东晋政权，按照田余庆先生在《东晋门阀政治》一书里的说法，是“典型的门阀政治”时期。这种政治体制，用古人创造的一句俗语来说，就是“王（庾、桓、谢）与马，共天下。”
一、琅琊王氏家族
东晋初，琅琊王氏家族的首脑人物是王导（276年—339年，字茂弘），王导是王览（就是维护同父异母哥哥王祥，使王祥多次避免被继母，也就是王览的亲生母亲害死的那个王览）的孙子。西晋时，王导只不过担任过参东海王司马越军事的职务，地位不算显赫。当时司马睿（东晋开国皇帝晋元帝）被封为琅邪王，不过是皇室中很疏远的一支而已。司马睿与导素相亲善。导知天下已乱，倾心推奉，司马睿也很器重王导，契同友执。
后司马睿出镇下邳，请王导担任安东司马职务，军谋密策，知无不为。成为司马睿的重要支持者。洛京倾覆，虽然晋愍帝、晋怀帝多次徵召司马睿率军入京勤王，但司马睿为保存实力，屡屡寻找借口搪塞。中州士女十之六七避乱江左，王导劝司马睿录用其中的贤人君子，与之图事。时荆、扬晏安，户口殷实，导为政务在清静，每劝帝克己励节，匡主宁邦。尤见委杖，情好日隆，朝野倾心，号为“仲父”。晋国建立，王导被任命为丞相军谘祭酒。王导始终居中央策划，王导的族兄王敦则总军权，职掌征讨大权，王氏家族亲属居内外要职者人数甚多，因此，晋元帝司马睿登基称帝时，执意要拉王导共登御座。时人遂有“王与马，共天下”之谚。
司马睿称帝后，王导任侍中、司空、录尚书事，领中书监，居中辅政， 王敦任大将军、都督江、扬、荆、湘、交、广六州诸军事，江、荆二州牧，掌握强兵，坐镇武昌（今湖北鄂城）。与王导相比，王敦更具政治野心：““专任阃外，手控强兵，群从贵显，威权莫二。遂欲专制朝廷，有问鼎之心。”
晋元帝虽然倚重王导及王氏家族，但几乎被王导、王敦兄弟架空，时间一长，晋元帝也不甘做傀儡，于是任命心腹刘隗为侍中、丹阳尹，刁协为尚书令，分王导之权。刘、刁二人力主伸张皇权，排抑权贵，遭到王氏的嫉恨。
永昌元年（公元322年）正月，王敦以诛刘隗、刁协等奸臣为名，起兵东下建康。刁协在逃亡途中被杀，刘隗投奔石勒，戴渊、周玘、司马承等不肯依附王氏的宗室官员，皆被王敦诛杀。王敦攻占建康后， 杀戮异己，劫掠财物，自任丞相、都督中外诸军事、 录尚书事。他改置百官及州镇长官，不肯依附王氏而被转职及贬黜者达百余人，王敦将王氏子弟及党羽安插至各要害部门，将相岳牧悉出其门。
同年，司马睿怀恨而死，子司马绍（公元299—325年）即位， 即东晋明帝，王导受遗诏辅政。王敦移镇姑孰（今安徽当涂），兼领扬州牧，就近控制朝政，他大肆杀戮、排斥异己，民怨沸腾。太宁元年（公元323年）四月，王敦谋划再次举兵，篡夺帝位。次年六月，晋明帝命王导为大都督，领扬州刺史，与丹阳尹温峤等共守石头城，又召流民武装首领豫州刺史祖约、临淮太守苏峻等入援建康。 王敦派军攻打建康，遭到大败。王敦气愤交加，病死，其党羽尽被诛杀、逃亡。王敦第二次起兵失败，琅邪王氏元气大伤。王导一支幸而保全。
太宁三年五月，晋明帝任命陶侃为征西大将军、都督荆湘雍梁四州诸军事、荆州刺史，琅琊王氏掌握重兵，威胁皇权的局面，彻底被打破。
太宁三年（公元325年）闰八月，晋明帝病逝，遗诏命太宰司马伷、司徒王导、尚书令卞壶、车骑将军郗鉴、护军将军庾亮等辅佐年仅5岁的皇太子司马衍（晋成帝，公元320年—公元342年）即位。因庾亮是晋成帝的舅舅，所以庾氏家族的势力迅速崛起。王导后人虽繁衍绵延，但再没有恢复至东晋初在政坛上举足轻重的地位和影响。
二、颖川庾氏家族
东晋初颖川庾氏家族的代表人物是晋明帝穆皇后的哥哥庾亮（字元规，公元289年—公元340年）。
