书院具有藏书、校书、修书、著书、刻书、读书、教书等功能，“书院”名称最早出现于唐代。
清代袁枚《随园随笔》卷十四认为书院起于唐玄宗时丽正书院、集贤书院，皆建于朝省，为修书之地，非士肄业之所。丽正、集贤书院的主要职能在出书、藏书、讲学、赋诗、顾问五个方面，书院创设38年出书累计达71405卷，包括四库（甲、乙、丙、丁）御本等，用益州麻纸书写，经库书用白牙轴、黄带、红牙签，史库书用青牙轴、缥带、绿牙签，子库书用彤紫檀轴、紫带、碧牙签，集库书用绿牙轴、朱带、白牙签，“异色以别”四库之书。丽正、集贤书院累计藏书153396卷。唐玄宗曾经在书院与学士讲论儒道。书院中专门设置皇帝侍读侍讲学士之职，是后代盛行的最顶级的皇帝经筵制度的发端。民间传说中的“八仙”之首的张果（宋元之世演绎成仙），唐玄宗曾召至东都洛阳集贤书院居住，封银青光禄大夫，号通玄先生。
专家学者研究认为，最先使用书院之名的，不是唐玄宗时代的官府书院，而是开元以前的民间书院，最早产生于唐代初年，只是士人的读书治学之所。湖南攸县的光石山书院、陕西蓝田的瀛洲书院、山东临朐的李公书院、河北满城的张说书院，武则天时代的陈珦辟有漳州龙溪松洲书院，都早于丽正、集贤书院。
唐诗中涉及书院的诗作除标明为丽正、集贤书院之外，至少有13首，提到的有樊铸书院、李泌书院、赵氏昆季书院、第四郎书院（薛载少府书院）、宇文褧读书院、杜中丞书院、田将军书院、费君书院、李群玉书院、（曹唐）子侄书院、沈彬进士书院。
根据各种地方志记载，唐代书院还有河北的西溪书院，山东的李公书院，浙江的丽正书院、九峰书院、青山书院、德润书院、蓬莱书院，福建的松洲书院、梁山书院、草堂书院、鳌峰书院、和平书院，江西的罗山书院（罗山书舍、罗山学舍）、桂岩书院、景星书院、李渤书堂、登东书院、东佳书堂、皇寮书院、施肩吾书院，湖南有邺侯书院、杜陵书院、韦宙书院、卢藩书院、天宁书院，广东有文献公书院、孔林书院，贵州有儒溪书院，四川有青莲书院、张九宗书院、海棠池书院、凤翔书院、丹梯书院。
五代十国乱世时期，士人读书林下养性潜修，或结庐山中以藏书聚徒，或出仕经世以维礼义风俗。钱穆曾有《五代时之书院》一篇文章。五代十国时官方书院性质与唐代相仿，民间书院有13所，其中12所为新建，如昌平的窦氏书院，河南登封的太乙书院、洛阳的龙门书院，江西的留张书院（书堂、道院），吉州的匡山书院、兴贤书院、光禄书院，洪州的华林书院、云阳书院，福州的蓝田书院，广东的天衢书院等。南唐时兴复了唐代的东佳书院（东佳书堂、义门书院）。
江西德安的东佳书院，当时是江州陈氏所立的家族性教育机构，唐大顺元年（890）陈氏七世掌门人陈崇订立《陈氏家法三十三条》中，有两条涉及书院规定，是书院教学制度化建设的开始。
两宋时代，全国书院有720所（南宋占442所），北宋以“天下四大书院”为代表，张栻、朱熹、吕祖谦、陆九渊在“南宋四大书院”讲学，带来了学术的繁荣昌盛。朱熹的《白鹿洞书院揭示》成为教育史上的典范，经久不衰。
北宋书院有湘阴邓氏书院、莲溪书院、华林书院、笙竹书院、白鹿洞书院等。
