从东晋元帝建武元年（公元317年）到隋文帝开皇九年（公元589年），前后270多年的历史，可以分做两个截然不同的阶段。第一个阶段，自东晋建国到孙恩领导农民起义为止（公元317年至404年），这一时期是衣冠南渡的士人与江南土著居民开始汇合。他们既有矛盾也有合作，一边开发江南，一边进行北伐。
衣冠南渡：西晋末年的大移民
这一局面最终被孙恩领导的农民起义给摧毁了，从而导致了世家大族的在政治上和经济上的衰落趋势不可避免，以及由此而来的南朝寒人政权的崛起。
第二个阶段是从刘裕秉国到陈亡（公元405年至589年），是东晋王朝名存实亡之后，以“寒人掌机要，宗王镇地方”为政治特点的南朝宋、齐、梁、陈开发治理江南的时期。由于世家大族的日益腐化，他们在南朝内部争权夺利，导致南朝始终无法整合国力，最终在统一战争中败下阵来，世家与寒人政权落得个玉石俱焚的结局。
这一历史时期中的关键节点，就是直接导致了东晋王朝灭亡的孙恩起义。孙恩所领导的这次起义，因为其特殊的作战方式，在我国农民起义战争史上独树一帜，更是成了我国海盗的鼻祖。
东晋王朝脆弱的中央集权政治，使得东晋的皇帝们多数时间都成了傀儡，声明不显。反而是那些权臣，为了占据道德高义而发动北伐，在历史上留下了功勋业绩。如我们常说的中流击水的祖逖、开凿了桓公凟的桓温，还有被后世盛赞为“南朝第一帝”的猛人刘裕。他们的故事，直到今天仍然为人们津津乐道。
东晋中期疆域图
一、东晋王朝：生存如此艰难（公元317年-322年）
西晋王朝在八王混战之后，借着王弥、石勒起兵，匈奴侵攻，搞的中原地区一片萧条，白骨露野。在东汉末年以来因为保护生命财产需求而建立地起来的自卫组织——坞垒堡壁，又开始普遍出现在西晋王朝不断退缩的统治区外。随着北方局势的日益恶化，掌握着这些坞垒堡壁的领导权的世家大族和地方豪强，在军事上开始做有计划的投靠。除了一小部分世家大族北投幽州刺史王浚、平州刺史崔毖或西走河西走廊投奔凉州刺史张轨外，大部分世家大族率其宗族、乡里、宾客、部曲，南渡江南。坐镇中枢的东海王司马越和太尉王衍，也深知北方局势糜烂已不可收拾，因此就预先在江南培植好自己的势力，作为以后的退步之计，就提前派遣了琅琊王司马睿移镇建邺。
可是，司马越他们千算万算没有算到洛阳之危局来的这么快。公元311年，司马越认为困守洛阳已无望，就率领西晋的主力军10多万人计划退守许昌。在大军行至河南苦县时，遭到石勒军围攻，全军覆没。同年6月，洛阳失守，晋怀帝被刘聪俘虏。残存的西晋皇室西奔关中，在长安勉强维持了几年，终不能有所振作。在公元316年，长安又陷落了，晋愍帝被俘，北方的司马氏政权至此覆灭。原本作为备胎的江东司马睿集团，突然失去了所有的上级关系，只能自力更生，就此转正了起来，成为晋朝在江东地区的正统传承了。
五马渡江：司马睿最终成了帝王
司马睿在长江以南重建政权的主要政治支柱是北方渡江而来的世家大族，他对那些投奔江南而来的世家大族照顾到无微不至，除了“收其贤人君子”之外，还亲赐钱帛粮米甲兵。这样一来，北来的世家大族自然是站在司马睿这一边，不过这可就让江东土著世家感到不满了。实际上，这种不满从司马睿渡江之始就已经在酝酿，这里面有着直接的经济利益纷争，以及复杂的政治动机，更为致命的是，这些土著世家大族，他们拥有着能够“改元建命”的军事实力。东晋王朝立国之初，如果不能将南北土客世家大族的关系加以调和，晋室偏安江左的企图也将落空。
