一
明天启七年(1627)八月二十二日下午，大明帝国的第十五位君主，年仅23岁的朱由校卧病两个月后 “驾崩” 了。人们看到，一队仪仗由司礼监秉笔太监涂文辅带领出了宫门直奔信王府。不多时，便拥簇着17岁的信王朱由检在一片暮色中踏进了紫禁城。
宫中有些混乱。太监们将信王带到乾清门宽大的迴廊里，悄悄退去。只有从信王府跟去的太监徐应元、曹化淳等人陪在信王身旁。信王默默地坐着，袖子里攥着妻子周妃匆忙中塞给他的几块麦饼。想起周妃惊慌不安的眼神，信王不禁打了个冷战。他觉得这座古老宫殿的巨大阴影里隐藏着某种危险。
朱由检对天命的降临是有些思想准备的。他的父亲虽然生了5个儿子，但长大成人的只有由校和他两个。由校嫔妃成群，却无子嗣。朝野上下皆传说由校的张皇后曾经怀孕，被由校的奶妈客氏给弄掉了。这样，皇位的唯一继承人就是由检了。由校这次病是从六月份开始的，长期荒唐的生活使年轻的由校虚弱不堪，病倒之后便日渐困顿，渐至不起。八月十一日，由校召见了由检。拉着弟弟的手，由校说：“我弟弟将来要成为尧舜一样的君主。”并要求由检好好照顾他的贤惠的嫂子张皇后。明朝有立储的惯例，在没有储君的情况下则遵循兄终弟及的原则，皇位的授受往往依照君主的临终遗嘱，偶尔皇帝突然病故，没有遗嘱，顾命大臣也会按这个原则办事，由检继承皇位是顺理成章的。
年轻的信王担心的是当时实际掌握帝国最高权力的司礼监秉笔太监魏忠贤的态度。近日来，京师流传着魏公公将要篡位的谣言。提起由校时期的政治，谁也不能忽视太监魏忠贤和客魏政治集团。
对客魏集团崛起感到不安的是被称为东林党的那部分官僚。杨涟、左光斗等人连篇累牍地上疏弹劾魏忠贤，形成了浩大的声势。然而，魏忠贤靠客氏和由校屡屡化险为夷，未伤一根毫毛。此后，形势对东林党人日趋险恶。那些曾经受东林党人抨击的官员看到魏公公这棵大树不会倒，便纷纷汇于他的门下，魏忠贤由宫中的老大转瞬间也成了外朝的君王，成了整个大明帝国的主宰。靠外朝部分官员的支持，魏忠贤决心清除异己力量坐稳自己的宝座。在肃宁老家多少次饿着肚子躺在麦草堆里做的美梦就要实现了，他不願丢掉这个机会。魏广徽、霍维华、顾秉谦、崔呈秀等人给魏忠贤送来了黑名单，从天启四年开始，朝廷中展开了残酷的清洗。东林党人及思想倾向东林党者无一幸免。
朱由校后期的天下成了魏家的天下，一些无耻的官员公开呼魏忠贤为九千九百岁，而魏忠贤则将这些官僚安插于重要职位上。一时间，官场上乌烟瘴气、廉耻丧尽。
朱由检虽然只有17岁，但他比他的哥哥要成熟的多，这与他的身世有很大的关系。由检的母亲是一个平民的女儿，入宫后为光宗选侍。由检出生后，父亲就对母亲不好，由检4岁时，母亲便死了。死因据说是性格忧郁、脾气暴虐的父亲殴打所致。由检的记忆中丝毫没有留下母亲的印象，这使他非常痛苦。母亲死后，由检被李选侍抚养长大。李选侍不为光宗所喜，始终没有生育，他将一个女人的爱全部倾注在由检身上。由检长大后，她将其生母的事情告诉了他，由检对李选侍是感恩戴德的。童年的不幸使由检早熟，作为一个王子，他在宫中时也曾与哥哥一起玩耍。哥哥的骄傲、任性由检是非常清楚的。客氏和魏忠贤的擅权乱政由检都看在了眼里，记在了心里。此刻，他独自坐在乾清门迥廓内，想着魏忠贤近在咫尺，随时可以象辗死一只蚂蚁一样将他除掉，他不由得打了个冷战。
恰在这时，巡夜的太监从这里经过，由检向一个太监要了一把宝剑握在手中，他不明白自己为什么会这样做，也许是下意识，是本能的反应，他握着这把剑一直坐到天亮。
由检担心的事情终于没有发生，当阳光洒在乾清宫的琉璃瓦上时，宫内已是一片忙碌。文武百官在鸿胪寺官员的引导下，身着丧服，一批一批地来到乾清宫哭送他们故去的君主。大家都看到了，魏忠贤木然跪在由校灵前，双目浮肿、精神疲惫，精、气、神好象都随着由校升天了。还是司礼监掌印太监王体乾吩咐内阁礼部准备新君的登极仪注和由校的丧礼。
由检被迎进了文华殿，中午时分，帝国德高望重的贵族、朝廷要员及顺天府尹率领文武百官和军民耆老来到文华殿朝见新君，并恭上《劝进表》。由检懂得要表示逊让，直到 《劝进表》三上，他才表示俯从天下臣民所请，即皇帝之位。三劝进仪式一直持续到太阳平西。由检虽然昨天没有睡觉，中午也没进膳，并不感到疲劳，新君登极的庄严仪式使他精神亢奋。最后，内阁提出了4个年号，供他选择，这4个年号是 “乾圣”、“兴福”、“咸嘉”、“崇祯”。由检沉吟了一下说：“乾圣，乾为天，圣字我可不敢当。兴福，中兴固然好，我怕是不能胜任，咸嘉，咸字右边有一 '戈’，现在当务之急是息止干戈，咸嘉不用为好，就用崇祯吧。”
17岁的新君如此饱学，使文武百官感到欣慰。
第二天，天交五鼓，由检便起床，准备莅临登基大典。他首先丧服来到哥哥灵前，祭奠了哥哥。然后，起驾至建极殿，换上衮冕，派遣几位贵族代他去祭告天地、太庙和社稷。又去皇极殿，行告天大礼。礼毕，驾往奉先殿，祭告列祖列宗。最后，分别拜谒了祖父、父亲还活着的妃子以及皇嫂张太后。
天近中午，即位前的所有礼仪进行完毕。祭告天地、社稷的贵族也返回宫内复命，由检驾临皇极殿，正式举行登基典礼。皇极殿金壁辉煌、香烟缭绕，殿外鞭鸣震天，丹陛大乐奏出庄严的乐曲 《飞龙引》。文武百官随着赞礼官宏亮的号令三拜九叩、舞蹈山呼。年轻的信王被庄严、神圣的氛围所包围，激动得浑身发抖。他觉得自己身上产生了一股神奇的、强大的力量，这力量足以使他治理好祖宗缔造的这个庞大帝国。
二
朱由检从他哥哥手中接下的是一个烂摊子，一个只保留着强大躯壳的腐朽政权。政治腐败、军事衰弱、经济崩溃、民心思乱、满目疮痍、百废待兴可以说是当时情况的真实写照。千头万绪，从何做起? 朱由检心里早已有打算，第一个应当解决的是天怒人怨的 “客魏集团”。
我们不知道由检从入宫到即位这三天与魏忠贤见过面没有。估计，这样的大典，作为司礼监秉笔太监的魏忠贤是应该在场的。京城流传的谣言说魏忠贤要自立为帝，还有的说他想把自己的侄子魏良卿立为帝。也有的说，魏忠贤弄了8个大肚子的女人在宫中，托为由校幸御过的宫女，要学吕不韦之术篡夺明朝天下。谣传虽然很多，魏忠贤始终没有篡位的行动却是事实。从他个人当时的实力看，自立为帝不会有什么问题。他之所以没有这样做，有多方面的原因。一是他这个刑余之身，失去了男性特征而造成的严重自卑心理束缚了他的野心。虽然，他可以用权势补偿他精神上的痛苦，但直接做皇帝他不能不再三踌躇。太监做皇帝，千古没有。全国臣民，包括他现在的党羽能否支持他，他心中无数，故而未敢行动。第二，魏忠贤留有后路。信王的心腹太监徐应元是他的密友。徐应元与他同年入宫，太监中称这种关系为“同年”，象外朝士子同榜进士一样。魏忠贤已经在徐应元身上花了不少本钱，他觉得有徐应元在，他完全可以保住目前的地位，用不着挺而走险。魏忠贤打错了算盘，朱由检不是朱由校，时代变了。
朱由检要清除魏忠贤也没那么容易。朝廷中都是魏忠贤的人，他没有一个帮手，操之过急只能逼魏忠贤孤注一掷、狗急跳墙。力量的对比是不利于朱由检的，他要谨慎地、耐心地等待时机。
八月的最后几天和九月份是在紧张而微妙的气氛中度过的。表面上一切如故，实际上，双方暗中在交锋。
魏忠贤照常在皇帝面前值班。八月二十七日，由检问他和王体乾 “立枷”是怎么回事? 立枷是魏忠贤创造的惩处他的反对者的刑具，有150多斤重，戴上者必死。王体乾小心地回答说，立枷是用来处理大奸大恶之人的。由检冷冷地看了一眼魏忠贤说：“虽然是这样，也太残酷了。这不是盛世所宜用的。” 忠贤没有敢答话。
九月一日，魏忠贤提出辞去东厂职务来试探由检的态度，由检没有批准。次日，客氏提出出宫，由检马上表示同意。第二天，天还未明，客氏素服到由校的灵前将她保存的由校的胎发、指甲焚化，痛哭一场，离开了紫禁城，住进由校赐给她的府第里。魏忠贤的主要爪牙王体乾、李永贞照样得到由检的信任，九、十两个月的登极恩赏照样给予他们。只不过，徐应元、曹化淳比魏忠贤更加得意。
朝廷大臣中那些忠贤党羽也心神不定，他们预感到形势将要变化，许多聪明人开始寻找退路。魏党的分化使形势开始明朗。九月十六日，南京通政使杨所修疏奏崔呈秀父丧不奔，夺情视事非制，请放他归籍丁忧守制，由检不允。十月十四日，魏党首恶分子杨维垣疏劾崔呈秀专权乱政。魏忠贤是听信了崔呈秀，被他所误。崔呈秀慌了，要求守制，由检还是不放他走。十月十八日，杨维垣再劾崔呈秀通内，连累了魏忠贤，并颂扬魏忠贤一心为公，矢忠体国。杨维垣疏中还弹劾了其他几个魏党人物，由检继续保持沉默。
十月二十三日，孑立于魏党之外的下级官员也行动了起来。工部主事陆澄源参劾崔呈秀，词连魏忠贤建造生祠问题。由检薄责陆澄源越位擅言，但心里高兴，遂将崔呈秀放归。二十五日，兵部主事钱元慤直接弹劾魏忠贤，言词激烈，天下震动。二十七日，海盐贡生钱嘉徵上疏，将魏忠贤罪行列为十项： 一曰并帝，二曰蔑后，三曰弄兵，四曰无君，五曰无圣，六曰剋剥藩封，七曰滥爵，八曰朘民，九曰掩边功，十曰通关节。呼吁将魏忠贤明正典刑，以泄天下之愤。由检拿这本奏章让人读给魏忠贤听，魏忠贤知道事不好，马上以患病为由提出辞去东厂印务。由检令他出宫调理，随后传令将魏忠贤集中在宫中内操的军士解散。
解散了内操，驱逐了客魏，由检开始放手大干，他首先点了几个魏党首要分子的名，下令吏部调查崔呈秀等人的罪行。同时，撤回各镇监军太监。
十一月一日， 由检发布上谕， 公布了魏忠贤的罪行， 宣布本应将魏忠贤寸��以谢天下，念先帝还未出殡，姑且安置于凤阳。客魏二犯家产籍没，冒封的爵位革除，子孙人等俱烟瘴充军，同时也将徐应元赶出宫去做凤阳祖陵司香。
魏忠贤离京，带了许多人和车辆。由检以此为理由，令兵部差人将魏忠贤押解往凤阳。十一月六日，魏忠贤一行走到阜城县，闻知了由检的命令，知道末日到了，魏忠贤当晚上吊自杀于旅舍。崔呈秀在蓟州家中听到魏忠贤的死信也自缢身死。十一月七日，客氏被押往浣衣局打死。随后，客魏两家子孙人等皆被斩首。
朱由检在剪除客魏集团的斗争中没有一人相助，大获全胜，为大明帝国清除了最大的隐患，显示了他不可低估的行政才能。
魏忠贤除掉了，但把持朝政的魏党羽翼却不容易对付。当时，内阁、六部，各院寺首脑都是魏的死党，身居要职者都与魏忠贤有瓜葛。杨所修、杨维垣、安伸、贾继春等人以弹劾魏忠贤的功臣自居，上窜下跳，他们的目的就是保护同党，使由检不再追究他们，从而达到维护现状，继续压抑东林党人的目的。
朱由检深知，魏忠贤如果没有朝廷中这些寡廉鲜耻之徒的帮助是不会造成这么严重的危害的。朱由检当然不会放过他们，让他们继续把持朝政。十一月份，他下令逮捕了魏忠贤的主要爪牙“五虎”和“五彪”，交法司议罪。从十二月到崇祯元年(1628)五月，朱由检亲自主持选拔了4批共132个给事中、御史。这些新进言官除个别人依附魏忠贤外皆是与魏党无关联之人。他们以清除魏党为己任，言路渐趋清明，由检因此了解到更多的真实情况。
早在十一月，朱由检便下诏甄别被魏忠贤害死、削夺的官员。该平反的平反，该起用的起用。但，起废工作遇到极大阻力。由于吏部、都察院及言路为魏党把持，他们千方百计顶住不办，实在拖不下去时，便起用一些失去魏忠贤欢心的魏党分子，而把杨涟、左光斗等人斥为与魏忠贤一样的大奸大恶。可见朝中的拨乱反正、惩恶彰贤还需要相当艰苦的斗争。