庾亮本人因儒雅而善谈玄，为当时人推重。晋成帝即位后，明帝皇后庾氏以皇太后身份临朝听政，庾亮改任中书令，与录尚书事王导共同执政。庾亮进一步排除司马宗室。庾氏家族一时地位显贵。对王导、庾亮维系的门阀政治的最大威胁是苏峻、祖约等流民帅，他们在平定王敦叛乱中立有军功，又手握重兵，苏峻又颇具野心。双方矛盾日渐尖锐。
咸和二年（公元327年），庾亮不顾王导等人劝阻，召苏峻入京任大司农，意在解除其军权。苏峻联合祖约举兵反叛。次年二月，苏峻、祖约率军攻陷建康，尚书令、领军将军卞壶等战死，庾亮与诸弟乘船狼狈逃奔江州刺史温峤。王导留京陪伴小皇帝司马衍。苏峻、祖约掌控朝廷。庾亮、温峤等推景州刺史陶侃为盟主，举兵平叛。苏峻战死。咸和三年（公元329年）二月，晋军彻底消灭叛军，收复建康。庾亮因引发苏峻之乱，声望大损，以平西将军、领豫州刺史等职务出镇芜湖。庾亮虽外镇芜湖，仍遥控朝政，与以侍中、司徒之职居中辅政的王导对立。咸和九年（公元334年），陶侃病死，庾亮任征西将军、都督江、荆、豫、益、梁、雍六州诸军事，领江、荆、豫三州刺史，迁镇武昌，掌控军权，对王导形成威胁。。
成帝咸康四年（公元338年）五月，王导由司徒升任太傅，都督中外诸军事。六月，又 升任丞相，以示在名义上独揽军政大权。咸康五年，庾亮宣称北伐，欲起兵攻打建康，铲除王导势力。因众臣僚劝谏而止。
咸康五年（公元339年）七月，王导病死，庾亮的弟弟庾冰任中书监，居中枢执政，权侔人主。次年正月，庾亮病死，庾冰的弟弟庾翼代领其职，庾氏兄弟内外呼应，掌控了东晋的政权、军权。咸康八年六月，晋成帝司马衍病逝。成帝临终前，庾冰为继续以帝舅身份辅政，力劝司马衍不要立还在襁褓中的儿子为太子，应立长君，以巩固政权，对抗强敌。成帝遂遗令同母弟司马岳（公元322年—公元344年）继承帝位，即晋康帝。司马岳在位仅两年，于建元二年（公元344年）九月去世，其年仅两岁的皇太子司马聃即 位，即东晋穆帝。同年十一月，庾冰病死，次年七月，庾翼亦去世，颍川庾氏家族后继乏人，迅速衰落。
三、谯国桓氏家族
谯国桓氏家族始兴于东汉初的桓荣。桓荣因精通儒学，为汉明帝师，官至太常，东汉一代，子孙爵禄不绝，为当时望族。
三国魏曹芳时，桓荣后裔桓范任大司农，因系曹爽党羽，被司马懿所杀，灭族，故西晋时，桓氏地位卑下。
永嘉之乱爆发，桓范曾孙桓彝过江，任司马睿丞相中兵属。桓彝交游渡江名士，与谢鲲、王澄、羊曼等号称江左“八达”，又与庾亮、温峤等被称为“中兴名士”。苏峻之乱爆发，桓彝被叛军杀害。桓彝子桓温（公元312年—公元373年）依仗桓彝的名望，娶明帝女南康公主，逐渐崛起，操纵东晋政权。
桓温少年时，勇武有气概，后手刃杀父仇人，颇受时人称赞。庾翼对他特别赏识，认为他是平定天下的人才。庾翼临死，上表朝廷，请求以其子庾爰之为荆州刺史，接替他的职务，以保持庾氏家族的地位。遭到拒绝，。永和元年（公元345年）八月，桓温被任命为安西将军、持节、都督荆、司、雍、益、梁、宁六州诸军事、荆州刺史，镇江陵（今湖北江陵），掌控了东晋长江上游的军力、权力。
晋穆帝司马聃年幼，皇太后褚氏临朝听政，皇太后的父亲褚裒与名士殷浩等居中掌权。桓温借北伐旗号，一步步攫取政权。他首先出兵，消灭了西晋末年以来割据今四川 46 年的氐族成汉政权。增强了桓温在东晋统治集团内的声望和地位。
