训政初期，蒋介石加大了整合政治纷争的力度，通过编遣会议，试图削弱各地方实力派，推进统一，由此最终酿成了中原大战。
蒋介石建立政权后，对全国军事实力派各自割据的现状颇为忧虑。1929年3月15日，蒋介石在中国国民党第三次全国代表大会开幕式上提出“中国已真正统一了么？”他说：“我们只要看一看实际政治状况，就可断定中国实际上还没有统一。北伐完成以后，形式上已经统一在国民政府之下，而且地方军事领袖，也没有不以服从中央相号召了，但是事实却完全相反。地方把持财政，购买军械，私增兵额，都听地方为所欲为，中央丝毫不能加以干涉，而且不仅地方的行动中央不能干涉，甚至地方常以军事的实力威胁中央，要挟中央，中央对于地方，如果有什么要做的事，都以协商的方法去征求同意，而地方对于中央，如果有什么请求，就以命令式的方法来要挟，中央的法规，既然不能规范地方行动，中央的命令，也不能强制地方以服从。”中原大战之后，蒋介石深信：“此次讨逆战后，深信本党统一中国之局势已经形成，叛党乱国之徒今后决无能再起。”
（一）编遣会议
国民革命完成后，如前所述，全国主要军队分为四个集团军。蒋介石任总司令的第一集团军，以北伐时的第一、第三、第四军为主干，有大量收编自江西、浙江、安徽、平津、山东等地的部队，主要驻扎于江苏、安徽、江西、浙江、福建等地。因其实力最强，且蒋介石入主中央，故又称“中央军”。此外尚有冯玉祥的第二集团军、阎锡山的第三集团军和李宗仁的第四集团军。各集团军不仅控制着所驻地区的军事，而且把持着财政、政治，甚至设置银行。1928年2月，国民党二届四中全会决定恢复政治分会。《政治分会暂行条例》规定政治分会的职责是：“依中央政治会议决定，于特定区域内指导并监督最高级地方政府。”(30)先后设立了广州（辖两广地区）、武汉（辖两湖地区）、开封（辖河南、甘肃、陕西各省）、太原（辖山西、绥远、察哈尔各省）、北平五个政治分会。上列各政治分会的设立迁就各军事实力派的既得利益，为其自行其是提供了制度保证。
国民党虽然完成“北伐统一”，但地方军事实力的坐大，对国民政府的中央权力是一个极大的挑战，既耗费巨额军费，亦不利于国家的真正统一。蒋介石希望通过军事领袖共同商议的立法程序（编遣会议），以和平方式清除阻碍国家统一的要素，使军权由私人手中转移到政府，使军队成为真正的国军，完成国家实质的统一，进而巩固国民政府的力量。
1928年7月11日，四个集团军总司令蒋、冯、阎、李于北平西郊小汤山举行“善后会议”。会议进行了4天，大家同意维持各军目前驻地，决定成立编遣会议，解决裁军问题。8月8日，国民党二届五中全会召开，蒋介石当选为国民政府主席，冯玉祥为军政部部长，阎锡山为内政部部长兼蒙藏委员会委员长，李宗仁为军事参议院院长。会议还决定，限年底前取消各政治分会，政治分会不得再对外发布命令及任免特定区域内人员。一方面在中央政权分配中给各军事实力派以相应的地位，一方面限制并逐步收回他们在地方的权力。1928年12月19日，东北张学良通电服从国民政府，改易旗帜，东北地方军队亦列入统筹编遣。同日，国民党中央政治会议通过《全国编遣会议组织条例》。
1929年1月1日，国军编遣委员会第一次大会在南京正式召开。编遣委员会以蒋介石为委员长，吴稚晖、冯玉祥、阎锡山、李宗仁、李济深、张学良、杨树庄、何应钦、宋子文等为常务委员。何应钦率各与会代表宣誓：“余以至诚，奉行三民主义，服从长官命令，捍卫国家，克尽军人天职，此誓。”吴稚晖代表国民党中央致辞，他首先强调和平年代编遣军队的必要性：“兵多了，国家负担就重了，同时人民也要受相当的痛苦”，“被编入的，是要他再担任捍卫苦役，无可羡慕；被遣了的，就可以另外生个办法，去替人民做些生产事业，利国利家”。