阴阳是中国古代哲学的一对范畴。其最早的思想可以追溯到《易经》。三千多年前的《易经》这样说“一阴一阳之谓道”（意即万事万物都是由阴和阳组成的），“天地氤氲，万物化醇”（就是说最早的混沌原始之气，是构成万物的最早的基本元素，人也是由“气”化成的）。后世周敦颐的《太极图说》有一段这样的描述：“无极而太极。太极动而生阳，动极而静，静而生阴，静极复动。一动一静，互为其根。分阴分阳，两仪立焉。”是故“易有太极，是生两仪”。（阴阳）“二气交感，化生万物。万物生生，而变化无穷焉。”这就是古代易学家们对阴阳概念最好、最完备的阐述。它的意思是说，自然界的任何事物都包括着阴和阳相互对立的两个方面，而对立的双方又是相互统一的。阴阳的对立统一运动，是自然界一切事物发生、发展、变化及消亡的根本原因。并认为木、火、土、金、水五行是其基本的变化关系。五行相互资生、相互制约，处于不断的运动变化之中。这种学说对后来哲学有着深远的影响，如古代的天文学、气象学、化学、算学、音乐，都是在阴阳五行学说的协助下发展起来的。中医从诞生的时候起，就应用阴阳五行学说，建立起整体的架构理念。
二千多年前的《黄帝内经》说，“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始”，“故清阳为天，浊阴为地。地气上为云，天气下为雨，雨出地气，云出天气”，“故清阳出上窍，浊阴出下窍；清阳发腠理，浊阴走五藏；清阳实四肢，浊阴归六府”（由自然界的阴阳进而推演到医学领域，用以说明人类生命起源，生理现象，病理变化，指导着临床的诊断和防治，成为中医理论的重要组成部分）。
在传统医学看来，人体就是一个整体，是一个系统。五脏六腑、四肢百骸、气血、津液、经络等都是其有机组成部分。功能上相互协调、相互为用，病理上相互影响。从组织结构上来说，可以用阴阳两方面来加以概括说明。一般而言，上部属阳，下部属阴；体表属阳，体内属阴。在体表则背属阳，腹属阴；外侧属阳，内侧属阴。在体内则六腑属阳，五脏属阴。五脏中，上部的心、肺属阳，下部的肝、肾属阴。具体到某一脏腑，又有阴阳之分，如心阴、心阳，肾阴、肾阳等。脏腑阴阳相配，相互“络”“属”，联成表里，还与外在器官联结成整体，即所谓“内属于脏腑，外络于肢节”，如肝与目，心与舌，脾与口，肺与鼻，肾与耳。
人体的局部和整体是辩证的统一，局部病变，必然影响全身的气血、阴阳，影响各脏腑之间的平衡协调。
比如，五行中的木、火、土、金、水五种元素与人体肝、心、脾、肺、肾五脏相对应，功能相比拟。五者之间相生相克，肝木生心火，心火生脾土，脾土生肺金，肺金生肾水，肾水生肝木；肝木克脾土，脾土克肾水，肾水克心火，心火克肺金，肺金克肝木。这种生克制化规律，使得各脏之间保持着相对的平衡，维持着身体的康健。如果一脏失衡，势必影响它脏。以“失眠”（经常性睡眠减少）为例，西医认为失眠不是病，因为失眠的人，身体检查的各项数据都很正常，故失眠没有专治的药（安眠药对失眠是没有作用的）。但中医的看法就不一样，中医认为，心主神明，失眠的人，肯定是心失所主，神不守舍。可是造成失眠的因素是什么呢？我们可以看看五行生克关系，克制心火的是肾水，如果肾水虚衰，比如，肾阴虚，那么，阴血虚少，无法克制心火，心火不受克制则上炎妄行，所以，可见五心烦热、颧红心悸、口渴津少、头屑头痒等；心火生脾土，脾土主运化，如果脾土虚弱，运化无力，则腹满胃不和，故《黄帝内经》说“胃不和则卧不安”。再则，心阴亏虚，同样会造成心悸而烦、潮热盗汗、健忘多梦等……这些都是病理因素，此外，还有心理因素，比如，肾主恐，心主喜，脾主思，一个人太恐惧，或者太兴奋，或者思虑过渡，都难以入眠。所以，中医对失眠的治疗，就是辩证施治，这就是中医常说的“同病不同药”。其中说到的肾阴虚，可以造成失眠，也可以造成手脚心出汗（五心烦热），还可以造成头屑头痒等，只要解决肾阴虚的问题，上述问题便都可以解决，这又是中医常说的“同药不同病”。
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