日本从古代起即没有改换朝代，始终为皇室一系（号称“万世一系”）。但古代的天皇的事迹有来自传说、神话之虞，从崇神天皇开始考古学才能确认其实际存在，自应神天皇开始历史之可信度才大为提高。
第一系名单
1、神武天皇（じんむ）前660年2月11日—前585年3月11日 在位75年（日本史上首任天皇，传为天照大神的后裔。）
2、绥靖天皇（すいぜい）前585年11月8日—前549年5月10日 在位36年（由绥靖天皇到开化天皇共八代，历史上只有诞生、即位、以及建宫、立后等记载，没有治绩纪录，故在日本历史上称作阙史八代。）
3、安宁天皇（あんねい）前549年7月3日—前511年12月6日 在位38年（阙史八代，一说安宁天皇元年为前548年。）
4、懿德天皇（いとく）前510年2月4日—前477年9月18日 在位33年（阙史八代。）
5、孝昭天皇（こうしょう）前476年1月9日—前393年8月5日 在位83年（阙史八代。）
6、孝安天皇（こうあん）前392年1月7日—前291年1月9日 在位101年（阙史八代。）
7、孝灵天皇（こうれい）前291年1月12日—前215年2月8日 在位76年（阙史八代。）
8、孝元天皇（こうげん）前215年11月14日—前158年9月2日 在位57年（阙史八代。）
9、开化天皇（かいか）前158年11月12日—前98年4月9日 在位60年（阙史八代，一说开化天皇元年为前157年。）
10、崇神天皇（すじん）前98年7月13日—前30年12月5日 在位68年（首位在考古学上可考证的天皇。）
11、垂仁天皇（すいにん）前29年1月2日—公元70年7月14日 在位98年（废除殉礼。）
12、景行天皇（けいこう）71年7月11日—130年11月7日 在位59年（日本武尊东征。）
13、成务天皇（せいむ）131年1月5日—190年6月11日 在位59年（划分国、县、邑等地方行政区域。）
14、仲哀天皇（ちゅうあい）190年11月11日—200年2月6日 在位10年（日本武尊之子，违逆神旨而死。）
15、应神天皇（おうじん）200年1月1日—310年2月15日 在位110年（一说即传说中的八幡大神（八幡大菩萨）。）
16、仁德天皇（にんとく）310年11月3日—399年1月16日 在位89年（圣帝之世。）
17、履中天皇（りちゅう）400年2月1日—405年3月15日 在位5年（命诸国设置国史，但现已亡佚。）
18、反正天皇（はんぜい）406年1月2日—410年1月23日 在位5年（平定仲皇子之乱。）
19、允恭天皇（いんぎょう）410年12月—453年1月14日 在位43年
20、安康天皇（あんこう）453年12月14日—456年8月9日 在位3年（与轻皇子争位胜出。）
21、雄略天皇（ゆうりゃく）456年11月13日—479年8月7日 在位23年（暴君说。）
22、清宁天皇（せいねい）480年1月15日—484年1月16日 在位4年
23、显宗天皇（けんぞう）485年1月1日—487年4月25日 在位2年（市边押磐皇子遗儿。）
24、仁贤天皇（にんけん）488年1月5日—498年8月8日 在位10年（报德不报怨。）
25、武烈天皇（ぶれつ）498年12月—506年12月8日 在位8年（残暴不仁的天皇，仁德帝一脉终绝。）
26、继体天皇（けいたい）507年2月4日—531年2月7日 在位24年（应神天皇五代孙，第一位早期天皇。）
27、安闲天皇（あんかん）531年2月7日—535年12月17日 在位4年
28、宣化天皇（せんか）535年12月—539年2月10日在位4年
29、钦明天皇（きんめい）539年12月5日—571年4月 在位32年（崇佛废佛论争展开。）
30、敏达天皇（びだつ）572年4月3日—585年8月15日在位13年
31、用明天皇（ようめい）585年9月5日—587年4月9日在位2年（圣德太子之父。）
32、崇峻天皇（すしゅん）587年8月2日—592年11月3日在位5年（崇佛废佛论争完结，崇佛派苏我马子获胜并暗杀天皇，佛教地位奠定。）
