作者：（英）马丁·拉迪 / 读客文化 出品
腓特烈二世于1250年死后，德意志王国分裂于他的儿子康拉德四世和诸侯们选出的对立国王（英语：Anti-king）荷兰的威廉（英语：William II of Holland）手中。康拉德于1254年死后便是大空位时期（Interregnum），在这一时期没有一位国王能得到普遍的认可，而诸侯们就此得以巩固他们的基础，甚至变为更加独立的统治者。1257年威廉死后，归尔甫派（反霍亨施陶芬派）支持的康沃尔的理查（英语：Richard, 1st Earl of Cornwall）和卡斯提尔国王阿方索十世展开了皇位争夺，后者因拥有霍亨施陶芬家族的母系血脉而被吉伯林派（霍亨斯陶芬派）承认，但是从未踏上过德意志的土地。1273年理查死后，大空位时期以哈布斯堡的鲁道夫一世被一致承认而结束，他是一位未成年的前霍亨斯陶芬家族旁系成员。
对于当时的德意志贵族而言，哈布斯堡的鲁道夫可谓理想的傀儡：空有辉煌的家世（腓特烈二世的教子、霍亨施陶芬家族的母系血脉），却年老（即位时55岁）力弱（当时哈布斯堡家族只在上勃艮第（英语：Upper Burgundy）有零散的领地）。然而他们都低估这位伏枥老骥的雄才大略：1276年，鲁道夫一世以违反小特权为由，向擅自吞并巴本堡领地的波希米亚国王奥托卡二世宣战，最终在两年后于杜恩克鲁特战役（英语：Battle on the Marchfeld）击杀对手，成功将地域广大的奥地利变成哈布斯堡家族的世袭领土，从而一跃成为与波希米亚不分伯仲的德意志强藩。此后，帝国皇冠就几乎一直在波希米亚国王（主要出身卢森堡家族）和奥地利大公（哈布斯堡家族）手中流转，直到哈布斯堡家族出身的波希米亚与匈牙利国王斐迪南一世，从兄长皇帝兼奥地利大公卡尔五世手中接过帝国皇冠和奥地利大公国。兼任了奥地利大公和波希米亚国王的奥地利哈布斯堡家族及其分支哈布斯堡-洛林家族，则一直垄断皇位直至帝国覆亡。
然而这个时期即便是皇帝已经拥有（仅相对于单一诸侯的）强大实力和广大的世袭领地，面对一旦皇帝试图褫夺特权就合纵抗皇的诸侯联盟，神圣罗马帝国的集权化道路依旧是举步维艰：鲁道夫一世将奥地利纳入家族领地的行径遭到诸侯们的一致反感，以至于其驾崩之后，当选为罗马王的不是哈布斯堡的阿尔布雷希特，而是拿骚的阿道夫，而拿骚家族则因为同样的原因而被哈布斯堡家族重夺王冠；控制了波希米亚、上萨克森、勃兰登堡等广大领土的卡尔四世所能做到的，只是颁布金玺诏书，确认诸侯的特权，以防止对立皇帝的出现和内战的爆发；马克西米利安一世的帝国改革（英语：Imperial Reform）可谓走得最远，但也仅仅是通过帝国议会与封建军制的改革、帝国统治院（英语：Imperial Government）和帝国行政圈的设立，以产生一个由贵族所治，为贵族所服中央政府，而这个脆弱的中央政府在后来的宗教改革中被搅的支离破碎；至于世界霸主卡尔五世，这个因为西班牙和勃艮第文化背景而始终得不到德意志贵族拥戴的虔诚天主教徒，最终深陷宗教纷争的泥潭，黯然让位于胞弟费迪南一世。
13世纪同样见证土地管理方式向中世纪晚期过渡的整体性变化，以损失贵族封建制度为代价，为政治权力转移到冉冉升起的资产阶级手中做准备。金钱除用于支付人头税以外，开始更多地代表农业的经济价值。农民更多地开始被要求上交土地税。“所有权”的概念开始代替古代的管辖权模式，尽管它们仍然联系得很紧密。在帝国辖区，权力联系得更紧密：无论是谁拥有了土地的管辖权，其他的权力也就应运而生。然而很重要的一点是，这一时期的管辖权并不包括司法权，事实上后者直到世纪才真正出现。法庭审判很大程度上依赖于传统和惯例。
在这一时期，帝国所辖各区域开始转型为现代国家的前身。这一进程随着地域的不同区别很大，发展最快的地区很大程度上与古代日耳曼部落的区域重合。值得注意的是，这个时期帝国开始与德意志民族国家和日耳曼地域国家产生等价关系：腓特烈三世首次在国号上加上“德意志民族/日耳曼民族的”（德语：Deutscher Nation/拉丁语：Nationis Germanicæ）的修饰语，马克西米利安一世则在首次在礼仪头衔中加上“日耳曼尼亚国王”（拉丁语：Rex Germaniae），而传统上表达对日耳曼尼亚治权的头衔是责实不明的“罗马人民的国王”（拉丁语：Romanorum Rex）。
