朱棣改庙号的事情和什么“太庙位置已满”没有什么关系。嘉靖太庙主体的制度改革，发生在嘉靖十年至十六年之间。而改庙号是嘉靖十七年的事。至于睿宗真正进入太庙主体，那是嘉靖二十四年的事了。
明初太庙曾采取分建四亲庙的制度，后来又采取了“同堂异室”的制度，正统朝确定庙数为九。具体格局是九个皇帝共享一个用于祭祀的正殿，同时各自专享一个寝殿，好像一座房子里有一个客厅与九个卧室，称之为“同堂异室”。
嘉靖朝初年，九庙里祭祀的是明太祖的高祖父德祖朱百六——明朝追尊的始祖，以及从太祖、太宗到武宗的八个真皇帝。（建文帝、景帝无庙）
（图片来源：尤淑君《名分礼秩与皇权重塑：大礼议与嘉靖政治文化》）
嘉靖皇帝，也就是明世宗朱厚熜，是一个热衷于制礼作乐的皇帝，他有意恢复明初的分建庙宇制度，并尊太祖而非德祖为始祖。嘉靖十三年，朝廷拿出了新的太庙格局方案，至嘉靖十六年建成。新方案从《礼记·明堂位》里找出了一个“世室”的说法，为太宗分配了单独的“世室”，规定其百世不迁，永远不会被请出太庙、迁入祧庙（保存与在位皇帝亲缘已远的祖先神位之处，每年仅祭祀一次）。
显而易见，嘉靖十七年改太宗称成祖的时候，太宗已经在“文祖世室”里享受了百世不迁的待遇。而太宗改称成祖的具体缘由，和太庙位置无关，而与世宗新制定的明堂大享礼有关。这一点很多学者已经论证过了。
世宗应致仕官员丰坊的提议，计划恢复明堂，在明堂祭祀上帝（儒家礼制中的至高神），以其父“献皇帝”朱祐杬配享，进一步抬高其地位。但朝廷官员认为除太祖之外，最有资格配天的乃是“再造邦家”的太宗朱棣。为了平息官员的反对声音，世宗在坚持为献皇帝加庙号睿宗、明堂配天的同时，进太宗庙号为成祖，成为与太祖并列的“二祖”。
这一时期献皇帝的神位是怎么安排的呢？从嘉靖四年建立“世庙”开始，献皇帝的神位就崇祀在太庙建筑群左侧的单独建筑——世庙/献皇帝庙里。太庙分建、太宗称祖，都没有改变这个事实。加号睿宗之后，也不过把原有的庙名改为睿宗庙。
那么睿宗又是何时入祀太庙的呢？嘉靖二十年，太庙发生大火，重建的八庙全部烧毁。至嘉靖二十四年，明廷重定太庙制度，恢复了“同堂异室”的格局，睿宗亦正式进入太庙。
在推动睿宗祔庙整个过程的事件中，有明堂配天这样皇帝故意为之的礼制改革，也有太庙大火这种偶然灾变。即使从结果倒推，太庙分建改革的作用更多地在于将德祖迁入了祧庙，使得睿宗在嘉靖二十四年制度中可以独占一室。但即使没有这件事，世宗也可以按照传统的以辈分论昭穆的学说，先将睿宗与孝宗的神位放于同室。因此不必将世宗的每一步改制，都看成完全为唯一目的服务的战略计划的一部分。更何况太宗升祖与庙制改革完全是独立的两件事，岂能混为一谈。
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