传统定义生物肥或称微生物肥料，是指一类含有微生物的特定制剂，应用于农 业生产中，能够获得稳定的肥料效应。其中，所含微生物的生命活动增加了植物营养元素的供应，导致植物营养状况的改善，进而增加产量，改善品质，代表品种是菌肥：另一类是广义的微生物肥料，其制品虽然也是通过其中所含微生物活动作用而使作物增产，同时微生物所产生的次生代谢产物含有植物生长内源激素，对营养元素的吸收利用，或能够抵抗某些病原微生物的致病作用或减轻病虫危害而使作物增产，或减轻农药化肥危害而使作物恢复正常生长。但微生物肥料不能增加农业循环中养分的总量，因此，微生物肥料不能完全代替有机肥、化肥等肥料。
最新科学研究成果，随着使用化肥年限的延长，生物肥效果越来越差。
究其原因是在自然生态环境条件下，土壤中生活着约有近万种与生态系统相关的土壤微生物，这些生物与土壤生态环境构成一个共生共灭整体，互相密切相关并在抑制某些群体特异繁殖过程中达到动态平衡，井然有序的生活着。是它们的活动使土壤具有消化功能(分解动植物残体如秸秆等)和孕育生命的功能，也称化育功能。
创新理论是植物营养免疫学，土壤微生物与植物营养同源，营养决定植物、土壤生态中的微生物活性和菌群平衡，微生物活性影响酶的活性和植物生理活性。
土壤微生物通过分解土壤有机质为植物和微生物提供营养，同时为植物根系提供自由伸展和微生物繁殖提供良好的生态环境，即维持土壤物理、化学和生物性平衡，并能抑制病原菌的繁殖与危害。
农业生产应以土壤为本，用生物技术将秸秆进行有氧发酵制作有机肥是改善土壤物理、化学及生物性的唯一有效措施，别无他法。
多年土壤不施有机肥，大量使用化肥，快速消耗分解有机质，导致有益微生物失去营养和繁殖环境，微生物菌群单一，即病原菌危害严重。
老一辈科学家在上个世纪60-70年代研究推广放线菌5406失败的原因就在于此。
又如大豆根瘤菌，黑龙江垦区自上个世纪70年代从美国引进，或与国外合作研究结论如下：
一是大豆根瘤菌活性与种农剂、化肥、品种有关；使用种衣剂，化肥等都会抑制根瘤菌活性，特别是施氮肥，根瘤菌就利用所施氮而不从空气中固氮。
二是田间不缺大豆根瘤菌，根瘤菌活性与土壤生态环境有关，如土壤肥力、耕作、轮作、品种、施有机肥、化肥、农药等。无论如何花力气从土壤中筛选多么强壮菌株，甚至盆栽效果很好，在田间竞争不过都竟争不过本地根瘤菌，是接菌量太少或是不适应生态环境问题。
日本的研究结论认为，大豆根瘤菌固氮活性需要充足的磷与氧气，每亩地可固纯氮10~13公斤，大豆根瘤菌固氮，可替代化学合成的氮肥。
来自美国的报道，大豆根瘤菌寄生对品种有专一性。美国的做法是免耕秸秆粉碎地表还田，培肥地力，深松耙茬，玉米茬种大豆，大豆不施化肥，稳产高产
结论是大豆根菌需要良好的生态环境，加上合理轮作，自会发择固氮作用，不需要从土壤中箭选所谓优良菌种，再回到田间。
有人提出土壤微生物是植物营养，没错。微生物产生酶类，其定义是生物体
生的具有催化能力的蛋白质，是构成一切生物体组织所必须含有的物质，具有维持生物体生命的基本功能，生物体内的一切生化变化几乎都在酶的催化作用下进行，它的作用具有高度的专一性和较强的活性。酶将动、植物残体分解成植物与微生物所需营养，并赋予土壤消化功能和孕育万物生命功能，由此应该把土壤微生物视为植物的营养，如酵母菌的菌体的40%为蛋白质，其中也多含有氨酸，酵母菌加水分解酶，能高效率地生成氨基酸、核酸、脯氨酸、胆碱等。微生物肥不能增加土壤有机质，起不到造土壤，培肥地力作用，自身那点营养对作物生长起不到多少作用施与不施没有多大区别。
综上所述，土壤不缺任何种类的微生物，而是缺乏有机质，只有用生物技术有氧发酵秸秆堆制有机肥还田，才能发挥有氧微生物菌群作用。
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