崇祯十七年，南京小朝廷选立新帝的风波中，东林党被凤阳总督马士英联合江北四镇将（黄得功、高杰、刘良佐、刘泽清）打了个措手不及，被迫接受了福王朱由崧上位的事实。
但是铭刻在东林党人骨子里的仇恨，让他们从来就没有放弃过对朱由崧的攻击与责难，时时刻刻都在找机会搞臭朱由崧，想办法把他从皇位上拉下来。
说明：东林党和朱由崧的矛盾可参见笔者拙作“英雄史可法是如何为南明挖好坟墓的”。朱由崧上位后东林党对他的攻击主要是质疑其身份、攻击其不孝、荒淫。最典型的是黄宗羲，大家有兴趣可以看看其撰写的《弘光实录钞》，从身份质疑到暗示其与所谓的“太后”媾合，应有尽有。
各类谣言、绯闻的传播，让弘光皇帝的威严几乎丧尽，进而让本就跋扈的镇将们更加不把皇帝、朝廷放在眼里。风雨飘渺中的最需要的安定、团结，离南京小朝廷越来越远。但是东林英豪们仍不满足。
很快一个天大的机会就出现在东林党面前。崇祯十七年年末时，北京鸿胪寺少卿高梦箕在逃往南京的路上遇到一个少年，而这位少年身着绣有龙纹的内衣，并自称自己是崇祯太子朱慈烺！
这可非同小可，高梦箕被吓出一身冷汗，他很清楚操作不好，他可能就小命不保了。因为现在南京朝廷已经奉朱由崧为帝，这个少年如果是真太子，南京朝廷会怎么看？弘光帝会怎么看？说不定效法先祖直接把他们沉到江里去！
说明：朱元璋原本是奉红巾军的小明王韩林儿为帝的。后朱元璋势力强大想自立时就尴尬了，因为韩林儿是他曾公开承认的皇帝、主子，自立那不就是谋逆么？人不能自己抽自己耳光，朱元璋就暗示手下廖永忠把韩林儿沉江里去了，事后象征性的处罚下廖永忠，这事儿就不了了之。
高梦箕先派人把这位“太子”送到金华，看护加软禁，自己则去南京找熟人商议应对之策。他没想到这位“太子”一点也不愿意低调，在金华天天招摇过市，还逢人就自报家门。
很快“太子”南下的消息就传到了南京，高梦箕没法子了，只能赶快将自己了解的情况全部向弘光帝汇报。
知道情况后的弘光帝很大度，在朝堂上当众宣布了这个消息，并且表示：“有一稚子言是先帝东宫，若是真先帝之子即朕之子，当抚养优恤，不令失所”。并派人到金华将“太子”请到南京，让群臣辨认。
当时南京最有资格辨认的人选是大学士王铎，他曾给太子当过三年老师。除他之外刘正宗、李景廉也都担任过东宫讲官。“太子”到达前这几个人都分别向群臣描述了太子朱慈烺的相貌。
但是“太子”来到众臣面前后，不但相貌和之前几人描述不一致，他也完全认不出他的这几位老师。非但如此，这位“太子”连当年侍班讲习之处（端敬殿）在哪里都不知道，讲习之处的几案物件布置也说不清楚。
在场的所有人都明白了，这个“太子”是假冒的。很快下狱的假“太子”也交代了整个事情的来龙去脉。当时任协理詹事府事的礼部尚书黄道周记载：
王之明者，顽童，故驸马都尉王昺之侄孙，途穷附高鸿胪之仆穆虎者欲南趋苟活，而穆虎居为利，遂谓子舆复出也。廷诘之日，诸讲官侍从谂视无一似东朝者，之明亦茫然。而靖南疏至，辄持两端，讼言不可诛，诛之祸起。