崇祯元年 (1628) 正月初五，翰林院编修倪元璐上“方隅未化正气未伸”一疏，区别东林与崔魏的忠奸。指出魏党羽翼摧残正气的罪恶远过于客魏本人。倪元璐的这个奏疏是向魏党分子打响的第一炮。杨维垣等人竭力对抗，上疏辨驳。倪元璐二十四日再次上疏，淋漓尽致地揭露了杨维垣之流妄图维持残局的真实嘴脸，斥责了魏党分子打击正人，向魏忠贤献媚，牺牲气节换取富贵的可耻行径。倪元璐两通奏疏扫荡了满天乌云，人们感到身上的枷锁被打碎了，思想解放了。由检迅速清除了内阁中的魏党分子，正派老臣刘鸿训主持内阁工作，起废得以顺利进行了。
崇祯元年(1628)三月十五日，由检下令免除了对杨涟等人的“追赃”。吏部公布了受魏忠贤迫害应当平反起用的官员名单。四月二十五日毁掉了魏忠贤禁锢东林党人的《三朝要典》。五月，杨所修、杨维垣、李蕃、贾继春、霍维华等人被罢官，原来遭受客魏迫害的各位后妃也得到平反和封号。
东林党人纷纷出山，他们对魏党分子的追究也随之开始。崇祯二年要搞京察，东林党人感到对逆党处分不够重，更不能让他们混入察典，应当专门列一个逆案，就象魏党的 《三朝要典》一样。元年十二月，御史吴牲正式提出了定逆案的建议。被胜利冲昏了头、被逆党气昏了头的青年君主同意了这样做，这就为大明帝国的政治埋下了隐患。
由检让刚从原籍返京的首辅韩爌主持定逆案的工作。韩爌是一个冷静、头脑清楚的老臣，他不同意广搜苛求，增加逆案的人数。他知道，天启时真正害人的首恶分子是少数。全国各地许多官员对客魏的献谀只不过是在强权之下不得不随人点缀，充其量是一个认识问题。如果将这些人全收入逆案，就等于断了他们的前程，宣布了他们政治上的死亡。就会造成新的冤案，甚至重新激化派别之争。可是，由检听不进他的话，他从宫中找出一大包全国各地官员献媚的奏疏让韩爌按名列入。韩爌无奈，只得大大增加逆案人数。崇祯二年 (1629) 三月十九日，逆党名单确定、公布。由检亲自加了按语，自客魏以下，罪分5等，列入244人。至此，对魏忠贤及其党羽的处分方告结束。
三
天启七年 (1627) 除夕正是崇祯元年的立春，这一巧合使由检感到高兴。他觉得这是一个吉兆，恶梦般的混乱就要结束，新春到来，万象更新，他将以帝国新君主的身份去治理这个千疮百孔的国家。朱由检怀着强烈的责任感以全部的精力和热情投入到工作中去。
大明帝国的确是如残阳西下，一片零落。帝国的政治历经他的祖父与父兄三代人55年的统治已经腐败了。整个国家机器运转不灵，官僚之间的党派之争愈演愈烈。虽然他以铁的手腕处理了客魏集团，斗争依然在继续。文武群臣口头上讲的是忠心为国，实际上关心的是一己之利。人人都高谈阔论，看起来才华横溢，但谁也不做实际的工作。懈怠、麻庳、自私、虚伪、昏庸、愚昧、贪婪、勾心斗角成了这群官僚的共性。庞大的帝国象一个垂死的老人四肢麻庳、行动不便、指挥失灵。国家的财政经过魏忠贤时期的破坏已濒临绝境。每年固定的财政收入不能如数收缴国库，各地都在拖欠，而国家用项却越来越多。一是军费开支，目前已较30年前增加3倍多，如果满足军方需要，就要用掉年收入的97%。二是皇室费用、百官俸禄都成倍增加。由此造成年年入不敷出，寅吃卯粮。天启以来，全国灾荒不断，大量人口逃亡，转死沟壑，土地荒芜、社会动荡，这已在许多有识之士中间引起了深深的恐慌。尤其是陕西，连年大旱、赤地千里，已经传来了人吃人的消息。陕西已经成了一个火药桶，随时都可能爆发。在东北，建州女真人自万历末年起兵发难，建立了后金政权，目前已经羽翼丰满，不断侵掠明边。明朝将大量兵力财力抛到辽东，而辽东局势根本没有缓和。这些问题使由检心乱如麻。为了尽快使帝国起死回生，他只得夜以继日地工作。登基后，他宣布除了盛暑严寒他每天都在文华殿办公，与阁部大臣商议国事。
自天启七年八月始，一道道诏谕传遍天下。由检罢除了为皇室服务的织造、烧造、采办等一切不急之役，与民休息。停止了皇宫的一切土木营造，削减自己和后妃们的吃用开支。撤回了天下镇守太监，严禁宦官干政。严禁官僚结交太监。向边镇发去银两，安定军心，戒谕官僚结党，建立完备的监察制度。明令提高政府的工作效率。下诏免除了许多受灾地方的赋税。这一道道诏令又重新在帝国臣民心中唤起了希望。
朱由检把解决“辽事”，即后金问题作为继位后要办的大事之一，这一方面有恢复故土，重振帝国之威的意义，另一方面可以尽快结束战争状态，节约大量军费，解决国家财政困难。自上台后，他就积极地物色能担负这一重任的重臣。朝廷许多大员推荐了前任辽东巡抚袁崇焕。对袁崇焕，由检是有所耳闻的。袁崇焕天启年间久镇辽东，熟知敌我情势、山川险易，本人有韬略，有担当，屡建大功，由下吏而渐升至巡抚。天启七年的宁锦之役，他固守宁远，挫败了努尔哈赤的凶锋，在崩溃的边缘挽回了整个辽东战局。但他在举国如狂为魏忠贤建生祠的热潮中不随流俗，被太监告到魏忠贤那里，魏忠贤很不高兴。为了国家，为了辽东，袁崇焕最后还是屈服了，但他留给魏忠贤的印象却是改变不了。宁锦大捷使朝中高官显宦、太监阉党都得到了加官晋级，封爵赠荫，而袁崇焕仅仅是加了一级。在这种情况下，袁崇焕只得请求解甲归田，回了广东老家。粉碎魏党之后，东林派许多人因袁崇焕有颂美活动而将他看作阉党。虽然侥幸未入逆案，东林人私下称其为漏网小人。由检权衡了一番，决心不顾东林党人的反对，起用袁崇焕。任命他为兵部尚书兼右付都御史督师蓟辽兼督登莱天津军务，实际上将整个对金防务交给了他。崇祯元年 (1628)七月，袁崇焕从广东赶回北京。十四日，由检在建极殿东面的高台上 (俗称平台) 召见了他。
由检看着这个黑瘦精干的中年人，对他忠心为国，长途赶来表示赞赏。袁崇焕非常激动，他表示，我受皇帝陛下特殊眷顾，刻骨铭心。倘若假我以便宜，我5年便可恢复全辽疆土。由检很是高兴，说： “你能五年复辽，朕决不吝惜封侯之赏。”
袁崇焕提出，后金经营了近40年，此局不易终结。要完成复辽任务，必须事事能使我得心应手，如钱粮、器械、用人等项。由检立即召来了户部尚书王家桢、工部尚书张维枢、吏部尚书王永光、兵部尚书王在晋，让他们表明态度，要事事支持，不许掣肘。袁崇焕深知官场习气，执政大臣成事不足，挑起毛病来却非常细致。如果皇帝听信他们的流言，自己将无法展布手足。于是，他对由检说：“以臣之力制全辽有余，而调众口不足。臣一出国门，便成万里。有人忌功嫉能，专挑毛病，定会牵扯我绝大精力。”由检听了这话，扫了一眼阁部诸大臣说：“袁卿不必谦让，你不要担心，朝中自有我主持，朕做你的后盾。”内阁首辅刘鸿训奏请赐给袁崇焕尚方宝剑，假以便宜行事之权，原来辽东边臣王之臣等人的尚方剑撤回，以便统一事权。由检准奏，传令各部执行。赏赐袁崇焕酒饭，令他尽快出都赴任。
由检对袁崇焕抱有厚望，然而，就在袁崇焕还未到辽东之时，宁远士兵便因缺饷发生了哗变。哗变士兵将宁远巡抚毕自肃、总兵朱梅等人捆在樵楼上拳打脚踢。地方官从商民手中借来5万两白银暂时平息众怒，毕自肃引罪自杀。袁崇焕火速来到宁远，杀了为首士兵，并对那些造成哗变的责任官员进行了处理。士兵的缺饷自神宗以来日甚一日，九边军镇皆如此。有的缺几个月，有的缺一两年。由于财政的困难，明廷拿不出日益增长的军费，只好拆东墙补西墙，艰难地支撑着，每年发到各边的饷银都不足数。而且，军队将领都克扣兵饷，用以自肥或打点上下关系，还有的用虚报兵马数目的办法吃空额。当时京中有一种说法，说边将来京领1万两白银军饷，出京只有3000，7000都花在了京官身上。宁远兵变后不久，锦州也发生了兵变，袁崇焕请饷的奏疏接连飞来，由检召阁部九卿追问为什么不及时发。礼部侍郎周延儒说： “边饷应当发，以解救燃眉之急。但是，我们要寻找一个长久之计，彻底解决兵饷问题。东拆西补，火发救火，水来阻水最终将不可收拾。”
周延儒的话引起了朱由检的注意，不禁赞许地看了看他。马上令户部将各边新旧兵饷数目、军费增加原因，解决的办法提出一个完整的报告来。不几天，朱由检根据户部的报告提出下列几项整顿财政的措施。
一、派专人前往各边镇，核实兵马实数，查出增饷根源，严格清汰老弱病残军士，节约兵饷。二、设立督饷侍郎，尽全力保证兵饷供应。三、在边区恢复商人输粟中盐之法，整顿士兵屯田，以缓解国家财政困难。四、令户部重新核查制订出天下新旧兵饷清册，检查天下赋额造册，户部编制新的《赋役全书》，以求均平天下赋额。五、严厉追缴各地逋欠的赋税800余万两白银。各地方官将催征作为第一要务。
崇祯元年，由检做的另一件大事是组织新的内阁。明代，内阁是国家的中枢，内阁大学士无宰相之名有宰相之实。国家大政方针一般是内阁确定，大事也由内阁处理。所以，它是皇帝的智囊，是皇帝的左膀右臂。由检还年轻，更需要一个精干的内阁来帮助他处理国家大事。登基后，原内阁的黄立极、来宗道等人相继罢斥。由检下令召回韩爌，韩爌未到时由新增的刘鸿训主持阁务。崇祯元年间，魏党余孽还在积极活动，刘鸿训很快被他们摭拾小事诬陷而攻倒，内阁成员变动较大。韩爌忠厚老成有余，魄力才能不足，由检不甚满意。因此，挑选人才，重组内阁势在必行。
关于内阁人选，由检看中了一个人，那就是周延儒。周延儒是万历四十一年20余岁时中的状元，江苏宜兴人。天启时官南京，崇祯即位召为礼部右侍郎。上次的召对周延儒引起了由检对他的重视，由检希望他入阁辅政。崇祯元年十月底，由检令会推阁员。明中叶以来，内阁大学士皆由翰林院官或各部尚书中选拔，由吏部会同都察院、大小九卿、六科及河南道掌道御史公推。神宗万历以来，会推名义上是公，实际上为个别人把持。只要有德高望重者提出来，大家都顺水推舟表示同意，不会有异议。会推成了一种形式。
十一月初，会推的结果出来了。列名者有成基命、钱谦益、李腾芳、王永光等11人，独没有周延儒，由检于是怀疑到会推是否公正。就在这时，协理詹事府的礼部尚书温体仁上疏指出，礼部侍郎钱谦益主试浙江时曾通关节，受贿赂，不应当推为内阁人选，本次会推是钱谦益及其徒党一手把持所致。由检闻说大惊，立刻下令召对阁部科道诸臣。
钱谦益是万历三十八年科探花，当时29岁。钱少有文名，公认为是江南才子，文坛领袖。他与东林巨魁过从甚密，声气震动一时。魏忠贤时他罢官家居，由检即位召回。天启二年他曾典试浙江，他的仇人韩敬借他的名义出卖关节、索取贿赂。有个士子钱千秋中计上当，送了一千两百银，中了举人。事发后，查明了真相，钱千秋削籍，钱谦益也受了处分，久已定案。温体仁之所以重提旧案是有复杂的背景的。
温体仁为万历二十六年进士，此人外曲谨而内猛鸷、机深刺骨。他本来想列名会推，但由于没人望未得入选，心中怀着忌恨。他想，皇帝看中了周延儒，会推却没有，皇帝一定会怀疑，不如借机发难，倘若成功便得皇帝赏识，钱谦益为人疏放气盛，拥有一大批党羽，朝中对他早有闲言，若告他个结党把持定能中的，所以温体仁就拿钱谦益开了刀。由检果然重视此事，文华殿召对，让温钱二人当面对质一下。