33、推古天皇（すいこ）592年12月8日—628年3月7日在位36年（日本历史上首位女天皇。）
注： 推古二年（593年）至推古三十年（622年）由圣德太子摄政。
第二系天皇
孝德天皇统治的大化年间，以中大兄皇子（即后来的天智天皇）、中臣镰足等人为首的改革派发动了日本历史上从奴隶制到封建制过渡的大化革新。并经过天武、持统跟文武三代，将大化革新未尽的事业加以完成。之后，日本进入了封建社会，日本天皇制也进入了在历史上为期不长的一段鼎盛时期。这一鼎盛时期贯穿了奈良时代，一直到平安时代中期。奈良时代（710-794年），可以说是女帝称雄的时代。这一时期，先后经历了元明、元正、圣武、孝谦、淳仁、称德、光仁、桓武八代天皇，其中元明、元正跟孝谦（重登基后改称称德）三位均为女皇，在位统治近30年。此外，圣武天皇在位的25年，完全由光明皇后在幕后操纵。而淳仁天皇在位的六年，则由已宣布退位的孝谦女皇掌握实权。因此，这一时代真正由男性掌握权力的只有14年，为光仁天皇跟桓武天皇。延历十三年（794年），桓武天皇将都城由平城京（即奈良）迁往平安京（即京都），平安时代开始。迁都的那一夜，火树银花，一派祥和的景象，似乎预示着新都平安京能够“万年平安”。可是，自70年后的平安时代中期开始，皇室颓废，实权外落到藤原氏手中。号称“万世一系”的天皇家族从此走上了衰败的道路，被旁人所操纵。自藤原氏政权起，经历平氏政权、镰仓幕府、室町幕府、丰臣政权、江户幕府，天皇无权这一凄惨的状况一直持续了一千年左右。直到十九世纪江户幕府灭亡，政权才被奉还于天皇。
第二系名单
34、舒明天皇（じょめい）629年1月4日—641年10月9日 在位12年
35、皇极天皇（こうぎょく）642年1月15日—645年6月14日 在位3年（女天皇。）
36、孝德天皇（こうとく）645年6月14日—654年10月10日 在位9年（645年定年号为大化，创日本年号之始。推行大化革新，指定官制。）
37、齐明天皇（さいめい）645年1月3日—661年7月24日 在位16年（即皇极天皇，于孝德天皇死后重祚。）
38、天智天皇（てんじ）661年7月24日—671年12月3日 在位10年（天皇制确立。）
39、弘文天皇（こうぶん）671年12月5日—672年7月23日 在位1年（即位纪录于正史中被抹煞，又称大友帝。明治3年追赠谥号。）
40、天武天皇（てんむ）673年2月27日—686年9月9日 在位13年（强化天皇中央集权制。）
41、持统天皇（じとう）686年9月9日—697年8月1日 在位11年（天武帝皇后，女天皇。）
42、文武天皇（もんむ）697年8月1日—707年6月15日 在位10年（命藤原不比等等人编法典《大宝律令》，设置铸钱司。）
43、元明天皇（げんめい）707年7月17日—715年9月2日 在位8年（女天皇。）
44、元正天皇（げんしょう）715年9月2日—724年2月4日 在位9年（女天皇。）
45、圣武天皇（しょうむ）724年2月4日—749年7月2日 在位25年（设立东大寺。）
46、孝谦天皇（こうけん）749年7月2日—758年8月1日 在位9年（女天皇。）
47、淳仁天皇（じゅんにん）758年8月1日—764年10月9日 在位6年（又称“淡路废帝”，明治维新后追赠淳仁之谥号。）
48、称德天皇（しょうとく）764年10月9日—770年8月4日 在位6年（孝谦天皇重祚，与僧道镜有染。）
49、光仁天皇（こうにん）770年10月1日—781年4月3日 在位11年（天智系一脉。）
50、桓武天皇（かんむ）781年4月3日—806年3月17日 在位25年（异称“柏原天皇”，迁都平安京，开创平安时代。）
51、平城天皇（へいぜい）806年3月17日—809年4月1日 在位3年（异称“奈良天皇”，下令迁都—迁回旧都平城京，引发药子之变；追号根据其所住宫殿的地名。）
52、嵯峨天皇（さが）809年4月1日—823年4月16日 在位14年（和文全盛期，允文允武。追号根据其让位后的住所。）
