对“倭寇”剿与抚两手都以失败告终后，财政已经不堪重负，必须另谋出路，于是乎开放海禁提上了议事日程。
当初胡宗宪招抚王直时，曾向幕僚唐枢咨询，唐枢写了长篇大论，从胡宗宪的立场反复权衡是否可以接受王直“开港互市”的请求。他毕竟是一个学者，没有官僚的瞻前顾后，倾向于开港互市。这篇《论处王直奏情复总督胡梅林公》，实在是不可多得的好文章，值得细细阅读。他首先说“顺其请有五利”：
其一是应允开港互市实为大利：“今方海寇炽虐，残害地方，财费靡极，公私具困。久经四五年来，算无全策，贼未尽灭。王直自愿诏谕岛倭，以夷攻夷，立功报效。坐令地方安堵，东南税赋之场，复旧生理，似亦便宜良计，实为大利者。”
其二是商道不通使商人转而为寇：“切念华夷同体，有无相通，实理势之所必然。中国与夷各擅土产，故贸易难绝，利之所在，人必趋之。本朝立法，许其贡而禁其为市。夫贡必持货与市兼行，盖非所以绝之。律款通番之禁，下海之禁，止以自治吾民，恐其远出以生衅端……若其私相商贩，又自来不绝，守臣不敢问，戍哨不能阻。盖因浩荡之区，势难力抑，一向蒙蔽公法，相延百数十年。然人情安于睹记之便，内外传袭，倚为生理之常。嘉靖六七年后，守奉公严禁，商道不通，商人失其生理，于是转而为寇。嘉靖二十年后，海禁愈严，贼伙愈盛。许栋、李光头辈然后声势蔓衍，祸与岁积。今日之事，造端命意，实系于此。夫商之事顺而易举，寇之事逆而难为，惟其顺易之路不容，故逆难之图乃作。访之公私舆论，转移之智，实藏全活之仁。”
其三是开市收税一举两得：“开市必有常税。向来海上市货暗通，而费归私室。若立官收料，倍于广福多甚……旧时两浙，北起乍浦，南迄蒲门，萦行二千里，卫所巡司各衙门兵卒，约二十万有奇，岁费五十万有奇，各县征发旧额已定，见今客兵大增，何以处给？且兵荒之余，百姓贫苦，不忍加赋，若得海上之税亦济年例之用，则一举两得，战守有赖，公私不相困矣。”
其四是使有力者得以从商，则琐琐之辈自能各安本业：“海上逐臭之夫无处无之，恶少易动之情亦无处无之。樵薪捕鱼，逞侠射利者，原无定守，不得安于其业，则随人碌碌，乃常情之所必至。使有力者既已从商而无异心，则琐琐之辈自能各安本业，无所效尤，以为适从。故各年寇情历历可指，壬子（嘉靖三十一年）之寇，海商之为寇也；癸丑（三十二年）之寇，各业益之而为寇也；甲寅（三十三年）之寇，沙上黠夫、云间之良户复大益之而为寇也；乙卯（三十四年）之寇，则重有异方之集矣。迹是而观，能无治其乎？”
其五是此举可以缓解目前之困境：“东南乡兵孱弱，未易练成，所调各处骁悍之卒，前事有鉴，恐为地方不测之变。况土尚各别，长技莫施。又居民久疲，思息便宜一节，纵非经久可行，亦姑为目前纾急计。其分量盖得算多，而众心愿者。”
接下来他分析了“顺其请有五虑”“却其请有四利”“却其请有四虑”。其中“却其请有四虑”颇值得注意： 一是“如其绝望，必大肆奸猾，鼓动诸岛，增益松江等诸巢”；二是“失此机会，或直恶贯而毙，则在系者不为奇货，承应者无此才力，虽欲为此，又不可作”；三是“天顺以后，市舶权重，市者私行，虽公法荡然，而海上晏然百年。此乃通商明验。今之议者若谓王直不当宥则可，若以市法永不当开，则恐非细思而详考也”；四是“去年贼势猖獗，进兵不收全效，督察赵侍郎延访群情，故有蒋洲、陈可愿之计。二人远涉纡谋，略有次第，却之是弃二人而罔小丑，非所示信矣”。