1月5日，会议发表《国军编遣委员会宣言》，强调编遣四项原则：“一曰不偏私。……若有以集团或地域为单位，而倡为裁遣之说者，是在制度上将延长封建之恶习，为革命主义所勿容”；“二曰不欺饰。……本会此为集议，务以公开与诚实为标，我军事同志各有革命之觉悟，自当不欺、不隐、不夸、不诬”；“三曰不假借。……决不使国弩有分文之妄费，亦决不使被遣士兵有一人不得其所”；“四曰不中辍。……本会承受中央重大之负托，唯有以忠诚奋勇之精神，期全部目的之贯彻，不为难行之提议，亦决不以宣言而自尽”。各集团军总司令都信誓旦旦，然而每人处境不同，各有自己的如意算盘。
蒋介石既是第一集团军总司令，又主政中枢，双重身份使他倍感艰难：多裁中央军，削弱自己固非所愿，裁人不裁己，不仅要受各方指责，在事实上也不可能。蒋介石思考：“如果政府不能整理，则决心束身引退，以谢天下而已。”对于编遣问题，陈公博认为，“谁知以后的反复内战，却由这个编遣计划而种下恶因”。
第二集团军兵力仅次于中央军，战力强悍。编遣会议之前，冯玉祥竭力表示拥护“中央”，曾发表通电，要求“各军事领袖，应实际参加中央工作，常驻在首都，履行职务，通力合作，不可徒拥委员虚名或遥断一切”。二届五中全会后，冯即赴南京就职。然而，冯玉祥对蒋介石在北伐最后关头将京津接收权交给阎锡山有所不满，且惧怕蒋借编遣之机削弱他人，曾力图联合阎锡山以与蒋抗衡。北平善后会议结束后，冯拉阎同往南京。但阎先借口负平津卫戍之责，后又诡称胃痛，跑到山西“养病”去了。冯遂决意联蒋，到南京就任军政部部长。在编遣会议的正式会议之前，冯玉祥拟就的原则为：“强壮者编，老弱者遣；有枪者编，无枪者遣；有训练者编，无训练者遣；有革命功绩者编，无革命功绩者遣。”具体方案是第一、第二集团军各编12个师；第三、第四集团军各编8个师；杂牌军共编8个师。
冯玉祥计划与中央军并重，压制晋、桂。蒋介石自不愿西北军与中央军平起平坐，晋系、桂系也不甘沦为二流。冯系多人在中央任职，为各实力派所不满，成为众矢之的，在会议上颇受孤立。阎锡山到南京后，何应钦即奉蒋命见阎，转告“蒋先生意思希望阎先生也提一个方案，在会上共同研究……蒋先生意思希望四个集团军的辖区外，再加上一个中央区”，阎表示赞成。桂系方面因曾逼蒋下台，特委会时期与蒋结怨最深，深恐被蒋首先吃掉，对编遣表现消极。李宗仁甚至提出“裁将”，他对蒋说：“裁兵不难，裁官难，裁高级军官尤难。”所以应首先停止募兵，对高级军官应使之出国考察或优给退休金或安排其他工作。
编遣会议正式开会时，阎锡山提出了事先获蒋介石首肯的方案：第一、第二集团军各编10个师，第三、第四集团军各编8个师，其他部队编8个师，另有6~8个师由中央处理。此案为大多数人所接受，蒋介石又建议再设一个东北编遣区，由张学良负责编遣东北军。
编遣会议通过了《国军编建条例》等一系列议案，明确规定全国兵额不超过80万人。但由于各军事领袖各怀打算，并无实质进展。冯玉祥在其方案被否定后，即对会议消极抵制，表示战事结束伊始，尚非裁兵之时，会未开完即托病不出，会议开完即回到河南。编遣会议最后决定成立编遣机构，指定何应钦、鹿钟麟、周玳、白崇禧为编遣主任委员。1929年1月25日，编遣会议举行第六次大会后，在闭会通电中宣称：“本党武装同志鉴于民生之困难，财政之竭蹶，列强之环伺，国族之凭凌，痛定思痛，敢不谨承总理遗志，为矫昔日军人拥兵自卫，分割地盘之恶习，树立全国统一初基。”
