在清朝的历史中，前面提到过，蒙古人一直是备受满清青睐和信任。为什么这样呢？因为满族统治者认为蒙古与满洲一衣带水，风俗衣冠相同，有着共同的对手明朝。在曾经强大的明朝面前，他们就像是一对抱团取暖的难兄难弟。很有意思的是，虽然朝鲜人也是可以争取的对象，但自努尔哈赤时期起，满清自始至终也没有将朝鲜人真正视为如同蒙古人一般同生共死、同甘共苦的好兄弟。或许，这和朝鲜曾经对明朝数百年以来的赤胆忠心有关吧，满清心里一直记着这笔账。
八旗制度是努尔哈赤创建的，初期大部分成员为满洲人，又称满洲八旗。随着对蒙古的不断控制，将归附的蒙古人编入八旗满洲之内，并没有独立成旗。后来，鉴于蒙古人对于清政权稳固的重要性，皇太极将蒙古军分为左右二营，各营将领同为固山额真，从此蒙古军队便正式成为独立单位，自成一旗。再之后，天聪八年（1634年），皇太极又将蒙古军分成了两旗。天聪九年（1635年），随着察哈尔各部降众到来，皇太极正式将混编于满洲八旗的蒙古军分编为八旗。八旗蒙古自此正式成立，与八旗满洲并列为后金的主要武装力量。
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与蒙古八旗纯系军事组织不同的是，清朝还不断加强对归附蒙古各部的管理，一视同仁把清王朝的法律制度完全施行于蒙古各部。经过一系列的措施，漠南蒙古各部已经完全成为后金政权不可分割的一部分，极大地增强了后金的军事、政治和经济力量，同时也严重的削弱了明朝的防御力量，这也是清王朝在入关之前能够取胜明朝的一个关键因素。
在大清成就基业的军事、政治力量中，除了满洲八旗和蒙古八旗之外，还有一支极其重要的决定性的力量，一支决定清朝未来命运的力量。
前面提到过，努尔哈赤起兵反明初期，对辽东地区汉族人的烧杀抢掠极其野蛮和惨绝人寰，但是随着后金版图的不断扩大，满族人口相对较少的弊端不断显现，打仗的士兵、发展经济的劳动力，都得需要有大量的人口做基垫。因此屠城式的杀戮政策因为形势所需逐步进行了改变，特别是对于劝降归附的明朝士兵和汉族民众编入满洲八旗等相应的安置。像最初抚顺的李永芳，开原的金玉和，后金都仍然按照明军的旧制，原来的将领统辖其归附的各部，隶属满洲八旗。在拿下辽沈后，对于归附的汉人按丁分拨给满汉官员管辖。
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就事论事，虽然明军在于后金军对垒中经常吃败仗，但论其士兵的军人素养自然还属明军。无论努尔哈赤还是皇太极都深知这一点，于是在军队建设方面，一方面不断地加强学习明军的优点，另一方面直接将归附的明军按牛录分编到后金军中，协助满洲八旗兵守城或作战。在皇太极即位后，后金军两次在宁远、锦州被明军用西洋大炮大败，更使他深切感觉到利用汉人掌握这种先进武器很有必要。因此，将能够熟练掌握火炮、长枪的汉兵充实到长枪和火炮部队中，进一步增强了部队的战斗能力。
随着汉军数量的不断扩大，八旗满洲和八旗蒙古渐渐无法容纳，于是创建汉军八旗提上了日程。
天聪五年（1631年），明将孔有德、李九成在山东宣布起义叛明，在遭到明军的强力镇压后退守登州，决计突围投奔后金。天聪六年（1632年）十一月，孔有德、耿仲明携带家眷，率万余名士兵分乘数百只战船，撤出登州，投奔后金。
孔有德、耿仲明叛明有其内在原因。第一，孔有德、耿仲明均为辽东人，此前曾是毛文龙的部下，彼此交往很密切。毛文龙在皮岛被袁崇焕军令处斩后，孔、耿被山东登莱巡抚孙元化征用。第二，身处异地他乡寄人篱下的孔、耿与孙元化在用兵上产生矛盾，在被孙元化派往辽东增援时，在吴桥县遭遇大雪，没吃没喝军心混乱，士兵们便抢掠百姓财物，这时正好遇到孙元化派遣去塞外购买马匹的参将李九成，孔有德和他经过密议，确定叛明。
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孔、耿率领庞大的队伍投奔后金，对皇太极来说是一个巨大的鼓舞，可以说更加坚定了他实现宏伟目标的信心和决心，同时也增加了对汉军的信任和倚重。孔、耿归顺后，皇太极隆礼相待，按孔、耿叛明时的自封号，正式宣布封孔有德为都元帅，耿仲明为总兵，赐给敕印。同时为他们营建府第，保持他们军队的编制，旗下汉兵没有遭受满人歧视之感，这一措施得到了广大汉军的拥护。不久，孔、耿率军便协同八旗满洲攻克了旅顺城。
皇太极称皇帝后，将汉人组成的部队特许孔有德、耿仲明以及尚可喜三人独立分管，权力同八旗旗主的类同。天聪七年（1633年）七月，皇太极在汉军中抽调1580人，组成一骑汉军，令汉官马光远统领。这是正式建立汉军旗八旗之始，到皇太极去世的前一年，汉军八旗彻底完成建制，旗色、名称、官员设置一如八旗满洲之制，唯一不同的是，八旗汉军旗主皇帝可以随时撤换，八旗满洲旗主则是世袭。
总得来说，孔、耿、尚的叛明，令明牵制后金的辽东沿海防线土崩瓦解，给整个大明朝造成了严重的政治影响和心理影响。
汉军八旗的创建有力地增强了清朝的武装力量，加深了对汉族广大人民进一步控制，同时也是对汉族历史地位给予了某种肯定，一定程度上缓解了满、蒙、汉三族之间的矛盾，对于后来清朝夺取整个大明江山具有重要意义。
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