伊斯兰创教初期的两大阿拉伯势力：倭马亚家族和哈希姆家族为夺权爆发内讧，使得伊斯兰教分裂为倭马亚主导的逊尼派和哈希姆主导的什叶派。倭马亚家族凭借强大的军事和经济实力战胜了哈希姆家族，建立倭马亚王朝。
按照一般规律来说，既然倭马亚家族已经建立了王朝，两派在意识形态上又没有分歧，那么什叶派应该就此消亡才对，但事实并非如此。
仔细想一下也不奇怪，哈希姆残余势力在，那么什叶派就有存在下去的理由。但奇怪的是，倭马亚王朝在建立一百多年后灭亡了，哈希姆家族的旁支建立了阿拔斯王朝（阿拉伯帝国的第二王朝）。
按理来说，阿拔斯王朝会让什叶派翻身才是，但现实却充满离奇——因为没过多久，什叶派和阿拔斯王朝翻脸，而阿拔斯王朝归顺了逊尼派。
这样的反转真的让人大跌眼镜，毕竟，什叶派与逊尼派决裂，是因为什叶派认为哈希姆家族的阿里才是正统哈里发。如今，哈里发已回到哈希姆家族手中，那么什叶派没道理和哈希姆翻脸。
什叶派的解释是：只有阿里的后代才是合法的哈里发继承人，而阿里是先知穆罕默德的侄儿兼女婿是直系后裔，而阿拔斯王室虽出自先知一系的哈希姆家族，但其祖先是穆罕默德的叔父，因此阿拔斯王室不具有继承资格。
这样的解释过于牵强，毕竟阿里已去世100余年，更重要的是阿里的直系后裔早已被倭马亚王朝斩尽杀绝。如今，阿拔斯王室已掌握了政治大权，而阿里后裔已被灭绝，阿拔斯王室也是哈希姆家族的血脉，继承哈里发也是合理的。
但什叶派坚决不认同。什叶派搬出在与倭马亚抗争时出现的“隐遁伊玛目”理论，认为最后一位伊玛目也就是阿里系嫡传领袖并未死去，只是被真主放在不被人知道的地方，未来会重新出现，建立正义和太平的世界，因此，哈里发的位置应该留给这个隐者。
什叶派用这个理由来否定阿拔斯王室的统治合法性，因此，阿拔斯自然与什叶派翻脸。
而什叶派成为了当权者打压的对象——阿拔斯王朝后的塞尔柱帝国、伊尔汗国以及奥斯曼土耳其帝国都选择加入逊尼派，并打压什叶派。
无论谁当权都会打压什叶派，而什叶派居然没被消灭，这又是为什么呢？这其实与中西亚的地缘环境有关。
在地缘结构上，中西亚的伊斯兰核心区分为小亚细亚半岛、阿拉伯高原、两河流域、迦南地区、伊朗高原、图兰低地等板块，各板块之间实力相差无几，没有一个强大的核心板块压制四方。
就拿伊斯兰世界的中心也是最富裕的地区——两河流域来说。两河流域因地缘区位天然的成为各伊斯兰帝国的本部核心区。不过，两河流域体量有限，其地缘影响力不足以辐射中西亚、北非等地。任何一个政权都无法以此为根基掌控伊斯兰。既然两河流域板块都无法肩负起这个大任，更何谈其他板块了。
虽然中西亚内部地缘结构较为分裂，但它地处亚欧大陆中心，是东西方交流的心脏。由此，只要东西商路畅通，中西亚沿线各板块就会有丰厚的收益。而商路畅通的基本条件是政治上的统一，因此，商业使得伊斯兰将中西亚各地缘板块整合在一起。
不过，这样的整合也有缺陷。各边缘板块是因为贸易利益的驱使才在政治上形成统一的，并不是因为某个伊斯兰帝国的强大实力。换言之，伊斯兰的统一是中西亚各地缘板块主动合作形成的，而非中央的强势压制。
东西方贸易的巨大利益，让各板块愿意整合，但贸易的收益并不是全部，比如，以原有农牧业为生的地区并不会因伊斯兰世界的大一统而得到好处，反而多了一个主子，因此，他们对维系中西亚大一统并无好感。
当然，若中央政府足够强大，地方势力自然会屈服，然而两河流域的实力并不足够强大，这就给了反对派一定的生存空间。伊朗高原，在中亚的图兰低地，一些边缘地区受东西贸易的影响较为有限，因此不愿被伊斯兰中央政府统治。虽然他们的实力不足以颠覆中央政府，但能自成一派，不听中央号令。
既然政治上反对派抗拒中央，那么在意识形态方面自然也要与中央不同。
那么在倭马亚王朝时期，什叶派就成为边缘势力的教派，而哈西姆也有着反对马亚王朝的政治诉求，自然就与这些边缘势力一拍即合。但当倭马亚王朝灭亡，哈希姆家族上位后，情况又有不同了。
哈西姆虽与边缘势力合作，但目标并不一致。哈希姆家族反对的是倭马亚王朝本身，希望取代倭马亚家族，成为新的统治者；而边缘势力是反对阿拉伯帝国统一，他们希望得到政治独立。
鉴于倭马亚王朝是伊斯兰世界的统治者，因此，边缘势力和哈希姆家族利益是一致的。而当哈希姆建立了阿拔斯王朝后，哈西姆家族的目标变为维护阿拉伯帝国的统一，因此，哈西姆与边缘势力之间的利益就不一致了，自然二者就无法继续合作。边缘势力在意识形态上重提隐遁伊玛目，否认阿拔斯王朝的统治合法性；而阿拔斯王朝则转奉逊尼派，打压什叶派和边缘势力。
因此，什叶派和逊尼派的对立，是主张统一的伊斯兰中央政府和追寻独立的边缘势力之间的矛盾；同时也是中西亚各地缘势力之间的政治博弈在宗教文化上的映射。
统一伊斯兰世界的政治势力都选择了受大多数穆斯林认可的主流教派——逊尼派，因为只有这样才能获得伊斯兰世界的普世认同，才能更好的维护自己的统治。
这样一来，什叶派的发展以及影响力就十分微小了。但在16世纪，局面发生较大的变化，伊朗的萨法维帝国将什叶派奉为了国教。这就给什叶派带来了发展的空间，让其实力逐渐发展起来，足以和逊尼派抗争。
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