简单说就是一个小无赖王之明伙同高梦箕的仆人穆虎假扮太子，想敲诈一番。但是把事情给玩大发了。
本来这个案子真相大白可以就此了结了，但是东林党觉得不行，他们认为这是个搞臭并扳倒弘光帝的机会。很快南京流言四起，说王铎、刘正宗、李景廉等人在弘光帝的授意下故意以真为假，实际就是眷恋先帝的皇位。
在刻意的传播下，先帝太子被下狱的谣言迅速蔓延大江南北。几乎同时不少官员、名士纷纷上疏朝廷“劝谏”弘光帝不要草率结案而误伤先帝遗孤，并要求公开案件内幕还公道于天下。所谓的公开以及劝谏无非是要求弘光承认狱中的“太子”是真太子。
在谣言以及东林众人的蛊惑下，定策元勋诸镇将也纷纷上疏朝廷，要求朝廷慎重对待此案。众口莫辩之下，弘光帝只得让群臣推举得太监丘执中（他当年在东宫陪伴太子读书）到狱中辨认。
不说丘执中认没认出“太子”，反正狱中的王之明见到丘执中后，表示根本就不认识丘执中。这样，朝野的疑虑才稍微减轻了一些。
但是远在武昌的宁南候左良玉仍然公开的表示不信，他上疏声称：“愿束身赴阙，代太子受罪！”弘光只好宣谕：“王之明好生护养，勿骤加刑，以招民谤”。这只会起到相反的效果，很快又谣言四起，弘光不杀王之明就是心虚害怕，说明这个“假太子”实际是“真太子”。
明崇祯十年周鼎绘《左良玉出师图卷》绢本
更麻烦的是左良玉说愿意“束身赴阙”不是开玩笑，只不过他不是“束身”而是带兵而来。
南京这边为了皇帝之位各种闹腾时，大明在北方的两个敌人却没有闲工夫看热闹。满清仿佛是看明白了南明的一盘散沙，正集中力量攻打李自成。
崇祯十七年十月（1644年10月），李自成的大顺军和清军及其收编的明朝降军在中原（河南和陕西）展开激战。至弘光元年元月（1645年1月）李自成的大顺军失败，李自成放弃了西安，收拢残部转移到河南内乡、湖北襄阳一带。
但是被清军打得焦头烂额的李自成，觉得襄阳也守不住。他决定继续南下（五月初南下的李自成殒命于通城九宫山，大顺军也就土崩瓦解了）。
弘光元年三月，李自成率领二十万大顺军和三十万家属，由襄阳向汉川、沔阳（今湖北仙桃市）推进。这一下把武昌的宁南候左良玉吓着了。
此时的左良玉虽然号称拥兵八十万，但是他心里很清楚，自己的这群乌合之众，吓唬南京朝廷索要粮草军饷没啥问题。但是要去打大顺军以及其身后的清军，那是完全不够看的。
咋办？这时湖广巡按御史黄澍（东林党人）给左良玉上了一条“定国安邦”的妙计。为南京太子伸冤，“入诛奸臣马士英，清君侧”。向东前往江浙，既可摆脱李自成，又可入朝控制大局成为摄政。
为此黄澍还专门写了篇檄文：
臣马士英者，根原赤身，种类蓝面。昔冒九死之罪，业已侨妾作奴，屠发为僧；重荷三宥之恩，徒尔狐窟白门，狼吞泗上......
群小充斥于朝端，贤良窜逐于远地......
泣告先帝，揭此心肝，愿斩贼臣之首，以复九京；还收阮奴之党，以报四望......
