使用玉米秸秆自然堆肥所需时间长，投入精力大，腐熟程度低；所以，建议秸秆发酵剂堆肥，秸秆发酵剂操作方便、成本低廉，一袋秸秆发酵剂可以堆肥2吨；只要将发酵剂与秸秆拌匀堆沤15到30天即刻。
自然堆置方法把玉米秸秆切成3厘米的段，可以用加粪尿法或尿素法调整碳氮比25:1，水分要求60%-70%。堆成寛4米高1.5米的堆，不加腐熟剂夏添40天堆内温度60度，高温期过后开始倒堆，30天后腐熟完毕腐殖酸形成。
用腐熟剂堆置 冬季也照样可以，每吨秸秆加上5公斤尿素，一公斤腐熟剂，待秸秆吸足水分，铺秸秆50厘米厚压实撒上腐熟剂，和尿素然后再加一层50厘米在撒上腐熟剂和尿素如此反复叠加3次道4次用塑料布盖严，或者泥土封严，3天后温度60度而后下降到50度持续20天左右，25天后秸秆基本腐烂，成为高效有机肥。好的腐熟剂有EM 酵素菌等还有专门的秸秆腐熟剂。
每100公斤玉米秸秆中含氮0.96公斤，磷0.72公斤、钾3.28公斤。1万公斤玉米秸秆就相当于硝酸铵141公斤、过磷酸钙238公斤、钾342公斤。实践证明：施用玉米秸秆肥，不仅能增加土壤中的有机质含量，培肥地力，同时还可以增强作物的抗病能力，提高单产，降低生产成本，增加农民的经济收入。因此，在玉米秸秆较多的地方，应大力提倡堆制秸秆肥，弥补当前农家肥不足的弊病。为保证玉米秸秆肥的质量，在堆制过程中应注意下面十点。
一、选择好堆肥地点。在漫长的冬季里，气温一直很低，为了加快秸秆的发酵速度，堆制场地最好选择在背风向阳的地方，同时，在场地四周要夹上障子，这样既能提高环境的温度，又能防止牲畜和猪禽的祸害，保证秸秆肥的堆制质量。
二、搞好玉米秸秆的处理。首先要把玉米秸秆用铡草机或铡刀切成3-4厘米，也可用粉碎机进行粉碎，但不要粉得过碎，然后用人粪尿或稀释的畜禽粪汤进行浸泡，或者尿素水以浸透为宜。
三、 材料的准备(以1吨干秸秆为例)。①作物秸秆1000公斤。②饼粉20公斤。花生饼、豆饼、棉籽饼、菜籽饼等均可，无饼粉可用5到10公斤尿素代替。③快速发酵菌剂1公斤。原料配比要适当。堆制好的玉米秸秆肥，提高其肥效，还有原料配比很关键。方法是：7份切碎长度为3厘米左右的玉米秸秆、2份畜禽粪、1份人粪尿；或是切碎的玉米秸秆、土、牲畜粪、人粪尿，配制比例为6:1:2:1；或①把作物秸秆(如玉米秆)用粉碎机粉碎或用铡草机切断，一般长度以1～3厘米为宜。②把粉碎或切断后的秸秆用水浇湿、渗透，秸秆含水量一般掌握在70%左右。③用20公斤饼粉同1公斤菌种拌匀，用手均匀地把拌有菌种的饼粉撒在用水浇过的秸秆表面。用铁锹等工具翻拌一遍，堆成宽2米、高1.5米、长度不限的长条，用塑料布盖严即可。不管采取一种方法，秸秆和水的比例都应以1:3为宜。 没有豆饼粉用尿素5到10公斤代替。
四、选择适宜的堆制方法。把备好的原料用足量的水浇透、拌均匀后，在平地上或粪堆上进行堆制，如气温在0℃以上时可用热水引温，低于0℃时要点火引温。首先在堆底土上堆一车马粪，在马粪中间扒个坑，坑内放些干柴点燃，然后再压上20厘米左右的秸秆，见到冒烟后再盖上一层马粪，待堆的各处都透白霜或冒热气时，再往堆的四周添已拌好的配料。一次添料不可过多，里透出白霜就往里添料，不透霜不能添料。同时，要做到尽量堆大堆，以保温加快发酵速度，堆高一般应为1.5米左右。 冬天制作暖心夏天不用。
五、严格控制堆内温度。一般在堆后7天左右就开始发热，不久将会出现高温。在发酵期间温度应控制在50-60℃，这对微生物的分解纤维细菌活动最为有利。如果温度超过70℃时，这种细菌活动就会停止。因此，在堆制时首先必须将玉米秸秆浸吸足量水分，这样做可以软化秸秆组织，便于微生物浸入进行分解活动，而一些养分也必须溶解在水里才能被微生物吸收利用，这样做可加速秸秆的发酵腐熟速度。当然，也要防止温度过低，过低时就会拖延发酵时间。在降雪后要及时扫除堆上的积雪，防止堆表结冰降低堆内温度。
六、为微生物活动创造条件。玉米秸秆肥的腐熟过程，就是微生物分解有机质的过程，秸秆腐熟的快慢，直接与秸秆微生物活动有着密切的关系。因此，在堆制时，一要适当加入一些人粪尿或碳酸氢铵，以增加碳氨之比，促进微生物的分解活动；二要在堆制后10天左右翻倒一次，每隔7天倒一次，共倒3-4次即可。翻倒的作用主要是将原料混拌均匀、受热一致和流通空气，保证好气性微生物活动繁殖快，促进秸秆腐烂，缩短堆腐时间。
七、及时调节堆内酸度。堆内的微生物适宜在中性和微碱性条件下进行活动，酸碱度7为宜当酸度过大时，可适量加入少量的石灰或草木灰，以中和堆内的酸度，保持微生物的活动有个良好的生活环境。这样堆制的玉米秸秆肥，大约经过25-30天就可达到黑、烂、臭的质量标准。
八、腐化过程。①升温阶段：从常温升到50℃，一般只需一天。②高温阶段：从50～70℃一般只需2天。③降温阶段：从高温度降到50℃以下，一般10天左右，此时秸秆制肥过程基本完成，肥料可直接施用。
九、腐熟标志。⑴秸秆变成褐色或黑褐色，湿时用手握之柔软有弹性，干时很脆容易破碎。⑵腐熟后堆体比刚堆时塌陷1/3或1/2。
十、施用方法。⑴秸秆肥一般用作基肥，可潮湿施用。做追肥应覆土。半腐熟的肥料施用于生长期较长的作物，腐熟度高的秸秆肥施用于生长期较短的瓜果蔬菜等作物，沙性地用半腐熟的肥料，黏土地最好施用腐熟度高的肥料。⑵秸秆肥中有机质十分丰富，氮、磷、钾养分较为均衡，还含有各种微量元素，是各种作物、各种土壤都适宜的常用肥料，具有提高产品品质、增加产量的显著效果。
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