钱谦益确实在会推中做了些手脚。这时以为枚卜在望、洋洋得意，根本不知道温体仁告他。当由检问到科场关节之事，谦益毫无思想准备，因此支支吾吾。而温体仁成竹在胸，言如涌泉，说：“枚卜大典，宗社安危所关。谦益结党营私，举朝无一人敢言，臣不忍见皇上孤立于上，所以冒死上言。”由检早知廷臣有党，闻说击节叹赏，心中已定温胜钱败。许多人替钱谦益辩白，由检皆听不进去。他要来钱千秋的卷子看过，严厉责备钱谦益说：“要不是温体仁，我差一点上了你的当。”周延儒借机说：“会推名虽公，主持者实际上就是一两个人，谁也不敢多说话，说了白说，徒取横祸。”由检冷冷一笑，他自以为看透了这场会推，宣布会推无效，钱谦益罢官。事后，由检单独召见了首辅韩爌说：“大臣不忧国事，惟挟私相攻，一定要予以严惩。”
会推风波后，周延儒、温体仁都成了帝国政治上的明星，受到由检的格外垂青。崇祯二年(1629)十二月，延儒以由检特命入阁为辅，次年六月，他又把温体仁拉进内阁。此后，帝国政治进入温、周内阁时期。
崇祯元年 (1627)二月，明朝政治表现出两个倾向，一是东林党人穷追猛搜魏忠贤党羽，不但真正有劣迹的官员受到处理，名列逆案，那些没有劣迹的官员也被视为没有气节的人受到轻视，好象天下只有东林党人最光明磊落，最有气节、最忠于国家。这样做的结果，使许多官员对东林党人怀着敌对情绪，对自己的前途感到担忧，因此起而反对东林党人，产生新的党派之争。另一种倾向就是东林党人在起废工作中贯彻认人唯亲路线，凡是拥护东林的，不管这个人品质才能如何都引为同志，使许多贪官污吏混水摸鱼，弹冠相庆。东林党人名满天下，但是在治理国家方面并没有表现出特殊的能力，使朱由检大失所望。
就在定逆案、争会推、百官精神穷于内耗之时，帝国的局势越来越严峻。塞外原属明朝羁糜的蒙古36部由于边将抚赏失时在崇祯元年(1627)七、八月间叛明臣服于后金，使明朝对后金的防线一下子西延了两千余里。另外，明廷虽然下了最大的决心解决兵饷，但收效甚微。继宁远锦州兵变后，固原等地又接连发生兵变，明军的军心与素质都使由检深感担忧。就全国经济形势来看，自天启时开始的自然灾害更加频繁，水旱风蝗日甚一日。崇祯元年，浙江发生了大水灾，影响几十个州县颗粒无收。持续了几年的陕西大旱毫无缓和迹象。从崇祯元年八九月份陕西人民开始吃草根树皮，十月份草木吃光吃观音土，接踵而来的是人口大量死亡。十一月，陕西方面传来人吃人的报告。先是各地多有妇女儿童失踪，最后易子而食，易妻而食、子食父、兄食弟，炊人骨以为薪，煮人肉以为食比比皆是。陕西每个城镇外都有大坑用以掩埋遗骸。一坑满再挖一坑。人民再也生活不下去了，于是，各地树起了义旗。天启七年(1627)底，陕西澄城发生了大规模农民起义，崇祯元年冬，整个陕北都卷起了农民起义的风暴，陕西这个火药桶终于爆发了。内忧外患一齐来，朱由检感到肩上的担子越来越重。
治国必先治吏。自崇祯元年起，由检发布了许多诏令，要求中央及地方各级官吏同心同德共渡时艰。“为国节财，为民择吏。固圉者以封疆为重，守土者以民困为本。”告诫他们 “如有挟私坏公，逞臆荧听，不从国家起念，专以窥瞷妄营者，朕不时廉察，决不轻贷。”为振刷拖拉萎靡的官场风气，由检令各衙门章奏十日内必须处理，不容拖拉。令都察院慎重选择监察御史和各地抚按，以他们纠劾百司、表率群僚。令吏部从公纠举贪污枉法官员。在地方上复行久任之法，增强地方官吏的责任心。恢复举主连坐法，荐举人材，荐举人要负责到底。若出了问题荐举人同坐。
然而，腐败官僚制度是不容易重建的。由检虽然三令五申，各级官僚依然故我，法令根本得不到贯彻，二年来，帝国政治毫无起色。
崇祯二年九月，著名理学家、诗人、学者顺天府尹刘宗周上疏指摘由检二年来的失误，刘宗周认为由检励精图治是正确的，但程效太急，见小利而速近功，结果使本来混乱的国家更乱。刘宗周说的近功是兵事，即与后金的和战。他认为，目前兵事应以屯守为上策，简卒节饷，修刑政而威信布之，使后金不敢来犯。不应在此三空四尽之时与敌言战。小利为国计，亦即财政，目下不应讲求聚敛掊克之政，造成小民无升斗之粟、卖妻鬻子，而应以养民为主。由于这两件大事的失误，庙堂之事日见烦杂。被劾罢斥者越来越多，贪风却禁止不住，对官吏应以仁义教育为主、导之以礼，恢复他们的信仰，使之奉公急国。大量的处理反倒使他们丧失了廉耻之心，更难得到有用之人。同时也使那些谗邪小人干进。皇帝对臣下怀疑，必造成恃一己聪明，一人独断，孤立于上。
由检读了刘宗周的奏疏也觉得有道理，但太迂腐不达时务。后金是找上门来打我们，不是我们打他，国家财政困难不追收欠税又何以立国?官僚们在严刑峻法之下尚不能守法为国效忠，礼义教化又会有什么用处?在这人欲横流，贪官污吏充斥之际侈谈理想信仰无异于痴人说梦。由检管理着一个大国，做着具体的实际的工作，他无法同意学者式的真理。
九月二十六日，刑部报来应处决的死囚名单，请由检勾决。惯例，皇帝总是从前面勾，最后赦免几个。故强盗杀人诸犯刑部一般放在前面，官犯，即官员犯死罪者放在后面。这次由检拿了名单，红笔先勾去后面的杨镐、渠家桢及逆案中倪文焕、田吉等人。中宫周皇后以皇长子出生请免行刑。由检说：“生子是喜事，诛有罪亦为喜事，当并行不悖。”内阁诸臣面救杨镐等人，由检拂然而起说： “不杀此辈，何以伸朝廷三尺之法!” 由检认定了吏治必须靠铁的手腕来整顿。
四
崇祯二年十月，秋高马肥之时。后金十数万精兵分道由龙井关、大安口入犯，连下遵化等名城。山海关总兵赵率教回师救援，全军复没。正在宁远的袁崇焕闻警兼程回救，屯于蓟州。但金兵却不攻蓟州，绕开袁崇焕，西掠三河、丰润、玉田，直扑北京。十一月初一，京师戒严。
面对气势汹汹的金兵，京师守卫益显薄弱，由检心中忐忑不安。待闻袁崇焕率师赶来才放下了一颗悬着的心。他任命名将满桂为武经略，总理各镇援兵、保卫京师。满桂与袁崇焕分屯于安定门和广渠门，打败了敌人的数次进攻，由检为此召见了袁崇焕。他向袁崇焕表示慰劳，并解下自己的貂裘赐给他，袁部下将领皆得到赏赐。袁崇焕向由检表示一定要尽快赶走敌人。十一月底，东便门之战，袁崇焕大破金兵，自己的兵力也损失过半，又因补给不及时，袁兵疲劳已极，要求入城稍做休整。就在这时，情况突变，由检中了皇太极的反间之计。
皇太极曾在北京城下俘获了两个太监，定下铲除袁崇焕的反间计。他让营中广泛宣传与袁督师有约在先，袁督师让路让我们来打北京，故意让两个太监听到，然后放了他们。太监回到北京便把这个消息报告了由检。本来，由检对袁已心中有气，倡言五年复辽，却把金兵给引来了家门口，听太监一说，心中不免起疑，袁崇焕又要统兵进城，是不是与金真有勾结? 由检越想越觉的有可能，就在十二月一日召对时逮捕了袁崇焕，袁部在城外遂大溃，后为孙承宗收抚。孙承宗接替了袁崇焕的职务。十二月中旬满桂战死，孙承宗督的各镇援兵力战克敌，解了京师之围。后金兵在畿内大肆抢掠，到次年四五月间，孙承宗克复迁安、滦州、永平、遵化等城，金兵退出关外。
此次金兵入关，明王朝倾全力才保住首都，近京的边境不用说，远在西陲的甘凉、延绥、榆林等镇亦勤王赴京，可以说集中了九边精锐，损折了几十员大将才将金兵赶出。借此机会，陕西的农民起义有了很大发展。
当时总督陕西三边军务主办剿灭农民军的是杨鹤。杨鹤很有学问，亦负请望，但不懂军事不知兵。他认为农民军皆是饥寒小民，抚之可以成为国家赤子，剿杀只能越杀越多，主张对农民军“招抚”。他一面调兵遣将，用洪承畴、杜文焕两员干将攻打农民军，一边打出招抚的旗号，招降了多股义军。杨鹤招抚农民军皆在城楼上设御座，令农民军跪拜设誓，然后宣布赦免其罪，令各归故里，形同儿戏，农民军根本不把他放在眼里。农民的起义是由于没有生路，要招抚必须解决农民的生活出路问题，否则，还要爆发。杨鹤只招不抚，只能是徒劳无功。崇祯四年(1631)，陕西农民军又起，山陕鼎沸。御史吴甡疏劾杨鹤主抚误国。由检大怒，将杨鹤逮捕下狱，远戌袁州。任命洪承畴接任三边总督。洪承畴主张对叛乱的农民坚决镇压，只有刀剑才能将农民逼回土地。此后，明廷对农民军变抚为剿。
日益困难的国内局势使由检非常焦急。他下令将袁崇焕凌迟处死，重处了其他失事将领。围绕袁崇焕，朝廷又发生了激烈的党争。这场党争是因袁崇焕诛杀皮岛守将毛文龙触发的。毛文龙原为辽东守将，辽东失守后，他退守海中皮岛，拥有数千士兵和几万难民。在皮岛他向朝廷要10万人的兵饷，但并不积极抗金。袁崇焕任职后决定除掉他，更换皮岛守将，并将这个想法告诉过内阁大学士钱龙锡。二年六月，袁诛了毛文龙。袁崇焕被逮捕后，就有人攻击袁崇焕擅杀大将，想借机牵扯钱龙锡，把钱龙锡与袁崇焕搞成一个逆案。这些人就是受东林压抑的那派人。以吏部尚书王永光、温体仁为主，发端者为御史高捷、 史��、 袁弘勋等人。 他们攻击钱龙锡卖国欺君、 纳袁崇焕的贿赂， 由检因此发怒，欲重处钱龙锡，后在黄道周等人的救援下改戍定海卫。王永光、高捷这次虽没达到目的，但也取得了很大胜利。
崇祯三年 (1630) 二月，由检因兵事急下诏求边才。王永光推荐天启时的兵部尚书吕纯如、王之臣等人。吕、王二人皆逆案有名。吕纯如有颂德之疏，疏来到而熹宗崩，崔呈秀为他删掉了颂扬之语，依然未逃出逆案。王之臣亦无什么恶迹，只不过魏忠贤专权时随人点缀，也被列入逆案。王永光想起用这两个人，组织对抗东林的力量，温体仁亦暗中支持。温、王两人对外说是首辅周延儒的意思，以备事败后金蝉脱壳。周延儒对此毫无所知，由检对此事也不清楚。一次，充任由检司讲官的东林巨子文震孟在给由检上课时指出有人欲翻逆案，由检于是去问周延儒。周明白了其中曲折，陈说二人不可用，逆案不可翻，由检遂否决了王永光的建议。此后，东林党人与王永光的矛盾激化了，竭力倒他。崇祯四年 (1631) 三月，王永光的羽翼袁弘勋贪污受贿被揭露，下狱论戍。王永光被指为把持用人之权、招降纳叛、欲翻逆案、诲贪崇墨而去位。东林取得了胜利。
就在官僚们狗撕猫咬忙于争斗时，太监集团的势力又有所回升。太监集团的死灰复燃是由检任用他们的结果，本来魏忠贤被诛后太监集团就没有伤筋动骨，魏派衰微后，信邸来的曹化淳等人代替了他，宫中的活动及与皇帝的关系一如既往，所不同的是由检不再派他们监督外朝的事务。近年来，由检对官僚很不满意，发现他们除了清谈、党争之外一事无成。崇祯二年后金入侵，兵部尚书王洽事先毫无所知，事发后连敌情也探不明，惊慌失措，调度无方。京畿地区文武百僚弃城而逃者有，开门迎敌者有，坐视敌人杀掠的也有。各地勤王之兵乱成一团，粮饷供应不上，有的部队几天也吃不上一顿饭，充分暴露了官僚的无能。无休无止的党派之争使由检烦燥，争来争去，国家的大事没有一项得到认真贯彻执行。出于无奈，由检再次想起太监可用。
崇祯二年底，京师戒严，由检令太监提督京城九门和京营，加强了对京师守卫部队的监视。崇祯三年又陆续任命太监到各边镇清核兵员、兵饷、裁革冒滥、催督饷银，监督将帅。崇祯四年八月，任命太监张彝宪总理户工两部钱粮，清核天下积欠赋税，太监的势力又上升到极点。由检用太监主要是用于兵马钱粮等重要事务上，监督官僚、杜绝官僚作弊。公平地说，这些太监没有辜负由检的厚望，确实起到了耳目的作用，使由检了解了许多原不知道的下情。这些太监都专疏奏事，对地方有司颇具权威，所以使一些难以进行的工作得以顺利开展了。许多太监工作非常认真负责，如宣府太监王坤通过调查对首辅周延儒提出弹劾，张彝宪在户工二部经过彻底清查，查出天下逋赋达1700余万。
