的蒙古部落投奔后金而去。
1627年9月，皇太极将投奔后金的扎鲁特、科尔沁和喀喇沁各部集合在一起，和他们共同出兵征讨林丹汗的察哈尔蒙古。
1633年，皇太极再次征召依附后金的蒙古诸部征讨察哈尔蒙古，这一次联军大获全胜，一举将林丹汗赶到了青海。
两年之后，后金再度出兵，彻底收复了察哈尔蒙古的残余势力，林丹汗的福晋子女向后金投降，并向皇太极献上了元朝的传国玉玺。
拿到这个象征着蒙古最高权力的“制诰之宝”后，也让后金蒙古各部的关系，从之前的同盟关系变成了主属关系。
蒙古各部族从此奉后金首领皇太极为汗，蒙古诸部也成为后金政权和以后的清王朝的从属性藩部，后金正式开始了对蒙古诸部在政治上的控制。
早在1633年，皇太极就派遣通蒙古语的官员前往蒙古各部落，向他们宣讲后金的法令，成为蒙古诸部的“汗”之后，皇太极也开始行使中央管控权，为蒙古各部划分领地。
1636年，皇太极又派大学时希福等人按照满洲的制度，对蒙古各部进行“查户口、编牛录”，将漠南蒙古各部组编为藩部蒙古扎萨克旗，正式将漠南蒙古纳入清王朝的体系中，使之成为清朝的一个藩部。
至此，皇太极不仅统一了蒙古各部，还建立起了满蒙之间的从属关系，将之前的劲敌变成了盟友，这对后金—满清政权的稳定和发展，有至关重要的作用。
清军入关之后，已经成为清朝藩部的漠南蒙古，在清朝统一中原、稳定政权的过程中，发挥了巨大的作用。
作为重要协同作战的部队，蒙古的科尔沁、巴林、喀喇沁和扎鲁特等部，均派出本部兵马随同清军入关作战。
1645年，大将军多铎平定江南消灭南明福王政权时，漠南蒙古就派出了二十七旗的骑兵相随，领兵的大小头目就有将近两百人。
康熙朝平定三藩之乱时，就曾四次征调漠南蒙古骑兵共计一万五千多人，让他们分赴浙江、福建和陕西各处协同清军作战，蒙古王公们还捐出战马七千匹。
除了协同作战，清朝在内部平叛和稳定边疆作战的时候，也多亏了漠南蒙古帮他们稳定后方。
清军主力在与南明交锋时，和满清有姻亲关系的科尔沁蒙古腾及斯就在苏尼特部率部叛逃时，派出巴达礼和满珠习礼等人随清军征讨，仅用两三个月的事件，就帮清朝平定了叛乱。
清军入关之初，科尔沁部更是表示他们“从龙佐命，世为肺腑，与国休戚”。
康熙统治中期准噶尔部的噶尔丹起兵叛乱时，参与平叛的，就有漠南蒙古的科左中旗、科右中旗、土默特部和巴林部等。
康熙末年，准噶尔部的策妄阿拉布坦再次起兵反叛，清廷平叛时，参与其中的除了漠南蒙古诸部，还有漠北的喀尔克及漠西的阿拉善蒙古各部。
交战时，蒙古王公还有清廷的额驸们表现的非常积极，无不主动请战。
康熙帝第十三女的额驸、博尔济吉特氏郡王仓津在请战时就恳切地表示，自己“蒙圣主垂爱照为额驸，无以为报，今叛逆策妄阿拉布坦侵害图伯特殖民，我理当效力”。
清廷对于这些肯在战事中出力的蒙古王公和额驸们，也是不吝嘉奖，再加上康熙中期在“多伦会盟”时将蒙古贵族分封为和硕亲王、多罗郡王等满族爵位，也让蒙古贵族有了凭借军功擢升的希望，因此他们在参与战事时无不奋勇向前。
此后雍正和乾隆朝的准噶尔部平叛、乾隆朝的平定大小和卓之战中，蒙古骑兵都发挥了重要的作用。