“四大书院”之说始于南宋范成大，其《骖鸾录·石鼓山记》“天下有书院四：为徂徕、金山、岳麓、石鼓”（分别在山东、商丘、长沙、衡阳）。第二个提到“四书院”的是吕祖谦（建有丽泽书院）因与朱熹关系密切，认为嵩阳、岳麓、睢阳、白鹿洞为著。南宋魏了翁、杨允恭提到的“四书院”为睢、岳、嵩、庐，王应麟谈论的“天下四书院”为嵩阳、岳麓、睢阳、白鹿洞。元代马端临《文献通考》中一处提到宋初“四书院”为白鹿洞、石鼓、应天府、岳麓，将西京嵩阳书院、江宁茅山书院排除在外；另一处又提到宋初“四书院”为白鹿洞、嵩阳、岳麓、应天府。马端临晚年曾任慈湖、柯山二书院山长，宋代“四书院”两存其说。南宋时代对“四书院”的提法涉及七所书院：岳麓、白鹿洞、石鼓、茅山（金山）、徂徕、睢阳（应天府）、嵩阳，任何一种组合中均有岳麓书院，得称“天下四大书院”之首。
岳麓书院在潭州（今长沙）。石鼓书院在衡州（今衡阳），是“天下四大书院”中历史最悠久的书院，源出于唐诗，前身是唐代的李宽（李宽中）秀才书院。白鹿洞书院在江州（江西）庐山。应天府书院在应天府（今河南商丘，北宋南京），前身是睢阳学舍，又称睢阳书院、南京书院。嵩阳书院在洛阳（北宋西京）登封，原名太乙、太室，创建于五代，得皇帝之赏赐，是洛学的大本营。茅山书院（金山书院）在江宁府金坛县三茅山。徂徕书院在兖州奉符（今山东泰安）徂徕山长春岭。
北宋时，欧阳修在颖州（今安徽阜阳）创办西湖书院，范仲淹在延州（今陕西延安）创办嘉岭书院，曾巩在家乡临川创办兴鲁书院，王安石年轻时在宜黄县鹿冈书院学习。理学开山祖师周敦颐讲学相关的濂溪书院共有修水（景濂）、萍乡芦溪（宗濂）、江州（濂溪）、虔州（清濂）四所。周敦颐的学生程颢、程颐兄弟，以创立洛学而奠定理学基础，曾讲学于嵩阳书院。程颢在扶沟县创办有书院（后人称明道书院、大程书院），程颐在洛阳创办伊皋书院。二程学生杨时是理学南传的重要人物，从政和四年到建炎三年，在无锡讲学18年，建有东林书院，又以其号称作龟山书院。其学经罗从彦、李侗传至朱熹，开创了理学的全盛时代。
金朝时在汉族地区共修复2所书院（河南应天府书院、河北元氏封龙书院）、创建8所书院（弦歌书院、状元书院、翠屏书院、龙泉书院、涑阳书院、昭余书院、黄华书院、文龙书院）。
南宋时期的书院主要集中在江西、浙江、湖南、福建，广东、江苏次之。南宋时代，最先将理学和书院结合到一起的是湖湘学者，开其风者是胡安国、胡宏父子。胡安国与杨时并享南传洛学之功，胡安国在湘潭建碧泉书堂（讲舍、精舍），在南岳有文定书堂。胡宏将碧泉书堂扩建为碧泉书院。岳麓书院重建后，胡宏学生张栻主讲于此。张栻曾在袁州建南轩书院，在桂林建宣成书院。朱熹曾到岳麓书院访学于张栻。浙江吕祖谦讲学于丽泽书院，朱熹在福建创建寒泉精舍，又在江西兴复白鹿洞书院，陆九渊讲学于象山精舍。张栻、吕祖谦、朱熹、陆九渊是南宋最著名的理学大师（张、吕、朱称“东南三贤”，南宋理宗时将周敦颐、张载、程颢、程颐、朱熹五人从祀学宫，史称“宋五子”），均以书院作为传播学说的重要场所。朱熹为了修建白鹿洞书院礼殿，置备田产，利用职权挪用浙东30万缗赈粜款。吕祖谦在丽泽书院手段强硬，规定进入学院者，不认同共同目标的自行离开，或者开除、淘汰，是书院集合学人结成学派的一种操作形式。朱熹通过书院讲学，形成人数众多的考亭学派。
北宋书院的四大基本规制是讲学、藏书、祭祀、学田，南宋时扩大到研究、刻书。南宋的书院学规（规约、学则、规式、揭示），最早的是吕祖谦的《丽泽书院学规》。南宋书院的章程（规程、学榜），状元徐元杰的《延平郡学及书院诸学榜》是现存最早的章程。书院的教学例程，又称常程、课程。日记教学法见于南宋。建康府城（今江苏南京）的明道书院，是规划最完备的南宋书院。