西晋王朝统一东吴时对外宣称只讨伐孙家，不会动当地世家大族的利益，这才保证了江东世家大族对晋朝的统一战争保持了善意的中立。孙皓曾经组织过数万人的大军，结果只等了一夜，士兵就全都跑光了。江东的世家大族看得分明，孙氏势孤力穷，难以再保护他们的土地田产了。所以，他们选择了倒向司马氏，换来了司马氏对他们既有利益的保护。所以，在公元280年之后，他们的庄园依旧是“牛羊掩原隰，田池布千里”。在庄园内，仍旧是“童仆成军，闭门为市”。他们的经济基础，一点也没有动摇。由于他们的身家利益都在当地，所以，在西晋王朝崩溃之前的30多年里，在江东地区曾经出现过3次企图割据江东的叛乱，都被江东世家大族自发组织起来的军事力量给扑灭了。这就能够充分的说明，江东地区的世家大族，不仅仅是在经济上有着超然的地位，在军事上也有着很强的实力。
北方世家：司马睿的东晋政权的政治基础
当北方的世家大族来到江东之后，他们首要解决的就是土地问题。这些人拖家带口，动辄数百数千人口，不是三五亩薄田就能够打发的。可是，江南的膏壤沃野，自东吴以来就已经被江东的世家大族占据了。本来的世家大族，如果再向这一地区发展，必然会损害在江东世家大族的经济利益，必然会招致他们的强烈反对。虽然北来的世家大族占据有政治优势，可是江南的世家大族手中可是有着枪杆子的。因此，在东晋王朝立国之初，南北世家大族间的矛盾逐渐发展，在经济上矛盾无法调和，在政治上又形成了形成了严重的宗派斗争。对江东世家大族而言，这一批“亡官失守之士”，包括他们的主子司马睿在内，都是一群流播南下的高级难民，而他们今天竟然要“驾御吴人”，如此喧宾夺主，是欺吴中无人否？曾经“三定江南”的义兴周家，纠集江东地主武装，准备起兵。后来虽然事泄，可是司马睿、王导对这样公然的谋反案件的处理办法是不敢“穷治”其罪，表面上对待周家还是和过去一样。
司马睿和他的智囊团们对江东世家大族准备武装起义的事件给震惊了，他们一方面对他们分化瓦解，另一方面也让出了一些中央官位给吴人子弟来做。不过，最为直接的，是让这些北来的世家大族不要扎堆在吴中地区，而是向南开发土地，避免南北两大地主集团间的经济冲突。于是，以王、谢为首的北来世家大族率其宗族、乡里、宾客、部曲纷纷流寓到浙东会稽一带，进而又发展到温、台一带。从此，南北两大地主集团之间，便从地域上划分各自的经济势力范围，从而两者间计划的统治阶级内部矛盾取得了一定程度上的缓和。
虽然经济上的冲突得到缓和，并不能说明江南的世家大族在政治上就能与北方的世家大族相提并论，一直到宋代之前，江南的世家大族在政治上都难以撼动北方势力，但是东晋王朝毕竟还是渡过了立国之初的艰难处境。南北两大世家大族解决了内部矛盾，开始正视起北方愈演愈烈的胡族战争了。
二、荆扬之争：合作还是竞争？（公元322年-372年）
