谈科学革命，首先要谈科学假设，它是整个科学体系的根基。如果前提假设与自然的事实不符，那个整个科学大厦就象建立在沙堆上，早晚会崩塌的。可惜的是，现代很多人连科学假设都不知道了，他们总是习惯于把西方科学当成是真理，而忽视了它们成立的前提。
前提假设有什么样的重要性呢？我们举一个例子就知道了，如果你假设空间是空无一物的，那么光只可能是一束粒子的发射；如果你假设空间中连续着统一的物质，那么光只可能是媒介波。粒子和波有多大区别大家就知道，声音是波，它是连续媒介的周期振动，子弹是粒子，它是相对不变的实体连续在空间中移动。也就是说，前提假设不同，我们对世界的结论也完全不同，只有这个前提假设与自然的事实是完全相符的，那么得出的理论才是更接近于真理的。
自然界的物质有着两面性，一面是统一性，万物都是在不断地相互转化中存在的；一面是多样性，万物在自然界有层次，而且个性也大相径庭。如何能够合理地解释统一性和多样性是科学的目标，也是古人思想家的目标。
谈到西方科学，我们不得不提古希腊哲学，它一直存在两个对立的学说，一个是一元论，即认为自然界的一切都是同一种物质的相互作用形成的，如泰利士认为万物都是由水组成的，而水是有灵魂的，阿那克西美认为万物都是由气组成的，而气是有精神的，赫拉克利特认为万物都是由火的燃起与熄灭组成的，而火是有生命的。这一点和中国传统文化相似，它用一种物质（气）的聚（阴）散（阳）来解释自然界的一切。另一个是原子说，即认为空间是空无一物的，万物都是由少数几个原子组成的，这个学说的优势就在于它很容易解释自然界的多样性，又相对兼顾了自然界的统一性，当然这是一种泛统一。
在文艺复兴运动之前，一元说在文化中占据着绝对的主导地位，原子说就象一个小瘪三，没有一点地位，那时的人们基本上都认为万物归一，而且物质本身是有生命力的。不过，随着科学的发展，原子实体被发现，原子说一下子就发迹了，成为了西方科学的基础。当时的人们就认为，我们只要把所有的原子都还原出来了，那么自然的秘密就揭示了。不过，科学的发展却远不如他们所想象，因为原子并不是最基本的，人们随后就发现了质子、中子、电子，甚至花样繁多的基本粒子，连光的运动也看成了光子的运动。更惊人的是，随着质能转换现象的出现，人们惊讶了，所有基本粒子最终都可以转化为同一种更基本的东西——能量，用能量也可以造出所有基本粒子。可能量是什么，它无形无象、无所不在，科学家们迷惑了。
其实回头想一想，这个能量不就是一元说里面那个“一”吗？如果真的如此，那么整个西方科学体系就崩溃了，因为它告诉我们，万物分解到最后都是同一种东西，基本粒子是根本不存在的。前提假设就错了，整个科学体系就需要在全新的科学假设之上进行重建。不过，要推翻自己建立的科学大厦肯定是心不甘的，自己的利益就建立在这个大厦之上，大厦塌了，自己的利益也就不存在了，于是，否定新科学体系的建立就成了一种必然了。中国就是这样，当年钱学森想建立一个全新的科学体系，被主流的科学界打倒了。
不过，新陈代谢是一种必然，旧的一定会被打倒，新的一定会被建立。要建立一个全新的科学体系，就必须有一个更接近自然事实的前提假设。在这里，一元论的回归就成了一种必然。不过，由于西方科学几百年来一直沉迷于原子说假设之中，要改变过来是极难的。中国的优势就在于它没有思维定式，而且中国古代科学从始至终就是建立在气一元论之上的。
不可否认，中国也出现过多元说，如五材说。但是，在中国气一元论的洪流中，五材说转化为五行说，用来描述同一种物质（气）的五种不同运动形式。原因很简单，中国先人用气一元论很好地解释了物质的多样性，因此，它没有必要出现多元说。而西方却始终解决不了“统一性”和“多样性”之间的矛盾。
如何来化解统一性和多样性之间的矛盾呢？这里有一个关键点，那就是对生命的认识。按照气一元论，无限的宇宙空间连续着统一的物质，它们并不是静止不动的，而是在紧张地相互压迫中存在的，反抗周围物质的压迫是一切存在物的本性，也正是这种本性的存在，局部的物质才不断在反抗周围物质的压迫中组织起来，成为一个个暂态的有序结构，最初产生环境的不同使它们具有了不同的个性。从这个学说就可以看到，只要是物质性的存在，它一定是在反抗周围物质的压迫中存在，本身就充满着紧张和生命力，当然也都存在着一种反抗的精神。认识到这一点，统一性和多样性的矛盾就化解了。
物体为什么会具有不同的个性？原因就在于最初产生环境的不同。系统的产生是众多要素竞争的结果，只有一个要素竞争出来成为中心，并由它强迫其它要素和它同步运动，反馈到全身，这才形成了目标一致的物质系统。系统的性质就是中心要素决定的，而中心要素的产生并不是随机的，因为所有要素相对于它们所依赖生存的环境来说都是微不足道的，中心要素之所以能够脱颖而出成为统治者，原因就在于它顺应了当时的环境，从而得到了大环境力量的优先支持，因此，中心要素的性质就和最初产生环境的意志是同步的，产生的环境不同，系统的性质也不同。
系统的产生是典型的“一”控制“多”的过程，表面上来看，一的力量是无法与多相比的，控制多几乎是不可能的。不过，如果你认识到了所有要素其实都是在竞争中存在的，一控制多的原理就显现在我们面前了，即通过要素之间的来实现的，顺应中心意志的要素就优先支持它，使它不断在系统空间产生并发展，违背中心意志的要素就强力地抑制它，使它不断在系统空间衰退并灭亡，在要素的周期产生与灭亡之中，普遍联系方式产生了，它体现了中心要素的意志，通过连续在系统空间某一层次的物质有序（要素的产生）和无序（要素的灭亡）周期变换在空间中流动，控制着每一个要素的生死存亡，保持着系统的秩序。由此可见，任何一类物质系统的产生都有一个前提，那就是普遍联系方式的出现。
自然界的物质是层次存在的，也是因为普遍联系方式的不同。星系、星体的普遍联系方式是引力波，它是通过原子的竞争产生的；原子、分子的普遍联系方式是电磁波，它是通过电子的竞争产生的；生物与非生物系统在表现上不同，是因为生物是靠水分子普遍联系起来的，没有水就没有生物；同理，人类之所以出现，是因为语言符号这种普遍联系方式的出现；国家之所以出现，是因为货币这种普遍联系方式的出现。
这样一来，我们就可以用一种物质，一个原理来解释自然界的一切了。而它就对应着一个全新的科学体系。这与西方科学体系完全不同，它是用几个基本粒子的不同组合来解释世界的。
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