由于胡宗宪临事变卦，唐枢的建议未被采纳，更谈不上付诸实施了。用历史的眼光来看，这些主张是务实的，具有前瞻性的。这位仰慕圣贤之学，受业于湛若水的儒者，深造实践，留心经世略，并非浪得虚名。在他的文集中，还有不少精彩的论述，例如：“海寇之炽，自嘉靖五六年始，彼因商道禁严，横行劫掠，然止以南纪澳为巢穴，居有定处。至嘉靖二十年后，许栋、李光头等掠人责赎，声势衍蔓，然止偶遇佛郎机船数只，党有定伙。昔时在倭为寇，在中国为我民；行者为寇，居者为良民。今则华夷深处，内外连结，善恶莫辨”；“惟其商道不通，而利之所在，人必趋之，不免巧生计较，商转而为寇。商道既通，则寇复转而为商”。又如：“海寇小劫，自嘉靖五六年后始，其掳人索赎，自嘉靖二十年后始。若今日之事，则又所创见者。贼头许栋、李光头既败，张月湖、蔡未山已死，陈思泮为汪五峰所杀，今只林同泉、王万山、陈太公、曾老辈而已，而皆服比于汪。是昔日之寇尚各自自立门头，今已浑同一伙，若欲用间除之，颇有机会。”
由此可见，他答复胡宗宪咨询所提出的建议，是经过深思熟虑的，为此他还为胡宗宪设计了“开市事宜”十条，宗旨是突破海禁政策，允许人民出海贸易，政府设关收税，使走私贸易转化为合法贸易。具体事宜有： 一、 “收税则例，悉准广东夷货事理定额”；二、 “夷商泊船烈港，内陆人往彼处交易，事毕各散，毋得久居本处”；三、 “内陆人赍货出海，先于定海关开递报单，验周取照，随赴提举司起票，赴收税衙门纳税，才往烈港成交。其买回夷货，亦先于定海关开递报单，验周取照，复赴提举司起票，赴收税衙门纳税”；四、 “收税专设布政司官一员，往札定海关，税场随送定海县贮解”；五、 “赍货往来，定限海港一路，不得别由他道，违者即同私自通番”。如此等等。令人遗憾的是，这些精心的设计，没有被采纳，沦为一纸空文。
联系到王直受抚后在监狱中所写的《自明疏》，就更加凸显出唐枢见解之高明。王直有一定的文字功底，这篇《自明疏》写得情真意切：“带罪犯人王直，即汪五峰，直隶徽州府歙县民，奏为陈悃报国、以靖边疆、以弭群凶事。窃臣直觅利商海，卖货浙、福，与人同利，为国捍边，绝无勾引党贼侵扰事情，此天地神人所共知者。夫何屡立微功，蒙蔽不能上达，反罹籍没家产，举家竟坐无辜？臣心实有不甘。前此嘉靖二十九年，海贼卢七抢掳战船，直犯杭州江头西兴坝堰，劫掠妇女财货，复出马迹山港停泊。臣即擒拿贼船一十三只，杀贼千余，生擒贼党七名，被虏妇女二口，解送定海卫掌印指挥李寿，送巡按衙门。三十年，大伙贼首陈四在海，官兵不能拒敌，海道衙门委宁波府唐通判、张把总托臣剿获。得陈四等一百六十四名，被掳妇女一十二口，烧毁大船七只，小船二十只……以夷攻夷，此臣之素志，事犹反掌也。如皇上仁慈恩宥，赦臣之罪，得效犬马微劳，驰驱浙江定海外长涂等港，仍如广中事例，通关纳税，又使不失贡期。宣谕诸岛，其主各为禁制，倭奴不得复为跋扈，所谓不战而屈人之兵者也。”
一方愿意招抚，一方愿意归降，在开港互市这点上达成共识，可惜以王直处死而告终，不仅令王直遗憾，也令唐枢及其他持相同观点的有识之士感到遗憾。
与唐枢同时代的人，也发表了类似的主张，虽然深度与广度远远不及，但已经难能可贵了。
嘉靖三十九年（1560）正月，巡抚淮扬都御史唐顺之，向朝廷条陈海防经略，其中第三条“图海外”，谈及“招赦逋逃”与“宣谕日本”，对于此前招抚王直的变卦，颇有微词。指出：“逋逃不归，东南诚未可以息肩也”；“至于宣谕日本，则浙江军门亦尝请命遣使矣，竟不能尽得其要领，使者坐罪，而其事遂罢”。为了从长计议，他主张恢复日本的贡市：“倭夷素性贪诈，利我中国之货，既不与贡例，无复望矣，因此遂被奸徒勾引同利，为寇不止。则以偶磋一年贡期阻回之故也。为今之计，乞题请圣裁，令行各衙门遵照，今后夷人复来求贡，果有真正表印勘合，别无诈伪，姑不计其限例，就与奏请，起送赴京……则倭夷知有贡路之可通，而诡计自销，党类自携，勾引之徒亦可暂缚矣。”其中第六条“复旧制”，主张恢复市舶贸易的旧制：“国初，浙、福、广三省设三市舶司，在浙江者专为日本入贡，带有货物，许其交易。在广东者，则西洋番船之辏，许其交易而抽分之。若福建，既不通贡，又不通舶，而国初设立市舶司之意漫不可考矣。舶之为利也，譬之矿然，封闭矿洞，驱斥矿徒，是为上策；度不能闭，则收其利权而自操之，是为中策；不闭不收，利孔泄漏，以资奸萌啸聚，其人斯无策矣。今海贼据浯屿、南澳诸岛，公然擅番舶之利，而中土之民交通接济，杀之而不能止，则利权之在也。宜备查国初设立市舶司之意，毋泄利孔，使奸人得乘其便。”