53、淳和天皇（じゅんな）823年4月16日—833年2月28日 在位10年（又称“西院之帝”。追号根据其让位后的住所。）
54、仁明天皇（にんみょう）833年2月28日—850年3月21日 在位17年（异称“深草天皇”，发生承和之变。）
55、文德天皇（もんとく）850年3月21日—858年8月27日 在位8年
56、清和天皇（せいわ）858年11月7日—876年11月29日 在位18年（追号根据其让位后的住所。）
57、阳成天皇（ようぜい）876年11月29日—884年2月4日 在位8年（阳狂之帝。追号根据其让位后的住所。）
58、光孝天皇（こうこう）884年2月5日—887年8月26日 在位3年（异称“小松帝”。）
59、宇多天皇（うだ）887年8月26日—897年7月3日 在位10年（臣籍降下，之后恢复皇籍即位；追号根据其让位后的住所。）
60、醍醐天皇（だいご）897年7月3日—930年9月22日 在位33年（出生时为臣籍，恢复皇籍后即位，编纂古今集，追号根据其山陵之名。）
61、朱雀天皇（すざく）930年9月22日—946年4月20日 在位16年（将门、纯友之乱；追号根据其让位后的住所。）
62、村上天皇（むらかみ）946年4月20日—967年5月25日 在位21年（追号根据其让位后的住所。）
63、冷泉天皇（れいぜい）967年5月25日—969年8月13日 在位2年（追号根据其让位后的住所。）
64、圆融天皇（えんゆう）969年8月13日—984年8月27日 在位15年（追号根据其住所（寺名、庵号）。）
65、花山天皇（かざん）984年8月27日—986年6月23日 在位2年（追号根据其住所（寺名、庵号）。）
66、一条天皇（いちじょう）986年6月23日—1011年6月13日 在位25年（追号根据其在位时的皇居的宫名。）
注： 第37代齐明女皇为第35代皇极女皇重新登基后的称号，因此她们是同一人；同样，第46代孝谦与第48代称德也是同一人。
第三系天皇
在藤原氏掌握大权之后，天皇始终无法将权力真正掌握在自己手里。除了藤原氏、平氏跟丰臣氏三个时期是关白摄政外，其余时期的权力都是掌握在幕府将军手里。但不管是实际上也好，还是名义上也好，毕竟因为是日本的最高统治者的缘故，在皇权旁落后的历代天皇中，也有那么一些既不甘心做外戚或幕府政权的傀儡，并且也有一定实力的天皇，为将大权夺还而努力。后醍醐天皇即是其中最有代表性的人物。继后嵯峨天皇之后，他的两个儿子即后深草天皇跟龟山天皇相继即位，从那时开始，天皇开始分为两个皇统——即后深草一系的持明院统跟龟山一系的大觉寺统。这两派围绕皇位继承问题展开了激烈的争斗。面对这种情况，对皇位继承拥有决定权的镰仓幕府采取不偏不倚的政策，制定了两统交替即位的“两统迭立”方案。按照这一方案，1318年，大觉寺统的后醍醐天皇即位。后醍醐天皇即位后，立即重用勤王派的大臣，与镰仓幕府展开斗争。各地勤王军纷纷举起讨幕大旗。后来，由投靠后醍醐天皇的幕府武将足利尊氏给予镰仓幕府致命一击。1333年5月，镰仓幕府灭亡。后醍醐天皇将政权握在自己手中，并取我国汉光武帝刘秀消灭王莽、复兴汉室之意，改年号为“建武”，这就是日本历史上的“建武中兴”。然而，由于建武新政权对广大武士阶层采取防范政策，引起各地武士的不满和失望。1335年7月，足利尊氏奏请天皇封他为征夷大将军，未获，愤然离京。次年5月，足利军在凑川大败朝廷的新田义贞军和楠木正成军，攻入京都。8月，足利尊氏拥持明院统丰仁亲王为光明天皇。12月，后醍醐天皇逃入吉野山，并在此再次即位，称为“南朝”，并称京都方面的北朝为“伪朝”。日本进入长达50多年的南北朝时代。在南北朝时代，虽然北朝的持明院统居住在京都，然而，象征天皇神权的“三神器”——八咫镜、坂琼曲玉和草剃剑却在南朝大觉寺统手里。因此，虽然幕府拥立北朝，但是北朝却并不能算是“正统”。1392年，在将军足利义满（就是《聪明的一休》里面的那个将军，）的调停下，南朝的后龟山天皇将“三神器”交予北朝的后小松天皇，自己进入京都大觉寺当了上皇。然而，足利义满并没有兑现自己的诺言，即并没有实行“两统迭立”的方案。虽然大觉寺统后龟山天皇的后代们发现上了当，但是为时已晚。于是从后小松天皇开始，历代的天皇均为持明院统的嫡系后代，而大觉寺统的皇族们再也无缘染指皇位。
