在秦始皇以前，中原还从来没有建立过中央集权的帝国，所以如何治理这样一个大国对于当时的人们来说还是一件新的事情，大家也都纷纷提出各自的主意。
丞相李斯作为秦国重要的政策制订者，也提出了自己的想法，他向秦始皇上书道：“过去诸侯纷争，所以用高官厚禄招来游学之士。现在天下已定，法令统一出自朝廷，百姓理家就要致力于耕田做工，读书人就要学习法令规章。但如今的儒生却不学习现在的事务，只知一味地效法古代，并借此非议时政，蛊惑百姓，非难指责现行制度，并以此影响百姓；他们听到命令颁布后，纷纷根据自己的学说和主张妄加评议，入朝时口是心非，出朝后便街谈巷议，夸饰君主以提高自己的声望，标新立异以显示自己的高明，煽动群众诽谤国家法令。这种情况如不加以禁止，势必会造成皇帝权威下降，臣下结党纳派活动蔓延。唯有禁止这些才有利于国家！（异时诸侯并争，厚招游学。今天下已定，法令出一，百姓当家则力农工，士则学习法令。今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首，相与非法教人；闻令下，则各以其学议之，入则心非，出则巷议，夸主以为名，异趣以为高，率群下以造谤。如此弗禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便！）
因此我建议史官将除秦国历史之外的所有史书全部烧毁；除博士官按职责收藏图书外，天下凡私藏《诗》《书》和诸子百家著作的人，一律按期将所藏书籍交到郡守、郡尉处，统统焚毁；有敢于私自谈论《诗》《书》的弃市；借古非今的诛九族；官吏发现这种事情而不举报的与以上人同罪；此令颁布后三十天内仍不将私藏书籍烧毁的，判处黥刑，并罚处修筑长城劳役的城旦刑。只有医药、占卜、种植的书不用焚烧。如果想要学习法令，应以官吏为师。（臣请史官非秦记皆烧之；非博士官所职，天下有藏《诗》《书》、百家语者，皆诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》《书》弃市；以古非今者族；吏见知不举，与同罪。令下三十日，不烧，黥为城旦。所不去者，医药、卜筮、种树之书。若有欲学法令者，以吏为师。）”始皇下制令说：“可以。（可。）”
侯生、卢生这些人曾经讥讽和评议秦始皇的暴戾，并因此畏罪逃亡而去。秦始皇闻讯后勃然大怒道：“卢生这些人，我尊敬并重赏过他们，他们现在竟然诽谤我！这些儒生在咸阳的，我曾派人去查访过，其中有的人竟妖言惑众！（卢生等，吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我！诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。）”于是秦始皇命令御史逮捕并审问所有的儒生。儒生们彼此告发，秦始皇最终亲自判处违法犯禁的人四百六十多名，把他们全部在咸阳活埋了。处理了这批人后，秦始皇还向全国宣扬，让大家都知道这件事，以惩戒后世。同时谪罚更多的人流放到边地戍守。秦始皇的长子扶苏为此规劝道：“那些儒生们全诵读并效法孔子的言论。而今您全部用重典惩处他们，我担心天下会因此不安定。（诸生皆诵法孔子。今上皆重法绳之，臣恐天下不安。）”秦始皇听到扶苏的话后大为恼火，就把扶苏赶出帝都，让他去上郡蒙恬的军队那吃点苦头。
中央集权要求统一喉舌，所以难有百家争鸣的土壤。历史上各种学说兴盛的时期往往都是分裂的时期。
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