雍正九年征讨噶尔丹时，清军因北路军统帅轻敌，致使清军几万人全军覆没，多亏漠北蒙古赛音诺颜部的额驸策凌率领万人劲旅重创准噶尔部主力，才扭转了清军的败局，使得双方罢战议和，策凌也在战后被封为“超勇”亲王。
直到清朝末年，蒙古铁骑不但在太平天国运动中为清朝立下许多战功，还在第二次鸦片战争中，在大沽口重创英法联军。
皇太极从即位之初就开始统一蒙古各部的谋略，在清末仍有遗泽，也难怪《清史稿》中说清太宗皇太极 “即位期年中外即归于一统，盖帝之贻谋远矣”。
皇太极统一蒙古各部，不仅使蒙古成为清朝稳定政权的一大助力，对于蒙古来说，也有许多积极意义。
其中第一个，就是结束了蒙古各部之间分裂、互相攻掠的征战状态，让蒙古成为清王朝的屏藩。
元代以后，蒙古各部一直是以各部落单一的游牧经济和逐水草而居的自然状态，没有统一的政治制度，过着各自为政的生活。
皇太极不仅将蒙古各部纳入清朝的版图，还赦谕蒙古各部“悉遵我朝制度”，设立蒙古二十四部和四十九旗，在这里建立了一整套的盟旗制度。
制度的建立，不仅把原来分散的蒙古各部统一到一起，还结束了他们之间的纷争，蒙古族人民此后虽然因此处于封建主的压迫之下，但是也有了和其他民族在社会经济和文化方面的交流，在长远方面有利于蒙古族自身的发展。
皇太极统一蒙古各部后，通过“世缔国姻”的和亲政策，与蒙古建立了“不侵不叛”的友好关系，之后又将蒙古各部纳入清政府的版图之中，不仅维护了国家的统一，在防御北部边疆的外敌方面也有重要的意义。
康熙在巡视蒙古时就表示秦始皇修筑的长城不过是“土石之功”，而皇太极将统一蒙古，建立“外藩蒙古”的举动，比长城更加牢固。
除了“平藩”的作用，皇太极在统一蒙古时所推行的一系列政策，对于开创清朝这个多民族国家政权的建立，还有对清代蒙古民族的发展，都有积极而又深远的影响。
如与科尔沁蒙古的互相婚娶的和亲政策，既是有清一代一直贯彻执行的制度，也让清朝多了很多忠于他们的蒙古额驸。
在后金设立六部时，皇太极也将蒙古的承政官制度，改为蒙古衙门，又设立理藩院署理外藩蒙古和回部等诸藩部落“以固邦瀚”。
随着清朝政权的巩固和发展，青海、西藏、新疆等少数民族地区，也被纳入清朝的藩部，归于理藩院的管辖，这些少数民资地区，就成了清朝统治内陆的“屏藩”。
之后的康熙、雍正两任帝王，都十分认可边境对内陆的“屏藩”作用，所以皇太极在统一蒙古中设立的“理藩院”，对于清代管理边疆事务和巩固清朝统一多民族政权，有极其重大的作用。
皇太极统一蒙古，不仅在政治上对清朝的发展有积极意义，也扩大了清朝的版图范围，奠定了中国的北部疆界，让沙俄的侵略成了不争的事实，这也是皇太极的功绩之一。
中国是一个多民族的统一的国家，从“统一”这个大概念来讲，皇太极对蒙古的统一，不仅让蒙古各部结束了多年分裂的局面，也促进了蒙古族和中原文化的融合。
意识形态的统一，是国家统一的关键所在，皇太极将蒙古各部统一在清王朝政权下，也让蒙古各部对中原文化、政权都有了向心力，认同清朝这个多民族的统一政权，为以后建立新中国这个统一的多民族国家也奠定了基础。
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