基因家族分析套路（三）

本节主要讲基因结构分析套路

1、Motif分析

 

使用软件MEME，命令如下：

  meme sample.fa -dna –revcomp -nmotifs 10  -mod zoops -minw 6-maxw 50>meme_htmlFormat.html

2、基因结构分布图

可以使用在线网站GSDS2.0：website:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/

用法如下：

结果展示

3、基因结构常见统计信息：自己excel或写程序统计

   a. The number of intron andexon.

   b. The splicing intronpattern inculding 0,1,2 phase.

   c. The marked region. Forexample kinase domain.

   d. sequence length.

   e. UTR.

4、启动子分析。

网站：主要做植物的：

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

注意事项：

a. IE brower.

b. Only one sequence for oncesearch and the length was limited in 1000 bp.

c. DNA sequence origin: 1000 or1500 bp upstream of ATG of one gene.

分析结果：

明天继续