南宋时期，由于淮北以远地区被金朝占领，朱熹首倡岳麓、石鼓、白鹿洞为“天下三书院”，袁燮在《东湖书院记》中提出了“南宋四书院”之说（岳麓、石鼓、武夷、白鹿洞），后来赵与禾赞同此说。魏了翁则提出东湖、北岩、濂溪、象山四书院。王遂提出白鹿、岳麓、东湖、象山、考亭、建宁均为著名书院。清代全祖望评价“南宋四大书院”应是嵩阳、睢阳、岳麓、白鹿，因为二阳之地被金朝占领，后有丽泽、象山并起齐名。丽泽书院在婺州（今浙江金华）明招山中，吕祖谦创办，取《易经》“丽泽兑，君子以朋友讲习”之义。象山书院原名象山精舍，在信州贵溪（今属江西）应天山，陆九渊在此讲学，以应天山形似象改名象山。
元朝建立后，创建官学最多达到24400所，全国平均2600人即拥有一所学校。现代统计的元朝书院有406所（第一位江西91所，第二位浙江58所，第三位安徽32所，第四位福建、湖南各31所），“书院之设，莫盛于元”。书院官学化，成为元代书院最显著的特征。
杭州西湖书院在元代成为专门从事出版事业的书院，其址原为岳飞的故宅，后改为南宋国子监，宋亡后改为肃政廉访司治所，至元二十八年（1291）改为书院，在元朝经过两次扩建成为浙江地区最大的书院，一直兴学刻书。西湖书院除了修补20余万块宋刻旧板、印刷经史子集之外，还刊刻新书，出版了很多当代著作，如马端临的《文献通考》和苏天爵的《国朝文类》等。明朝洪武初年的南京国子监“监本”，就是西湖书院的藏版。
元朝书院除了研究、传播理学、科举之学之外，将医师、方书与门诊纳入教学内容，还有的规划教授数学一门。山东鄄城的历山书院包括文、武、医三项内容，设立门诊，开展医疗活动，是中国历史上第一所也是惟一的实行医科教学并开办门诊业务的书院。江淮地区最早在至元二十一年（1284）二月提出将书院山长改称教授，最后吏部全国推行此法。
明朝共有书院1962所（第一位江西270所，第二位广东207所，第三位福建180所，第四位浙江170所，第五位安徽144所，第六位江苏119所，第七位湖北112所，第八位湖南100所，第九位河南99所，第十位直隶97所，第十一位山东96所，第十二位云南79所，第十三位四川69所）。
王阳明在贵州龙冈书院和文明书院讲学，后来在赣州建复六所书院（新建义泉、正蒙、富安、镇宁、龙池五书院，修复濂溪书院），又在白鹿洞书院讲学，后又在余姚、绍兴等地讲学，撰写《稽山书院尊经阁记》《万松书院记》，门人为其建复稽山、阳明二书院。稽山书院在浙江山阴卧龙山西岗（今属绍兴），有明德堂、尊经阁、瑞泉精舍等。阳明书院在绍兴城西郭门内光相桥之东。王阳明最后在南宁创办敷文书院。
湛若水（1466-1560年），原名露、雨，字符明，号民泽，广东增城县甘泉人，学者遂称甘泉先生，称其学为甘泉学。在江门师从于陈献章，悟出“随处体认天理”的心学方法。40岁时中进士，去世时在禺山学院（精舍）。湛若水所至必讲学，讲学之所或国子监，或州县学，或书院，或精舍，或会馆，或寺观，或行窝。他先后创建、讲学的书院有数十所，在家乡有甘泉、独冈、莲花书院，在增城、龙门有明诚、龙潭书院，在羊城有天关、小禺、白云、上塘、蒲涧书院，在南海之西樵有大科、云谷、天阶书院，在惠州罗浮有朱明、青霞、天华书院，在韶州曲江有帽峰书院，在英德有清溪、灵泉书院，在南都有新泉、同人、惠化书院，在溧阳有张公、洞口、甘泉书院，在扬州有城外、行窝、甘泉山书院，在池州有九华山、中华书院，在徽州有福山、斗山书院，在武夷山有六曲、仙掌、一曲等书院，在湖南有南岳、紫云书院，在安徽休宁有天泉书院，江苏江浦有新江书院，江西庐山有白鹿洞书院、安福复古书院，湖南衡阳有石鼓书院、南岳白沙书院等。
