纵观历史，陆军和海军的竞争几乎每个国家都有，而且往往十分激烈，但是日本陆海军之间的相互仇恨程度无与伦比。它是长期积累起来的矛盾，一直可以追溯到宗族之间血腥的土地之争。当明治维新后期日本建立起现代的海军和陆军时一些宗族将他们的子弟送进一个军种，而他们的对头们则一定参加另一个。这样他们的敌意一直持续下去甚至发展成了公开的仇敌关系。
陆海军不合带来的毁灭性打击遍及各处，包括经济动员、战略性供应的征集和部署、军备设计和生产以及成品的分配。
从制度上讲，陆军和海军的后勤供应都是由通产省掌管和分配的。通产省和一个内阁计划委员会共同负责制定经济政策。但是，海军和陆军都拒绝向行政部门提供任何关于他们战略物资的接收和存货的数据。这样一来，任何实际的计划都难以实施。
在战争初期，日本曾经进行过一次弥合两军关系的尝试。他们建立所谓的控制机构，并赋予其相当巨大的权利。这些机构是以政府的面目出现的，每一个机构的领导都由一位来自战备相关行业的行政官员担任。陆军和海军的反应是对控制机构毫不理睬，继续随心所欲地使用他们的储蓄物资，直接向生产厂家发送订单（其中有些厂家就是属于军队的），混乱仍在继续。
两军的争吵在至关重要的飞机工业中最为激烈，在这里双方都建立了自己的控制机构。一位民用经济计划制定者藤原银次郎在对飞机工业进行调查之后抱怨道：“海军在科技上比陆军领先，所以陆军竭力争取赶上，然后海军又竭力保持领先，这样就形成了一场争取优势地位的紧张斗争。”
藤原的研究结果显示，到1943年的夏天尽管日本已经拥有年产53000架飞机的能力，但是实际每年生产数量连10000架都不到。对此，他的解释为：“陆军和海军出于竞争而小题大做，但他们没有取得什么实际的结果。他们拥有规模宏大的工厂和相当精良的机器，但是每当陆军建一个大的工厂，海军马上也会建一个。他们只顾着盲目的攀比，却很少考虑到实际效率。”这种浪费行为造成的一个直接后果是：在那些用来制造飞机的宝贵铝材中，只有55%确实变成了飞机，而余下的部分全部被作为废料倒卖进了黑市。截至战争结束，海军制造出的飞机有53种基本机型，共112个品种，而陆军则有37个基本机型，共52个品种。
在从被占领的荷属东印度开采石油的问题上，双方的争斗时间也长到了荒唐的程度。海军由于对石油的需求极为迫切，不得不从这里进行了大量的开采。陆军由于步兵占了绝大多数，所以它的石油主要是用于航空兵，除此之外就没有什么需求了。但是，陆军实际上早已经垄断了日本的石油资源。
这种不平衡来自于一种奇怪的安排方式：被占领地区的石油资源的分割情况是由最先占领该地区的军种决定的。在这点上陆军占有明显的优势，它掌握着最主要的油田，还握有6座大型的炼油厂，这使得陆军拥有了前荷兰属地中85%的石油资源，这样海军能得到的就所剩无几，它手中掌握的只有婆罗洲的两个港口。
为了满足自己远远超过陆军的石油需求，海军不得不采取了类似敲诈的手段，它威胁说，如果陆军不分给它更多的石油，它就要扣留发往日本的所有油轮。虽然因此成立了一个陆-海军石油委员会来解决分歧，但实际上争斗更加剧烈了。对于委员会所下达的石油分配命令，通常双方都置之不理。海军在海战中的失败，和其长期的石油短缺也存在着极为密切的关系。
尽管海军掌握着油轮的垄断权，但陆军还是建起了自己的造船厂，而且它对商业船运也颇有涉足。实际上，早在战争开始时，陆军手中掌握的船舶的总吨位就已经达到了210万吨，而同时民用的“航运控制协会”的船舶总吨位是170万吨。而在实际操作中，两军之间也决不进行任何合作的努力。陆军的航运总部在宇品，海军的航运办公室则在横须贺，他们从未交换过关于船只起航、路线、装载情况以及到港时间等任何信息，甚至连发现了敌方的潜水艇这样的事也互不通知。