燃董卓之腹，膏溢三旬；籍元载之厨，椒盈八百。国人尽快，中外甘心。
忠肝义胆，跃然于纸上！但是其后不过两年，黄澍引导后清军攻破福建有功，被就地封官。此后就在福建任上积极地追捕郑成功及其部将家属。
弘光元年三月二十三日，左良玉派兵把武昌烧掠一空后，就扛着“清君侧”的大旗，沿长江东下直奔南京而来。几乎就是同时，在中原战场击溃了李自成的清军集结兵力扑向徐州，直指南明。
也就是说南明受到了满清和左良玉的两面夹击。两线作战对任何一个政权来说都是大问题，南明朝廷对于优先防哪个产生了严重的分歧。
对于马士英，当然是优先防左良玉了。他要求将江北的四镇将调集到南京附近，向西防御左良玉。朝中众大臣纷纷表示反对，他们认为应该优先防御满清。
说明：马士英时任兵部尚书、右副都御史、内阁首辅兼凤阳总督。手下是江北四镇将高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清（此时高杰已死，其部将奉其幼子为主）。马士英并不能完全控制这四镇将，但是勉强能用粮饷指挥他们。
朝中大臣的理由有三个，一是他们认为现在李自成已经被清军击溃，满清成了国家的首要敌人；二是他们认为左良玉虽然举兵造反，但是还是自己人，还可以谈判；第三条是说不出口的，他们认为左良玉就算打进南京也只会找马士英算账，与他们何干？而且左良玉要犯上也是废黜弘光帝，这不是他们这些东林希望的么？
虽然弘光帝也觉得应该优先防御清军，但是马士英觉得这样左良玉必然打进南京，自己肯定完蛋。马士英借手上的兵权，强逼弘光帝和朝廷接受他的方案。
由于南明将江北的明军大量南移，加上史可法胸无定策，指挥失当，清军南下得非常顺利。弘光元年三月二十二日清军攻陷归德府，江淮的门户大开。四月十二日，盱眙失守，四月十三日，清军渡过淮河，准备进攻扬州。
说明：史可法此人忠心有余而能力不足。例如他一天之内三次向驻于高邮的应廷吉部发出令箭。上午令“督一应军器钱粮至浦口会剿左良玉部叛军”；中午令“诸军不必赴泗，速回扬州听调”；下午又令“盱眙告急，邳宿道可督诸军至天长接应”。应廷吉对诸将说：“阁部方寸乱矣，岂有千里之程，如许之饷，而一日三调者乎！”另外江南诸城，除去献城纳降的，守城时间最短的就是史可法把守的扬州。
四月十八日清军主力到达扬州城下，此时困守扬州的史可法向各镇传檄求援，但是诸镇将无一回应。二十五日城破，史可法被俘。因拒不投降，多铎杀害了史可法并将其分尸，并下令屠城，屠杀一直持续到五月初二，几十万人蒙难。
四月初，左良玉占领九江没几日就因痼疾而病死于九江，其部将推举其子左梦庚接任，继续向南京进军。但是在太平府，左军两次被黄得功部击败。至此左军气泄，再也无力东进。但是扬州失陷，江北大批将领向满清投降的消息，却让南京人心惶惶，如同惊弓之鸟。
五月初八，清军抵达长江北岸。初九，多铎令明朝降将张天禄、杨承祖等率部为先锋渡江。南明守江的郑鸿逵、郑彩，不战而逃，在他们的带头下，江南守将各自逃命或者降清，清军就这么登上南岸占领镇江，长江天险就此易手。
消息传到南京，朝廷上下顿时全都慌了神，无人再思抵抗，纷纷开始逃命。初十弘光在马士英的护卫下逃离南京。留在南京的臣工们，简单商议后决定献城以避免清军屠城。
五月十五日，清军兵不血刃，从洪武门进入南京。多铎宣布自己将于十六日清晨，开始接受南明官员的朝贺。
在这个大是大非、忠佞之分的时刻，几乎所有人都望向一个人，东林领袖礼部尚书钱谦益。钱谦益的美妾柳如是劝其效法屈原，于是钱谦益走下水池试了一下水，说：“水太冷，不能下。”
既然水冷无法殉国，那钱谦益唯有忍辱负重向多铎跪表忠心了。在他的带动下，南明官员、军民纷纷降清。
江北的高杰部（此时高杰已死）、刘良佐部，共计将官四十七员，兵马士卒二十三万余，降清。左良玉之子左梦庚也率领十五员总兵，十几万兵马降清。
而多铎南下时，兵员应该是不超过十五万人。至此明朝可以说是已经正式终结，后续的隆武、绍武、永历三帝，与其说他们在抵抗，不如说是在垂死挣扎、苟延残喘，我泱泱华夏就此沦于贼手。
后附：弘光逃出南京至芜湖与黄得功会和，但是被已降清的刘良佐追上。刘良佐使诈射死黄得功，生俘了弘光帝。弘光帝在生命的最后时刻没有给老朱家丢人，不妥协、不投降、不求饶。1646年5月弘光帝与潞王朱常淓、荆王朱慈煃、德王朱由栎、衡王朱由棷等十七人被斩首于北京菜市口。
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