而因资本主义发展而富庶的北意大利城邦，如威尼斯、佛罗伦斯、比萨等等，持续地吸引着皇帝的注意和精力，使帝国对日耳曼与意大利其他地区的专注也减弱。
此外，帝国欠缺公认的王室继承法，因此一旦皇帝去世，往往造成各选帝侯继任皇帝的纷争，因而导致帝国的内战和陷入无政府状态。继位皇帝必须以武力战胜其他不支持的诸侯，或者必须想办法赢得多数诸侯的拥戴，才能维系皇帝的权威；在这种情况之下，神圣罗马帝国虽然有各成员国集结成一个核心“国家”之名，实际上却逐渐演变成为一个松散的“邦联组织”。
1618年6月26日，当时神圣罗马帝国境内有390个领地，如公国、侯国、教会领地、自由邦、自由城市、骑士领地等，而对哈布斯堡奥地利在帝国内部重振皇权政策的反感，以及因为宗教改革造成的占诸侯大多数的新教诸候对天主教皇帝的敌视，最终引发了三十年战争。三十年战争使得日耳曼的经济倒退了近200年，犹如回到了农奴制的封建时代；又因为《威斯特伐利亚和约》，神圣罗马帝国内的诸侯可享有自主权。这使得皇权进一步的被削弱，帝国境内的诸侯各自为政，他们的领地有如一个独立的王国。三十年战争后，神圣罗马帝国共有314个邦国和1475个骑士庄园领地[19]。到了18世纪，经历了波兰王位继承战争、奥地利王位继承战争和七年战争等等内战，整个帝国形成三百多个独立的大小邦国，神圣罗马皇帝甚至连德意志邦国的盟主都称不上，彻底成了徒有其名的傀儡，而世人对皇帝的印象，更多地是哈布斯堡家族的族长与奥地利的统治者，而非德意志的最高君主。而另一方面，汉诺威、萨克森、巴伐利亚等几个世俗选帝侯也逐渐成为欧洲政坛上不可或缺的要角，其中，由勃兰登堡选侯国发展而来的普鲁士王国更是跻身欧陆列强之列，与奥地利展开持久的德意志争霸战。
1789年，法国大革命爆发。神圣罗马皇帝利奥波德二世的妹夫，法王路易十六被推翻。而他妹妹，法国王后玛丽·安托瓦内特被法国共和政府处决，为防止“公平、自由、博爱”思潮的扩散，利奥波德二世极力联合欧洲各国君主，以武力保卫法国的君主制。
1792年利奥波德二世正式与普鲁士缔结同盟，准备以武力干涉法国。他却在这时暴毙，不过他的儿子，神圣罗马皇帝弗朗茨二世继续了他的政策，更于次年与普鲁士、萨丁尼亚、英国、荷兰和西班牙组成第一次反法同盟。但这个联盟在1797年，因联军被拿破仑所率领的法国意大利方面军打败，被迫议和而土崩瓦解。
1799年，欧洲列强趁法军猛将拿破仑的军队被困埃及的契机，再次发起反法战争。这次帝国联同英国、土耳其、俄罗斯组成了第二次反法同盟。但同年底拿破仑只身返国，发动雾月政变并取得法国军政大权，成为法国第一执政。此后拿破仑亲自指挥意大利方面军，回头对付反法各国，于1800年打败联军，帝国不得不与拿破仑议和，解散反法同盟。而拿破仑在政变结束后三周发表的公告中，宣布“大革命已经结束”，令欧洲列强稍微安心，再加上他们的实力受损，因而暂时放弃反法的行动。但拿破仑的野心令欧洲在几年后再起干戈。
1804年5月18日，拿破仑称帝。神圣罗马皇帝弗朗茨二世见到法国大革命和拿破仑的崛起加剧了德国诸城邦的分化，担心法国再次扩张，与神圣罗马帝国抗衡。因此，他决定纠合英国，俄国，瑞典和那不勒斯王国，组成第三次反法同盟。
1805年，帝国在俄军支援下入侵法帝国盟国巴伐利亚。而那不勒斯则和帝国军一道进攻拿破仑在意大利的盟国。不过拿破仑迅速做出反应，自本土挥军渡过莱茵河。
12月2日，法、俄、神圣罗马三国皇军，在奥斯特利茨打了一场“三皇会战”。拿破仑最后不但守住巴伐利亚，更攻入哈布斯堡领地摩拉维亚，更将帝国军赶出意大利，并在普鲁士境内打败俄援军。
12月16日，法国和帝国最终签订《普雷斯堡和约》。和约签订后，拿破仑决定成立以自己为护国公的莱茵邦联，以整固自己在德意志地区的盟友。