嘉靖四十三年（1564），原任福建巡抚谭纶在回籍守制前，向皇帝条陈“经久善后六事”，其第四事是“宽海禁”：“闽人滨海而居，非往来海中则不得食。自通番禁严，而附近海洋鱼贩一切不通，故民贫而盗愈起。宜稍宽其法。”
看来开放海禁业已成为有识之士比较一致的共识，因此，隆庆元年朝廷准许开放海禁，决非偶然之举。
关于隆庆元年（1567）朝廷批准开放海禁，应是确凿的事实，却不见于《实录》等正史的记载。学者们大多引用清人张燮《东西洋考》的文字： 隆庆元年，福建巡抚涂泽民上疏请开放海禁，准贩东西二洋，朝廷允准。
更早的记载，也许是福建巡抚许孚远写于万历二十年（1592）左右的《疏通海禁疏》，他用追述的语气写道：“迨隆庆年间，奉军门涂（泽民）右佥都御史议开禁例，题准通行，许贩东西诸番，惟日本倭奴素为中国患者，仍旧禁绝。二十余载，民生安乐，岁征税饷二万有奇，漳南兵食借以充裕。”“隆庆初年，前任抚臣涂泽民，因鉴前辙，为因势利导之举，请开市舶，易私贩而为公贩。”这两段话，比《东西洋考》具体而精准，从明初以降延续二百年的海禁政策开始宣告废弛，允许商民可以前往东洋、西洋与外国商贩进行贸易，使得“私贩”转化为“公贩”，即走私贸易转化为合法贸易。这是有划时代意义的大事。
万历二十年（1592），日本丰臣秀吉发动侵略朝鲜的战争，明朝应邀派兵前往援助，战事骤起，海上形势吃紧，兵部重新申严海禁：“凡有贩番诸商，告给文引者，尽行禁绝。敢有故违者，照例处以极刑。官司有擅给文引者，指名参究。”皇帝批准了兵部举措，下达圣旨：“着该抚按官严加禁缉，犯者依律究治。”
许孚远的奏疏就是在这样的背景下提出的，列举了再度申严海禁造成的危害，希望二十多年开放海禁的政策能够正常延续。因此他的《疏通海禁疏》，对于评估隆庆元年开放海禁的意义，具有重大价值，值得细细分析。
首先，反映了沿海商民对于申严海禁的不满情绪。根据福建按察司巡视海道佥事余懋中报告，海澄县番商李福等连名上诉： 本县僻处海滨，田受咸水，多荒少熟，民业全在出海贸易，赋役也都仰给于此。往年海禁严绝，人民倡乱，幸蒙建县通商，数十年来，饷足民安。近因倭寇进犯朝鲜，庙堂为防奸人接济硝黄，通行各省禁绝商贩出海，因而贻祸海澄县商贩引船百余只，货物亿万计。生路阻塞，商者倾家荡产，从业者束手断餐，阖地呻嗟，坐以待毙。又据漳州府海防同知王应乾报告，漳州府所属龙溪、海澄二县，地临滨海，半系斥卤之区，多赖海市为业。先前官府顾虑勾引外夷，一再严禁，人民手足无措，渐生邪谋，遂致煽乱，贻祸地方。自从隆庆年间开海禁，准许出海贸易东西二洋，二十余年，民生安乐。近来再度禁绝番商，民心汹汹告扰。
其次，指出海禁有四大隐患：
——“沿海居民凭藉海滨，易与为乱。往者商舶之开，正以安反侧、杜乱萌也。乃今一禁，彼强悍之徒、俯仰无赖，势必私通，继以追捕，急则聚党遁海，据险流突，如昔日之吴、曾、林、何，变且中起。”
——“东西二洋，商人有因风涛不齐，冬未回者，其在吕宋尤多。漳人以彼为市，父兄久住，子弟往返。见留只守者，盖不下数千人。一旦舟楫不通，归身无所，无论弃众庶以资外夷，即如怀上之恩既切，又焉保其不勾引而入寇也。”
