1967年，以色列和周围阿拉伯国家的矛盾激化，在持续数月的军力威吓和外交骂战之后，以色列首开战端，并获得了决定性胜利。由于战争只持续了六天，第三次中东战争也被称为“六日战争”。这是20世纪军事史上最具有压倒性结局的战争之一，也是极具代表性的闪击战。
战争中，以色列军队约1000人阵亡，4500多人受伤，15人被俘。埃及军队阵亡和失踪人数在1万到1.5万人之间，4000多人被俘。约旦军队约700人阵亡，2500人受伤。叙利亚军队阵亡人数在1000到2500人之间，另有数百人被俘。
由于民族、宗教矛盾和地缘热点问题，1947年以来，以色列和周围阿拉伯国家两度爆发战争，分别称为第一次中东战争和第二次中东战争。1947年以来，阿拉伯国家均不承认以色列，双方矛盾也并未在两次战争中得到解决。
长期以来，埃及总统纳赛尔追求地区霸权，敌视西方国家和以色列。第二次中东战争之前，埃及曾封锁以色列向红海的出海口蒂朗海峡。第二次中东战争中，以色列恢复了这一海域的航线。1957年，以色列从西奈半岛地区撤军，但宣称如果埃及封锁蒂朗海峡，则等同向以色列宣战。
蒂朗海峡
1960年2月，“扫帚”事件，以色列和叙利亚的边境冲突激化，当时和叙利亚是同盟关系的埃及派兵前往埃以边界。这一事件并未导致大规模武装冲突，但却使得以色列和埃及产生了不同的军事政策：以色列将埃及在边境地区集结军队的行为等同于战争行为；埃及则认为在边境地区集结军队可以在不挑起战争的情况下迫使以色列就范。
1967年5月，纳赛尔依据苏联情报（以色列向叙利亚边境增兵，后被证明情报有误）向西奈半岛增兵，驱逐了加沙地带和西奈半岛的联合国军队，并重新封锁蒂朗海峡。
1948年以色列独立以来，联合国在以色列、约旦、叙利亚边界设置了数个非军事区。1955年，以色列和阿拉伯国家就约旦河水量分配配额达成一致，但相关条例并没有得到阿拉伯国家官方认可。1964年，为支持中南部缺水地区的用水需求，以色列增加了用水量，但仍在1955年所达成的限额之内。阿拉伯国家忌惮于以色列的经济增长，威胁减少以色列的供水配额。1966年叙利亚政变后，叙利亚军队在戈兰高地向以色列境内炮击，射击非军事区内的以色列民用设施。巴解组织也从叙利亚进入以色列进行袭击。11月，叙利亚和埃及签订共同防御条约。
在阿拉伯国家中，约旦和以色列的关系相对正常。但是，巴解组织多次在约旦越境袭击以色列军民，约旦国王侯赛因不愿触怒国内的巴勒斯坦人，因此对这一组织未加严厉干预。1966年11月11日，以色列巡逻队车辆被巴解组织埋设的地雷摧毁，3人死亡。13日，以军越境进入约旦，摧毁两个巴解组织占据的村庄，并和约旦军队交战。这一事件破坏了两国之间的信任。20日，侯赛因国王指责埃及和叙利亚“龟缩在联合国的保护之下”（而没有向以色列施压），这一言论可能是纳赛尔驱逐联合国军队的原因之一。1967年5月底，埃及和约旦签订共同防御条约。
约旦国王侯赛因
由于局势不断升级，以色列政府认为和埃及的军事冲突无法避免。1967年6月1日，以色列战时政府成立，并于4日决定同时对存在军事同盟关系的埃及、约旦、叙利亚进行先发制人的军事打击。
6月5日早上，以色列的大规模空袭几乎彻底摧毁了埃及空军，也对跑道等机场设施造成严重破坏，空袭的猛烈程度甚至使得埃及怀疑美英两国航空兵也参加了战斗。纳赛尔得知空袭结果后，决定将埃及军队撤出西奈半岛，但没有制定具体的撤退计划。同时，以色列军队越过国境线，向西奈半岛的北部和中部推进。
