古代哲学思想对《内经》及中医学术体系形成的影响主要是表现在思维方式与思维理念的影响上。在这方面，《周易》具有其独特且又权威的代表性。
孙思邈曾云：“不知《易》不足以言太医”。那么，《易经》与中医之间究竟有多少内在的联系呢？有学者认为，中医这一概念迄今为止都没有一个满意的解释！实际上，中医是源于中国古代朴素的哲学思想；不偏不倚是为“中”，不偏不倚即是平衡，治疗疾病即为“医”。故可以这样说：中医即是调节平衡，平衡医学也即是中医学。人身不过一阴阳化气而成。实际上中医学是一个庞大的理论体系，她涵盖了中国古代天文学、地理学、哲学、军事学等各个领域。尤其与古代哲学有密切的关系。
《内经》里有所谓的“阴平阳秘，精神乃治”。如何调平衡，中药有寒热温凉四性，针灸有补泻，儒家有浩然之，道家有导引，佛家主张“戒”等。中医诊病有望闻问切四法，通过四诊分析人体阴阳气血津液的盈亏，经络的虚实。通过中药、针灸、推拿、导引等法，有余泻之、不足补之。
在未谈《易经》与《内经》的关系之前先浅要地介绍一下佛家与中医的关系：
佛家主张“戒”！戒掉“贪”、“嗔”、“痴”、“慢”等；在禅为“定”（远离妄想执著，求得清静心、平等心等），在“定”中开悟大智“慧”（觉）；摆脱“分别”、“妄想”、“执著”、“烦恼”这四“罪”；从此再没有生老病死之痛苦，这也就是所谓的“跳出三界外，不在五行中”的说法了。而至于人为什么生病？佛家的解释是：因为人为了生存就必须从社会中索取生活的必需。而既然是“索取”，那么就一定会有“有道”与“无道”之分；取之有道则心安理得，取之无道则心惊胆颤而病。也有体力劳动与脑力（心）劳动之分：体力劳动劳“身”，身劳太过则身病；脑力劳动太过则心病。另外，不合己意，则“嗔”恚他人，肝肺因此而病；“痴”迷于某物，食不香，寐不安；懒惰“慢”则筋脉弛缓；轻慢他人会遭到鄙视。
哲学的本质就是能使人明白事理的学说，不明事理也就不明医理，故而才有孙思邈所谓的“不知《易》不足以为太医”之说。《易经》是宇宙的代‘数学’，当今也有其极高的科学内涵。首先大要地了解一下《易经》。
《易经》是由“乾”、“坎”、“艮”、“震”、“巽”、“离”、“坤”、“兑”八卦组成的。八卦涵盖了宇宙事物特性的八种属性。八卦由阴阳两种符号（爻）组成。《易经》曰：太极 （宇宙在混沌状态）生两仪（阴阳），两仪生四相，四相生八卦，八卦定乾坤（天地）。八卦错综形成六十四卦，使事物分类更加详细。凡具备刚健、上进、纯阳等特性的都属乾；具备向下、流动、中满等特性的都属坎；具备静止、隆起、覆碗等特性的都属艮；具备动摇、响声、仰盂等特性的都属震；具备向内、入、下断等特性的都属巽；具备向上、艳丽、火热、明亮、中虚等特性的都属离；具备广大、柔顺、纯阴等特性的都属坤；具备喜悦，善言、开口、上缺等特性的都属兑。宇宙万物的八种属性在人体的体现为：乾为头为肺为骨五行属金；坎为肾为膀胱为血为津液五行属水；艮为脾为胰为乳房五行属土；震为肝为四肢为筋五行属木；巽为胆五行属木；离为目心五行属火；坤为腹为胃五行属土；兑为口为大肠五行属金。八卦错综形成六十四卦。例如：上坎下离，坎为水，离为火，水加于火、心交与肾则“气”化成，酣然入眠，卦象既济。上离下坎，坎为水，离为火，水火失交、心肾不交，气化不成，难以入眠，卦象未济。其他八卦错综形成之卦象来说明人体脏腑功能状态并以此指导用药，疗效显著。以既济为例予以详说：“水”加于“火”既济，“气”化成，津液上乘于口。中药分辛、甘、淡具有发散作用的为热（阳）性药，酸苦咸寒涌泄为寒（阴）性药。阳性药加在寒凉之病（阴证），气就化成。同样阴性药加在阳证（实热证和阴虚发热病），气也化成。对于“气、津、液”的概念，“水”加于“火”是为“气”；“阴”为里、内、水、寒、夜、下等，“阳”为昼、火、热、燥、上、天等。“阴”加于“阳”是为津，“阳”加于“阴”是为“液”。“津、液”渗入血管为“阴”。血液渗于组织即为“阴”。五脏六腑，五脏藏而不泻，六腑泻而不藏；藏泻平衡则“阴”平“阳”秘，是为“平人”，医者明斯理，天下人同登寿域为期不晚。