——“迩者关白阴蓄异谋，幸有商人陈申、朱均旺在番探知预报，胜为预防，不至失事。今既绝通商之路，非惟商船不敢下水，即如宣谕哨探之船亦无由得达，设或夷酋有图不轨如关白者，胡由得而知之？”
——“漳南沿海一带，守汛兵众数千，年费粮赏五万八千有奇，内二万则取足于商税，若奉禁无征，军需缺乏，势必重敛于民，民穷财尽，势难取给。”
他还针对有关当局申严海禁的理由——战端既开，战略物资硝黄之类必须禁止运往日本，予以反驳：“若缘此而禁绝商路，不几于因噎废食乎？”他郑重向朝廷请求弛禁、复旧通商，为此目的，再度重申弛禁的理由：“东南滨海之地，以贩海为生，其来已久，而民为甚。闽之福、兴、泉、漳，襟山带海，田不足耕，非市舶无以助衣食，其民恬波涛而轻生死，亦其习使然，而漳为甚。先是，海禁未通，民业私贩，吴越之豪渊薮卵翼，横行诸夷，积有岁月，海波渐动，当事者尝为厉禁。然急之而盗兴，盗兴而倭入。嘉靖之季，其祸蔓延，攻略诸省，荼毒生灵，致烦文武大帅殚耗财力，日寻干戈，历十有余年，而后克底定。于是隆庆初年，前任抚臣涂泽民用鉴前辙，为因势利导之举，请开市舶，易私贩而为公贩，议止通东西二洋，不得往日本倭国，亦禁不得以硝黄铜铁违禁之物夹带出海，奉旨允行几三十载。幸大盗不作，而海宇晏如。”
因此他认为，开放海禁已是大势所趋，“市通则寇转而为商，市禁则商转而为寇。禁商犹易，禁寇实难，此诚不可不亟为之虑。且使中国商货通于暹罗、吕宋诸国，则诸国之情尝联属于我，而日本之势自孤。日本动静虚实，亦因吾民往来诸国，侦得其情，可谓先事之备”。
随着战事的消停，海禁也渐趋松弛，直至废止。或者说，沿海商人可以合法地前往东西二洋贸易，但是与日本的贸易仍旧处于禁止状态。这实在是一个自相矛盾的政策，而且很难收到实效。许孚远已经察觉到这一点：“同安、海澄、漳浦、诏安等处奸徒，每年于四五月间，告给文引，驾驶鸟船，称往福宁卸载北港捕鱼，及贩鸡笼、淡水者，往往私装铅硝等货，潜去倭国，徂秋及冬或春方回。亦有藉言潮、惠、广、高等处籴买粮食，径从大洋入倭，无贩番之名，有通倭之实。”
明末的徐光启在回顾这段历史时，也看到了这一点，对于开放东西二洋贸易的同时仍然禁止日本贸易，颇为不解，事实上也难以做到。不仅中国商人出洋后难以控制，而且西洋商人也会乘虚而入，填补空缺。“官市不开，私市不止，自然之势也”——这是他的基本观点。他在《海防迂说》中写道：
倭自知衅重，无由得言贡市，我边海亦真实戒严，无敢通倭者，即有之，亦渺小商贩，不足给其国用。于是有西洋番舶者，市我湖丝诸物，走诸国贸易，若吕宋者，其大都会也。而我闽浙直商人，乃走吕宋诸国，倭所欲得于我者，悉转市之吕宋诸国矣。倭去我浙直路最近，走闽稍倍之，吕宋在闽之南，路迂回远矣，而市物又少，价时时腾贵，湖丝有每斤价（白银）至五两者。其人未能一日忘我贡市也。
因此在他看来，既然开放东西二洋贸易，却要把日本作为例外而继续禁止，是不合时宜的，开通与日本的民间贸易，是合乎世界潮流之举，而且对双方都有好处：
向者固云官市不通私市不止矣，必明与之市，然后可以为两利之道，可以为久安之策，可税应税之货，可以禁应禁之物。论者徒恐贡市往来，导之入寇，不知入寇与通市两事也，来市则予之，来寇则歼之，两不相妨也。必绝市而后无入寇，必日本通国之中无一人识中国海道者，然后可，此必无之理也。绝市可以无入寇，必日本通国之中，并丝帛、瓷器、药品诸物，悉屏去不用，然后可，又必无之理也。
徐光启与进入中国的耶稣会士有深入的交往，对世界大势了然于胸，说得有理有节。日本所需中国商品，通过月港、澳门、台湾、马尼拉等渠道，源源不断运入，海禁已经没有实际意义。
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