为编遣工作而设立的机关，在中央为国军编遣委员会，于1929年下半年开始工作；在地方为编遣办事处、各编遣区特派员办事处及各直辖编遣区办事分处。不久，蒋介石下令将国民革命军总司令部与整理委员会一律撤销，成立中央与第一编遣区办事处。随后爆发的蒋桂战争与第一次蒋冯战争使编遣工作一度中断。7月10日蒋介石、阎锡山、张学良于北平开会，决定重新启动编遣工作。7月16日，编遣委员会召开第十六次常会，决定于8月1日召开编遣实施会议。此时南京方面所控地域已达两湖、两广及鲁、豫各省，故蒋介石对编遣信心十足：“现在时局早已稳定，政府人民心理一致，各方服从中央命令，今后共图切实建设，各方编遣不分先后，只要军饷有着，遣散士兵有出路，其他决无问题。”
编遣实施会议前后，由于桂系瓦解，冯系遭受重挫，南京政府控制的地域大为扩大，中央权威空前高涨。编遣实施工作于1929年7月1日起从第一集团军开始，由军事整理委员会主持，蒋介石、何应钦分任主任、副主任委员。第一集团军原有20个军，兵额55万人。在东南的主力部队编成13个师，1个骑兵师，2个独立旅，2个炮兵团等，总额为20万人，加上在华北之部队共36万余人。第二集团军8个方面军共缩编成20个师，加上其他部队总数26万余人。第三集团军缩编为12个师，6个独立旅，加上其他部队共22万余人。第四集团军共编为13师，2个旅，共23万人。东北部队共编为步兵32个旅，骑兵7个旅，加上其他部队共24万人。各部编遣工作完成后，均进行点验，考察部队人数、装备、军容及历史。为保证发行编遣工作有足够的经费，财政部专门发行了“民国十八年编遣库券”，总额为7000万元（一说为5000万元），主要以对折或6折向银行抵押，其实际得款当在3500万元以上。这笔库券最终只有部分被用在编遣上，其余被转用于内战。
编遣会议原为消弭战祸而设，不意却因打破原有平衡而激起战争。此后国民党内各派军事力量兵戎相见。8月，西北军和桂系先后与南京抓破脸皮。1930年3月，中原大战即将爆发。中原大战后，冯、阎、桂的部队因战败大部被蒋收编，余部局促于山西、广西等处，南京直辖部队达60个师以上。1930年12月，编遣委员会宣布结束其使命。
（二）蒋桂战争
编遣会议未能达到和平编遣的目的，反而激化了各派系间的矛盾。会议结束后，冯玉祥负气去河南“养病”，蒋、冯关系疏远，但战火却先在蒋、桂之间展开。
桂系与蒋介石结怨甚深，对编遣会议早已不满，其领袖人物认为蒋、冯失和，蒋失一臂，反蒋机会业已到来。此前西北军主力驻在中央军与桂系之间，若蒋、冯联手，桂系随时有被击垮之虞。李宗仁、白崇禧认为只要西北军中立，桂系以李宗仁率部沿江而下，白崇禧率部由北向南夹击，蒋介石必垮无疑。在蒋介石看来，桂系握有两广、两湖及华北一部，地域甚广，威胁江浙，是心头大患，加上“逼宫”之恨，冯玉祥愤而离京之后，蒋曾约李宗仁共同讨冯但为李拒绝，蒋遂决意先平桂系。
蒋桂战争首先在湖南爆发。1928年5月，鲁涤平为湖南省主席，何键为湖南“清乡会办”。两人虽同出湘门，但矛盾很深。鲁涤平为谭延闿部属，与南京较近，企图借“剿共”为名把何键排挤出湖南。何键则向李宗仁报告蒋介石正在给鲁涤平部运送军火，李大为震惊，命何键与桂系另一高级将领胡宗铎赴北平向白崇禧汇报。桂系之所以对鲁涤平与南京接近大为恐慌，是因为湖南是两广与湖北的必经之路，一旦为蒋切断，桂系主力将四面受敌。1929年2月13日，何键再向桂系将领报告，他截获了一批南京运给鲁涤平的军火。桂系认为事态严重，又鉴于国民党中央决定3月15日前撤销各政治分会，乃决意先发制人，一举解决鲁涤平。2月21日夏威、叶琪分率所部直扑长沙，攻击鲁涤平。次日，桂系主持的武汉政治分会以“把持税收”、“'剿匪’不力”为由免去鲁涤平湖南省主席、第十八军军长之职，任命何键为湖南省主席。鲁涤平被迫将所部撤向江西，自己乘船赴南京。此为震惊一时的“湘案”。