在6日和7日两天中，丧失制空权，而且没有撤退计划的埃及军队向西溃退，途中不断遭遇空袭，又被占据米特拉山口等重要位置的以色列军队截断后路，损失惨重。埃及士兵为了活命，抛弃武器和车辆向西徒步穿过沙漠，许多部队投降。由于战俘数量太多，以军也没有足够的物资和能力进行收容，只能引导埃及军队撤向苏伊士运河。纳赛尔命令部队在苏伊士运河西岸架起机枪，将试图游过运河的本国败兵射杀灭口，防止败绩传到国内，动摇自己的统治。逃过运河的埃及士兵则被长期关押在集中营里。7日中午，以色列夺回蒂朗海峡控制权。
8日，以色列彻底占领西奈半岛，并和埃及停火。当天，美国海军一艘电子侦听船在西奈半岛附近海域执行任务时遭到以色列战斗机和鱼雷艇袭击，34人死亡，171人受伤。按照以色列方面的说法，该船被误认为埃及商船而遭到袭击。以色列向死伤者家属和美国政府支付了赔偿。部分电子侦听船的幸存者称，以色列军队明知该船是美军船只却发动了攻击，并且扫射落水船员，可能是西奈半岛的以军通讯受到干扰，或者该船监听到以军对埃及战俘和平民的屠杀所致，至今没有定论。
6月5日中午，约旦军队猛烈炮击以色列境内目标，约旦空军和驻扎在约旦的伊拉克轰炸机也向以色列发动空袭。以色列通过外交途径转告约旦，如果约旦方面停止攻势，以色列方面不会主动进攻，但被侯赛因国王拒绝。随后，以色列空袭约旦的空军基地，摧毁了约旦皇家空军，并用弹道导弹严重破坏了约旦炮兵阵地，伊拉克西部的空军基地也遭到空袭。当晚，以色列地面部队开始包围耶路撒冷。
6日早上，侯赛因国王意识到战局无望，准备把军队全面撤出约旦河西岸地区。同日，联合国决议要求各方停火，侯赛因国王又试图中止撤退，但多个重要阵地在约旦军队撤出后已被以色列军队占领。
经过两天的激烈巷战，以色列军队控制了耶路撒冷，但为避免对圣地的破坏而未进入旧城。7日，达扬决定赶在停火决议生效前迅速进攻耶路撒冷旧城，为保护古迹，以色列没有动用装甲部队。由于埃及方面的坚持，约旦部队在当晚终于全部撤过约旦河，以色列占据了整个约旦河西岸地区。同日，以色列和约旦宣布接受联合国停火决议。
1967年 耶路撒冷老城 哭墙边的以色列士兵
6月5日晚上，以色列空军摧毁了叙利亚空军三分之二的兵力。由于戈兰高地地形易守难攻，以及进攻可能引发苏联干预，以色列没有贸然对叙利亚进行地面进攻。9日，由于埃及和约旦军队已被击溃，苏联干预的可能性也已经很低，以色列对叙利亚阵地进行了两个小时的空袭，随后投入地面部队。经过激烈战斗，当晚，叙利亚军队的外围防线已被突破。10日，为迫使联合国干预，大马士革电台宣布以色列军队已经占领库奈特拉（戈兰高地所在的叙利亚省份首府），导致戈兰高地的叙利亚军队失去斗志而溃退。在这条消息发布后数小时，库奈特拉才被以色列军队占领。当天下午，以色列宣布和叙利亚停火。
1967年6月9-10日 戈兰高地战役
第三次中东战争是相互敌视和信息不透明所激发的，是真正意义上的“恐惧的总和”。
长期以来，阿拉伯国家对以色列的威胁高于以色列对阿拉伯国家的威胁（阿拉伯国家的战略目标是消灭以色列，以色列的战略目标是生存而非消灭他国），因此以色列多采用攻击性的国防政治理念，先发制人地挫败阿拉伯国家的大规模军事进攻。阿拉伯国家炫耀武力的态度使得其缺乏系统进攻的计划，防御战略也乏善可陈。另外，埃及、叙利亚、约旦军队之间的协调，以及埃及军队内部的协调都非常不足。
战争中，以色列军队从埃及、约旦和叙利亚分别夺得了西奈半岛、加沙地带、约旦河西岸地区和戈兰高地，战略纵深的剧增在日后的战争中发挥了重要作用。战争极大地增强了以色列军民的信心和民族主义情绪，以色列经济迅猛发展，甚至生育率也增加了。阿拉伯国家则同时在军事和心理上遭到沉重打击，“完了，精神上完了”的纳赛尔在1970年死于心脏病。
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