在永嘉之乱后，进入中原地区的少数民族的统治者，对于汉族人民的压迫和剥削异常残酷。这就导致了在北方通往江南国境的封锁线上，只要有一个缺口，那些本来“南向而泣，日夜以觊”的中原人民就北顾而辞，像潮水一样越淮渡江，奔向江南。中原人民流徙南下，集中在荆、扬、梁、益诸州。大量的北来难民涌入，给这些地方带来了大量的劳动力和兵源。而以地区而论，东晋王朝的经济、军事重心，主要在荆、扬二州，所谓“江左大镇，莫过荆扬”。两州的户口数，也占据了江南的一大半。扬州虽然是东晋王朝的京畿重地，可是荆州是甲兵所聚，它的强大的经济力量和军事力量，常有控制下游的可能。实力催生野心，纵观整个东晋的历史，荆州的镇江往往因为上游军事经济的优势，孕育野心，威逼下游。“荆楚风俗，……杂以蛮僚，率多劲悍。南朝鼎立，皆为重镇。然兵强财富，地逼势威，称兵跋扈，无代不有。”
公元323年时的东晋疆域
东晋王朝刚刚解决南北世家大族的经济利益矛盾，还没有来得及喘口气，就接连遇到了王敦、苏峻的叛乱，首都建康两度被攻破，国家资财被劫掠一空，皇室威严扫地。
到了公元345年，桓温取代庾氏镇守荆州。桓温其人有雄才，志在收复中原，同时企图以军事上的胜利来提高个人的威望，以便代晋称帝。桓温先是西征攻灭西晋末年割据川中的成汉政权，取得了极高的个人声望，能够借北伐大义调动各方资源，这是北伐成功的先决条件。恰在此时，北方羯人建立的后赵政权出现了严重的内讧，实为北伐良机。不过，受够了荆州方面压迫的扬州中央政府担心桓温北伐成功更是无法控制，因此就把桓温的建议搁置不复。可是群情鼎沸，东晋朝廷也以扬州势力为核心，派遣了两拨北伐军，却都以惨败告终。东晋的世家大族已经在浙东站稳脚跟，渐生颓废，因此就有了放弃河南，只保长江的议论。既然扬州势力自己不行，那就只好让荆州势力来北伐了。
时代人物：被称为行走的荷尔蒙的桓温
此后桓温占据北伐大义的道德高地，在15年的时间接连三次大规模北伐，曾一度迫近长安，驻军霸上，收复洛阳。桓温还曾经建议建康的东晋君臣还于旧都，还主张把永嘉以来流播江南的北人，全都北徙河南。这可吓坏了那些世家大族，他们已经在江东置办下了庄园，自然不愿意北迁，因此对桓温的建议纷纷提出了异议。后来东晋朝廷势力不及河南，桓温北伐所取得的洛阳以及河南之地，都被前燕给夺了去。
桓温深感朝廷内部对北伐的掣肘，因此在公元369年，企图再次北伐建立功业，提高自己的威望取代晋室称帝，因此决定北伐前燕。当时的前燕内部确实也出现了问题，太师慕容恪去世，良将慕容垂被猜忌，正是主昏政聩之时。可是在前燕谋臣申胤说：“以温今日声势，似能有为，然在吾观之，必无成功。何则？晋室衰弱，温专制其国，晋之朝臣，未必皆与之同心，故温之得志，众所不愿也。必将乖阻，以败其事。”可见，连敌国的军师都能看到东晋王朝内部的荆扬之争的矛盾，甚至已经达到了破坏北伐的地步。果然，桓温的最后一次北伐在枋头之战中大败，损失了3万多人，桓温没能达到提高自身声望的目的。
为挽救自身威望的低落，于公元371年废皇帝司马奕，拥立司马昱为皇帝，是为简文帝。这时，桓温已经60岁了。次年，司马昱病死，其子司马曜即位。桓温要求加九锡。从东汉以来，这是禅位之前的一种荣誉，一旦加了九锡，桓温就有可能进一步强行禅让了。在这种情形下，东晋王朝的扬州势力借故拖延，一直拖了9个月，直到把桓温拖到病发身死，这才渡过东晋王朝中期最为严重的一次政治危机。