事件发生时，南京方面提出了“各军退回原防，鲁涤平回湖南”，“改组湘鄂政府”。桂系主力第七军系李宗仁等一手训练出来的部队，战斗力极强，善于奔袭、强攻，北伐后几乎无役不与，从广西一路打到山海关，在北伐军中有“钢军”的美誉。但李、白顾虑一旦开战，冯玉祥从侧背攻击武汉，所以表现得硬中有软。李宗仁于3月10日发表谈话，表示将撤去武汉政治分会和第四集团军总部，表示“此时湘省事变，乃纯为消弭赤祸，出于万不得已之举，亦全属整理内部问题，决不致牵动大局”。1929年3月8日，李宗仁致电南京国民党中央党部，请辞去国民政府委员。蒋介石尚希望事情能够转圜，3月9日，蒋复电李宗仁：“望兄即日来京，以安大局。”
蒋介石看准了桂系构成复杂、战线很长、易于分化的特点，在军事行动之前做了大量的工作。北方桂系由白崇禧统领，主力为李品仙的第51师和廖磊的第53师，皆系西征唐生智时自第八军收编而来，军人普遍对受桂系控制不满。蒋介石派被白免职的刘兴到北方活动，再策动唐生智重返旧部。结果，就在白崇禧计划率师南下浦口时，其部下公开哗变，有人甚至要把他绑到南京请功。白只得在廖磊帮助下化装由塘沽黯然南下。白氏一走，部队随即被唐生智掌握。桂系在北方的势力全部瓦解。
驻湖北的桂系部队也存在不稳定因素。根源在于桂鄂军人不合。由于李、白提倡“鄂人治鄂”，故大力提拔湖北籍的胡宗铎、陶钧等。胡、陶二人不知收敛，不仅自己大发横财，其部队待遇也大为改观，引起桂籍军官不满。其中以李明瑞反应最强烈。李的表哥俞作柏因不为李、白所喜被迫离开军队。蒋介石先后派郑介民、周伯甘去武汉活动。周本人是李明瑞昔日同窗好友，与李一拍即合。李明瑞又联络了杨腾辉等人，约好战事一开就共同倒戈。
蒋介石的最后一个目标是李济深。李济深是广西苍梧人，被目为桂系中人，他又曾长期任粤军高级军官，广东实力派陈济棠、陈铭枢等人多为他的旧部。蒋介石要消灭桂系就必须使李济深不能发挥作用，否则两广联合出兵北上，战局尚未可料。蒋便以请求李济深参与“调停”为名，邀其北上。李济深先至上海与李宗仁会面，后者曾劝他不可进京，但李济深在蔡元培、吴稚晖的力劝下入南京。蒋介石在军事布置完成后，于3月21日，设下“鸿门宴”，将李济深囚禁于汤山。
此时，南京方面已完成了对桂系的分化工作。冯、阎表示不支持桂系，蒋介石已有战而胜之的把握。他于3月20日表示：“两湖事件，断非局部的问题，而为使党国之根本陷于危局之大问题。此问题之里面，有地方军阀之反革命的阴谋，若置之不问，则全国之革命统一绝望，吾等从前虽向来愿望和平解决，但今日事已如此，除采断乎处置外，别无他策。”此前蒋介石已密令第一集团军向前线集结，以刘峙部驻于英山及其以北地区，以朱培德部集中于九江、南昌、高安一线。3月21日，编遣会议决定免去叶琪、夏威军职。
桂系也不甘示弱，不仅继续攻击鲁涤平部，对其他亲南京的湖南部队也不放过，并摆出了一副求战的架势：以胡宗铎为鄂军总司令、夏威为总指挥，以夏威部集于岳州、威宁一带；派军于武汉附近之李家桥、洪山纸坊一线驻扎，并构筑工事；以何键扼守湘东南边界；陶钧部集中于麻城、孝感、广水、武胜关一带。桂系向湖北银行、商会筹集350万元军费，并令两广部队向北开拔。3月25日向驻英山之中央军发起攻击。
3月26日，国民政府下令免去李宗仁、李济深、白崇禧本兼各职，下令讨伐桂系，蒋桂战争爆发。蒋要求冯玉祥参加对桂系作战，冯对此模棱两可。冯在日记中写道：“关于出兵，论公论私，皆不能使蒋独任其艰，我方可出兵十三万，留十四万维持地方安宁，唯蒋不惮歛天下之怨，而党权亦一人独握，纵能战胜桂系，吾恐继之而起者，仍将大有人在，殊令人不无怅怅耳。”冯玉祥既不能得罪蒋，又欲保存自身实力和地盘，不敢自择。