由检重用太监引起朝野上下议论纷纷，特别是张彝宪总理二部，两部堂官皆以下属礼见之。天下官吏报册都要跪拜，官僚们感到是受了莫大的侮辱，东林党人更引天启时的例子危言耸听，要求罢太监不遣。对官僚的喧嚣由检毫不退让。在一次召对中，由检对内阁六部大小九卿说：“诸君公疏反对我遣用内臣。太祖明训，朕岂不知。只是成祖以来也有间用的，皆是一时权宜。朕为什么再用内臣，皆是文武诸臣几年来全不公忠体国，做事不堪，万不得已权宜用他。若诸臣肯实心任事，要撤又有何难。”由检的话暗含讥刺、使这些文武大僚再也讲不出话来。
由检对于官僚的卑视与失望养成了他自己的过分自信、事必躬亲、独断专行，其性格也越来越急燥。在用人行政各方面都表现的操切、轻率、不管何人，一言合则加诸膝，任以重事，限时责成。一有失误，重刑处理。以至于诏狱累累、犯者不绝。原来选拔使用人才的制度做了许多的改动，产生了不少新的问题。贤者无以展布手足，小人则嗜进不已，吏治更加混乱。在行政方面，因为急于求治而大事小事一把抓，抓的过细过严，不能审时度势改变政策，因此事事僵硬，不会变通。
崇祯五年(1632)四月，兵部员外郎华允诚上“三大可惜四大可忧疏”。借抨击辅臣指出了由检的弱点。他说：“当事者借皇上刚严而佐以舞文击断之术，借皇上综核而骋其重逋握算之能;以皇上图治之盛心为诸臣斗智之捷径，可惜者一。今以窥微指为尽忠，摘细瑕为快意，长吏考课惟向钱粮，以多士修职之精神为小夫趋办之能事，可惜者二。庙堂不以人心为忧，政本不以人才为重，四海渐成土崩瓦解之形，诸臣但有角户分门之见，以兴邦启圣之心为即聋从昧之景，可惜者三。现在百官不惧犯法，反以犯法为荣，刑罚不中，斧钺无威，一可忧。直言敢鸣之士，一呜辄斥，窥风观向之徒疏奏多为立党门户，是非共蔽，忠谗互淆，二可忧。大臣握重权不行其职，甘同于仆隶，小臣惟观风使舵，没有节操，谄曲奉承、贪竟成风，三可忧。吏部职务阁臣不可侵，今次辅同乡为吏部尚书，二人朋比，把持仕进，四可忧。”此处指的是温体仁与吏部尚书闵弘学。华允诚此疏切中时弊，指出了当时吏治主要问题所在。
作为内阁首辅的周延儒是有责任向年青的君主讲清楚国家形势和应采取的对策的，是应该对君主思想性格中的弱点进行规劝的，可是，周延儒缺乏明相的才智与德性，他也没有总揽全局、收拾混乱局面的政治家气质。他对由检是一味的顺从，所以被人指为形同侍从。周延儒私心太重，一切为自己的私利地位着想，决定了他只能将顺固宠。周延儒门下有个爪牙李元功代替他收受贿赂。朝廷用一人，赦一人，李元功都宣传是周延儒之功，收取别人谢礼。甚至收贿收到监狱里面去了，周延儒因此秽声大起，成为众矢之的。周延儒将温体仁拉进内阁本来是想让他帮助自己，可是温体仁野心比周还大，他巧妙地利用众怒，要挤掉周延儒，自己取而代之。所以，凡是弹劾周延儒的都受到温体仁的暗中帮助，凡是周延儒的羽翼温体仁都处处限制打击。久而久之，由检渐渐疏远了周延儒。崇祯六年 (1633) 六月，周引疾乞归，由检未加挽留，温体仁升任了首辅。
温体仁与魏忠贤的死党崔呈秀关系较好，天启年间离职家居。杭州建魏的生祠时，他曾作诗赞颂。东林党人因他不依附东林而视其为小人。他与吏部尚书王永光深相结纳，思想感情上倾向于那些被东林攻击的官员。王永光被周延儒等人赶走后，他起用了他的同乡闵弘学为吏部尚书， 把持用人之权。 与御史史��、 高捷以及唐世济、 张捷等人结成小集团。
自会推案起，由检就看中了温体仁，认为他不立党、孤立于朝，清忠难得。温体仁也知道自己已经得罪了东林，所以索性豁出来与东林为难。但温体仁立身廉洁、苞苴不入于门，这一手最得由检之心。他平时在皇帝面前表现的很是勤谨、恭敬，善于观察由检的脸色行事。因此，他在内阁待了8年，自己独相4年，为崇祯一朝所仅见。
温体仁阴险狡猾，惯会耍手腕，喜怒从不形于色，遇事自己从不站到前台去，而是躲在背后操纵，用人、害人都指使别人发端，自己观察由检的颜色而见机行事，他害了别人，人却不知道。遇到由检对谁有气，他总是假装劝解，巧妙地以片言只语激起由检的火来，达到害人的目的。看起来由检威柄自操，实际上温体仁起着决定作用。东林臣子文震孟、黄道周、陈子壮等人皆是这样被排挤出去。他引用的人多是庸材，苟以充位。
温体仁与周延儒一样在治国上是庸才，面对国计民生的困敝，他不能筹一策，定一计。朱由检每向他谈起兵事财政，他总是说：“臣夙以文章待罪禁林，上不知其孥下，擢至此位，盗贼日益众，诚万死不足塞责。顾臣愚无知，但票拟勿欺耳。兵食之事，惟圣明裁决。”有人说他善窥上意，他却说： “我票拟多不中，每经御笔批改，颂服将顺都来不及，岂能窥上意。”首辅如此碌碌充位，难怪由检万事焦劳。
自崇祯四年九月洪承畴任三边总督，加紧了对农民军的镇压，陕西义军王嘉胤、张献忠、李自成、罗汝才等部在明军的压力下先后离开陕西，东渡黄河、进入山西。山西饥民群起响应，全省震动。洪承畴迅速派悍将曹文诏、马科、曹变蛟等人统兵追入山西。起义军闻讯东越太行进入畿辅平原地带，所向披靡，直接威胁到京师的安全。为解畿南之危，明廷调集大军3万余人，在崇祯六年冬天将义军包围在豫北。为了摆脱困境，起义军诈降明廷，使明军停止了进攻。待到十一月底，黄河结冰，义军遂出奇不意溃围而出，南渡黄河进入中原，分道直扑安徽、湖广、四川。农民起义从局部问题变成了明廷的心腹之患。
怎么对付这种形势，朱由检一筹莫展。大臣们提出，农民军之所以没有被消灭于畿南就是因为事权不一，明军各自为战、步调不一致，各怀观望，不肯用命。建议朝廷设立总督，统一指挥。由检同意这个意见。可是，这个总督让谁当呢? 洪承畴肩负边防重任，“未可轻易”。廷臣们又推了兵部侍郎彭汝楠、汪庆百二人。彭、汪不敢去。因为温体仁的庇护，他俩未受处分。过了数月，才推荐了延绥巡抚陈奇瑜总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务，总办剿灭义军军事。
崇祯七年(1634)，陈奇瑜集中各路明军在湖北打了几个胜仗，将义军赶回陕西。义军在向陕西退却的路上误入汉中栈道险区，被明军包围在车厢峡，进入死地。义军又采用伪降手段，派人以重金贿陈奇瑜手下将领，陈奇瑜认为可以不费吹灰之力收服义军，主张招抚，得到由检批准。义军走出死地后，立刻又砍杀官军重举义旗。朱由检羞恼成怒，下令将陈奇瑜下狱治罪，调洪承畴接任五省总督。崇祯七年底义军返回河南，次年正月打下朱元璋的老家凤阳，掘了朱家的祖坟。
凤阳失陷的消息传到北京，兵部尚书张凤翼差点吓死。朱由检更是伤心，在群臣面前痛哭流涕。他觉得自己对不起苍天，对不起祖宗。一连几天，他布衣角带避殿办公以表示自己的痛苦，亲赴太庙，祭告祖宗，同时发布《罪己诏》引咎认罪。由检不甘心失败，他严令吏兵二部追查凤阳失陷的原因，凤阳巡抚杨一鹏被逮捕处死，一大批有责任官员被谴戍。随之，又调发拼凑了7万官兵，发军费100多万两，限洪承畴6个月之内荡平义军。
洪承畴在皇上的催督下提兵入河南。义军避开明军又回了陕西，消灭了明军艾万年、柳国镇部。李自成在真宁消灭了明军精锐曹文诏部。高迎祥等则继续在中原活动。为了应付这种局面，由检又起用卢象升总督直隶、河南、山东、四川、湖广等处军务，与洪承畴一个西北，一个东南，分区剿灭义军。到崇祯九年(1636)正月，六个月期限将过，东南、西北两路皆无捷报。朱由检一面给洪、卢二人施加压力，一面下达大赦令，表示赦免起义农民，企图分化瓦解农民军。
崇祯九年 (1636) 五月，卢象升会合洪承畴在周至地区击败高迎祥所部，生俘了高迎祥。明军乘胜收降了张妙手、蝎子块等部。李自成也在明军追击下离开陕西进入宁夏、甘肃。一时间，出现了天下将平的征兆。可是，好景不长，只不过几个月时间李自成又死灰复燃，领兵从甘肃直扑四川，烽烟再起。张献忠、罗汝才复又驰聘于中原，天下骚乱如故。
在辽东方面，朱由检继续执行僵化的收复失地政策。后金自崇祯二年入犯后，屡次派人与明朝讲和，这是因为，后金内部皇太极地位还不够巩固，经济上由于明的闭关绝市而遇到很大困难，朝鲜又从东面牵制了后金的兵力。在这种情况下，皇太极宁愿去掉皇帝称号，暂时接受明朝封号，换取一段时期的和平，以滕出手来解决面临的问题。明廷中也有人想利用这个机会获取一段和平，以集中全力解决农民起义问题。但是，朱由检一直认为与后金讲和是丢脸的事情，有失大国尊严。因此，大臣中谁也不敢公开谈论这件事。
崇祯三年至九年，皇太极两次西征蒙古察哈尔部，臣服了察哈尔。数次亲征朝鲜，使明朝的属国朝鲜纳贡称臣，初步奠定了他的国家规模。崇祯九年 (1636) 四月，皇太极仿造汉制建国家，改国号曰清，建元崇德，正式与明帝国分庭抗礼，摆开了一决雌雄的架式。
当年秋天，皇太极率兵由独石口、喜峰口入关，绕过北京，直插保定以南，连克明城十二座，俘获人畜18万。明军坐视清兵攻城掠地，不敢一战。皇太极说： “南朝君骄而臣谄，兵弱而民穷，亡无日矣!”力量的对比已经明显倾向于清国一方了。
随着军事的失利明廷财政也越来越困难。崇祯初年的清军核饷雷声大雨点小的闹了一阵，收效甚微，有的地方根本就没有查，查过的依然如故。由检派太监往各边镇监饷也只是保证军饷发到士兵手中。国家要拿出的军费一个子不少，尚且不断增加。正如时人所说： “核实之使四出，而抽剋兼噬屡闻，清派之令日严而占军冒兵未减。”朱由检提出的几个摆脱困境的办法皆成泡影，怎样摆脱财政困难呢? 只有再次加派。
崇祯三年秋，兵部尚书梁廷栋说：“现在民间虽穷，并不是穷于辽饷，而是穷于官贪。现在贿赂公行、贪污成风，不送礼不成其为天下。哪个人不是能捞就捞，哪一文钱不是出自百姓?国家选一番守令，等于天下暗中加派几百万。选一番巡方，暗中加派百余万。国家虽不加派，民间实已甚于加派。目前缺饷，可考虑辽饷多加一些。”由检觉得梁廷栋的话有些道理，因此下令辽饷每亩加9厘外再加3厘，天下又增赋165万两。
沉重的赋税使人民难以忍受，国家的税额亦很难交足。崇祯初年天下欠赋近800万两，到崇祯四年已达1700万。为了保证税收，由检下令凡是地方官任满考核升迁必须清核田粮完欠情况。完成者升，完不成者罚，后来又令先核田粮后赴京考选。官僚风气为之一变。人人以敲骨吸髓、催逼赋税为能，不问政绩。从崇祯元年到五年由检不进行田粮减免，灾荒亦不救济，他一心想的是银两，因此，把越来越多的农民逼上起义的道路。
崇祯十年 (1637) 三月，由检起用杨鹤之子宣大总督杨嗣昌为兵部尚书。嗣昌博学多才，文笔与口才皆优，由检悔用其太晚，委他负责内外军政。对于剿灭农民起义，杨嗣昌提出 “四正六隅”十面张网的战略。由总督和总理分别统兵，各负其责。总督由洪承畴担任，总理则是杨嗣昌推荐的两广总督熊文灿，嗣昌居中调度。整饬兵马，期以三月灭贼。
增兵就要增饷，根据杨嗣昌的计划，增兵12万，增饷280万两。280万出自何方，当然还是百姓。想到再次加派，由检不禁大费踌躇。正在这时，有一个在京考选的知县曾就义在召对时慷慨陈词，说百姓之困，皆由吏之不廉，不在于加派与否。守令只要廉，再加一些也无妨，与梁廷栋一个论调。曾就义深知由检最恨贪污，最急兵饷，因此投由检所好，以求大用，由检果然龙心大悦，认为曾就义来自地方，知地方弊病，加派还是可行的。过了几天，朱由检便发下诏令，说： “不集兵无以平寇，不增饷无以饷兵，勉从廷议，暂累吾民一年。”这就是剿饷的加派。崇祯十二年(1639)，杨嗣昌又以兵弱不可用，请抽练边兵以成劲旅，于是又加练饷，剿饷练饷总共1000万两，加上辽饷，加派达到1700余万两。远远超过正赋之数，民间私自呼崇祯为 “重征”。