三、孙恩、卢循起义：将海盗事业进行到底（公元399-411年）
桓温去世后，东晋王朝迎来了一段难得的安宁日子。桓氏失去了雄主，虽然实力仍在，但是扬州势力已经足以匹敌。因此在进行了一系列的人事调整之后，荆州力量与扬州力量重新达成了平衡。从公元372年桓温去世，一直到公元399年孙恩起义爆发，这段时间可算是东晋王朝君臣将相相对平稳的时期，也是前秦良相王猛告诫苻坚的“东晋朝廷将相相和，短期内不可争雄”的时期。在此期间，东晋王朝取得了空前辉煌的淝水之战的胜利。
东晋北府兵的崛起：淝水之战
淝水之战胜利后，前秦政权崩溃，谢安带领东晋士兵大举北伐，追亡逐北，前锋一度打到了河北的邺城。然而东晋外部的威胁消除的时候，内部的矛盾就会日益尖锐化。东晋王室自从建立王朝以来，从来没有过这么拥有过实际权力的时候，因此谢安凭借战功，进位太保太傅，都督扬、江、荆、司、豫、徐、兖、青、幽、并、宁、益、雍、梁十五州军事，声望极高，因此招致了皇帝的猜疑，主相之间渐渐隔膜起来。谢安本身不是好争之人，于是他在东晋皇室司马道子的排斥下，被迫离开朝廷。不久，谢安病死，司马道子以司徒、录尚书事，兼领扬州刺史、都督中外诸军事，成为了宰相。
如果此时孝武帝和司马道子兄弟二人能够精诚合作，中兴晋室并非不可能。然而两人都不是雄才大略之人，一旦权力到手，他们都沉溺于酒色。司马道子宴饮无度，政刑谬乱，大失人心。孝武帝和司马道子之间，逐渐又发生了摩擦。孝武帝无法在朝中制衡司马道子，就想起了培植方镇的力量来牵制朝廷中的权臣的办法。这盘棋只能他来下，结果他本人却在一次意外中稀里糊涂地丢掉了性命。东晋政府错综复杂的政治局势以及军事态势，就无人再能收拾了。
晋孝武帝：东晋唯一有实权的皇帝
司马曜的儿子司马德宗是个与晋惠帝司马衷差不多的白痴，这让掌握中枢的司马道子更是大权在握，他开始筹谋对付孝武帝生前留下的方镇势力，结果激发了军事政变。扬州势力分成了两拨，互相厮杀一年之久，最后东晋政府的实权落到了司马元显手中。司马元显当政后，考虑到荆州上游的威胁和北府兵难以控制，就想建立一支由自己来指挥的新军。因为当时兵源缺乏，于是下令强制征发东土诸郡其本身或父祖本来是奴隶，而已获得放免为佃客的壮丁，集中京都，担任兵役，称之为“乐属”。
东晋王朝这个行政命令刚一发出，就立即制造了大量的不满。首先在浙东一带的世家大族对政府不满，因为这些佃客平日里要给他们上交不少的租赋。其次，是这个命令的事主，他们本来是奴隶，好不容易放免为佃客身份，已经有了自己的生产工具，虽然还不得不受世家大族的剥削，但是他们好歹已经有了自己的经济，现在却要被强迫去当兵，他们自然是十分不乐意的。因为在当时，当兵是一种贱业，地位非常低落，且世代相袭，一成兵士，辱及累世。因此，这一命令一经颁布，就搞得“东土嚣然”。
孙恩：东晋王朝版本的“黄巾起义”
