这么好用的TCGA数据下载工具？！

2017-04-28 

页面很简洁，左边是癌症类型，右边选择样本类型，然后点检索

选择感兴趣的数据类型，即可进行下载

其中选择Clinical可以获取相应的临床信息，点击Clinical解析可以进行临床信息解析。

解析完了之后，结果如下

导入EXCEL中结果如下

如果是RNA-seq的数据，可以将ENSG_ID转换成Gene_symbol，合并文件功能则能将多个数据整合成数据矩阵。

下面就TCGA数据库下载下来的数据名称作一个简单的介绍，更多的信息可以到官网上查看（https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+barcode）。

上图红框中的数字是样本类型，其中01-10是癌组织，11-19是正常组织。

有的时候我们下载的数据是这样的

同样的，01是癌组织，11是正常组织，在做进一步表达谱分析的时候，按照这个编号进行分组。

最后，关于TCGA数据库，本宫说两句。TCGA数据库相对于其他公共数据库（NCBI GEO数据库、SRA数据库、EBI-ArrayExpress数据库等)有着明显的优势：1、TCGA数据库样本量大，基本每种癌症都超过100例样本，这使得统计学意义更加显著；2、组学丰富，TCGA数据库对每个样本都分别做了转录组（RNA-seq、基因芯片、小RNA-seq）、基因组（突变）、表观组（甲基化）的分析；3、数据质量高，背景误差小；4、临床信息完善。但TCGA也有它的缺点：疾病研究方向窄，只包括33种癌症的研究，并且有些数据没有公开。

网盘链接：http://pan.baidu.com/s/1sl34dC5 密码：s0m6