明代书院有平民化、社团化、政治化的特征。苏州常熟城的虞山书院（原名文学书院，又名学道书院），建于元至顺二年（1333），属于县级书院，是明代官府书院的典范。其《会约》规定盐灶、乞儿、皂隶等下层平民百姓可以进入书院听讲，甚至上堂讲说。泰州学派的“百姓日用之学”是书院平民化的典型。泰州学派的开山祖师王艮（1483-1541年），字汝止，号心斋，泰州安丰场（今江苏东台）人，出生灶户人家。王艮其学五传而有弟子487人，注意向下层民众传授知识与学问，樵夫朱恕、陶匠韩贞毕生从事乡间教育。
明代出现军事类书院、社团类书院和王府类书院。社团书院有统、有期、有仪、有图、有辅、有指、有录、有论、有程、有章、有戒，制度严明，具备现代社团的基本特质，订会约、会规、规约、规程、规章等，与会者称“同志”“同盟”，入会有“门籍”“会簿”“同门录”。会中讲学的内容，以“讲章语录”“会语”“商语”“会纪”等名目记录。立书院与联讲会（学会），是社团书院运作形式的一大特色。著名的讲会有越中书院讲会、姚江书院讲会、王门书院惜阴会、紫阳书院讲会、东林书院讲会、关中书院讲会、首善书院讲会，还有青原会、云兴会、同善会、西原会、水南会、兰西会、水西会、君山会、光岳会、九龙会、复初会、复古会、依仁会、天泉会等。王府类书院有自办教学者，有捐田助学者，有刻书出版者。另外还有仕学学院，为在职官员设立专门的讲学论道、修身养性的进修场所，如江西抚州的临汝书院、松江府（今上海市）的棠溪书院、绍兴的稽山书院。
从宋代开始，少数书院开始整理历史文献，编修书院志。如宋代欧阳守道曾任岳麓书院副山长、白鹭洲书院山长，记载曾为《莱山书院志》作跋，此志已不存，但它是中国书院发展史上第一部书院志。明朝开始，大量编辑、刊印反映书院自身发展历史及其讲学、会讲内容，记录其规章制度、田产、书目等情况的历史文献，用以总结经验教训，指导书院建设，是明代书院制度走向成熟的一个重要标志。《永乐大典》中有12卷专记各地书院的历史沿革与文献资料。
明代开始，书院制度开始移植于朝鲜，随后又传播到日本、东南亚甚至欧美地区，成为中外文化交流的纽带与桥梁。
明朝曾经多次发生禁毁书院之事，集中在嘉靖、万历、天启三朝，统称为“明季三毁书院”。嘉靖之毁主要针对王阳明、湛若学讲学。万历之毁主要源于张居正痛恨讲学（认为官员士人热衷讲学巴结上司、希冀升迁、拉帮结派、干扰视听、空谈废业）。天启之毁主要表现在魏忠贤残害“东林党”人。
民间书院讲学之风日盛，万历末年形成了东林、关中、紫阳、江右四大书院群体。讲学之人，多为被清洗排挤的正直官员，在反对派的打压之下，一些书院变成具有社团性、政治性的民间组织，并被人冠以“东林党”之名。“东林党”泛指东林书院、关中书院、仁文书院、紫阳书院、首善书院等书院群体。