东汉末年以来，世道大乱，五斗米道在会稽、吴郡一带传播，已经有很多信众。琅琊孙氏，在北方时就世代供奉五斗米道。他们原本也是北方的世家大族，可是因为他们南渡的时间晚了一点，因此没有分到更好的庄园田地，逐渐沦为了社会底层。在晋孝武帝时，孙泰拜师于钱塘五斗米道教主杜子恭，后来杜氏死，孙泰继任为教首。随着五斗米道的影响力越来越大，孙泰也不满意孙氏在北来世家的地位之低下，因此在东晋王朝内乱中，他也以讨伐乱臣贼子为名，组织了数千人马。想想看，他以教首的身份去组织起兵，其号召力不管是谁在执政都会后背一阵发凉。于是，在皇室内斗中最终获得胜利的司马道子父子就诱斩了孙泰和他的六个儿子。孙泰的侄子孙恩成了漏网之鱼，他纠集了一百多名信徒逃亡海岛，成了一名与东晋政府有着深仇大恨的海盗头目。
孙恩起义军一度势力非常强大
狂热的教徒们不愿意相信教主被杀了，只说孙泰是蝉蜕登仙了，他们把逃亡海外的孙恩当成了供奉的对象，纷纷泛海送去资财。这样，孙恩一直支持到东晋政府的征发东土诸郡乐属的诏命，孙恩看到朝野对这道命令怨声载道，认为发起反攻的时刻到了。于是他在399年的11月，带来100多人从海上登陆，攻下上虞，杀上虞令，袭破会稽，人数发展到好几万。远近州县，纷纷响应，旬日之中，众数十万，京畿重地，几乎处处蜂起。眼看战斗形势一片大好，孙恩于是在会稽山阴自称“征东将军”，称他的部下为“长生人”。孙恩作战的区域，正是以王、谢等世家大族庄园集中的浙江州郡，影响最大的也是王谢世家。因此东晋朝廷就派遣了北府兵的宿将谢琰来领军出征。谢琰也不负众望，很快就攻破了很多起义军占领的州县，一直将孙恩驱赶至海边几个县城。孙恩无法击败谢琰，无奈之下带着男女20多万口退往海岛。
20多万人拥挤在一个小岛上，只过了小半年，很快就吃了上顿没下顿了。孙恩眼看东晋政府军渐生懈怠之心，在次年的5月，再次从宁波附近海域登陆。这一次，起义军先败后胜，竟然奇迹般地阵斩了北府军首席将领谢琰，东晋朝廷大为惊恐，慌忙派遣刘牢之派遣军队堵截。刘牢之手下有一员骁勇异常的将领，创造过一人挺刀追杀着数千名敌军的吉尼斯世界纪录，他带领军队接连击败了孙恩，折损了上万人马，于是只好再次退回海岛。
东晋朝廷吸取了孙恩卷土重来的教训，立刻着手加强了沿海地区的防务。孙恩等人得不到给养，又发生瘟疫，“死者大半”。孙恩走投无路，在402年3月，再次冒险进攻临海，依旧没打下来，起义军损失很大。孙恩万念俱灰，与部下100多人投海而死。起义军余部尚有数千人，他们自知这三年的造反生涯，已经让东晋朝廷的世家大族恨之入骨，没有讲和的可能。他们就推举孙恩的妹夫卢循为首领，继续在沿海一带转战。
这时，卢循等人还不知道正因为他们的大闹浙东，让扬州势力疲于应付，以至于朝廷内部荆州势力独大。桓玄带领着荆州军一路东下，竟然顺利地占领了建康。桓玄当即独掌朝政，为了稳定局势，就以朝廷的名义，让卢循做了永嘉太守。卢循为了获得喘息的机会，就答应了桓玄的招安。可只过了半年，不甘居于人下的卢循就再次起兵，进攻浙江东阳。刘裕再次被当做了救火队长，被桓玄派往东阳作战。卢循不敌刘裕，只好退入大海，经福州，南下进攻番禺，很顺利地就攻下了。他开始自称平南将军，摄广州刺史，同时派他的姐夫徐道覆攻下始兴（今广东韶关）。这段时间，刘裕等人在京口以100多人起事，反对桓玄代晋。在短短的时间内，刘裕等人击败了桓玄，恢复了晋室。桓玄退往荆州，与刘裕在九江附近对峙。初掌朝廷实权的刘裕，为了稳定南方，就承认了卢循割据广州的既成事实。
