根据《企业年金试行办法》（劳动和社会保障部令第20号）规定，企业年金，即补充养老保险，也称职工的“第二养老金”，是指企业及其职工在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险制度，年金可由企业出资，也可以企业和职工按比例共同出资。费用可按月归集，也可半年或一年归集一次，职工个人缴费由企业代扣代缴。按照劳动和社会保障部的要求，在企业年金的费用上，企业缴纳的费用不得超过上年员工工资总额的1/12，企业和个人两者的总和不得超过1/6。但在补充养老保险的扣除比例上，根据《国务院关于完善城镇社会保障体系的试点方案》（国发〔2000〕42号）第二条第十项规定，试点地区实行企业年金制度的企业，企业缴费在工资总额4%以内的部分，可以从成本中列支。《财政部关于企业为职工购买保险有关财务处理问题的通知》（财企〔2003〕61号）第二条规定，非试点地区的企业，补充养老保险费从应付福利费中列支，但不得因此导致应付福利费发生赤字。《国家税务总局关于执行企业会计制度需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发〔2003〕45号）规定，企业为全体雇员按国务院或省级人民政府规定的比例或标准缴纳的补充养老保险可以在税前扣除。企业为全体雇员按国务院或省级人民政府规定的比例或标准补缴的基本或补充养老、医疗和失业保险，可在补缴当期直接扣除；金额较大的，主管税务机关可要求企业在不低于三年的期间内分期均匀扣除。
另外，对于在应付福利费中列支的补充养老保险，根据《国家税务总局关于修订企业所得税纳税申报表的通知》（国税发〔2006〕56号）规定，明确了列支在应付福利费中的符合税收规定标准的补充养老保险也作为纳税调减项目列示，可在税前扣除。
因此，企业按照国家规定比例缴纳的年金可以在税前扣除，税收与会计处理基本是一致的。但根据国家税务总局《关于企业发放补充养老保险金征收个人所得税问题的批复》（国税函〔1999〕615号）规定，对单位用工效挂钩结余工资等，以现金形式发放给在职职工及离退休人员，作为补充养老金的，对在职职工取得的该笔所得，应全额计入发放当月个人的工资、薪金收入，合并计征个人所得税。对离退休职工取得的该笔所得，应单独作为一个月的工资、薪金收入，按税法规定计征个人所得税。由于国家目前现行的养老保险体系中包括基本养老保险、个人商业养老保险和补充养老保险也即企业年金，除上述企业年金的扣除政策外，对基本养老保险，国家税务总局《企业所得税扣除办法》（国税发〔2000〕84号）第四十九条规定，纳税人为全体雇员按国家规定向税务机关、劳动社会保障部门或其指定机构缴纳的基本养老保险费，可以税前扣除，而对商业养老保险，国税发〔2000〕84号第五十条明确规定，纳税人为其投资者或雇员个人向商业保险机构投保的人寿保险或财产保险，以及在基本保障以外为雇员投保的补充保险，不得扣除。此外，《财政部、国家税务总局关于个人所得税有关问题的批复》（财税〔2005〕094号）还规定，关于单位为个人办理补充养老保险退保后个人所得税及企业所得税的处理问题。单位为职工个人购买商业性补充养老保险等，在办理投保手续时应作为个人所得税的“工资、薪金所得”项目，按税法规定缴纳个人所得税；因各种原因退保，个人未取得实际收入的，已缴纳的个人所得税应予以退回。
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