27日，蒋介石指责桂系“不但叛党，且不明党义，不知革命，只知有权有地盘”，并表示将率军亲征桂系，“如不消灭桂系，决不再与各同志见面”。同时，广东将领陈铭枢、陈济棠等发表通电拥护南京。冯玉祥接受南京方面的财物接济，并被蒋所许以的两湖地盘打动，西北军将领韩复榘、石友三、张自忠、万选才等向武汉进兵。28日，蒋介石公布“讨逆军”序列，以何应钦为总参谋长，第一路由刘峙率领，第二路由朱培德率领，第三路由韩复榘率领，陈调元指挥总预备队。30日，蒋介石下达了对桂系的总攻击令。
战事一开，蒋介石对桂系的分化手段显出成效。李明瑞因受到怀疑，其部队被监视，遂加快了倒戈步伐。4月2日，李明瑞召集所部连以上干部训话称，现在又有新军阀起来了，蒋介石、胡宗铎就是。胡等人自从到了武汉就横征暴敛，包烟包赌，无恶不为，大发横财，哪有一点革命气息？即使我们打败了蒋介石，还不是为胡宗铎这些新军阀制造机会？李明瑞的话，自然被那些既恨蒋介石又不满鄂籍当权者的桂籍军官所接受。他随即把部队开至孝感一带。次日，杨腾辉、梁重熙、黄权等先后率部前来与之会合。随即李明瑞、杨腾辉被南京委为第15师和第57师师长。
夏威、胡宗铎等见大势已去，决定向鄂西撤退。蒋介石自不容彼有喘息之机，于4月7日令张发奎、朱绍良分路追击。4月11日，又发表《告桂系军队书》，以重赏招降。15日夏威、胡宗铎等抵不住蒋介石武力进剿与金钱收买并用的方针，联名通电下野，被迫离开部队，所部被张发奎包围缴械，叶琪等部也被改编。至此，第四集团军瓦解，桂系庞大的武力只剩下北伐时留守广西的黄绍竑部，约10团人。
蒋介石要对桂系斩草除根。5月1日，黄绍竑接到蒋介石电令：（1）将李、白解送南京；（2）广西不得收编自武汉退回之部队；（3）广西部队缩编为两师；（4）上述事体办成后，黄绍竑得为广西编遣副主任。退回广西的李、黄、白开会讨论，认为与其坐以待毙，不如索性孤注一掷。黄绍竑随即复电何应钦，指责蒋介石“逼人太甚”。5月5日，李宗仁就任“护党救国军”总司令，通电讨蒋。
蒋介石即命何键、陈济棠由两面夹击广西。桂系决意先打败陈济棠，再回师迎战何键。战事之初进展颇为顺利，桂军先是强渡北江击溃香翰屏部，5月20日又挫余汉谋部，但战斗陷入胶着状态，而何键所部湘军入桂甚快，桂系乃不得已回师，并一度收复了桂林。蒋介石见湘军失利，遂将李明瑞、杨腾辉两部开往前线，龙云又从贵州方面入桂，此时桂系已无兵可调，败局已定。李宗仁、白崇禧等不得已流亡海外，伺机再起。第一次蒋桂战争以蒋介石取得全面胜利而告终。
（三）蒋冯战争与西北军的瓦解
编遣会议前，冯玉祥与蒋介石关系较密切，但冯玉祥对蒋介石收编直鲁军及平津接收的安排等举措不满，感到西北军在北伐中出力很大却处处遭受排挤。编遣会议前，冯设想借机为西北军谋利益，不料其方案被各方反对，如意算盘落空。他对编遣会议结果极为不满，会后即离京赴豫，不久又通电辞去军政部部长职务。蒋、冯分歧迅速加大。1929年3月15日，国民党第三次全国代表大会在南京开幕，冯玉祥不仅拒绝参加，而且指使河南省党部公开反对南京指定与会代表的做法。
蒋桂战争爆发在即，冯玉祥既恨蒋介石，对桂系在编遣会议上对他的冷嘲热讽态度也极为不满，认为双方皆系“南军”，彼此打仗对西北军有利无害，所以“湘案”后，冯玉祥不表态，希望坐山观虎斗。蒋介石鉴于西北军驻防地与桂系相连，唯恐战端一开，冯玉祥会倒向桂系，先后派出邵力子、马福祥等前往西北军联络，劝冯联合反桂。蒋介石除增加对西北军的金钱、军火供给外，还许诺将来由冯玉祥出任行政院院长，两湖地盘划给西北军，并答应尽快交涉山东问题，山东归西北军，满足冯玉祥长期以来想有一个出海口的愿望。冯玉祥因此改变原来“中立”的态度，转而支持蒋介石，公开表示：“玉祥服从中央，始终一致。”冯许诺将以韩复榘统13万大军南下夹击桂军。冯玉祥判断蒋桂一旦开战，必定是场一时难分胜败的持久战，因为中央军数量、装备均居优势，又有江浙提供丰厚的财源与“正统”的地位。而桂系兵力虽处下风，但一向骁勇善战，李、白又是出色的战将。冯玉祥的如意算盘是待双方斗得两败俱伤之际，寻机扩大西北军的地盘。他表面上支持“中央”，声讨桂系，暗地里密令其东线部队向徐州靠拢、石友三部进驻南阳，又命令配合中央军的韩复榘兵至武胜关后即按兵不动。
