中国的科举制，萌芽于隋朝，发展于唐宋，完善于明清，可是在元朝却遭遇了重大的挫折。直到1315年，元朝才开始科举考试，此后三年一次。但由于丞相伯颜的专权，元朝科举曾在1336年和1339年停办。虽然元朝科举处于低谷，但对中国的发展有不可忽视的影响。
元朝的科举制的滥觞，要追溯到元太宗窝阔台时期。1237 年，窝阔台在耶律楚材的建议下进行了大规模的考试，此次考试分为策论、经义、词赋三科，一共录取了4020人。只要是考中的人都被确定为儒户，免除赋税和徭役。这次考试对于保存中原文化起到了重要的作用。但这次考试严格来说是一次划分户籍的考试，还不不算科举考试。
此后的贵由、蒙哥时代，由于排斥汉文化，因而这种考试也从未进行。到了忽必烈时代，汉人的地位有所上升，国家也有了一些汉化的倾向，于是许多汉人学者就提出了重开科举。1267年，王鹗说：“以今论之，惟科举取士最为切务。”忽必烈于是让中书省的相关人员讨论这件事情。
1274年，忽必烈下诏推行科举制；1275年，开始颁布贡举条例。根据太子真金的推行的令旨，科举制分设蒙古和汉人两个进士科，但没有执行下去。1284年，和礼霍孙再次请求开科举，但依然没有得到实行。不过太子真金等制定的科举方式却成为了后来元朝科举制度的基本规则。
元朝科举制之所以难以推行，主要是蒙古人和色目人的阻拦。蒙古人和色目人的汉文化水平自然是远不如汉人、南人，一旦实行科举录取，那会有大量的汉人、南人进入朝堂，必然会冲击蒙古人和色目人的地位。
其次，汉人内部也对科举制的推行有分歧。自唐朝以来，科举制就重视以以词赋取士，包括的金国也是如此。这种考试内容录取的人才基本都是有文学能力的人，但政治能力就难说了。王安石变法后，策论考试开始出现，但并不被重视。而元朝的理学家许衡、姚枢、窦默等认为科举制录取的都是一些浮华虚诞、不切实用人，因而比较反感科举。
许衡、姚枢、窦默等人是忽必烈金莲川幕府的重要幕僚，他们的意见多少可以影响忽必烈。而忽必烈本人也是一个十分务实的人，他对那些空有文学能力的“才子”也不太喜欢，他更喜欢有实干能力的人，因而科举制在忽必烈时代终究未能推行。
直到元朝第四位皇帝元仁宗时期，科举制才得以恢复。1314年，科举制正式推行。对于考试的内容，蒙古人、色目人和汉人、南人不同。
唯我祖宗，以神武定天下。世祖皇帝设官分职，征用儒雅，崇学校为育材之地，议科举为取士之方，规模宏远矣。联以眇躬，获承丞祚，继志述事，祖训是式。若稽三代以来，取士各有科目，要其本末，举人宜以德行为首，试艺则以经术为先，辞章次之，浮华过实，朕所不取。爰命中书，参酌古今，定其条制！——元仁宗
元仁宗
蒙古人、色目人要考两场，第一场考“明经”，主要是《大学》《中庸》《论语》《孟子》，也就是“四书”，回答的标准基本依据朱熹的《四书章句集注》。第二场策论，也就是针对政务发表一些观点，五百字以内。
汉人、南人考三场。第一场考明经、经疑，主要是考“四书”“五经”的内容，其回答内容基本也是依靠程朱理学的著作。第二场考文学能力，也就是写赋、诗等。第三场考策论，也是针对时务问题发表看法，千字以内，而且禁止浮华之文。可以看出，汉人和南人主要是多考了文学能力。
考试的等级分为乡试、会试和御试三个等级，是仿照的宋朝体制。乡试录取300人，会试录取100人。会试录取的百人中，蒙古人、色目人、汉人和南人各录取25人，看似公平，实际一点不公平。因为汉人和南人占据了全国90%以上的人口，但是却只能享有50%的录取名额。
此外，元朝科举的录取的人数太少了。宋朝每次录取的进士少则三四百人，多则逾千人，而元朝的汉人、南人一共才50人。所以，汉人在元朝考中的概率是非常低的，学者“皓首穷经，不免有不遇时之叹。”因此，元朝科举制对于汉人来说，简直就是可有可无的。
当然，元朝科举制的推行也对后世产生了深远的影响。首先，就是促进了民族的融合。因为元朝开科取士，所以一些蒙古人、色目人也重视学习汉语汉字、学习儒家经典和诗词歌赋，涌现了一批较为杰出的少数民族文人，例如萨都剌，他的诗词水平跟高，被誉为“有元一代词人之冠”；还有贯云石，色目人，是元曲的重要作家。
萨都剌
其次，元朝的科举制正式结束了唐宋以诗赋取士的传统，确立了以经义取士的新阶段。元朝始罢诗赋而强调切用，“策以经史时务，欲其经济斯世，发为有用之学”。在当时看来，这种发展的确是一大进步。
第三，就是确立了程朱理学在科举考试中的地位。程朱理学在南宋后期已经成为了国家的正统思想。与此同时，金国大量的理学家又为蒙元帝国服务，使者程朱理学逐渐成为了元朝的官方思想。元朝科举考试的内容主要依据《四书章句集注》和其他理学家的著作，这种模式一直延续到了明清时期。当然，程朱理学的官学化最终也限制了思想的自由，这也是一个不好的影响。
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