由检对于官僚一直采用高压政策，他认为只有杀才能使官僚们惧怕，才能使他们奉公守法。元年以来被诛的文武大僚为数不少，有的人失事后怕被杀而早早自杀。崇祯九年清兵入口，兵部尚书张凤翼、梁廷栋奉命出督援兵。由于调兵遣将处处不顺手，不能报一捷，两人想到事后难免被诛，就早早地在军中服食大黄，事未平而身死。至于下狱、削夺、遣戍者更是不绝于途。
由检的残酷使御史、给事中这些言官感到惧怕。原来争相言事的风气没有了，多数人渐渐闭嘴，噤若寒蝉。由检多次要求言官以公为心、直言无隐，言官们多敷衍塞责，讲真话的再也不见。大家熬年头、混资历，相安无事。只有南京的科道官自以为离皇帝远，还敢说几句真话。当时京师有谣曰：“南京科道恶如虎，三年一个大知府。北京科道绵如羊，六年一个大京堂。”
由检时时想得天下真才而用之，上台后对铨法多有变更。如： 打破资格界限，不专用进士，恢复贡举推荐之法，乙榜量才授官。内阁大学士原必翰林为之，由检以他们不明白下情而令翰林必有为地方官的经历。所以崇祯中期后，内阁大学士不尽出于翰林，出自地方官的为数不少。为得真才，由检常常亲自出题考试进士，亲自看卷，排定名次。亲自出题测试朝谨考察官吏。亲自召见考选科道的地方官，以国家要务要他们提出解决办法。亲自考试大臣，决定内阁大学士人选。他多次破格用人，由下吏而大僚，由布衣而显官都不乏其人。但由检求才心切却没有得人才之用。崇祯九年三月淮安武举陈启新上言资格选举之弊，深得由检赏识，破例用为吏科给事中。可惜陈启新只是一个巧嘴，并无特殊才能和操守，使他大失所望。相反，陈启新倒给那些想当官的树立了榜样，开了侥幸躁进之门。此后，布衣上疏、生员言事成为时髦，而所言皆荒诞不经之事。由检对铨法的改革遭到官僚的抵制。由检任用乙榜举人，吏部则将他们派往极边远极繁难的地方，使他们陷于困境。由检行举主连坐法，官员们怕连坐就推荐那些将要老死的人来塞责。
政治上一切弊端东林党人皆认为是温体仁所致。认为他身为宰相不能匡助君王、正色立朝，一味阿谀逢迎，实际上是逢君之恶、彰君之过。东林党人多次上疏弹劾他，刘宗周给他列了12罪、6奸，还有人抬着棺材去告温体仁。可是，由检反倒越觉得温体仁孤立，每每处罚言者来安慰他，甚至有死于杖下者。刘宗周等人皆是为温体仁排陷而贬斥，直到崇祯十年六月，大太监曹化淳尽发温体仁奸佞之状，由检才认清了他的真面目，罢官放归。但是，温体仁对明朝后期的政治造成的恶劣影响却是再也无法挽回了
五
温体仁罢相后张至发为首辅。张是由检从地方官吏中提拔起来的，此人狭隘苛刻、庸懦不堪，为首辅不到一年便被劾罢。继之者孔贞运、刘宇亮旋起旋废。崇祯十二年(1639)二月薛国观作了首辅。薛国观性格酷似温体仁。事君以顺从为主，遇事模棱两可，无肝胆、无担当、徒哗众取宠、保禄固位。但其人贪鄙，操守不如温体仁，同时内阁中另一主要人物是杨嗣昌，他以大学士身分兼掌兵部事，与薛可以说是一文一武。朱由检有个特点，对他信任的人能够委以重任，放给大权，托以厚望。温体仁之后，他最信任的就是薛、杨二相。杨嗣昌小有才气，夸夸其谈，朱由检恨相识之晚，力排众议，夺情起用了他，期望他能为国御难。可是，杨嗣昌缺乏恢宏的气度和处大事、应大变的能力，为人苛察，事必躬亲，是吏才而不是政治家、军事家。
杨嗣昌掌兵部面对满清和农民军两大敌人。他认为明朝已经没有力量同时对付两个敌人，主张对清讲“款”，拿金钱换取和平，集中力量对付农民军，也就是“攘外必先安内”。对于与清讲和，自九年清兵入犯后由检曾想过这个问题，不再坚持收复故土政策。但是，他不愿意由自己提出这个问题，以免留下笑柄，想让大臣先提出来。大臣不知由检的心事当然不敢说，这样的大事从没在庙堂之上商量过。杨嗣昌深知由检虚荣，先不告诉他，令宣大总督方一藻暗中试行。由检有些风闻，装不知道。朝廷中东林党人闻知此事群起反对，黄道周等人专门为此上过奏章。杨嗣昌不敢触众怒，放不开手脚，更不敢用朝廷的名义。议和之事靠一个瞎子周元忠来回传报。边将私自馈送清方一些银两，形同儿戏。清方本有议和诚意，认为明廷这样做是对他们的嘲弄，所以，崇祯十一年(1638) 九月清又大举内犯。
清军入关后残酷地蹂躏畿辅地区，然后长驱南下，由检慌忙调各镇军马拦截，令杨嗣昌居中调度。四处援军云集京津，建牙如山，却没有敢撄敌锋者。杨嗣昌、高起潜怕抵抗破坏了他们的议和，公然扬言清兵掠夺够了自然会退去。由检焦急中召见了入援的新任宣大总督卢象升，问以方略。卢象升坚决地说： “臣主战!”卢象升此言是为杨嗣昌的讲和而发，由检说： “和乃是外廷的议论，你不要听信。”旋即任命他为督师，与杨嗣昌，高起潜共御清兵，并赐以尚方剑。卢象升手中只有5000弱兵，杨、高处处对他掣肘，军饷兵粮皆不能保证供给，作战不给他配合。贾庄之役，卢象升力竭捐躯，全军复没。在嗣昌主持下，各镇皆龟缩城中，坐视敌骑焚掠。直到次年三月，清兵才从青山口班师。这一役，清军深入2000里，33战皆捷，下畿辅山东城池61座，俘获人口46万。而明军除卢象升外没有敢战者。杨嗣昌身为兵部尚书有不可逃脱的责任。事过之后，由检下令处决了失事总兵、巡抚等官员32人，削职下狱数十人，杨嗣昌却没受处分。杨嗣昌之所以有罪不罚是因为崇祯十一年他在剿灭农民军方面取得了很大进展。在江淮地区，总理熊文灿招降了张献忠，小股农军投诚者颇多。西北方面，总督洪承畴、陕西巡抚孙传庭穷追猛打李自成。在十一年底将李自成部荡平，李自成捡了一条性命逃进了深山，由检赞扬杨嗣昌劳苦功高，不断给他加官晋级。
张、李两部的初步平定使由检松了一口气，误以为天下十几年兵戈就要结束了，急忙调洪承畴、孙传庭去辽东关外主持与清战争。孙传庭极言陕西义军还未根绝，秦兵必须返秦备寇。如果留秦兵戍边，不但秦兵必溃，陕西义军还将大起。他请求朱由检召见他，一吐衷曲。但杨嗣昌怕他揭了自己老底阻止了这次召见。孙传庭一气之下耳朵聋了，杨嗣昌反说他是装病，由检大怒，将孙投入监狱。洪承畴则星夜驰往辽东赴任。
好景不长。崇祯十二年 (1639)五月，张献忠再叛于谷城，一时诸降明农民军皆云起响应。攻城掠地，天下又乱。由检心中非常气恼，明白杨嗣昌在许多事情上欺骗了他。但转念又想，招降是经过自己批准的，处分杨嗣昌就等于自己认错，倒不如令杨嗣昌亲自出马督师，戴罪图功。杨嗣昌听到由检的旨意，心中虽然一万个不乐意，也只得勉强答应。九月一日，由检亲自为他饯行，亲笔题诗以壮行色，对他寄于重望。杨嗣昌感激涕零，六日离京，前往襄阳。
自从剿饷、练饷加派后，天下财力已尽。崇祯十二年畿辅、山东、河南连年大灾，人民流亡、赤地千里。运河沿岸烽火并起，直接威胁到漕运畅通。廷臣屡屡呼吁尽快解决山东、河南饥民问题。为了长远利益，他改变了从来不赈灾的做法，从崇祯十三年(1640)始，连续发银两赈济畿辅、山东饥民，并分别灾情，全免或半免了171个州县的三饷加派。同时下令清理刑狱，处理积案。这说明朱由检思想有了相当大的变化，开始客观地看待天下的问题，寻求解决办法。可是，以薛国观为首的内阁诸人却不能借机辅佐由检，减轻赋税，解天下倒悬。崇祯十三年 (1640) 六月，薛国观的受贿问题被揭露了出来。
薛国观处事不如温体仁圆猾，柄政后得罪了掌东厂太监王德化，王便专门搜集他的隐私。先是，原来依附于温体仁、王永光的御史史��在巡按淮扬时贪污了30万两盐课银，被人告发， 史��急携大量金宝入京， 贿赂薛国观求解。 但由于史��罪证具在， 国观也没帮上忙。 史��下狱后瘐死， 银钱却入了国观的私囊。 王德化纵容史的家仆首告。 由检听说后便有些讨厌薛国观。不久，礼部主事吴昌时又揭发薛国观纳人贿赂为人营谋复官的事，由检便罢了薛国观的官。
由检之所以罢薛的官，实是蓄怒已久。崇祯九年，财政非常困难。薛国观建议向皇亲国戚文武百官借助，并提出文武百官他负责，皇亲国戚由皇上负责。他并向由检指出神宗的外祖父武清侯李家富可敌国，可以让他带头。由检急饷如火，不暇细思就同意了，向武清侯李国瑞借40万两。武清侯不理，由检便派人催逼。无奈，李国瑞拿了一些，便拆房子、卖东西哭起穷来。由检认为这是给他难堪，一气之下削了李的爵位，国瑞因此而死。 一时间， 戚畹人人自危。 恰巧，由检最喜欢的田妃所生的皇五子慈��病了。 戚畹们买通宦官宫妾， 让他们传说神宗的母亲孝定李太后死为九莲菩萨， 附于慈��身上， 说皇上对外家太刻薄寡恩， 如果再不悔改， 她将领走慈��， 还要带走其他皇子。 不久， 慈��病死。 谣言传到由检那里， 由检害怕了， 后悔听了薛国观的话， 急忙封国瑞的小儿子为侯，归还所交银两。因为此事，由检对薛国观怀恨在心，借他东窗事发，毫不留情地处理了他。
薛国观罢官出都，重车累累，皆黄白之物。东厂抓住了薛国观的心腹爪牙王陛彦，一审问，便搞清了薛招摇纳贿之状，牵连逮捕各级官员10余人。十月份，由检下令逮捕了薛国观。次年八月，赐其死。薛国观认为自己罪不至死，毫无思想准备。监督太监宣旨后，薛惊的说不出话来，仓促中抓了仆人的帽子扣在头上，自缢而死。明朝杀戮辅臣，嘉靖年间的夏言是第一个，百年后，再见于薛国观。
崇祯十三年秋冬之交，由检病倒了。他的身体原本很强健，没有生过什么大病。平时精力充沛，力气也很大，能开很强的弓。他曾经亲赴仓库检查各地解来的兵器，大部分弓他一拉就满，所以误认为这些弓都不合格。由于长年的劳累，他的身体素质有些下降，近两年常闹些小病。国事的压力使他不能休息，上报的奏章他从不拖延时日，紧急的公文他当天就做批示，一般的文件两三天批下。最无关紧要的六七天定能批回。每当军情紧急的时候，他常常通宵不眠。崇祯十二年 (1639) 元旦，由检按例朝谒刘太妃(神宗妃) 于慈宁宫。行完礼，想坐下与刘太妃说几句家常。谁知一坐下便觉眼皮沉重，竟昏昏然睡着了。太妃让手下人不要惊动他。不大会，由检警觉，起身说：“神祖时天下少事，今天下多苦多难，军书旁午，我两日夜批阅文书未尝合眼。自谓年刚而立，尚可应接。不料却在太妃面前支持不住了。”太妃及宫女太监皆泣下。
同年初， 慈��的夭亡给他很大的打击， 因为他非常喜欢这个聪明的皇子。 薛国观的被揭露，农民军的死灰复燃都影响着他的情绪。他感到越来越累，终于病倒了。
在病中，由检回顾了自己13年君王生活的成败得失。虽然他竭尽全力，天启末年存在的问题一个也没有解决，而且日趋复杂。他拼命挣扎，朝乾夕惕，付出了比自己父兄大百倍的努力和辛劳，欲挽狂澜于既倒，实践证明他在天下将崩之际无能为力。他想起哥哥朱由校即位后，有一次他问哥哥，“你这是多大的官，我能不能做一做?”哥哥笑着说： “我做几年就让你做。”一语成谶，儿戏竟成了事实，由检真后悔说过这几句话。
病中人常常怀旧，由检不止一次地想到自己的母亲，她老人家未见到儿子成人，更没有享受天下的奉养，就不明不白地死去了，由检每一念此就非常难过。虽然即位后，他对外祖父封为瀛国公，外祖母封为瀛国太夫人，给予很多的赏赐，依然填补不了对母亲的思念。趁养病时间，他要为母亲画一幅象，以便供养。宫中有的老宫女记得由检生母的模样，由检便让她挑选了一个最象母亲的宫女作模特，瀛国夫人指示画工，画成了母亲的肖像。由正阳门具法驾迎入，由检亲自跪迎于午门。此后，他宣布将蔬食布衣终身以纪念母亲，为母亲的在天之灵祈福。病中他还追封自己未成人的几位异母弟弟为王，追封死去的妹妹为公主，以安慰自己的孤独。