《易经》在思维方式及思维理念方面对《内经》及中医学术体系形成的影响主要体现在两个方面：
第一，观象明理和思维模式化：
观象是思维过程的起点。人们运用感官直接感受或体验事物之象，最初是直观比照；随着思维能力的发展，提出“观象玩辞”、“观象蕴意”等引出道理和原则；并发展为“观象明理”。这个“理”是指事物的功能、作用和运动方式，也就是对事物本质的认识。藏象学说就是在这种思维方式的参与下形成的。思维模型是人们按某种特定的目的对认识对象所做的简化描述，是对原型进行模拟所形成的特定样态。《易经》的思维模式化倾向很明显，有阴阳、三才、四象、河图、洛书、八卦等模型。如在藏象方面，有阴阳模型以论脏腑、气血、营卫；有三阴三阳模型以论六经；有五行模型以论五脏等。在病机方面，也有疾病部位的表里模型；疾病性质的寒热模型；疾病发展态势的邪正虚实模型等。总之，模式思维是中医进行理论和临床思维的重要方法。
第二，辨证思维：辨证思维是《易经》最为系统、丰富的一种思维方式，对于《内经》及中医理论和学术体系的形成，有三个方面的影响。
一、整体思维方面：整体思维以普遍联系、相互制约的观念看待世界及一切事物，认为自然万物是一个连续的、不可分割的有机整体；部分作为整体的构成要素，其自身也是一个连续的、不可分割的有机整体，同时又与整体不可分割；另外部分还可以无限再分为更小的部分；因而认为万物同源、同构、同律！如每个卦象同时具有下中上、初中末、天地人之意，反映了《易经》的天人时空整体观。这使当时的医学家面对有关人体生理、病理与天时气候、地土方宜、社会人事相联系的大量资料，运用整体思维的原理进行阐释和概括，建构《内经》三才合一的整体医学模式。故《素问-阴阳应象大论篇第五》说：“其在天为玄，在人为道，在地为化。化生五味，道生智、玄生神。”并以三才为经，五行为纬，详为论述天、地、人诸事物的类属及相互关系。
《内经》全息医学思想可能也受整体思想的启发。《易经》认为六十四卦贮藏着宇宙全部的信息，故《系辞》有“极天下之赜者存乎卦，鼓天下之动者存乎辞”之说。后世医易学家提出“宇宙大天地”、“人身小天地”之说。《内经》则有脉诊、目诊、耳诊、面诊等察局部而诊断全身疾病的全息诊法。
二、变易思维方面：《易经》强调事物的变易属性，如通过爻象的位置变化实现了卦变，反映变化乃自然不易规律；在思维观念上指导《内经》的作者，从运动变化的角度研究人体的生命活动。如《素问-玉机真藏论》以“神转不回”论生命的有序变化；以变动不息的观点研究疾病的过程；病随时空而变，治随病变而施，这是辨证论治的基本精神之一。
三、相成思维方面：整体联系、运动变化，都要依赖其内部相互对等的两个方面相互作用来实现，即就是相反相成！首先，相成的前提是相反，而相反之双方是相互依存且不可分离的，并必须将它们约定在一个统一的整体之中，如乾坤、刚柔、动静等，从而使阴阳划分为不同的层次。《内经》的阴阳即处于相对独立的整体中；又分多层次，目的是对人体的功能活动以性质不同划分为层次不同的对立面，以便从相反功能的相互作用方式上分析其相成机制与规律。其次，相反双方相互作用的结果是相成，和谐是相成的稳态表现。《易经-乾卦》篆曰“保合太和乃利贞”，“太和”是事物高度和谐的境界。《素问-上古天真论》以“形与神俱”作为健康标准；《素问-至真要大论》以“谨察阴阳所在而调之，以平为期”，“令其条达而致和平”作为治疗追求的目标。因而，“守中贵和”就成为《内经》掌握人体生理病理、确定诊断与治法及养生方案的基本思路。
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