第三系名单
67、三条天皇（さんじょう）1011年6月13日—1016年1月29日 在位5年（追号根据其让位后的住所。）
68、后一条天皇（ごいちじょう）1016年1月29日—1036年4月17日 在位20年
69、后朱雀天皇（ごすざく）1036年4月17日—1045年1月16日 在位9年
70、后冷泉天皇（ごれいぜい）1045年1月16日—1068年4月19日 在位23年
71、后三条天皇（ごさんじょう）1068年4月19日—1072年12月8日 在位4年
72、白河天皇（しらかわ）1072年12月8日—1086年11月26日 在位14年（遗谥，追号根据其让位后的住所。）
73、堀河天皇（ほりかわ）1086年11月26日—1107年7月19日 在位21年（追号根据其在位期间皇居的宫名。）
74、鸟羽天皇（とば）1107年7月19日—1123年1月28日 在位16年（追号根据其让位后的住所。）
75、崇德天皇（すとく）1123年1月28日—1141年12月7日 在位18年（保元之乱、大怨灵，有“赞岐院”之称。）
76、近卫天皇（このえ）1141年12月7日—1155年7月23日 在位14年（追号根据其在位期间皇居的宫名。）
77、后白河天皇（ごしらかわ）1155年7月24日—1158年8月11日 在位3年（发生源平之争。）
78、二条天皇（にじょう）1158年8月11日—1165年6月25日在位7年（平治之乱，源义朝被杀，其子赖朝被流放，平氏专权。追号根据其在位期间皇居的宫名。）
79、六条天皇（ろくじょう）1165年6月25日—1168年2月19日 在位3年（追号根据其让位后的住所。）
80、高仓天皇（たかくら）1168年2月19日—1180年2月21日 在位12年（追号根据其让位后的住所。）
81、安德天皇（あんとく）1180年2月21日—1185年3月24日 在位5年（平氏一族灭亡。1183年至1185年与后鸟羽天皇并立。）
82、后鸟羽天皇（ごとば）1183年8月20日—1198年1月11日 在位15年（又称“隐岐院”。）
83、土御门天皇（つちみかど）1198年1月11日—1210年11月25日 在位12年（又称“阿波院”、“土佐院”。追号根据其在位时的皇居的宫名。）
84、顺德天皇（じゅんとく）1210年11月25日—1221年4月20日 在位11年（又称“佐渡院”，在位期间发生承久之乱，朝廷倒幕军战败，自此被幕府所控制，后鸟羽天皇、土御门天皇、顺德天皇被流放。）
85、仲恭天皇（ちゅうきょう）1221年4月20日—1221年7月9日 在位3月（承久之乱发生后被废黜，仅在位77日，因此有“九条废帝”之称。谥号为明治3年追赠。）
86、后堀河天皇（ごほりかわ）1221年7月9日—1232年10月4日 在位11年（追号根据其在位时的皇居的宫名。）
87、四条天皇（しじょう）1232年10月4日—1242年1月9日 在位10年（追号根据其生前的皇居。）
88、后嵯峨天皇（ごさが）1242年1月9日—1246年1月29日 在位4年（遗谥。）
89、后深草天皇（ごふかくさ）1246年1月29日—1259年11月26日 在位13年（遗谥。）
90、龟山天皇（かめやま）1259年11月26日—1274年1月26日 在位15年（遗谥，根据其让位后的住所。）
91、后宇多天皇（ごうだ）1274年1月26日—1287年10月21日 在位13年（遗谥。）
92、伏见天皇（ふしみ）1287年10月21日—1298年7月22日 在位11年（追号根据其让位后的住所。）
93、后伏见天皇（ごふしみ）1298年7月22日—1301年1月22日 在位3年（遗谥。）