由检原来只敬奉天，自崇祯十二年 (1639) 皇五子夭亡他开始信仰佛教了。他早年曾将隆德殿供奉的佛象撤去变为演武厅，同年又在后宫重新塑起佛象。另外，对道教张天师一派因为有呼风唤雨的灵验，他也相信，令正一真人张应京来北京设坛求雨。群臣对由检信仰乱神很是恐慌，朝中风传他还信了天主教。为了避开官僚的耳目口舌，他每天子时与周皇后一起去南城佛寺进香，有个官员亲眼看见了，由检还专门叮咛他不要外传。
由于情绪的消沉，他这一病就是半年，直到崇祯十四年 (1641) 初才算痊愈，精神有所恢复。大量的国事等着他，由检立刻又投入到紧张的工作中去了，他面临的是更严峻的现实。
杨嗣昌到达军中，在襄阳建起大本营。积蓄粮草兵杖，整顿士卒，誓师扑灭张献忠。杨的“剿贼”实际上是“赶贼”。他想把张献忠赶到四川去，委过于四川官员。杨嗣昌督军跟在张献忠屁股后面鼓噪，却不积极进击。四川的军队被杨嗣昌调了出来，张献忠乘虚入川，连下重庆等几十个州县，由检急令嗣昌跟踪剿灭。待嗣昌赶到四川，张献忠却虚晃一枪返头又折回湖广，直奔襄阳。就在这个时候，李自成在陕西复起，率领18骑出现在河南，饥民从者如流，旬日众至10万。崇祯十四年(1641)正月打下洛阳，杀由检亲叔福王，其子由崧逃往江淮。朱由检刚得到洛阳失陷之报，张献忠已攻下襄阳，活捉了襄王。张献忠端起一杯酒对襄王说：“请王痛快地喝下这杯酒。我要借殿下的人头杀掉杨嗣昌。”遂害襄王，一个月中间连失两个亲藩。洛阳福王聚敛金银无数，襄阳有杨嗣昌积蓄的军马兵仗全被农民军缴获。时谓“洛阳国帑，襄阳军资”全归了张李。杨嗣昌知道自己的死期就要到了，由检不会饶过他，与其被诛于西市，不如自裁，遂在军中服毒自尽。就在由检在农民军的巨大声势面前一筹莫展之时，东北方面又传来败报。洪承畴率领的支援宁远、锦州的13万大军被清军包围。
面对如此严重的局势，朱由检心急如火，他向首辅范复粹问策，范却说：“此乃天数，”当时把由检气个半死。辅臣的庸怯使他想起周延儒来，倘周延儒在朝定能想出办法来。周虽然有许多毛病，毕竟还有些才干，考虑再三，他决定起复周延儒为首辅。
周延儒的起复决非偶然，他得罪了东林，回归林下后心中颇内惭。其主考时所取进士张溥、马世奇等都是东林党人，他们劝周延儒改弦易辙，归附东林，定能得到贤明的声誉，张溥等人还利用关系为他的复出奔走。他们筹集了一笔资金，由吴昌时在北京托关系、走门路，买通了宫中几个有权势的太监。这几个太监每有机会就在由检面前说周延儒的好话，时间久了，由检也怀疑自己是否处理错了周延儒，故在思念旧臣中想起了他。
周延儒在崇祯十四年 (1641) 九月进京，入阁重新做起了首辅。他踌躇满志，决心重新做一番事业，改变自己的形象。入阁后，他一反温体仁以来唯唯诺诺、专看皇上脸色行事的积习，主动提出若干新政策。首先开放言路，召回了20余个因上谏而遭贬谪的大臣，其中有反对过他，名满天下的刘宗周，还有许多东林党人。多次提醒由检认真听取大臣的意见。其次，请求宽免漕粮、白粮欠户。免除崇祯十二年之前民间积逃赋税。规定，凡遭兵荒州县减征两税。解决小民的痛苦，缓和阶级矛盾。又饬令天下清核户口田亩，以求均平赋税摊派。第三，罢除内操，解散内操军士，禁止内官与百官通。罢太监提督东营，还权于朝臣。戒谕东厂缉事衙门，严禁诬攀好人，饱其私囊。这些从前连提也不敢提的事情周延儒都做了，因此贤声四起，由检放手让他行事。崇祯十五年(1642)元旦朝贺之后，由检特意将周延儒等辅臣让在西席，自己下来御座，叉手行礼说：“朕举天下之事以听先生。”皇帝揖大臣是从未有过的事情，表现了由检对周延儒的信任和期望。
在治病治本的思想指导下，朱由检改变了过去敲骨吸髓、搜括钱粮的做法，更加关心经济的发展、社会的安定。由于运河的淤浅，当时有人重新提出开挖胶莱河的建议。由检亲自过问、研究胶莱河的可行性，并主持试行海运。有人提出解决兵粮最好的办法是在北方开设水田、增加粮食产量，他批准试行。设立了总理京东山永天津宣大屯务之官，发出银两、准备牛种，进行屯垦试验。又找来徐贞明的《潞水客谈》，亲自研究畿内水利。然而，这些都晚了，如同良药对于死人。辽东战场，中原战场陆续传来凶讯。
崇祯十四年 (1641) 九月，原兵部尚书、陕西总督付宗龙在与李自成作战中兵败被杀于项城，关中精锐损失殆尽，河南州县几乎全陷。崇祯十五年 (1642) 二月，继任陕督的汪乔年亦为李自成所败，被杀。张献忠横行江汉之间，湖广、四川基本被张献忠占领。辽东方面，洪承畴屡章求援，朝廷却一再催战。至崇祯十六年 (1643) 二月，被包围了整整一年的洪承畴军终于被清军打败，宁锦松杏俱失。京中传说洪承畴战死。由检悲痛异常，设坛亲祭。其实，洪承畴被清军俘获，已经剃掉了头发。
洪承畴败后，大清又提出更为苛刻的条件表示可以议和，兵部尚书陈新甲亦以国内困敝请议和以纾患。明清之间这时的力量对比明显不利于明方，现在议和徒取其辱。由检召集阁臣商量此事，大学士谢升表示同意。首辅周延儒知道由检在这件事上心里很是矛盾，所以不置一言。结果，由检令陈新甲与清秘密接触。但是，陈新甲事机不密，将此事泄漏了出去。家仆误将双方机密信件当作塘报付之钞传，引起朝野大哗。由检不肯放下大国之君的架子，当然对此事矢口否认，而陈新甲不认为有罪反觉有功，理直气壮地与由检争辩，惹怒了由检，陈新甲结果被诛。这次议和不了了之。
当年十一月，清兵自墙子岭、青山口大入，京师戒严。明廷在关内外设有两个总督，即范志完与赵光汴。下统四督臣、六巡抚、八总兵，明军可谓星罗棋布，大纛如林，兵力不能说不强。可是，与前三次一样，将帅俱如羊见了老虎，避之唯恐不急，哪敢博战?大清兵越畿辅，过山东直打到海州、沭阳，所至官吏望风而遁，兵不血刃，如入无人之境。直到次年三月，大清兵满载而归，兵锋又近北京。由检非常焦虑，思派重臣出督明军，保卫京师。周延儒提出愿出马督师。由检大喜，亲降手敕，赐以章服、白金、文绮、上驷; 把他比做召虎、裴度。周延儒出了都门，驻节于通州。他知道清军急归，意不在北京，所以日与幕下客饮酒娱乐，天天腾章奏捷。明将个个跟在清军后边，如下吏之对长官。清军沿途在树上大刻“诸官免送”字样，嘲讽明将。直到四月，清军全部出口，周延儒得胜回朝。
纸里包不住火，周延儒督师之真相早就有人向由检告发。周回朝后，由检给他加了太师的勋位，赐于银币蟒服，还将给他的 “敕令”藏之内府以永记他的功劳。可朝臣中倒周的活动并未因此停顿，而是借督师之事加紧了。
周延儒复相后虽然做了些好事，但贪婪的本性未变。门下客盛顺、董廷献公开收贿受贿。周延儒又很疏阔大意，常常居功大言无忌，中伤了许多人而不自知。尤其是他对太监限制太大，引起了原先赞成他的内监集团不满。锦衣卫、东厂对他尤其憎恶。锦衣卫帅骆养性原是周延儒推荐的，后来闹翻了，日伺周之过失。内阁中，陈演与周作对，欲倒周而升首辅。周延儒返京后，骆养性就将刺探到的周督师真相上奏了由检。周延儒闻说大惊失色，自请戍边。由检想到周是自己特起的，还想保全他，令他致仕，驰驿返里。
但事情并未结束。兵备佥事雷演祚疏劾范志完、赵光汴在清兵深入时躲避不战、见死不救、杀良冒功、贪污军饷。并指出他二人受其座师周延儒庇护才敢如此妄为。由检马上召见了雷演祚，逮捕了范志完，令对质，结果，雷演祚所说句句是实。雷还当面陈述了周延儒贪贿冒功的情状。指出，替周收银的是董廷献。由检又下令逮捕了董廷献和赵光汴。这时，为周延儒复出效奔走的吴昌时也被人弹劾。他自恃有周延儒为靠山，直接从礼部主事转为吏部文选郎，开有明260多年先例。吴昌时交通内待、把持朝局，赃私巨万，早为路人侧目。周延儒一倒，马上有人弹劾他。由检明白了个中曲折，感到受了愚弄，把吴昌时带进宫来审问。就在殿庭之间用刑拷问，打折了他两条腿。大臣请把吴昌时送法司，说无在殿庭拷问的先例。由检气愤地说：“从来也没有这么可恶的小人!”在严刑拷打下，吴昌时承认了一切，朱由检传令马上逮捕周延儒。
当年，范志完、赵光汴、吴昌时、董廷献等皆被杀于西市。周延儒也难逃劫数，落了个与薛国观同样的下场，成为明朝历史上第三个被杀的辅臣。
大厦将倾。崇祯十六年 (1643) 春，李自成在襄阳建立了他的政权，创建了中央政权机构，为夺取全国政权做好了准备。同年，张献忠在武昌建立大西政权，设置中央与地方机构，开科取土，接着挥师挺进四川，在重庆建立起基业。崇祯十六年九月，潼关之战，孙传庭兵败身死。由检手中最后一张王牌丢掉了，明廷再也无力对抗农民军了。李自成乘胜夺取西安，建立大顺国。随即，分兵夺取三边，掠占甘凉，得秦中河山，割据半壁天下。
崇祯十七年(1644)正月初一，李自成誓师伐明，亲率40万大军渡河北征，直扑北京。面对天下的四分五裂，李自成的猛烈进攻，朱由检已经无能为力了。
六
繁重的国事把由检搞的焦头烂额，精疲力竭。国家的重重困难使他非常苦闷。眼看着满朝文武结党营私，全不以帝国的命运为重，他觉得越来越孤独。但是，对祖宗江山的强烈责任心又促使他不得不拼命去挣扎。自崇祯十五年后，宫中人等都感到由检的性格越来越多疑、乖僻、暴躁、易怒，常常表现出不可控制的神经质，他快要支持不住了。皇冠给别人带来的是权势，荣誉、享乐，而给他带来的却是痛苦和劳碌。
实际上，由检是一个受过良好教育、举止高雅、热爱生活的年青君主。他有许多爱好，有温暖的家庭生活，他象普通人一样有对美好和幸福的追求。他颇有艺术天赋，能写出漂亮的草书，这是他幼时刻苦练习的结果。崇祯时的许多大臣、太监有他赐给的字，据说写的龙飞凤舞、风骨挺峻、笔墨酣畅，非平人可比。他喜欢音乐，尤其喜欢弹琴。他通晓尺谱、工于音律，他在位期间，宫中曾经制造了500多把琴。当然，他难得有时间去弹一弹。但他曾亲自参加改编过几首古曲是毫无疑问的，崇祯时的名臣文震孟的弟弟、音乐家文震亨参与了这项工作，曾经与由检一同探讨过音律。他虽然喜欢音乐，但没时间寄情于音乐活动，他的妃子田氏亦喜欢弹琴，常常在由检面前抚奏一曲，松弛一下由检紧绷的神经。由检自幼喜爱花草。在信王府时，魏忠贤常常给他送些时鲜的花草。继位后，他也没有了这份闲情逸趣，甚至很少迈进花园的大门。只有细心的田妃常常在他的居室里摆上些鲜花，由检很感谢田妃的细心。
他自奉节俭，由于国家财政的困难，他多次减少皇室的开支。皇帝和后妃的衣服本来是穿一次就要换，后宫库内堆积如山的箱子里盛的就是历代帝后的衣物。由检觉得这样太浪费，他自己带头穿经过浆洗的旧衣。周皇后有时还亲自动手洗衣，由检的衣物一般都洗过三次以上，为他讲课的大臣曾看到过他的衬衣袖口磨烂，吊着线头。宫中旧有的金银器皿皆摒而不用，也不再制造新的，日常所用皆瓷器木器，而且不讲究装饰。到最后，许多金银制品都拿到银作局化掉充饷了。由检当政17年，宫中没有进行过任何营建，节省了大量经费。他有时晚上看奏章到深夜，肚子饿了就让太监拿几个零钱去买点宵夜。宫中原有女优一部，由检亦遣出宫去。
