荒淫玩乐的武宗死了，因为武宗无子，孝宗又没有别的儿子。给士大夫们出了个大难题。只好让武宗的堂弟，兴献王之子朱厚骢承继大宝。但随着世宗的即位，又 出现了一个新问题。就是后来大礼议，大礼议之争持续了20多年，拉开了明朝党争的序幕。在明世宗之前，小宗继承皇位最后都要入继大宗。所以杨廷和等大臣们 要求世宗称孝宗为皇考，兴献王为皇叔考时，在封建伦理上是合理又合法的，但对明世宗来说，确实有些不合人情。况且朱厚骢又是一个爱面子的人。世宗刚刚即 位，皇位还不稳，只好和杨廷和等达成妥协，称孝宗为考，兴献帝，兴献后为本生父母。杨廷和也因此被世宗批准致仕。
嘉靖三年（1524 年），礼议派（都是些低级别，想
出人头地的官员）桂萼、张璁支持世宗要求将本生父母的本生去掉。这回大臣们不干了。200多位大臣跪在左顺门要求世宗收回 成命。世宗两次派太监传旨让大臣们回去。但大臣们要求皇帝收回成命，才肯离去。世宗大怒，下令将要君的大臣们下狱。并且对其中的部分官员施以廷杖。
廷杖打断了士大夫的脊梁，也使大礼议顺利通过。兴献帝先是被上尊号为皇考恭穆孝皇帝，不复言本生。又尊孝宗为皇伯考。开始兴献帝未入太庙，嘉靖十七年 （1538年）又尊为睿宗，祔于太庙。后人说，明季士大夫以受廷杖为光荣，此说如属实，对皇帝和士大夫们来说都是悲哀的，以受廷杖为荣，岂非有沽名之嫌 啊。也可以说是病态社会的病态心理。世宗和议礼派取得胜利后，继续打击反对派。一批反对派的官员们都被解职，代之以议礼派的官员。大礼议的影响很大，后来 的李福达案，本是铁证如山，但世宗就认为是反对议礼派陷害议礼派的郭勋，命桂萼，张璁重审，桂、张借机打击异己，翻案成功，将处理此案的官员杀的杀，戍边 的戍边。
本来世宗朝是明中叶以后唯一没有宦官为乱的时期，但世宗的刚愎性格使大臣们吃了不少苦头。世宗最恨言官。有明一代，虐杀大臣 最多，其中尤以太祖、成祖、世宗和
崇祯最多。世宗朝首辅更迭频繁，阁臣为争夺首辅之位，也互相倾轧，而世宗也有意识地对大臣们采取了拉一派打一派的做法。 夏言排挤张璁，严嵩逐走夏言，徐阶挤走严嵩，大臣们钩心斗角愈演愈烈，但不管谁当首辅都要媚上，讨得世宗的欢心。明世宗喜欢修道，所以总要士大夫们写些青 词（就是祭祀用的）。夏、严、徐三人都是善于写青词，被人戏称为青词宰相。嘉靖的45年皇帝生涯结束了。隆庆一上台，就开始给世宗枉杀的大臣们平反，隆庆 时期，实际上还是延续嘉靖朝的首辅之争，隆庆在位6年，徐阶、高拱、李春芳各当了两年首辅。
明朝士大夫和宦官的分野在正德年间已经不甚明显，但了天启年间，士人和阉人已成同流合污之势。
明朝自正统以后，因为皇帝多为庸碌，长期依靠的是文官集团的积极运转，但经过天启年间的阉党之乱，留给崇祯的是一个无能、贪污、迂愚、空谈、怕死腐败的文官集团，可以说晚明的士大夫阶层的堕落虽非全部，但实属整体性堕落。虽然有个别的为国为民的书生，但也于事无补。
李自成进北京后，为明朝殉国而死的大臣只有21人，对比靖难之变那场朱明家族内部的权力斗争，尚有800多人为建文帝而死。21对800，相差是何等之大。大多数明臣是先降农民军，再排队去降清，随后南明那几个小朝廷，也因为内部争权夺利，相继被清所灭。
东林党：正义的堡垒从历史上看，东林党并不是一个政治团体，更不是一个“党”，所谓东林党实际上是政敌把它诬为“朋党”之后的一种称呼。历代朝廷大臣权 贵，凡是要攻击政见不同者，往往攻击为“朋党”，由此引起党争，酿成党祸的事情是很多的：东汉的党锢之祸，
唐代的牛、李之争，北宋的新旧两党，以及此处要 说的明代东林党争，都是比较重大的党争党祸。
东林党与阉党的较量东林党人因东林书院而得名。
万历三十二年（1604年），顾宪成等修复
宋代讲学的东林书院，与高攀龙、钱一本等讲学其中。顾宪成、高攀龙等在书院讲学的八人，被称为“东林八君子”。
东林讲学之际，正值明末社会矛盾日趋激化之时。东林人士为匡正时弊，讽议朝政，评论官吏，既有鲜明的学术思想见解，又有积极的政治主张。他们要求廉正奉 公，振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪赃枉法。这些针砭时政的主张得到当时社会的广泛同情与支持，同时也遭到宦官及其依附势力的强烈反对。
两者之间因政见分歧发展演变形成明末激烈的党争局面。反对派将东林书院讲学及与之有关系或支持同情讲学的朝野人士笼统称之为东林党而加以无端攻击诋毁。这就是东林党的来历。
明末党争中，东林党的主要对手是齐、楚、浙党。双方从争国本开始，以三案（梃击案、红丸案、移宫案）为余波，相持不下。
天启年间，东林党由于扶持熹宗即位有功而命运出现了转机，当时的首辅刘一景、叶向高，吏部尚书赵南星、礼部尚书孙慎行，兵部尚书熊廷弼，都是东林党人的 支持者，可以说明朝的军事、政治、文化、监察等大权全都被东林掌握，他们从在野的清流成为了主持朝政的主要力量，《明史》记述此时：“东林势盛，众正盈 朝。”按理说，这是他们治理国政的最佳时机。然而此时，东林党人与阉党集团之间因朝政争论相互攻击达到了不可调和的地步。
“阉党”是以魏忠贤为核心人物的宦官集团。熹宗不喜欢管理朝政，只喜欢木工，经常沉溺于此，毫不厌倦，而魏忠贤总是等熹宗做木工的时候故意拿出一大堆奏章出来让熹宗批阅，而熹宗这时总是不耐烦地让魏忠贤去处理。
时间长了，朝中大小事务都要先请示魏忠贤，魏忠贤也就执掌了朝政大权，被东林排斥的齐、楚、浙诸党争相依附形成了强大的力量。魏忠贤排斥异己，收罗爪 牙，建立了遍布各地的特务网络。只要说了魏忠贤坏话，就很容易招致杀身之祸。朝中巴结魏忠贤的人也越来越多，魏忠贤也被人称为“九千岁”。
作为一个宫内的宦官，魏忠贤完全清楚自己的处境：并非前朝大臣没有任何功绩，只是凭着自己对皇帝的谄媚才获得一人之下万人之上的地位，所以要巩固自己的权威，就一定要利用御史，让他们成为自己的爪牙。
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