书目资料库管理系统
1、ReferenceManager v11.0
【说明】ReferenceManager是一个专门设计来管理书目参考文献的资料库程序。任何需要收集参考文献做研究之用或需要制作书目的人都可以使用Reference Manager更轻易地管理资料。Reference Manager受到全球学术机构以及商业、研究机构的研究人员、图书馆员和学生广泛地使用。
【功能】
a、快速地从草稿中准备格式化的内文引用文献和参考书目
b、建立并维护部门的研究资料库
c、追踪再版馆藏
d、为研究人员或图书馆赞助者管理新知通报服务
e、从不同的参考文献来源(如：联机、光碟、网际网络资料服务)收集参考文献
f、为学生建立指定阅读清单
g、建立教职员出版品清单
h、编目特殊馆藏
2、Endnote7.0
【说明】Endnote由ThomsonCorporation下属的Thomson ResearchSoft开发，是SCI的官方软件，具备直接连接上千个数据库、边书写论文边插入参考文献、管理数十万条参考文献等的功能。其所占系统资源容量小，基本不会发生因Endnote数据库过大而电脑死机的现象。
【功能】
a、在线搜索文献：直接从网络搜索相关文献并导入到Endnote的文献库内
b、建立文献库和图片库：收藏，管理和搜索个人文献和图片、表格
c、定制文稿：直接在Word中格式化引文和图形，利用文稿模板直接书写合乎杂志社要求的文章。
d、引文编排：可以自动帮助我们编辑参考文献的格式
序列获得和同源性比对
1、NCBI-Genbank
【说明】GenBank是美国国家生物技术信息中心(NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等， 1998)。为保证数据尽可能的完全，GenBank与EMBL（欧洲分子生物学实验室）、DDBJ建立了相互交换数据的合作关系。
【功能】
a、Entrez检索：将核酸、蛋白质序列和基因图谱、蛋白质结构数据库整合在一起。
b、Blast检索：通过已知序列检索其同源序列（序列类型为核酸或核苷酸）。
c、序列分类检索：高通量基因组序列（HTG）、表达序列标记（EST）、序列标记位点（STS）和基因组概览序列（GSS）。序列文件的基本单位是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。
d、序列条目关键字检索：代码（LOCUS），说明（DEFINITION），编号（ACCESSION），核酸标识符(NID），关键词（KEYWORDS），数据来源（SOURCE），文献（REFERENCE），特性表（FEATURES），碱基组成（BASE COUNT）及碱基排列顺序（ORIGIN）
2、UCSCGenome Browser
【说明】UCSC Genome Browser是由Universityof California Santa Cruz（UCSC）创立和维护的，该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图，并提供一系列的网页分析工具。
【功能】
a、站点用户可以通过它可靠和迅速地浏览基因组的任何一部分，并且同时可以得到与该部分有关的基因组注释信息，如已知基因，预测基因，表达序列标签，信使RNA，CpG岛，克隆组装间隙和重叠，染色体带型，小鼠同源性等。
b、用户也可以因为教育或科研目的加上他们自己的注释信息。
c、UCSC Genome Browser目前应用相当广泛，比如Ensembl 就是使用它的人类基因组序列草图为基础的。
3、DNAman
【说明】DNAman，是美国LynnonBiosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件。
【功能】几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包括ClustX多重序列比对（可用不同颜色标示出变异位置）、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。
4、DNAstar-MagAlign
【说明】DNAstar中的简单序列对比工具
【功能】可实现多序列同页面对比，检索缺失部分，SNP需要手动检索
结构与功能分析工具
1、DNAstar-editseq
【说明】简单实用的基因分析基本操作工具
【功能】打开已有序列、寻找ORF、计算碱基数，明确SNV位置，DNA序列翻译，序列反向互补转换，序列输出。
2、DNAstar-MapDraw
【说明】MapDraw工具能使你规划酶切位点和克隆实验，产生详细，充分地结果概括。
【功能】根据实验设计，分析和实验结果的展示需要的不同，MapDraw可以制作6种类的酶切图。从简单的线性图到有注释的环形图，在展示限制性酶切位点的同时，还可以同时展示序列的feature，六个阅读框以及其翻译结果。
3、Primer5
【说明】是一款由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件。
【功能】软件的主要功能分四种，即引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA 基元(motif)查找和同源性分析功能。
同类参考：oligo 6，Primer DB（java）。
4、GO
【说明】蛋白功能预测
【功能】信号路通分析
同类参考：Protparam（分析序列的理化性质）、NetNGlyc（糖基化位点预测）、NetPhos（磷酸化位点预测）、Target（信号肽预测）、SignalP4.0（分泌途径预测）、PSORT II Prediction（蛋白质亚细胞定位）、ClustX和MEGA 5.0（进化树构建）
5、Smart
【说明】结构预测
【功能】预测结构域位置，标注其功能、出处和参考文献
同类参考：IBCP（二级结构预测）、PHYRE2（三级结构预测）、TMHMM（跨膜结构预测）
结果分析工具
1、GeneMapper
【说明】GeneMapper是高通量、全自动的DNA片段分析和基因分型软件，功能上相当于GeneScan、Genotyper和Template软件的整合。
【功能】以微卫星（STR）连锁分析为基础的人和小鼠全基因组扫描，以单碱基延伸（微测序）为基础的SNP分析，和以STR遗传分析为基础的人、马、牛、羊亲子鉴定及身份认定。
同类相似：GeneMarker
2、IGV
【说明】Integrative Genomics Viewer(IGV) 是一种探索大型综合基因组数据的高性能交互式可视化工具。它支持各种各样的数据类型，包括基于芯片测序、二代测序数据和基因组注释数据等。
【功能】
a、能在不同尺度下显示单个或多个Reads在参考基因组上的位置，包括Reads在各个染色体上的分布情况和在注释的外显子、内含子、剪接接合区、基因间区的分布情况等
b、能在不同尺度下显示不同区域的Reads丰度，以反映不同区域的转录水平
c、能显示基因及其剪接异构体的注释信息
d、能显示其他注释信息
e、既可以从远程服务器端下载各种注释信息，又可以从本地加载注释信息
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