陆西星祖师是明代学术水平较高的内丹家，他对《参同契》、《悟真篇》、《阴符经》等内丹经典的注释，秉笔直言，较前人更为明晰。
他在内丹方面强调性命双修，讲天元兼及人元，下手功夫从筑基炼己、去欲见性入手。
一、澄神论
“吾子所言藏神之宅，则吾既得闻命矣。敢问藏神之旨。”
曰：藏神者，凝神也。凝神之要，莫先于澄神；澄神之要，莫先于遣欲。
《清净经》云；遣其欲而心自静，澄其心而神自清。《易》曰：圣人以此洗心，退藏于密。所谓洗心，即澄神之谓也。
周子曰：无欲故静。所谓无欲，即遣欲之尽也。夫人神好清，而心扰之；人心好静，而欲牵之。所谓心者有二焉。扰神之心，乃妄心也；好静之心，乃真心也。既有妄心，即惊其神，其神可得清乎？既惊其神，即着万物；既着万物，即生贪求；既生贪求，即是烦恼；烦恼妄想，忧苦身心，心可得而静乎？
故澄神之要，莫先于遣欲。能遣之者，内观其心，心无其心，知三心之不可得也。外观其形，形无其形，远观于物，物无其物，知四相之俱忘也，三者既悟，惟见于空，则人空矣。空无所空，所空既无，无无亦无，无无既无，湛然常寂，则法空矣。如是则根尘永静，六欲不生，而心静矣。心静则神自清，如水之无波，而万顷澄澈也。
虚靖天师《大道歌》云：欲得身中神不出，莫向灵台留一物。物在心中神不清，耗散真精损筋骨。遣欲澄神之说，百世以俟圣人，不易吾言矣！
二、养神论
“神既澄矣，又何以加焉”。
曰：养之。养之者，所以韬神之光使勿露也。神之为物也，愈澄则愈清，愈清则愈明。盖定能生慧，故灵光焕发，旁烛洞达，莫可盖藏。
《庄子》云：宁泰定者，发乎天光。若用之不已，则太露而反伤于本性。
《庄子》云：古之治道者，以智养恬。智生而以智为也，谓之以恬养知。《坐忘枢冀论》云：慧而不用，实智若愚；益资定慧，双美无极。
《道德经》云：敦兮其若朴，浑兮其若浊。又曰：众人昭昭，我独若愚。俗人察察，我独若闷。皆养神之要义也。
三、凝神论
“神既养矣，安所事凝耶？”
曰：凝神云者。无用用中之用，了命之学也。
《参同契》曰：经营养鄞鄂，凝神以成躯。且夫离宫修定，禅之宗也；水府求玄，丹之旨也。澄神要矣，凝神急焉。《翠虚吟》云：昔日逢师传口诀，只要凝神入气穴。所谓气穴，乃吾人之鄞鄂也。
予前所着《神室论》中，则既明且尽矣。虑夫学者徒知澄神，而不知凝神之处，则漫无归宿，而无以会夫归根复命之原，徒知养神而不知有凝神之方，则茫无下手，而不能侦夫造化消息之妙，故述所闻，复着此论。盖凝神者，入玄之要旨，丹家之第一义也。
所谓凝者，非块然不动之谓也。乃以神入于气穴之中，与之相守而不离也。老子曰：载营魄抱一，能无离乎夫气穴者，乃吾人胎元受气之初，所禀父母精气而成者，即吾人各具之太极也。其名不一，曰气海，曰关元，曰灵谷，曰下田，曰天根，曰命蒂，曰归根窍、复命关，即一处也。
方其处胎之时，呼吸之气，与母相通。及夫子母分胎，剪落脐带，则自安炉鼎，别立乾坤，而一呼—吸，常归于本穴之中。盖呼吸者，吾人立命之本也。一息之间，呼吸不至，则气绝而死矣。呼则气辟，阳之舒也；吸则气阖，阴之敛也。一呼一吸，名曰一息。诊家以之候气，良有旨也。
《庄子》曰：众人之息以喉，真人之息以踵。以踵者，谓深入于穴也。众人之息，非不以踵也，但神有不存，纵其出入焉，而不自觉，若以喉耳。真人则神依于息，而深入于本穴之中，绵绵若存，无少间断，故得专气致柔，抱—无离，虚极静笃，而能观其复也。
所谓依者，又非逐于息而依之也，有勿忘勿助之义焉。故神依于息则凝，神凝则气亦凝；神依于息则和，神和则气亦和，相须之道也。凝神之法，自调息始。调息者，依息之谓也。
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