吐鲁番汗国（1365年-1570年），羽奴思汗于1365年所建，由察合台汗国分裂而来，统治区域为也密力火者、速檀阿力之后，即唐朝的西州、高昌，今新疆吐鲁番市。
察合台汗国于1365年再次分裂，不久后，西部汗国被帖木儿帝国取代。东部汗国在中国史籍以国都为名，先后称为别失八里（唐朝的庭州、北庭都护府，今新疆吉木萨尔）、亦力把里（歪思汗之后，即伊犁，今新疆伊宁市）、吐鲁番（也密力火者、速檀阿力之后，即唐朝的西州、高昌，今新疆吐鲁番市）。1570年吐鲁番汗国最后一任大汗马速与同是察合台系的叶尔羌汗国交战被俘，东察合台汗国正支汗统结束。
速檀阿力 （即羽奴思汗，汉文史籍又称阿力）
速檀阿黑麻 （羽奴思子，马哈木弟）（1487 － 1503）
速檀满速儿 （1501 － 1542）
沙汗 （1542 － 1565）
马速 （1565 － 1570）
羽奴思（Yunus Khan，1416年－1486年），1462年统治蒙兀儿斯坦，1472年起统治整个东察合台汗国。他是歪思汗次子，也先不花二世的兄弟。《明史》中称他为速檀阿力、哈只阿力。
歪思汗在1428年死后，两兄弟争位，有些埃米尔支持也先不花，羽奴思不敌，前往河中撒马尔罕帖木儿王朝兀鲁伯避难。帖木儿国王卜撒因后来欲远征伊拉克，加上也先不花二世不断侵袭突厥斯坦等城，因此召回在伊朗设拉子流亡的羽奴思，在1456年派兵支援他东征东察合台汗国，占领了一些土地，把东察合台汗国再一分为二。
1472年，也先不花二世之孙怯别二世被杀后，羽奴思统治整个东察合台汗国。他与卫拉特人作战。他为使蒙兀儿人成为真正的穆斯林，使蒙兀儿人定居在草原边的城市。但遭到蒙兀儿人强烈反对。在1472年，他以吐鲁番为基地东进，俘虏依附明朝的哈密忠顺王罕慎的女儿。他极力向东方传播突厥-波斯文化，称为帖木儿王朝文艺复兴。1481年以后，他不再逼迫蒙兀儿人定居城市，将权位传子速檀阿黑麻，在塔什干定居，在1486年卒于该城。他也曾出兵哈密。
他曾经在伊朗的法尔斯与阿塞拜疆生活，喜欢城市生活，曾在帖木儿传记《扎法尔纳马》作者歇里甫丁·阿里·雅兹迪手下受学十二年，人称羽奴思大师，印度蒙兀儿王朝的巴布尔是他的外孙(羽奴思的女儿忽都鲁·尼格尔·哈努姆嫁给卜撒因的王子乌玛尔沙赫米儿咱二世)。叶尔羌汗国历史家米尔咱·马黑麻·海答儿也是他的外孙。他还有一女儿嫁给哈萨克汗国的哈斯木汗。
阿黑麻（Ahmad Alaq，？－1504年），明代吐鲁番汗国第一任可汗，伊斯兰教尊号速檀（苏丹）。成化十四年（1478年），父亲速檀阿力死，阿黑麻即位。成化十八年（1482年），哈密脱离吐鲁番，重新依附明朝，弘治元年（1488年），阿黑麻再攻哈密，立陕巴为哈密王。弘治十七年（1504年），他死后，其子速檀满速儿继位。他兄长速檀马哈木被昔班尼杀害。
他因多次向瓦剌人进攻，瓦剌人畏之如虎，称他为阿剌扎，即嗜杀者。
满速儿（Mansur Khan，1483年－1545年），明代吐鲁番汗国第二任可汗，伊斯兰教尊号速檀（苏丹）。
弘治十七年（1504年），父亲速檀阿黑麻死，满速儿即位。次年，哈密王陕巴子拜牙，又背吐鲁番附明。正德九年（1514年），灭哈密，以回回人为首领，进而攻打明朝的肃州，之后，嘉靖三年（1524年），嘉靖七年（1528年），满速儿屡次侵犯肃州。明朝嘉靖帝被迫放弃嘉峪关以西土地。嘉靖二十四年（1545年），他死后，其子沙汗与其弟赛德建立的叶尔羌汗国相争，吐鲁番衰落。他也曾经在蒙兀儿斯坦统治吉尔吉斯人。
沙汗（Shah Khan，？－1565年），是吐鲁番汗国第三任可汗，伊斯兰教尊号速檀（苏丹）。速檀满速儿的儿子。其父死后，他继承汗位，已经不能控制叔叔赛德建立的叶尔羌汗国，当时，瓦剌人屡犯边境，沙汗长期与瓦剌作战。最终于1565年战死沙场。沙汗堂弟马速王子自立为汗。
马速，是吐鲁番汗国第四任可汗，伊斯兰教尊号速檀（苏丹）。速檀阿黑麻的孙子，沙汗堂弟。1565年，沙汗与瓦剌作战，战死沙场。马速王子自立为汗。1570年，叶尔羌汗国可汗阿不都克木（赛德之孙，马速堂侄），派弟弟四个弟弟琐非、马黑麻、阿布撒亦和忽来失率军东征，攻入吐鲁番，俘虏马速汗，吐鲁番汗国（东察合台汗国正支汗统）灭亡。（一说以叶尔羌汗国亡国的1680年为东察合台汗国灭亡时间）
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