江苏无锡的东林书院，北宋理学家杨时政和元年（1111）创建于城东。杨时是程颢、程颐的弟子，理学传至朱熹，成为影响古代中国社会数百年的官方哲学。东林书院因承接程朱而有“洛闽中枢”之称。金兵南侵，东林书院被毁，南宋时建祠堂称龟山书院，元至正十年（1350）改为东林庵。明成化年间，重建东林书院于城南。此后王阳明作《东林书院记》。至嘉靖、隆庆、万历年间东林书院修复。万历三十二年（1604）四月开始，顾宪成、高攀龙等人重建东林书院于城东故址，九月落成，耗银1200余两，置田200亩、地16亩。东林书院没有属于弟子之列的诸生常年在院学习，是同志诸君子的讲会场所，每年大会十日，每月小会三日，是一所典型的社团性书院。顾宪成拟定了《东林会约》。“东林八君子”是指顾宪成、顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、叶茂才、钱一本、薛敷教，前六人是无锡人，又有“无锡六君子”之称。就讲学而言，真正主盟东林者，只有顾宪成、高攀龙、吴桂森三人。顾宪成人称东林先生，万历四十年去世，为东林主盟前后八年，是东林讲学最兴盛的时期。
首善书院在大时雍坊（今宣武门内），是都御史邹元标、副都御史冯从吾讲学之所，任左都御史的高攀龙、兵部右侍郎余懋衡也在首善书院讲学。天启四年（1624），魏忠贤得势，叶向高、邹元标、冯从吾、高攀龙、赵南星等人先后罢官，讲学基本中断。天启五年，首善书院改作忠贤祠。
清朝书院共有5836所（第一位广东659所，第二位四川602所，第三位江西567所，第四位福建445所，第五位浙江436所，第五位河南383所，第六位湖南360所，第七位直隶287所，第八位江苏277所，第九位云南255所，第十位山东230所，第十一位安徽204所，第十二位山西203所），基本普及城乡。
乾隆时下旨将书院山长改称院长。圆明园中建皇家书院汇芳书院。扫平太平天国之乱的湘军将领曾国藩、曾国荃、胡林翼、左宗棠、郭嵩焘、李元度、刘长佑等皆是岳麓书院学生。太平天国之后，书院得到超高速发展。乾嘉汉学是以经学为主要研究对象的学术流派，其产生、发展和流布，与书院有密切关系。大多数乾嘉汉学学者或肄业、或讲学、或任教于书院，以阮元为代表的乾嘉汉学中坚直接创办诂经精舍和学海堂，培养了众多的汉学家。
西学东渐时，来华外国人将其创立的School、College、Institute、University、Academy等文化教育机构都叫做书院。走出国门的中国士人也将在西方见到的近代学堂、学校、图书馆、实验室甚至科学博物馆、展览馆等都称作“书院”。
光绪二年（1876），求志书院开设有算学、舆地等课程。光绪四年（1878），正蒙书院开设有舆地、时务、格致、数学等课程。光绪十一年，正蒙书院改为梅溪书院，增设英文、法文课程。光绪二十三年，崇实书院开设有格致、英文、算术、制造课程。张之洞在湖北开办经心、两湖书院，分算学、经济等课程。张之洞还派书院学生到日本学习陆军、实业、制造、师范等专业，到比利时学铁路，赴法国学数学。光绪二十七年，四川的致用书院中分立出专门的算学书院。中外合办的书院有上海的格致书院、厦门的博闻书院等，教学格致、化学、解剖学、西洋语言文字等，开设矿务、电力、测绘、工程、汽机、制造等课程。格致书院发行《格致汇编》，全部刊载自然科学知识和技术。
到清末，绝大部分书院改制为学堂。其中改为大学堂、高等学堂的有34所，另外改为中学堂、小学堂、学堂、蒙学堂、师范学堂、校士馆、存古学堂、女子学堂、实业学堂以及其他学校名称。
民国政府颁行壬子癸丑（1912-1913年）学制，废除读经，大学只设文、理、法、商、医、农、工七科。
（见邓洪波《中国书院史》）
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