94、后二条天皇（ごにじょう）1301年1月22日—1308年8月25日 在位7年
95、花园天皇（はなぞの）1308年8月26日—1318年2月26日 在位10年（遗谥，根据其让位后的住所。）
96、（南朝1）后醍醐天皇（ごだいご）1318年2月26日—1339年8月15日 在位21年（南朝第一任天皇。遗谥。）
97、（南朝2）后村上天皇（ごむらかみ）1339年8月15日—1368年3月11日 在位29年（南朝天皇。明治44年追赠追号。）
98、（南朝3）长庆天皇（ちょうけい）1368年3月11日—1383年10月 在位15年（南朝天皇。大正15年追赠谥号。）
99、（南朝4）后龟山天皇（ごかめやま、1383年10月—1392年10月5日 在位9年（南朝最后一任天皇。明治44年追赠追号。）
（北朝1）光严天皇（こうごん）1331年9月20日—1333年5月25日 在位2年（遗谥，根据其所居住的寺名、庵号。）
（北朝2）光明天皇（こうみょう）1336年8月15日—1348年10月27日 在位12年（遗谥，根据其所居住的寺名、庵号。）
（北朝3）崇光天皇（すこう）1348年10月27日—1351年11月7日 在位3年（遗谥。）
（北朝4）后光严天皇（ごこうごん）1352年8月17日—1371年3月23日 在位19年（遗谥。）
北朝5、后圆融天皇（ごえんゆう）1371年3月23日—1382年4月11日 在位11年（遗谥。）
100（北朝6）、后小松天皇（ごこまつ）1382年4月11日—1412年8月29日 在位30年（北朝第六代天皇，在将军足利义满的协助下，接收了南朝后龟山天皇交出的传国神器，统一了南北朝。）
注： 从第96代后醍醐天皇到第99代后龟山天皇，这四代天皇是南朝天皇，居住在吉野山。但由于北朝没有象征神权的“三神器”，因此这四代天皇仍是“正统”， 所以按南朝来记代。直到后龟山天皇将“三神器”交予北朝后小松天皇，后小松天皇才能算是第100代天皇。
第四系天皇
虽然自藤原氏以来，天皇皇权便已旁落到摄政关白或是幕府将军手中，但使天皇的政治地位跌落至谷底的，是日本历史上最后一个幕府——江户时代德川幕府。1615年，幕府公布《禁中并公家诸法度》十七条，详细地限制了天皇和公卿贵族的权力和行动。《法度》明确地规定，天皇“以学问为第一”，无须过问国事。凡宫廷官员的任命、天皇公卿的服饰冠带、天皇的出巡等等均需征得幕府的同意。《法度》中唯一保留天皇权力的条文只有第八条：天皇有权按“本朝先规”决定年号。于是，无论是形式上还是实际上，皇室的权力完全被幕府所剥夺。1853年，随着培理舰队的到来，日本锁了两百年的国门被坚船利炮敲开。日本历史的年轮转到了被称为“幕末”的时期。随着倒幕派的烽起，孝明天皇的去世，德川幕府统治走到了尽头。1868年1月，末代将军德川庆喜交出政权，孝明天皇之子睦仁继承皇位，改年号为“明治”，同时发布“王政复古”诏书。从此，天皇重新回到了政治舞台的中心。1868年11月，明治天皇将都城由京都迁往江户，同时将江户改名为东京。迁都东京后，明治政府大张旗鼓地开始了资产阶级改革，这就是日本历史上重要的“明治维新”。明治维新以后的日本，不再是任由列强欺辱的封建小国，而是本身成为了帝国主义列强之一。对沙皇俄国的宣战以及取得日俄战争的最后胜利，使日本的野心急速膨胀，最终走上了军国主义道路。1926年，大正天皇殁，皇太子裕仁登基，改年号“昭和”。昭和时代初期，日本军国主义的侵略扩张大规模展开。1931年（昭和6年）秋，“九·一八”事变 爆发，日军侵占我国东北。1937年（昭和12年）7月7日，日军挑起“卢沟桥事变”，发动全面侵华战争，抗日战争爆发。同年12月13日，侵华日军占领南京，发动长达6周、惨绝人寰的“南京大屠杀 ”， 约30多万中国军民惨死在侵略者的屠刀之下。1941年（昭和16年），日军偷袭珍珠港，太平洋战争爆发。这一系列战争，给中国、朝鲜、东南亚及太平洋地区的人民带来地狱般的灾难，同时，日本人民也承受着战争所带来的苦难。而昭和天皇裕仁，对于这一系列战争的发动有着不可推卸的责任。1945年（昭和20年）8月15日，日军投降。美军占领日本，改日本专制天皇制为君主立宪制，天皇作为日本的象征被保留下来。1989年1月7日清晨，昭和天皇去世，前半段伴随着战争的阴影，后半段构建了日本繁荣的基础的昭和时代降下帷幕。同日，皇太子明仁继位， 改年号“平成”。