刘裕：从军仅6年就成了军界扛把子
刘裕在彻底击灭桓玄势力之后，就已经成了东晋王朝末期冉冉上升的一颗政治新星。然而，与刘裕同时举兵的刘毅、诸葛长民等人也同样是北府兵将领，所建立的功业与刘裕相当。由于刘裕出身底层世族，所以刘裕的地位很不稳固，甚至扬州刺史这样的职位，刘裕都是强行抢夺过来的。为了建立更高的威望，刘裕在409年4月开始对外用兵，发动了对南燕的北伐。
南燕是慕容德在今天的山东省建立的一个国家，国力雄厚，兵精粮足，刘裕打这场战争有些冒险和赌博的成分，因为后方不稳，长期顿兵于坚城之下，刘裕的地位一度岌岌可危。然而，刘裕还是撑到了最后，攻破了广固城，并屠杀了3000多南燕的朝臣，将南燕皇帝慕容超送到了建康斩首，收复了青州、兖州等广大地区。此时，刘裕所建立的功业已经超过了他的北伐前辈们，如祖逖、桓温等，在东晋政权中，已经没有人能够与他抗衡了。
然而有一个人例外，就是那个不信邪的卢循和他的姐夫徐道覆。他们断定刘裕在北伐征战，一时难以取胜，现在正是夺取建康的良机。经过了5、6年的休整，卢循等人的起义军战斗力极强，一路上摧枯拉朽，连北府名将何无忌都抵挡不住，兵败身死。北府兵的另一个泰斗刘毅带兵在九江堵截，结果也是一战而败。公元410年，卢循起义军十多万人，浩浩荡荡，一路攻至建康城下。
卢循起义军围攻建康
刘裕在下邳得到消息，来不及等大部队凯旋班师，只带着几十个骑兵，星夜赶回建康。建康的世家大族本来人心惶惶，众议并欲迁都，看到刘裕来了，这才有了主心骨。刘裕认为建康是朝廷所在，“若一旦迁动，便自土崩瓦解”，坚决不同意迁都。刘裕立即宣布建康城内外戒严，同时征发居民修缮工事。后来，又有江淮入卫部队陆续开到，其中还有1000多名强悍的鲜卑骑兵，分兵守卫在各个军事据点。卢循这时才开始发动进攻，可为时已晚，刘裕坚壁不战，卢循奈何不得，被拖在建康城下2个多月，粮食给养发生了大问题，只好暂时撤退到九江，准备夺取荆州，再与刘裕决战。
410年10月，徐道覆带领水兵3万西攻江陵，不胜，损兵万余人。12月，卢循、徐道覆又率众数万，连舰而下，先后与晋军大战数次，又不胜，折损数万人。卢循势衰，知事已不可为，因此收集散卒数千人，向根据地广州转移。到了411年3月，卢循到达广州之后，才发现广州早已被晋军占领。卢循再次围攻番禺20多天，仍旧打不下来，无奈何，只好再往南袭击合浦县，转战至交州（今越南北部），最终兵败投海而死。
孙恩、卢循起义的终点：今越南仙游地区
孙恩、卢循起义，前后相接12年，战斗遍布浙江、江西、皖南、湖南、湖北、广东、福建，几乎搅扰了东晋王朝的整个东南半壁。在这次起义中，东晋王朝受到了严重的打击，它赖以维持统治的基础——以浙东庄园为经济基础的世纪大族的势力被严重削弱了，还被剥夺了北府兵的领导权。随后，在平定起义军过程中崛起的寒门庶族出身的新兴将领凭借着枪杆子掌握了政权，他们消灭了以桓玄为首的荆州系统的方镇势力，成为东晋朝廷中一支无法制衡的势力，最终建立起了新的王朝。
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