蒋桂战争的进程之快出乎冯玉祥的意料。桂系败局已定时，冯玉祥立即派员去南京，要求蒋介石履行诺言。蒋介石以发现冯玉祥与桂系有“勾结”为由，回绝了冯玉祥的所有要求。冯玉祥借蒋桂战争获利的企图受挫，对蒋介石过河拆桥的做法十分恼怒。
使冯玉祥公开反蒋的是争夺山东的失败。北伐过程中，攻占山东功勋最著者为西北军孙良诚部，孙也因此获授山东省主席职。其时济南问题尚未解决，日军仍驻于济南及胶济线，孙氏不得不开府于泰安。中日双方经过艰难交涉，终于在3月26日达成协议，从4月10日起双方分段接收：第一步先接收济南至博山一段，第二步再接收博山至青岛一段。冯玉祥认为接收完成后，山东自然归于西北军名下，立即派郑大章、席液池两部赴鲁。但蒋介石却自汉口发出指示，认为孙良诚部素质不良，为防与日本惹起问题，接收济南及山东铁道，须由中央另派定负责人员。蒋介石还命令方振武、刘珍年部进驻潍县以东，牵制孙良诚。冯玉祥欲获出海口之计划再度破灭，气愤之下，遂令孙良诚率部撤出山东，孙并辞去省主席职。5月1日，蒋介石任命陈调元为山东省主席。蒋、冯矛盾已尖锐至无法回旋的程度。
5月19日，冯玉祥在陕西华阴召开军事会议，向西北军高级将领列举了蒋介石四大罪状：（1）指定三全大会代表；（2）对日交涉丧权辱国；（3）各军待遇不平；（4）不赈济西北灾荒。会议决定由冯玉祥就任“护党救国军”西北路军总司令，与已处颓势的桂系遥相呼应，向蒋介石开战。冯玉祥还通电蒋介石，劝其践其前言，“功成身退”，即立即下野出国。在战略上，西北军接受了桂系因兵力分散、战线过长而迅速失败的教训，将山东、河南各部撤至陕西，以“缩回拳头”。为阻止中央军快速推进，冯玉祥拆毁了豫鄂、直豫及徐豫交界的铁路，炸毁武胜关隧道、归德以西之桥梁以及黄河铁桥。此举有一定军事意义，因对社会经济与民众生活影响极大，激起全国舆论一致指责，西北军此后的失败与此不无关系。
蒋介石获悉西北军的动向后，于5月20日表示，“无论他们怎样动作，中央一定很镇静，并且中央相信确有把握可以平定一切的叛逆”，“中央彻信虽到苦斗恶战，终有胜利可言，反动派一多，方显出革命力量”。在军事上，蒋介石做好了武力解决的准备，集结中央军主力于豫西、鄂西及平汉、陇海线一带，令朱培德部集结于徐州、开封，刘峙部集结于信阳、襄樊，唐生智部集结于洛阳、郑州。同时，蒋介石再次施展政治手法分化与瓦解西北军。
在西北军中，以孙良诚、韩复榘、石友三所部战力最强。孙良诚对冯玉祥忠诚，难以拉拢，故蒋介石以冯系的两员大将韩复榘、石友三为主要分化对象。韩、石两部作风剽悍骁勇，常被冯用作预备队，投入最困难的战斗，几乎攻无不克。冯玉祥带兵以严著称，视高级将领为儿辈，只许服从，稍有不顺，便当责骂，甚至杖责。西北军局促于西北时，这种做法还能行得通。北伐时南北军队交流颇多，南军内部较多注重人格平等，反对军阀作风，西北军将领对冯玉祥的家长作风开始产生不满，为蒋介石分化西北军提供了思想基础。西北贫瘠加上冯玉祥本人的清教徒作风，使得西北军官兵待遇颇低。当中央军着雨衣避雨之时，西北军只有军官才有破伞，这是蒋介石分化西北军的物质基础。当他以金钱相诱之时，西北军上钩者不乏其人。
