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测序文章如何看?(转载)

测序文章如何看?

 
下面这位网友的提问非常有代表性,我妄谈几句我的看法:

顶尖杂志上发高水平的文章确实可喜,但总觉得先在我们国家好像进入了测序小高潮,不管什么物种,只有有钱就拿来测序,尤其是一些国外不太感兴趣去测的,测完了之后就是一篇大文章,有了大文章以后,就会是一个名利双收的局面,但是测的这些序列对于解决实际的问题,提升我国的科研水平有多大的贡献,对于这个问题我一直看得不是很明白,尤其是看了王俊老师和饶毅的那段对话之后,更有点迷惑了,不知道严老师怎么看待这个问题!
 
1)测序文章还会继续发,而且很重要。记得上次NATURE杂志生物方面的编辑来座谈,就明确表明了这个态度,关键是文章的质量和想法。现在光凭一个测序要发好文章,没有创造性是不可能了。我估计不会太久就会发现,plos one也会有很多测序的文章。所以能发到高档次杂志的,说明还是有故事的,有新意的。比如刚发的柑橘的文章,提出的进化的过程就简单明了,而且有吸引力。
 
2)测序的文章有没有用?当然有用,而且用处很大。水稻的基因组出来之后,对水稻基础研究的推动作用有目共睹。另外一个例子,家蚕在世界一直默默无闻,但在向院士贷款测序之后,对家蚕功能基因组的研究推动明显,也让我们国家这方面的研究有一席之地,现在竟然是动物的模式物种。
 
3)测序是起点而不能作为终点。现在有很多人喜欢找几个校物种,测测发了一篇文章,然后没有下文。这种为人做嫁衣的方式不能鼓励。我们应该要求和鼓励以测序为基础做系统研究的思路。所以评价一个团队或者一个物种是否研究的好,看是否有系列研究,是天天在测不同的物种,还是围绕一个问题开展了系列研究。比如玉米测序完成后,系列文章在plos genetics整整发了10篇,随后又有多篇高水平工作。家蚕也不错。这是围绕一个基因组开展系统工作的证据。华大为人诟病的地方,就是测序很多,但真正回答的科学问题不多,没有系统的研究。当然如果华大定义为一家公司,无可厚非。
 
4)下一个热点是什么,基于测序的多样性分析,就是测更多的材料。但我希望能更针对具体的科学问题,如果擅长基因组,那就深入阐述基因组的结构和变异,以及其生物学原因。如果擅长遗传学,那就针对特定性状,建立基因组变异和表型变异的联系,寻找关键基因,阐明分子生物学机制。其空间和潜力无限,但需要长期的和坚持不懈的努力。
 
5)我们的差距在哪里,现在我们产生数据,经费支持力度都很强。我们差在解析数据,讲故事的人。缺乏树立长远目标,做系统工作的雄心和智慧。
 
希望我们科研单位能建立长效评价体系,不太急功近利,支持下一代年轻科学家做系统、深入和扎实的工作。
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