在日本的有机食品中， 日本生产的蔬菜和大米是最主要的两种产品，零售额分别为115亿日元(100 日元约合7.57元人民币，2009)和92亿日元。国内生产的水果占有8亿日元的市场份额，进口水果大约为59亿日元，其中多数为进口香蕉。国内有机加工品中，纳豆是市场价值最高的产品，零售额为135亿日元，其次是零售额120亿日元的日本茶，107亿日元的豆腐和20亿日元的日本黄酱。加工品中的很大一部分市场份额为“其他”项所占，总量为19 367t，包括魔芋(芋根做的冻)、调味品、咖啡、红茶、坚果和意大利通心粉。
在日本，从事有机食品销售的组织主要是成立于1971年的日本有机农业联合会和日本国际农业研究基金会。而日本有机食品的销售，主要有三种销售渠道发展起来的。第一种方式，生产者与消费者之间直接交易;第二，有机食品的商家送货上门的渠道，该方式下经营健康食品的自然食品店是作为有机蔬菜销售的重要渠道，但目前仅限于单独店经营，尚未出现连锁型企业;第三，销售渠道，把有机蔬菜作为销售食品在超市等高级副食品一角销售或在和食、洋食、中华副食品店中展开，并以“健康和安心、安全”进行宣传。从有机食品发展的历史来看，第二种方式是作为有机食品销售渠道最好的方式。
日本政府一直极其重视食品安全问题，民众的消费安全意识也较强，因此日本的食品质量安全的社会透明度很高。在日本有机食品的认证首先要从国家认证机构登录，申请者基于农林水产大臣根据制定的日本有机农产品标准(JAS)，登录机关接受申请认可。其后，登录认证机关从有机食品的生产农家和加工食品的制造业者认证接受申请，基于技术标准进行审查认证。下一步，认证机关对进行认证的对象最低一年一次进行调查。根据这个制度被认证的生产农户、制造业者基于生产、制造过程的记录，分等级食品贴上有机JAS的标签，才可以在市场上流通。（有机农业网）
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