韩复榘本为冯玉祥“十三太保”之一，彼此十分信任。北伐后冯虽让韩出任河南省主席之职，却削夺了其第20师师长之兵权。华阴军事会议召开之际，韩不愿再到西北吃苦，向冯请命直捣武汉。但冯玉祥主张收缩，两人发生矛盾，韩复榘不仅遭冯辱骂还挨了打。蒋介石将韩复榘召至武汉行营，亲至车站迎接，赞其为“常胜将军”，温言劝勉，赠予重金。韩产生了叛冯之心。华阴会议后，韩复榘即潜至第20师驻地，拉走旧部，脱离冯玉祥。韩于5月22日在洛阳发出通电，表示“国家多难，纲纪崩摧，复榘武人，惟知服从命令，（冯玉祥）交通破坏，事前毫不得闻，固已昭然若揭，联衔攻国府，非复榘所晓……业于二十二日将陇、石田各师约集十万余人集中洛阳，敬候命令”。
石友三也被蒋收买，将部队从南阳拉到许昌，通电拥蒋反冯。韩、石拉走的十多万军队皆系西北军精华。蒋介石立即嘉奖韩、石二人，委韩为河南省主席，石为安徽省主席，并赠50万为两部的活动经费。在蒋的策动利诱下，西北军的刘镇华、杨虎城、马鸿逵等也先后附蒋反冯。西北军势力受到严重削弱，冯玉祥本人由统数十万兵、握数省地盘的统帅沦为“光杆司令”。他们的叛离是西北军瓦解的开始。
舆论上，南京的宣传机构展开了大规模的反冯宣传攻势，攻击其破坏交通线路桥梁之举。5月23日，国民党中央执行委员会常务委员会以“破坏统一，背叛党国”为由，开除冯玉祥党籍。国民政府五院院长及唐生智、何应钦等高级将领纷纷通电指责冯。蒋介石发表《告二集团军将士文》：“诸将士原隶二集团军，但皆中华民国之将士，非冯氏个人之将士也。冯氏与诸将士，固有历史之关系，惟此历史必依托于革命而存在。今冯氏叛迹昭著，已自绝于革命，即不啻自毁其历史，诸将士不当徒念其私人旧交，而忘国家大义也。”
1929年5月24日，南京国民政府下令免除冯玉祥本兼各职并通缉，命令为：“冯玉祥背叛党国，逆迹已著，无可再于宽容，冯玉祥应即免去本兼各职，着京内外文武机关一体协缉拿办。”5月25日，蒋介石致电冯玉祥，以“结拜兄弟之情”劝其下台：“无论吾兄对弟之态度如何，而弟决不忍坐视兄之临涧危崖不救也……如愿涉历海外，增益新知，或优游休养……必有成全只之志愿，保障兄之安全。”同日，韩复榘、石友三、庞炳勋等原西北军将领发表通电，指责冯本人：“乃有野心分子，妄起干戈，破坏和平，延长民众痛苦，是否利欲熏心？……天下为公，本非一人之所有。民众武力，岂是个人所私？”冯玉祥陷入众叛亲离之境，阎锡山致电冯玉祥，邀其同游海外。冯玉祥决定就势下台，暂避蒋介石咄咄逼人的缨锋。他于27日通电“洁身引退，以谢国人”，随即赴晋“读书”。冯玉祥的暂时退让，使蒋介石一时失去军事进攻的理由，蒋、冯之间一场剑拔弩张的争夺演变成蒋、阎、冯三方政治分合的活剧。
蒋冯战争以冯的迅速失败而结束。蒋一面对冯加强攻势，一面在政治上不断阐明加强中央政府权力集中的重要性。6月7日蒋在《和平统一为国民政府惟一之政策》中谈道：“盖民国以来，循环内乱，迄无了期……非根本扑灭地方封建地盘之思想不可。……凭借有主义有组织之中心势力以树立强固而有力之中央政府，真今日保障和平惟一之利器也。”
冯玉祥到山西后不久即被阎锡山软禁起来。阎想挟冯向蒋讨价还价。冯即指示西北军向蒋介石靠拢，鹿钟麟、唐悦良、薛笃弼等纷纷到南京就职。蒋介石还给予西北军一定物质帮助。阎深恐蒋、冯联手打击自己，是年中秋节到冯处向冯认错，约其共同讨蒋，冯乃令宋哲元等人克日举兵。
1929年10月10日，西北军将领宋哲元、石敬亭、孙良诚等27人联名通电，列举蒋介石六大罪状，宣布“蒋氏不除，中国必亡”。冯军以宋哲元为总司令，兵分石敬亭、孙良诚、刘郁芬、宋哲元、刘汝明、庞炳勋、张维玺、孙连仲所率共八路。11日，国民政府下令讨伐西北军，14日，蒋发表告全国将士书：“各将士须知，冯系逆军，乃中国统一之最后障碍。逆军叛变，又为反动势力之最后挣扎……汉贼不两立，革命不革命不共存。我不消灭逆军，即将为逆军所消灭。”