由检的勤政超过任何帝王，工作起来不分昼夜。平时，白天在文华殿批阅章奏，接见群臣，晚上在乾清宫看章奏，军情紧急时他连续几昼夜不休息。当值的内侍耐不住瞌睡，他就让他们先睡，为此，乾清宫内侍都发了貂皮睡袋，他们就睡在皇帝御案旁边，以备呼唤。可是，由检很少叫他们，常常是内侍一觉醒来，由检还在灯下阅读章奏，经常不回宫内睡觉。
由检敬天信天，频繁的自然灾害他认为是上天示警。为了求得老天的保佑，每逢灾害他都布衣蔬食避殿斋居于端敬殿的省愆居。祈祷上天，消弭灾害。
他没有特殊的嗜好，吃穿用住概不讲究。狗马声色，统不沾身。他不好色、不荒淫。登基之后，有天晚上他在文华殿批章奏，忽然闻到一股特殊的香味，随之觉得血液沸腾、阳兴思春，心 “呼呼”直跳。由检觉得奇怪，急忙走出殿门，呼吸了几口新鲜空气才定下心来。他返回大殿，仔细搜索殿内，最后发现一个小太监坐在大殿角落里，香味是从他手中的那柱香中发出的。经过盘问，才知道这是宫中旧规，那香是特殊秘方配制的。由检感叹父兄皆为此香所误，立斥内侍毁掉秘方，再也不许制造使用。由检的嫔妃很少，连法定的数目也不够，就是这少数的嫔妃也极少能见到他的面，有的根本没在一起待过，这与历代君王夺天下女儿以自奉比较起来何啻天壤。
由检有一个和睦、温暖的家庭，有幸福的家庭生活。皇后周氏是他作信王时选的妃子，年龄和他一样大。入宫后进为皇后。崇祯元年又选了两个妃子，一个是田氏、一个袁氏。据记载还有一个陈妃、一个卢妃。卢妃是崇祯十四年底选入的。陈妃何时选入不明，据说由检数年间止一临幸。
周皇后出身小商人家庭，其父周奎，苏州人，经商来京师，遂落籍。周后自幼勤劳力作，养成俭仆本性。她为人端庄凝重，由检与她感情很好，十七年来相爱弥笃。周后天姿国色，肌肤雪白，不用浓装素抹，天然美色。她喜欢淡雅，夏天常常穿一件纯白纱裙，由检每戏呼其为“白衣大士”。由检看不惯宫女的化妆，叫她们 “粉面骷髅”。宫女们都学周后淡妆，改变了宫内习尚。
皇帝的寝宫与常人不同，是前后三间纵向排列。皇帝睡在最里面的一间。倘呼哪位后妃侍寝，该后妃要在第一间脱的精光，到第二间披上一件毛毯，然后进入第三间皇上卧处。这个规矩是嘉靖皇帝被宫婢谋害未遂后制订的，目的在防后妃身带利器。由检小两口入宫后，周后不愿意这样，觉得难为情，而且使双方关系隔的远了，由检便为她废了此例，其他嫔妃也不这样做了。由检呼周后侍寝，周后常常不去，由检只得到她宫中去。小两口也经常生些气，每到这时，周后便任性地大呼“信王”，由检反倒不气了，显得很亲密。有一次，两人因田妃拌嘴，由检一把将周后推倒在地，周后为此数日不理他，由检只好派人给他送这送那，好言相慰，周后方才破涕为笑。周后自幼参加劳动，女红针线做的很好。又生长在南方，耳濡目染，很会做衣服、绣花。有时别出心裁地在衣服上搞些装饰，称为“苏样”，惹得满宫效仿，周后颇为得意。她会体谅人，非常关心由检的饮食起居，由检一直很敬重她。
田妃是陕西人，随其父田弘遇经商落籍京师。其母曾为扬州艺妓，有一种说法，说田妃并非弘遇亲生，而是其母带来的，这就没有考据了。田妃随母在扬州长大，模样生的异常标致。据说她身体有股天然的香味，她住的地方皆香气蕴蕴，再热的天也不出汗。有一次，由检专门要试试她是否出汗，夏天让她喝热汤、穿锦袍，据说果然无汗。田妃生性活泼、乖巧伶俐，口巧、手巧、心眼巧，最会讨人欢心，由检自田妃入宫便被她迷住了。田妃还弹得一手好琴，常常使由检如醉如痴。有一次由检想起外界传说的田妃身世，便追问她琴是在哪儿学的，田妃回说是母亲教的，怕由检不信，又趁她母亲来宫的时候让母亲弹奏一曲，从这件事可以看出田妃心细嘴巧。田妃又精围棋，每当由检连日操劳时，她总能找个机会与由检对阵一局，让由检放松一下。她每次都输给由检几目，实际上她的棋艺高出由检不少，由检心也不在棋上。
田妃的花绣的极好。她绣的补子，有时由检拿去赐给大臣。平时极喜欢出些新奇古怪的主意打扮自己，目的当然是与周后斗妍。她曾把由检皇冠上的宝珠用宝石换下来，周围衬以明珠，观之光彩夺目，比宝珠好看多了。田妃在宫中是个不安分的人，入宫后，她居承乾宫，(即东宫)，袁妃住翊坤宫(西宫)。田妃却满宫乱跑，全不把宫中旧例放在眼中。原来宫中的夹道皆无树木，怕的是藏人，但人来人往却要走在太阳下面，夏天非常热。田妃让人在夹道上搭上凉棚，为此，她还受到由检夸奖。
田妃活泼可人是其性格的一面，重要的是她还知书达礼，没有这一点，由检不会这么久地宠爱她。崇祯十三年 (1640) 间，有太监从江南给由检带来一班女乐，有几天时间由检沉溺其中。田妃听说后给由检写信劝他不要溺于声色，由检红着脸承认错误，又为自己开脱，说祖宗时女乐也有，我不会沉溺的。同时，夸田妃说，“数日不见，你的学问倒是大有长进。”有一次，因为旱灾，由检斋宿省愆居，正赶上田妃生日。由检想去给田妃过生日，田妃劝阻道： “陛下心怀黎民百姓，真诚格天，哪能为我而中止斋宿。这是更重要的事情，你不来我更高兴。”
由检很喜欢田妃的聪明伶俐，他满腹的愁怅只有田妃那可人的笑声才能排解。他需要她，需要她调节紧张的神经、消除无穷的烦恼，给他带来生活的快乐。田妃自始至终受到由检的宠爱，同时进宫的袁妃根本不能望其项背。
袁妃亦出身京师良家，性格温柔娴淑、寡言笑、人很老实，但性格沉静、与世无争。自然，她完全被田妃夺目的光彩掩盖了，由检完全忽视了西宫的存在。以至于入宫十几年，由检未进过她的门，袁氏依然保有女儿之身。直到崇祯十二年之后，由检才偶尔到西宫过夜，那时候田妃已晋为皇贵妃。
总的来说，周后与田妃是由检最宠爱的。田妃有意无意之间总喜欢与周后争宠。周后也有些看不惯田妃的活泼笑闹，二人难免有些小矛盾。田妃在周后面前不太注意礼节，周后就找机会惩治她。每逢令节，东西二宫例要朝见中宫周后。有一次，田妃来朝，周后故意慢慢腾腾，让田妃长久地在地下跪着，一个头不少磕。叩拜完毕，周后一言不发，也不赐坐，田妃感到很难堪。袁妃来了，周后特别热情，不让她叩拜，拉他坐在自己身边，笑语融融。田妃非常生气，将此事告诉了由检，由检责备周后过分，周后争辩了几句，这才发生了由检推倒周后的故事。但是，周后不是不明事理之人，她并不是要压制田妃，心里还是将她当作小妹妹来看待。一次，田妃与由检闹翻，由检三个月不进她的门，令她好生省过。周后为此很着急，在陪由检去后花园赏花时，提出把田妃叫来。由检这时也消气了，就叫来了田妃，三人和好如初。
由检共生有7子6女。周皇后生太子慈烺和皇二子慈烜、三子慈烔(即定王)，坤仪长公主、长平公主、昭仁公主。除皇二子早殇外皆长大成人，可见周后对孩子非常爱护。慈烺是崇祯二年生的，次年便立为太子。历史上，皇帝即位后中宫生太子者不多见。只有殷帝乙生暴君纣王、宋文帝生逆子劭、明朝孝宗生武宗。此三帝皆荒暴或亡国之君，当时朝野上下对此颇有私议。但慈烺生来聪明睿智，极受由检喜爱，早早地就给他选择了师傅，授以诗书。及长，又常常带他一起处理政务，锻炼他的能力。田贵妃生皇四子、五子、六子、七子和2个公主。只有皇四子慈炤长大成人，封为永王。其他子女皆夭折了。袁妃只生过一个女儿。由检对这些孩子都很疼爱，不但关心他们的生活，而且关心他们的教育。定王、永王都得到了良好的教育。
田妃所生的皇五子慈��夭折后田妃就一病不起。 由检很关心她的病情， 经常去看望她。崇祯十五年七月田妃死去，恰巧由检不在宫内，未能与她永诀。回宫后悲痛异常，丧礼非常隆重，葬于西山。人都说田妃福薄，谁也没料到一年多以后，由检与周皇后竟死的比她还惨，田妃的陵寝倒成了他二人的山陵。
田妃有一个妹妹，生的艳如桃花。田妃病重时曾以家事和妹妹托付由检。她的这个妹妹由检见过，也很喜欢她，曾送给她一朵花插在发间，说： “这就是我家的人了。”崇祯十六年，由检曾令再选嫔妃，外间哄传由检意在田妃之妹。由于时局的迅速恶化，选妃被迫中止，明亡后，田妃之妹不知归于谁手。
由检的家庭生活很平静、很幸福。虽然周、田、袁等很贤惠，由检对她们及她们的家族约束也很严格。他经常召见周奎、田弘遇及袁妃的父亲袁佑到宫门外，戒谕他们不要与小民争利，不要干预朝政，克享富贵和令名。在贵族戚畹中，周、田、袁是最显赫的，三人中袁佑为人最老实，周奎放纵一些，田弘遇最甚。他仗势交结朝臣、为所欲为，多行不法之事。每当新的御史、给事中任职，他都设宴结交，借以巩固自己的地位。崇祯时期，各地私铸钱较多，皆饱含杂质，薄脆不堪用。田弘遇在皇五子殇后奉旨往南普陀进香，回来的路上从南京低价收买劣质铜钱十三船运回北京。当时南北钱价差别很大，仅此一项，田弘遇就赚取上百万两白银，大大干扰了国家财政，加剧了国家困难。另外，他一路上挟制地方政府，收受贿赂，强抢民女，被御史弹劾。由检很恼怒，想严惩他，由于田妃的活动，他才免受处分。周奎也作过不少不法之事。有一次，由检召见三人，袁佑语含讥刺对周、田二人说： “学生不敏，希望二位今后不要再提携我了。”虽然周、田二人不安分守己，但比起嘉靖、万历时外戚凶横不法情况还是轻的多。
周后少时，她家有个秀才陈仁锡，曾教过周后读书写字。后来此人中了进士。一次，周后与由检闲话，她指着陈仁锡的名字说：“这是我家的探花。”由检当时就说：“既是你家翰林，休想做到阁老。”周后看由检认真了，赶忙改变话题。实际上她说这话没有什么意思，由检是多心了她与朝臣的联系。
由检对家庭其他成员也很有人情味。神宗的昭妃他尊奉于后宫，请她摄太后之宝。父亲及哥哥的嫔妃死的给予封号，活着的给予很好的照顾。最为人称道的是由校的皇后张氏一直受到由检很好的照应。粉碎魏忠贤集团后，由检恢复了张父的爵位，将张氏养在内宫，每逢令节，他都亲往看望。田妃死后，由检将田氏遗下的幼子交给她抚养，并表示感谢她的照顾，张氏对这些孩子很用心。由检对嫂子的爱戴是出于对她人格的尊敬。可当时亦有谣传说他两个人有暧昧关系。
七
崇祯十七年 (1644) 正月初一，京城大风，黄雾塞天、黑气沉沉，凤阳祖陵又发生了地震。京师人心惶惶，人们都豫感到帝国已经到了山穷水尽之地，朝中有的官僚开始为自己打算后路了。
正月初十，李自成僭号西安，挥师北上的消息传到了京城。由检手拿奏疏、浑身颤抖，痛哭流涕地说：“朕非亡国之君，事事皆亡国之象。祖宗天下一时失之，何面目见祖宗于地下。朕愿督师亲决一战，身死沙场无恨，但死不瞑目耳!”听到由检要亲自出马，陈演等大学士一个个报名请替，李建泰尤其迫切。李家住山西曲沃，为地方巨富。他表示愿出私财饷军，在山西建立武装，抵挡李自成的北上。朱由检大喜，当即决定李建泰以督师辅臣身分 “代朕亲征。”
正月二十六日，朱由检行隆重的遣将礼，然后在正阳门城楼上摆上宴席为李建泰饯行。朱由检亲自用金杯赐李三杯酒，即以金杯赐之，过后又拿出自己亲笔书写的 《钦赐督辅手敕》交给李建泰。在敕书里授给李建泰莫大的权力。“行间一切调度赏罚俱不中制。”不论何人，只要不服从李建泰便可以尚方剑从事。李建泰感激奋发，誓以死报。饯别后，由检站在城楼上久久地望着李建泰远去的征尘，他把天下安危之重任寄托在李的身上。
可是，李建泰刚出京，轿杠就折了，朝野上下皆以为不吉利。此时，北京城外好象已不是明朝的天下，李建泰处处受阻，沿途州县根本不供给吃用。到了河北定兴，县令竟不许他进城。待闻知大顺军南路已过了黄河时，李建泰慌忙北退，带领几百名亲军进了保定，不久就在保定投降了刘芳亮。