永和五年（公元349年）五月，后赵皇帝石虎死。桓温上书朝廷，请趁机求北伐。居中执政的司马昱与殷浩等惧其势力再度膨胀，不予批准。七月，征北大将军褚裒率军北进，败退而回，年底病死。次年初，殷浩主持筹划北伐事务。永和七年十二月，桓温再次声称北伐，殷浩被迫率军两次北伐，虽收复西晋旧都洛阳，却屡战屡败，丧师辱国。永和十年，桓温上表追究殷浩战败之罪，晋穆帝被迫贬殷浩为平民，桓温趁势尽掌东晋内外大政。
升平五年（公元361年）五月，晋穆帝司马聃病逝，子司马丕（公元341年—公元365年）继位，即晋哀帝。兴宁元年（公元363年）五月，桓温授意哀帝，进位侍中、大司马、 都督中外诸军事、录尚书事、假黄钺。弟桓豁、桓冲分任荆州、江州刺史，占据长江沿线战略要地。
兴宁三年（公元365年）二月，晋哀帝司马丕死，同母弟司马奕（公元342年—公元386年）继位。。太和四年，桓温第三次请求北伐，借此兼任平北将军、徐州刺史，进一步掌控了长江下游地区。不过，桓温此次北伐，被前燕击败。桓温威望大跌。
太和六年（公元371年）十一月，桓温率军进驻建康，废黜司马奕为海西公，立晋元帝子、丞相司马昱（公元320—372 年）为帝，即东晋简文帝。专擅朝政，诛杀异己。
咸安二年（公元372年）七月，简文帝病重，桓温希冀简文帝能主动“禅让”皇位于己。位居中枢的王坦之却与谢安合谋，立简文帝10岁的儿子会稽王司马曜为皇太子，同一天又立其为帝，即东晋孝武帝（公元362年—公元396年），由谢安、王坦之辅政。自称为留名史书，即便不能留芳千古，也不惜遗臭万年的桓温虽痛恨王坦之、谢安，却不敢铤而走险，默认了这一结果。次年七月，桓温于病中请求朝廷给自己加九锡殊礼，谢安、王坦之故意拖延不决。桓温最终失望而死。
桓温死后，弟弟桓冲生性恬淡，加之谢氏家族的崛起，桓氏家族势力一度遭到遏制。值得称道的是，这一时期的桓氏家族能以大局为重，与谢氏联合，击败了前秦的侵略，巩固了东晋政权，维护了江南地区的和平与安宁。
桓温的儿子桓玄（字敬道，公元369年—公元404年）于元兴元年（公元402年）三月起兵，攻占建康，总掌朝政，桓氏子弟各据州镇，曾掌控中枢朝政的司马道子、司马元显父子及其党羽或被贬黜，或遭杀戮。元兴二年八月，桓玄自封相国、楚王，加九锡。十二月，逼晋安帝“禅让”于己，自立为帝，改元永始，改国号为“楚”。这可以视为在皇权日渐强化，寒人逐渐崛起的时代大背景下，门阀大族们为恢复曾经的权力、地位而进行的最后一次反抗。桓玄后兵败，被杀。
四、陈郡谢氏
陈郡谢氏家族在东晋初还不是门阀士族中的高门，其家族人物屡遭高门人士歧视。谢鲲（公元280年—公元323年）频与玄学名士交往，得以跻身于“江左八达”行列，声誉渐起。谢鲲的弟弟谢裒官至太常卿。谢氏家族地位因谢鲲、谢裒兄弟而逐渐上升。谢鲲子谢尚（公元308年—公元357年）、谢裒子谢安（公元320年—公元385年），凭借学识才干，在王、庾、桓 等几个家族的角逐中异军突起。
谢安字安石，以儒雅风流，有盛誉于朝野。早年谢安寄情于青山绿水，交游名僧名士，不应征辟，当时人竟说：“安石不肯出，其如苍生何！”谢万被黜后，谢安为保持家族地位，始踏上仕途，并迅速崛起，他与王坦之合谋，挫败了桓温希冀控制朝政，甚至夺取帝位的阴谋，在当时政坛上享有威望。在淝水之战中，由谢氏家族领导的晋军，以少胜多，以弱胜强，大败前秦，巩固了东晋政权。
淝水之战的胜利，使谢氏家族的政治地位达到顶峰。但此时皇权逐渐崛起，君臣矛盾日渐激化。谢安为避免内讧分裂，主动辞去所任职务。不久，谢安去世，谢氏家族迅即跌落政坛。东晋门阀政治格局基本终结。
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