乾隆十一年（1746年），大金川土司莎罗奔劫夺小金川土司泽旺﹐经清朝干预后释还。次年，莎罗奔又攻明正土司（今康定）等地，清朝派兵前往“弹压”﹐遭到莎罗奔的抵制。乾隆帝调张广泗任川陕总督，自小金川进兵大金川征伐莎罗奔。莎罗奔率众奋力反抗，清军屡失利。
十三年四月，乾隆帝又命讷亲督师前往增援。莎罗奔构筑碉卡，严密为备。张广泗与讷亲互不协力，莎罗奔乃大破清军。同年十二月﹐乾隆帝以贻误军机罪斩张广泗，讷亲亦赐死，改用傅恒为统帅。起用已废黜还籍的名将岳钟琪率军自党坝大破金川军。
因莎罗奔曾于康熙六十一年（1722年）从岳钟琪用兵于川西北羊峒（今南坪）藏族地区，雍正元年（1723年），岳钟琪又奏请授予莎罗奔“金川安抚司”印信，所以莎罗奔闻岳钟琪军攻入，遂在乾隆十四年正月降。乾隆帝为笼络人心，诏赦莎罗奔，事遂平。
乾隆三十六年，大金川土司索诺木（莎罗奔侄孙）与小金川土司僧格桑（泽旺子）再次发动反清斗争﹐乾隆帝命温福﹑桂林分别自汶川及打箭炉（今四川康定）攻小金川。索诺木派兵助僧格桑抗击清军。三十七年五月，桂林兵败被黜，乾隆帝以阿桂代桂林。十二月，清军攻占小金川美诺官寨，僧格桑奔大金川。
次年六月，小金川藏族反攻清军，收复美诺，清军死三千人，主帅温福战死。时乾隆帝在热河，闻报后，决定以阿桂为定西将军，加派健锐营﹑火器营兵两千﹑黑龙江及吉林兵两千入川增援。十月，复攻占美诺。清军第二次征伐金川以来，受到当地藏族人民的坚决反抗，深陷重围，屡遭失败。
乾隆帝恼羞成怒，命令阿桂等人在讨平小金川后，立即以全力征伐大金川。为抵抗清军的进犯，大金川增垒设险，严阵以待，其防守远较小金川为严密，坚持斗争长达两年，终以众寡不敌而失败。四十年七月，索诺木鸩杀僧格桑，献尸请降，不准。八月，清军攻破大金川勒乌围官寨。
次年正月，复攻破索诺木最后据守的堡寨噶尔崖，索诺木出降。清军第二次出兵大﹑小金川，历时五年，耗费白银七千万两，官兵死伤数以万计。事平后，清朝在大﹑小金川设立懋功﹑章谷﹑抚边﹑绥靖﹑崇化等五屯，驻军屯垦，以防再次发生反抗事件。
经过大小金川之役，此后清朝在这一地区废除土司制，改置州县。巩固和发展了西南地区自雍正以来“改土归流”的成果，加强了边疆和内陆的经济文化交流。
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