第四系名单
101、称光天皇（しょうこう）1412年8月29日—1428年7月20日 在位16年（追号由称德、光仁这两个谥号合而为一。）
102、后花园天皇（ごはなぞの）1428年7月28日—1464年7月19日 在位36年（异称“后文德院”。）
103、后土御门天皇（ごつちみかど）1464年7月19日—1500年9月28日 在位36年
104、后柏原天皇（ごかしわばら）1500年10月25日—1526年4月7日 在位26年（即位21年后才行即位仪式。）
105、后奈良天皇（ごなら）1526年4月29日—1557年9月5日 在位31年
106、正亲町天皇（おおぎまち）1557年10月27日—1586年11月7日 在位29年（追号根据其皇居二条殿对面町的名字。）
107、后阳成天皇（ごようぜい）1586年11月7日—1611年3月27日 在位25年（丰臣秀吉、德川家康等大名在京都聚乐第觐见天皇。）
108、后水尾天皇（ごみずのお）1611年3月27日—1629年11月8日 在位18年（遗谥。）
109、明正天皇（めいしょう）1629年11月8日—1643年10月3日 在位14年（女天皇。追号由元明、元正两个谥号合二为一。）
110、后光明天皇（ごこうみょう）1643年10月3日—1654年9月20日 在位11年
111、后西天皇（ごさい）1654年11月28日—1663年1月26日 在位9年
112、灵元天皇（れいげん）1663年1月26日—1687年3月21日 在位24年（追号由孝灵、孝元两个谥号合而为一。）
113、东山天皇（ひがしやま）1687年3月21日—1709年6月21日 在位22年（追号根据其山陵名。）
114、中御门天皇（なかみかど）1709年6月21日—1735年3月21日 在位26年（追号根据其皇居附近的宫门。）
115、樱町天皇（さくらまち）1735年3月21日—1747年5月2日 在位12年（追号根据其让位后的住所。）
116、桃园天皇（ももぞの）1747年5月2日—1762年7月12日 在位15年
117、后樱町天皇（ごさくらまち）1762年7月27日—1770年11月24日 在位8年（至今最后一位女天皇。）
118、后桃园天皇（ごももぞの）1770年11月24日—1779年11月9日 在位9年
119、光格天皇（こうかく）1779年11月25日—1817年3月22日 在位38年
120、仁孝天皇（にんこう）1817年3月22日—1846年2月6日 在位29年（天保改革（1841年）。）
121、孝明天皇（こうめい）1846年2月13日—1866年12月25日 在位20年
122、明治天皇（めいじ）1867年1月9日—1912年7月30日 在位45年（实施明治维新（1868年）。发动中日甲午战争、日俄战争，击败清朝和俄国，加速日本现代化的步伐。开始实行一世一元制。）
123、大正天皇（たいしょう）1912年7月30日—1926年12月25日 在位14年（在位期间日本卷入第一次世界大战，1921年因病由皇太子裕仁摄政。）
124、昭和天皇（しょうわ）1926年12月25日—1989年1月7日 在位64年（日本迄今在位最久和最长寿的天皇（在位共计62年2周，享寿88岁）。在位期间与轴心国发动第二次世界大战，最终战败。）
125、明仁天皇（あきひと）1989年1月7日—今（第一位在关东地方即位的天皇。）
注： 明治元年，“一世一元制”确立，即一代天皇一个年号。 因为现今的日本天皇明仁在世，所以没有谥号，不能叫做“平成天皇。平成是年号而非谥号，天皇在世时是不可以称呼为平成天皇的。