李建泰出督山西后，北京城守怎么办? 宣大兵力不可抽，只好抽调在宁远的总兵吴三桂了。正月十九日，由检指示调吴三桂回来。并让内阁学士们主持担当。吴三桂一撤，就等于将关外之地拱手送给了清国。大学士们深知弃地意昧着什么，也深知由检思想易反复，爱诿过，故都不敢承担。首辅陈演以各种借口推延不办，非让由检“圣裁”，朱由检只好决策放弃宁远。首辅陈演为了把责任推的一干二净，多次召集大臣会议，研究吴三桂内撤后，边民怎么安顿，费用怎么出? 山海关怎么守? 一直拖拉到二月底，吴三桂还没撤。三月初，大顺军已经拿下山西，逼近北京。朱由检急了，下令封吴三桂为平西伯，率军入关拱卫京师，这已是马后炮了。陈演看到由检这么坚决调吴三桂，知道由检已不信任自己，引疾求罢。陈演当即遭到言官的围攻，他还狡辨，由检气愤地指着他说：“你一死不足以蔽辜。”陈演罢职后因金银太多滞留京师，被农民军杀掉。
随着京师日益危急，由检拼尽气力支撑局面。崇祯十七年 (1644) 二月，户部便告称国库已经空虚，为了应付眼前的困难，由检下令勋戚、太监和百官捐助，以纳银3万两为上等。朱由检派太监去找周奎，让他拿12万，为百官做个榜样。周奎不答应，只拿1万，太监含泪而去。朱由检听了不愿意，再次派人让他拿2万。周奎暗中向女儿求救，周后给了他5000两，他扣下2000，又上交3000，可后来大顺军从他家抄出现银50多万两。由检嫂子张皇后的父亲张国纪拿了2万，晋封侯爵。文武百官捐助的只不过几十两、几百两而已。由检看收不上来，便实行推派，按衙门收。后来又按籍贯收，规定8000、4000、3000不等。太监也奉命捐助，平时最富的太监如王之心等人此时也大大哭穷。折腾了一个月，共得银20余万两。而大顺军进城后从文武百官、太监贵族那儿共得到两千万两金银。倒是普通百姓在危急关头能够慷慨解囊。在农民军攻城紧急时，有不少平民自愿捐助。有一老者把毕生所积百余两银子全拿了出来。财政的困难使京军和守城士兵发不上饷，吃不上饭，人无固志，由检也无可奈何。
二月底，由检向前敌各部队派去了监军太监，目的是监察军队作战，及时得到前方消息。可是，这些太监看到大势已去，已没有人愿意为他殉葬。除了个别太监外，基本上都投降了李自成，如高起潜、杜勋、杜之秩等人反过来充当了李自成的耳目和膀臂。
在这种急转直下的形势下，朱由检两次发表《罪己诏》，向天向生民表示承担一切罪责，下令停征一切加派，企图稳定民心，鼓舞豪杰之士，作困兽之斗。但是，这时候的空言已经毫无意义。
自年初就有人提议朱由检“南巡”，也就是南逃，朱由检认真地考虑了这个建议。他的虚荣心再次耽误了他。他想到祖宗的陵墓在此，想到历史上南迁的君主的骂名，拿不定主意。报着侥幸的心理他想拖几日再说。到了正月下旬，形势危急，他召见主张南迁的左中允李明睿，告诉他，自己也这样想，但诸大臣中无人提议赞助，迟延至今。我现在决心南迁，怎么走?走哪条路，护卫、留守怎么办?李明睿小臣，也说不出个所以然。由检还碍着面子不公开商量这事，就把事情拖到了二月。二月间，代帝亲征的李建泰看到大势已去，请求自己奉太子去南京，这时南迁问题才公开提出来。可是，大臣们对南迁各怀心事，有的怕皇上南迁留下自己辅佐太子留守，有的怕主张南迁将来受责，落个千秋骂名。还有的怕南迁后京师守不住而得罪，无人敢出面决策。二月二十八日，左都御史李邦华提出皇上固守北京，让太子监国南京。永、定二王封于太平、宁国二府，拱卫南京。由检对此议不以为然，他说：“朕经营天下十几年尚不能济，哥儿们孩子家做得甚事?先生们早讲战守之策，此外不必再言。”这时候，给事中光时亨出来上了一本，说南迁是邪说。他认为祖宗300年基业在此，南迁是天大的耻辱。而且，南京已是敌骑充斥，根本就无路可走，走只能是徒取其辱，固守才是上策。三月初，南路大顺军已逼近京师，由检得到情报，知道南逃是不可能了，最后下了死守的决心，“朕不能守社稷，可殉社稷。”他向臣下表态说，“国君死社稷是最正当的死法，我决心已定，谁都别说了。”
三月十五日，大顺军进攻居庸关，守关的唐通和太监杜之秩投降。三月十六日打下昌平，当天便有部队到达北京城下。三月十七日，李自成率军包围了北京。这几天，由检心绪不宁。三月十六日召对群臣，无一人提出象样的建议来，由检神情恍惚，心不在焉，一会儿自己动手斟茶，自己磨墨，一会儿又莫名其妙地笑笑，失却了往日的风度，令群臣很是吃惊。三月十七日，闻知李自城已到城下，朱由检又召对群臣，大臣们或哑口无言，或信口胡扯。由检仰天长号，绕殿环走，大叫 “内外诸臣误我!”挥泪叱退群臣。他令驸马巩永固以及舅舅刘文炳前来，问他们是否可以调家丁来护驾，二人回说平日不敢存养家丁，故手下无人。他又召集太监，令他们拿起武器上城守卫。
此时的北京乱成了一锅粥。京军在城外溃败，城上守者有太监亦有官军，号令不一，兵部、五军都督府、还有太监各自为政，谁也管不了谁，没有个统一指挥。城上兵士吃不上，喝不上，士气低落。太监们回报由检，由检也没有办法。
三月十八日，李自成派投降的太监杜勋去与由检谈判，提出双方中分天下，由检拿出800万两白银犒军，双方罢兵言和。守城太监曹化淳、王德化将杜勋带上城来，杜勋对由检说明了来意。由检当时未表示意见。他根本不想投降，但又不想放弃这个拖延时间的机会，于是令亲信太监与杜谈判，希望拖到各地勤王兵来到解围。可是，李自成不想再等了。三月十八日晚上，农民军大举攻城，曹化淳打开了城门迎降，李自成占领了外城。
由检听到外城陷落的消息，知道大势已去，他率领宫内一群太监在城内无目的的转了一圈，回到宫内，登上了煤山。看到外城烽火连天，由检长叹一声，潸然泪下。他默默地站了一会，便回宫去处理后事。
由检首先让人叫来了太子和永、定二王。看着16岁的太子和一个11岁，一个9岁的皇子，由检心里非常痛苦。他告诉他们，北京就要失陷，国破家亡了。你们要逃出去，将来有时机为我报仇。又令人拿来破旧的衣服给三个儿子穿上，由检说：“今天你们是太子和王子，明天就是普通百姓。出去后，见到老者叫伯伯，年青的叫先生。你们要学会保护自己，快、快去逃命吧。”由检说到这里哽咽了，三个孩子也哭成一团。由检挥手让太监分别将弟兄三个送到周、田二位皇亲家中。并随手写了一张硃谕，令百官“俱赴东宫行在，”让人送到内阁，这时内阁已经没有人了。
送走了三个皇子，由检让太监王承恩给他拿了酒来，他自斟自饮，不多时便醉了。他走出宫门，怅望黑压压的紫禁城，内心百感交集。17年的呕心沥血，17年的惨淡经营，如今毁于一旦，他只能以死去祖宗灵前赎罪，对万民赎罪了。他要壮烈地象英雄一样地死去，自己及家庭不能受到任何侮辱。由检令身边的太监向各宫传旨，皇后嫔妃速速自裁。少顷，由检来到坤宁宫，周后哭得泪人一般，看到由检进来她止住哭声，二人泪眼相望，周后说： “你不听我一句话，遂至今日，妾誓随陛下于黄泉。”周后指的是 “南迁”一事，由检当然明白。他长叹一声，眼睁睁地看着爱妻自缢身亡。宫女回报说周后已崩，由检感到一阵晕眩，随即 “哈哈”狂笑起来，提剑走出坤宁宫。
由检从坤宁宫到了袁妃的西宫，几个嫔妃都惊慌地躲在这里。由检看到袁妃已自缢，但从凳子上摔了下来，口中尚有呼吸。他抽出宝剑咬着牙向袁妃砍去，袁妃血流如注。由检似乎疯了，他挥动宝剑又连砍了几位嫔妃。然后直奔寿宁宫。
他的次女，16岁的长平公主住在寿宁宫，16岁，正是如花似玉的年龄，由检很喜欢她。去年，他就在贵族子弟中替她物色驸马的人选，初步选定了一位周姓贵族的公子，由于形势的突变，此事放了下来。此时，国将亡了，明天，乱贼将要入宫，一个少女怎么逃命? 由检不敢想象爱女的命运。他宁愿让她去死也不愿她落入贼手苟活。由检到寿宁宫时，长平公主已准备自缢。看到爹爹浑身血迹，手提宝剑，长平公主大叫一声 “父皇”，就朝由检扑过来。由检心如刀搅，怕爱女扑进怀中后他再也举不起宝剑，便声嘶力竭地大喊一声： “你为什么要生在我家!”一剑砍去，长平公主顿时倒在血泊中。杀了长平公主，由检又去昭仁殿杀了三女昭仁公主。
完了，一切都完了，由检只感到浑身发抖，身上没有一丝力气。他在宫中稍稍停留，便由太监土承恩架着出宫登上煤山。他跑掉了一只鞋子，沾有血迹的长袍也脱掉了，只穿着一件宽松的内袍。进了寿皇殿，他让王承恩在梁上搭上一根白绫，吩咐自己死后，王承恩可以逃命去。王承恩涕泪交流，表示要随皇上去死，由检心中稍觉宽慰。他最后望了一眼宫城，望了一眼远处农民军点起的熊熊篝火，心中产生了一种解脱感，自己将白绫套上了脖子。王承恩看着君主死后自己也吊死在他的对面。传17帝276年的大明王朝终结。此时，正是1644年四月二十五日的黎明。
朱由检怀着深深的遗憾和愤懑离开了人世。他至死不认为是自己把大明王朝推向灭亡。三天后，人们发现了他的尸体，在他的内衣上写着这么几句话： “朕登极十七年，致敌入内陆四次，逆贼直逼京师。虽朕薄德匪躬，上干天咎，然皆诸臣之误朕也。朕死，无面目见祖宗于地下，去朕冠冕，以发复面，任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人!”可见，朱由检认为是文武百官灭亡了明朝。
需要交待的是，袁妃和长平公主都没有被砍死。清朝将袁妃养到终老。长平公主伤好后，请求削发为尼，清廷不许，令其嫁给原选驸马周显，长平公主不久亦心瘁而死。
太子及永、定二王出宫后便失散，李自成进京后，三人皆被太监献出。李自成封太子为宋王，二王亦皆王位，三人在李自成出兵攻打吴三桂时随军前往。李自成大败逃回，三人遂失散。太子在京郊流浪了几个月，于当年冬天又出现在北京，找到外祖父周奎家。周奎不纳，遂为清廷逮捕，经审讯辩认，大多数明臣和太监认为是真，也有个别人讨好清廷说不是，太子最后被杀于北京，清廷宣布是假的。
定王被一个太监带到安徽，后又到浙江，读书成了秀才，一直隐姓埋名，隐瞒着自己的身份，教书为生。他生有4个儿子。后来，浙江有人知道了他的真实身分，便借他的名义发动抗清斗争，这就是清初广泛流传的 “朱三太子”起义的渊源。实际上，定王始终未参加反清活动。为了躲避搜捕，定王四处流荡。到康熙四十五年(1706)，定王已70多岁，终于暴露了身分，在山东汶上县一个小村被捕，押往北京，凌迟处死。四个儿子皆被斩杀。永王始终不知去向，据定王的口供说早就死了。
由检死后，与周后一起由清方用柳木棺成殓，寄于寺庙。多尔衮下令以礼安葬他，允许明朝遗老遗少哭临祭典。祭典完后，决定将由检夫妻殡入田妃的陵墓。开掘墓道、建立碑亭，估工价约3000两白银。清廷从十三陵陵租中拨给1500两，其余由曹化淳等太监和明朝遗老遗少自筹。曹化淳等人凑了750两，可是遗老遗少们老凑不起来，工部及负责陵工的太监也不用心，曹化淳为此多次上奏，多尔衮也数次责成有司速速完工。直拖到当年十一月二十九日，开掘墓道的工作方才开始。到了年底，才将墓道修好，打开了田妃陵墓。凑巧的是，安放棺木的陵床非常宽大，放三个棺材没问题。于是，由检与他心爱的周后、田妃便安息于此了。
南明建立后，谥由检为烈皇帝，庙号思宗。清谥为 “庄烈愍皇帝”，无庙号，陵曰“思陵”。
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