日本二战中未能研制出高效的雷达，这也要归咎于两军之间的争斗。美国的雷达专家们在战后的报告中指出：“日本的军事首脑们必须收到严厉的批评，他们使陆军和海军的研究开发以及生产工作一直处于完全隔离的状态。日本缺乏拥有足够技能来从事雷达研究的科学家，无法展开工作。然而他们竟然还坚持在两军中进行各自为政的秘密研究，企图用不到一半的人来完成全部的任务，这种事倍功半的方式真是愚蠢到了极点。”
陆军掌握着最高的军事征募权利，因此它就老实不客气的把那些技术熟练的飞机制造工人统统征到了自己的序列之下，特别是那些原本在给海军生产物资的工厂中工作的人。一个典型的例子是大约4500名九州飞机制造公司的工人受到了征召，占到了全州雇员的50%，他们的位置被换上了毫无技术、毫无经验的妇女、学生和朝鲜人。陆军和海军似乎都很乐于让他们的供应厂家们生产用途相同的但却形状各异的产品。“即使是生产一个螺钉，陆军可能要造成左旋的，而海军则要造成右旋的来表示与其不同。”日本同盟新闻社的记者加藤益雄在回忆中这样说道。
到了1943年的12月，日本的工业已经极度混乱，以至内阁计划委员会和通产省全部被取消掉了，代之以一个新的军需省，由东条英机兼任部长，它的任务就是专门消除由于那两个互不相让的军种所引起的混乱。
凡是那些和战时供应品生产稍有瓜葛的私人企业都被列为“军需厂家”。这个含糊不清的称号一共被授给了671家厂商。军需省对厂商的生产安排有独家控制权，还控制着下属厂家的资金，并且可以按照它的喜好对厂家进行任意的拆解组合。
然而军需省的努力遭到了可耻的失败，仅从部长走马灯般的替换中就可以清楚的看到这一事实。东条英机很快就对军需大臣的工作感到厌烦，于是将其转给了副大臣岸信介。岸信介的继任者是经济学家藤原银次郎，他就是那位意志坚强、能力卓越的三井工业集团的前任总裁，藤原后来带着愤怒辞去了这一职务，取代他的是一个名叫吉田的昏庸官僚。对此藤原解释道：“问题在于必须找到一个陆军和海军都能接受的人，于是他们找到了这么一个妥协方案——任用吉田，尽管这个人根本一事无成，毫无用处。也许他们觉得任用一个对工作一无所知的人就能使他们双方都放开手脚吧。”
纵观整个二战过程中，这两个军种之间很明显的不需要一个协调的指挥。就在中途岛战役后不久，海军准将高木础吉大胆的向海军军令部建议，提出日本胜利的唯一希望就在于陆军和海军在一个最高司令部之下采取联合行动。但两军都拒绝进行任何实际的合作，即使在作战地区也是如此。
作战地区中权利在两个军种间的分配并没有一个清楚的规则，陆军掌握了大部分的指挥权，但海军控制了新几内亚的一半、所罗门群岛、苏拉威西岛以及被托管的马绍尔群岛，加罗林群岛和马里亚纳群岛。双方都认为对方控制下的地区与自己毫不相干。还是那个同盟新闻社的加藤，他认为这种情况就是造成1944年6月塞班岛失守的原因，他在这篇文章中写道：“分配给海军的船只数量不足以守卫这一地区，而陆军提供的支援不仅不够，而且还三心二意。”
然而海军也好不到哪里去。作为山本五十六大将中途岛作战的一部分，陆军官兵们夺取并固守了阿留申群岛，海军早前就对这次登陆行动表示反对，很快又对它进行批评，海军少将大西泷次郎后来说：“我们应该在猛攻阿留申群岛之后就从那里撤走，但是我们愚蠢的占领了这一地区，还投进了过多的物资和不必要的兵力，使得我们根本没有办法再离开了。”所谓不必要的兵力就是指那2300名在1943年5月美国收复阿留申群岛时被困的士兵。
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