对现代科学来说，生命问题是科学中最大的难题之一。不过，大家恐怕不知道的是，这个问题在文艺复兴运动之前是根本不存在的，因为当时的自然界仍被看作是连续的、统一的，充满着生机与活力。而在文艺复兴运动以后的科学则对这种传统观念进行了彻底的清算，自然界被分解为一个个间断的、独立的、彼此之间没有必然联系的机械组合物，这种观念得到了历史的鼓励，一直泛滥到科学的每一个角落，从而造成了近代自然科学史上的生命之谜。
在中国传统文化中，自然一直被认为是连续的，统一的物质“气”就充满着整个宇宙空间。这里的气并不是死寂不变的，而是在紧张地相互压迫中存在的，反抗周围物质的压迫是一切存在物的本性，也正是这种本性的存在，局部物质才不断组织起来成为一个个生命系统。通俗地说，统一的物质——气不仅是有生命的，它就体现在物质彼此之间紧张地相互压迫与反抗之中，而且是有精神的，它就体现在物质反抗、扩张，不断扩大自己势力范围的本性之上。万物都是由气这种生命之流汇聚而成的。
用这种观点来看待整个世界，它就是充满着生机与活力的，连续在空间中的物质是在不断地有序和无序变换中存在的，物质不灭，它只有聚散，能量不灭，它通过连续物质紧张程度的变化在空间中流动。我们看到的一切都是由统一物质组织起来的暂态有序结构，而看起来空无一物的空间则是统一物质的无序状态。
古希腊是西方科学的发源地，这里所指的发源主要是由于西方科学继承和发展了古希腊的原子论，但同时也可以说是抛弃了另一种与之对立的一元论。在原子说发迹以前，一元论一直占据着绝对的主导地位，如泰利士认为万物都是由水组成的，而水是有灵魂的；阿那克西美认识万物都是由气组成的，而气是有精神的；最著名的当属赫拉克利特，它认为自然界的一切现象都是由生命之火的燃起与熄灭造成的。显然，这与中国传统文化把自然界的一切归于气的聚散如出一辙。
不过，由于西方人骨子里的以人为自然中心的思想，它必然要反对这种彻底的一元论思想，因为一元论意味着人和万物一样，不仅由同一种物质组成，也由同一个原理支配。也正是这种反对，使另一种与之对立的学说——原子说也有一定的市场。
原子说是德谟克利特发展以往的“四根论”、“种子论”等提出来的，按照他的理解：“一切事物的始基是原子和虚空”。而原子“是既不能毁损也不能改变的，这些原子在虚空中任意移动着，由于它们那种急剧的、凌乱的运动，就彼此碰撞，而在彼此碰在一起时，因为有各种各样的形状，就相互联结起来，这就形成了世界及其中各种事物，或者说形成了世界”。至于“虚空”，伊壁鸠鲁却认为，是“既不能作用，也不能被作用，它是通过自身供给物体以运动的机会”。这就是说，德和伊认为，原子和虚空是对立的，原子本身是死寂不变的，是外在的碰撞给了它以生命力，虚空本身是没有物质的，它只是原子运动的空间，但它与原子没有任何必然的联系。
我们尊崇古希腊为西方科学的摇篮，就是因为西方科学整体就是建立在原子说假设之上的，如牛顿时空观就是原子说假设的一种变体，牛顿在此基础上创立了牛顿力学和万有引力定律；以太观不过是在原子说假设基础上给空间安上了一种特殊的物质叫以太，法拉弟和麦克斯韦在此基础上实现了光电磁的统一；爱因斯坦否定了以太观，其实就是重新恢复了原子说的假设，在此基础上，相对论和量子力学出现了。可以这样说，没有原子说，就没有西方科学。
不过，原子说有着天生的缺陷，它一是不承认物质在空间中的连续性，使生命问题不可认识，二是不承认物质彻底的统一性，使普遍联系问题不可认识，这都使西方科学在遇到系统现象时无力解释。
一元论思想的优势就在于，有了物质在空间中的连续性，生命问题就可以在连续物质彼此之间紧张地相互压迫与反抗之中得到理解；有了物质彻底的统一性，普遍联系就可以在连续物质的有序和无序周期变换之中得到理解。事实上，只要相信了万物归一，就一定会得到系统论，因为万物分解到最后都是同一种叫不出名字的东西，它告诉我们不了任何答案，真正的自然规律只可能是一个理，或者说物质系统的发展规律。
生命在一元论思想里有广义和狭义之分，广义的生命就是物质的本性，万物都是由同一种生命之流汇聚而成的。狭义的生命就是物质系统，物质从无序向有序转化就是物质系统的产生，从有序向无序转化就是物质系统的灭亡。我们在理解生命问题的时候，一定要分清楚说的到底是广义的生命还是狭义的生命，否则会乱成一团的。
很多人可能不解，既然不管是生物还是非生物系统都是生命系统，为什么在表现上它们大相径庭呢？原来，自然界的任何一类物质系统都有一种普遍联系方式，即依赖连续在系统空间某一层次的物质有序和无序周期变换传递的能量（信息）运动。力仍能量之外显，与这种特殊的能量传递方式相对应，它必然会对应一种特殊的自然力。生物与非生物的不同在于水，因为水是生物普遍联系的物质基础，正是有了这种特殊的能量传递方式，才使生物对外表现出了一种特殊的自然力，使它在表现上与众不同。
显然，生命问题是根本不存在的，它是人类自大的一种表现。在自然科学发展初期，许多哲学家还一直信仰着古希腊的生命观，即世界是一个自身有生命的，渗透着神性的、处在不断生长过程中的有机体。如培根曾说过：“在物质的固有属性中，运动是第一个特性，而且是最重要的特性——这里所说的运动不仅是机械的和数学的运动，而且是趋向生命力、紧张。”或者用雅科布·伯麦的话来说就是物质的痛苦。同样，在斯宾诺莎的思想体系中，物质（充斥于空间的物质）和能量（运动的力）也并不是分离的，而是实体不可分割的两个属性。然而，这些可贵的思想并没有得到多少科学家重视，为了消除自然界的神秘性，自然内在的生命逐渐被近代科学洗礼得一干二净。