1806年7月12日，在拿破仑的威逼利诱下，16个神圣罗马帝国的成员邦签订了《莱茵邦联条约》（Rheinbundakte），脱离帝国，加入邦联。此举严重削弱奥地利在德意志地区的领主地位，令弗朗茨二世大为不快。拿破仑为了吸引更多国家加入邦联，决定亲手终结神圣罗马帝国。因此他对奥皇弗朗茨二世发出最后通牒，要求他解散神圣罗马帝国，并且放弃神圣罗马皇帝和罗马人民的国王的称号。
最后弗朗茨二世于1806年8月6日放弃神圣罗马皇帝的帝号，仅保留奥地利帝国的帝号。神圣罗马帝国正式灭亡。
皇帝名号 | 加冕日期 | 加冕地点 | 加冕者 | ||
（1）奥托王朝 | |||||
鄂图一世 | 962年2月2日 | 罗马 | 教宗若望十二世 | ||
鄂图二世 | 967年12月25日 | 罗马 | 教宗若望十三世 | ||
鄂图三世 | 996年5月21日 | 罗马 | 教宗额我略五世 | ||
亨利二世 | 1014年2月14日 | 罗马 | 教宗本笃八世 | ||
（2）法兰克尼亚王朝 | |||||
康拉德二世 | 1027年3月26日 | 罗马 | 教宗若望十九世 | ||
亨利三世 | 1046年12月25日 | 罗马 | 教宗克莱孟二世 | ||
亨利四世 | 1084年 | 罗马 | 对立教宗克莱孟三世 | ||
亨利五世 | 1111年4月13日 | 罗马 | 教宗巴斯加二世 | ||
（3）苏普林堡家族 | |||||
洛泰尔二世 | 1133年6月4日 | 罗马 | 教宗意诺增爵二世 | ||
（4）霍亨斯陶芬王朝 | |||||
腓特烈一世 | 1155年6月18日 | 罗马 | 教宗哈德良四世 | ||
亨利六世 | 1191年4月15日 | 罗马 | 教宗哈德良三世 | ||
（5）韦尔夫王朝 | |||||
鄂图四世 | 1209年10月4日 | 罗马 | 教宗意诺增爵三世 | ||
（6）霍亨斯陶芬王朝 | |||||
腓特烈二世 | 1220年11月22日 | 罗马 | 教宗和诺理三世 | ||
（7）卢森堡王朝 | |||||
亨利七世 | 1312年6月29日 | 罗马 | 教宗克莱孟五世 | ||
（8）维特尔斯巴赫王朝 | |||||
路易四世 | 1328年1月17日 | 罗马 | 罗马元老斯齐亚拉·科伦纳 | ||
（9）卢森堡王朝 | |||||
查理四世 | 1355年4月5日 | 罗马 | 教宗意诺增爵六世 | ||
西吉斯孟 | 1433年5月31日 | 罗马 | 教宗安日纳四世 | ||
（10）哈布斯堡王朝 | |||||
腓特烈三世 | 1452年3月18日 | 罗马 | 教宗尼各老五世 | ||
马克西米利安一世 | — | — | — | ||
查理五世 | 1530年2月24日 | 博洛尼亚 | 教宗克莱孟七世 | ||
斐迪南一世 | — | — | — | ||
马克西米利安二世 | — | — | — | ||
鲁道夫二世 | — | — | — | ||
马蒂亚斯 | — | — | — | ||
斐迪南二世 | — | — | — | ||
斐迪南三世 | — | — | — | ||
利奥波德一世 | — | — | — | ||
约瑟夫一世 | — | — | — | ||
查理六世 | — | — | — | ||
（11）维特尔斯巴赫王朝 | |||||
查理七世 | — | — | — | ||
（12）哈布斯堡-洛林王朝 | |||||
弗朗茨一世 | 1745年—1765年 | 法兰克福 | — | ||
约瑟夫二世 | 1765年—1790年 | 法兰克福 | — | ||
利奥波德二世 | 1790年—1792年 | 法兰克福 | — | ||
弗朗茨二世 | 1792年—1806年 | 法兰克福 | — | ||
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