杀毒软件不是万能的，并不能清除所有的病毒，尤其是哪些新出来的并且能阻止执行文件运行的病毒，它不但能阻止一般的执行文件运行，还能阻止并且先阻止杀毒软件运行。尽管杀毒软件都被阻止了运行，但不用害怕，还可以通过手动清除的方式把它彻底清除。清除方法如下：
一、确定病毒的进程 常见的系统进程有 csrss.exe，lsass.exe，explorer.exe，services.exe，svchost.exe，winlogon.exe 等。在任务栏按右键，选择“任务栏管理器”或同时按下 Ctrl + Alt + Delete 组合键就可以打开“Windows 任务管理器”,如图1所示：
图 1
这么多进程，如何确定病毒的进程，尤其是有些病毒常常伪装为系统进程？首先，看看有没异常的进程，可通过进程后的“描述”初步确定；再看看系统进程是不是比平常多了那么一两个，多了的就要引起注意了。下面举例说明，如 csrss.exe 和 svchost.exe 进程，正常情况下是在 Windows\System32\ 目录下，如果出现在 Windows 目录下或其它目录下，一般就是病毒。其它进程也是这样确定，如果还不能确定就上网搜索下。
二、清除病毒 （一）结束进程。 打开“Windows 任务管理器”，在要结束进程的上面按下右键，选择“结束进程”，别管提示，直接结束；若不能结束就要强制结束。
强制结束进程方法（开始——运行——输入 cmd 回车打开命令执行窗口）：
1、ntsd -c q -pn 进程名。如 ntsd -c q -pn csrss.exe
2、ntsd -c q -p PID 号。获取 PID，“Windows 任务管理器”——“查看”——“选择列”打开“选择进程列”窗口，如图2，在 PID 前单击打上勾，确定后，进程后就会显示该进程的 PID。
图2
（二）删除病毒文件。 1、删除病毒执行文件。在病毒进程上按下右键，选择“打开文件位置”，找到后把它删除。
2、删除病毒其它文件。病毒文件有可能在多个目录下，有些文件不容易确定，只能按常规方法来找。
A、确定可疑文件的方法。可根据文件创建时间、文件名和文件版本确定，主要查看 exe、ddl、ini、inf、dat、cfg 文件。此外，还可根据有些目录下只有一类文件确定，如windows/system32/drivers 目录下是驱动文件，一般都是 *.sys，若有 exe 文件，可能是病毒。
B、查看各盘根目录下是否有可疑文件，如 AUTORUN.INF 、_DESKTOP 和 INI 文件。若有，看看文件创建时间，确定是否是自己安装软件创建的，不是有可能是病毒；再看看文件名是不是糊乱的字母或数字组合，是就有可能是病毒；最后看文件版本信息是否有张冠李戴的情况。
注意：查看前要显示所有文件（文件夹窗口——工具——文件夹选项——选中“显示隐藏的文件和文件夹”），病毒文件常常是隐藏的。若不能选择“显示隐藏的文件和文件夹”，说明病毒把它屏蔽了，可以修改注册表中如下选项：
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\Advanced\Folder\
Hidden\SHOWALL，双击右边 CheckedValue 键值，修改为1；若隐藏文件还是没有显示，删掉CheckedValue，按下右键，选择“新建 Dword 值”，并命名为CheckedValue，设键值为1。
C、查看病毒常常出现的系统目录、软件安装目录、临时文件夹和IE缓存。 系统目录：windows、windows/system32、windows/system32/drivers 等；
软件安装目录：c:/program files/internet explorer、c:/program files/internet explorer/plugin、c:/program files/common files/miscrosoft shared 等；
临时文件夹：c:/documents and settings/用户名/local settings/temp 和 c:/windows/temp。
还不能确定的可以上网搜索下该病毒进程，一般都有相关说明，确定后再把它的所有文件删除。
（三）删除病毒在注册表中的信息。 1、删除病毒的执行文件 病毒在注册表中的信息也可能有多个置，也只能先确定执行文件的位置，方法：开始——运行——输入“regedit”——打开注册表，注册表编辑器——编辑——查找——打开查找窗口，如图3：
图3
输入病毒执行文件名（csrss.exe）查找，直到找到病毒执行文件（键值中的目录[C:\Windows\csrss.exe]与在“Windows 任务管理器”中确定的目录[C:\Windows\csrss.exe]一致）,在该文件名上按下右键，删除。其它位置的查找方法下文仅简单的列了三种，具体请看《
病毒隐藏在注册表中的位置总结》一文。
2、检查 Run 启动项。常见的启动项如下： A、HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run B、HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Runonce C、HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\policies\explorer\run D、HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run E、HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Runonce F、HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\policies\explorer\run 确定以上这些启动项包含病毒的方法： 1）根据已确定的病毒文件确定。键值即为该文件的路径。
2）只有 Run 项是有键值的，其它的都只有一个默认串（98除外），所以若其它项中有键值，就可能是病毒启动项。
3）若键值是糊乱的文件名，如 1.exe；或路径是在临时文件夹的；也可能是病毒启动项。
3、检查驱动启动项 位置：
HKLM\System\CurrentControlSet\Services 这里的项比较多，可以根据 windows/system32/drivers 目录下已确定的文件来确定。
4、检查 Winlong 启动项 位置：
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon 主要检查 Userinit、Shell、Notify，看看键值是否有异常。
三、重启计算机，病毒清除。