科学的畸形发展是不可能没有漏洞的，但每一次都被新的科学革命暂时“堵”了起来。最早出现的就是光的粒子说与波动说之间的争论。光的粒子说是与原子论相符的一种思想，即光是粒子在虚空中的直线运动；光的波动则明显与原子论相违背，它认为光是连续在空间的以太周期运动的结果。显然，如果光的波动说是正确的，那么近代科学的一系列思想就得重新定位。因为连续在空间的物质会对一切在其中运动的实体产生阻力，经典的机械力学就面临着大的变革。
十九世纪是光的波动说全面胜利的时代，首先是托马斯·扬改进了惠更斯的波动学说，使之更加全面地解释了光学中的一系列现象，之后是菲涅尔提出了光是横波的假设，特别是在法拉弟提出了以太的“紧张”状态概念，用充满生命力的力线描述了电磁场，麦克斯韦提出了电磁以太模型即以太的涡旋，证实了光也是一种电磁波以后，物理学的变革已是迟早的问题了。
令人吃惊的是，当时的物理学家们对以太竟是如此的陌生，他们竟然认为以太是宇宙空间一种机械的填充物，而且它是死寂不动的，与在它空间中存在的实体没有任何必然的联系。可想而知，在这种机械的自然观之上会是一场怎样的革命。事实是残酷的，随着光速不变实验、黑体辐射实验、光电效应实验的出现，光的波动学遇到了前所未有的困难，此时的爱因斯坦轻松地用相对论否定了以太学说，从此物理学走上了一条不归之路。
其实，爱因斯坦并不是要否定自然内在的连续性，而是想要通过另一条道路解决间断与连续之间的矛盾。不过，以前的莱布尼兹是站在连续的以太观之上提出了“单子”概念，解决了这个矛盾，即“单子”是真正的实体，它自身具有“活力”，它们在空间的连续运动构成了物质世界。而爱因斯坦却认为以太的存在是没有必要的，我们直接把“量子”看成是连续在空间中的物质就可以了，因为这样会很容易地解释光的波粒二象性。然而，这样的结果却使连续的概念在绝大多数物理学家们的心目中淡化了，取而代之的古老的“原子论”的“虚空”与“量子”。没有了连续的物质作基础，必然性也就没有了存在的必要了，因此否定必然性也成了量子学说的一大“功绩”。
现代物理学一系列成就，无疑代表着以还原论为基础的现代物理学的一系列胜利，人们因此发现了一系列更为基本的宇宙构件——质子、中子、电子、轻子、夸克、信使粒子等等，至今物理学家们已经非常相信，自然界那基本的规律就存在于这少数基本粒子之间。在“生命科学”中，生物物理学的发展也使不少科学家看到了解决生命问题的希望，因为他们相信我们只要破译了基因的密码，那么我们就可以完全掌握生命的奥秘。
不可否认，生命现象是符合自然规律的，相信生命现象符合自然规律也是解决生命问题的起点。但是，还原论方法那种把解决生命问题的希望放在少数几个具有“生命活力”的微粒之上，显然是有悖于符合自然规律这个前提的。我们也难以想像那种由同样的原子组成的世界竟然存在少数几个具有“生命活力”的原子集合，而组成它的原子却是死寂不变的。现代物理学已经陷入这样一个十分尴尬的境地，“由死变活”这个难题竟然是不可解决的。
问题已经变得越来越清楚了，“由死变活”这个问题本身是并不存在的，物质本身就充满着生命，只不过它并没有被我们有限的感官认识到而已。哲学家们是不可思议的，他们都敏锐地透过表面现象悟出了自然内在的统一性。统一的物质是不轻易示人的，它仅仅通过物质的有序形式在我们面前展现出来，而它变化的过程却隐藏在自然背后。统一的物质是不可毁灭的，但同时又是充满生命力的，它弥弥漫漫于无限的宇宙空间，并不断在它的有序与无序形式之间转换。
在现代物理学中，人们总是习惯于将物质存在的形式分为两大部分，一部分是可观察的实体，另一部分是不可观察的场。事实上，两者在本质上是不可分的，因为实体都是一些有序的存在，它本身有生有灭，而它的周期生灭所引起的能量在连续空间中的递进就是场；同样，场本身就包含着有序，就以电磁场来说，它本质上并不是一个粒子在虚空中连续运动，而是连续在空间中的物质周期组织与离散的结果，我们所观察到的仅仅是连续物质的有序状态，也可以称之为粒子，这里的粒子的存在是暂态的，它立即就会在周围物质的压迫之中沦于无序，并释放它内聚的能量， 而这些能量又会促使周围的物质重新组织起来形成一个新的粒子，由于空间中存在着一种动量势上的平衡，因此，新形成的粒子往往继承了原来粒子的性质。这样的结果就使我们在感觉上是一个粒子在空间连续的移动。
由此看来，所谓的生命难题本身并不是什么问题，而只是人们无中生有地杜撰来的，原因是很简单的，文艺复兴运动以来我们已经把自身看成是一种高高在上的生命，如果世界充满着生命力，那么人马上就显得不那么高贵了。为了我们自身神圣的躯体，我们似乎应该保留那种人与自然之间不可跨越的界限――生命的鸿沟。但这样一来，世界就变得双倍的不可理解。
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