10月19日，冯军以主力石敬亭、孙良诚、庞炳勋、宋哲元沿陇海路东进，24日宋哲元进驻洛阳。在西北军的猛攻下，蒋军全线动摇。但26日阎锡山声明支持中央，蒋军开始反扑。10月30日开始双方在黑石关、登封、临汝一带展开空前激战，冯军不支被迫后撤。11月3日蒋赴许昌督师，以唐生智为总指挥，节制河南“讨逆军”各部，分为三路展开总攻。战事紧张之际，宋哲元与孙良诚相互猜疑，宋引兵后撤，孙氏不得不撤退，西北军全线崩溃。此时南方桂军攻击广东，蒋介石决定暂不解决西北军。
1930年1月，冯再度指示宋哲元等人向蒋示好，同时联络韩复榘、石友三约定共同讨阎。阎见形势不妙再至冯处，又获冯之谅解，双方约定“同生死，共患难，反蒋到底”。冯回西北后即要求举兵，但西北军将领多不同意。他们指出，阎没有信用，是西北军的大仇人，而且约定与韩、石共同讨阎，不能没有信用。但冯置之不理，西北军将领对冯不满亦无可奈何。
中原大战爆发后，冯不听部下劝告倾巢而出，8月战局不利时，又不听劝将部队撤至西北，反而将主力集中于河南，卒被蒋包围。吉鸿昌、梁冠英、葛运隆投蒋后，冯军全线崩溃，一部跟冯入晋，一部被包围，后悉数被改编。在西北，杨虎城趁冯军主力不在之机占领潼关、西安，西北遂失。冯玉祥原希望能保存十个师于河南、陕西，但蒋不允，反将西北军余部分调他处、化整为零，自此西北军不复存在。
（四）中原大战和扩大会议
蒋冯战争进行期间，第二次蒋桂战争爆发。重新掌握桂政的李、黄、白与张发奎以“护党救国军”名义，于1929年11月下旬挥师进兵广东。在接近广州时，粤军在蒋介石帮助下发起反攻，桂军吕焕炎部叛变，张桂军迅速退回广西，第二次蒋桂战争进行不到一个月便告结束。在蒋冯战争中为蒋介石出了大力的唐生智野心复萌，在改组派的联络下，与受蒋介石排挤的石友三、韩复榘约定共同反蒋。12月2日，集结于浦口准备南调广东的石友三部突然发动兵变以大炮轰击南京，石本人随即通电就任“护党救国军”第五路军总司令，唐生智立即起兵响应。其后石友三并未进攻南京而是率军北还，唐生智则在蒋、阎的联手打击下部队全部丢光，本人仓皇出逃。至此，各军事实力派的反蒋活动均告失败。
在历次反蒋战争中，阎锡山始终站在蒋介石一边。由是阎锡山地位不断提升，由内政部部长升任海陆空军副总司令，节制西北讨逆各军。中央之监察部部长、军政部部长、内政部部长也由晋系人员担任。但阎本人深知，蒋介石不过是利用自己，一旦失去利用价值，自己的好日子也就到头了。果然，还在蒋冯战争进行之际，蒋便收回平津税收之权。阎想发行省内公债以弥补北伐时山西银行的垫款，又为蒋所不许。阎锡山对钱一向最在意，他再也坐不住了，他讲：“中国人我最怕的是袁世凯，因为他是最聪明、最凶恶的一个家伙。他把辛亥革命时期的都督不是杀掉，就是赶走，而我却能够把袁世凯应付过去。以前我以为蒋介石还可以相处，不料他这样排除异己，居然逼到我的头上来了。”阎认为，李、冯、唐已遭重击，蒋介石下一个打击对象一定是自己，中央军接连作战，定已疲惫不堪，自己出面讨蒋是其时矣。
1930年2月10日，阎锡山发出“蒸电”，指责蒋介石诛灭异己，造成“党内之纠纷愈烈，军之恐慌愈甚”，指出“我总理以中西文化精神，创造三民五权之最高原则，实足为世界开大同先例。不幸粤沪分裂，三全异议，理论各执一端，祸变相寻不已，言之慨然。为今之计，礼让为国，舍此莫由，锡山窃愿随钧座共息仔肩”。此电一出，全国震动。蒋介石于2月12日复电“革命救国，本为义务非为权利，权利自当牺牲，义务不客诿卸”。反蒋各派闻风而动，是月28日，阎锡山、冯玉祥等30余人开会于太原决定联合讨蒋。3月13日，冯、阎、李三派57将通电：“蒋先生鉴：北伐告成，我公正位中枢，已逾一载。伊考其时，宜若何为？然而党争，兵争，纠纷靡已，举国骚然，亿兆愁苦；内失统一之力，外无御侮之能，战祸连绵，生灵涂炭；人无乐生之心，国有累卵之危。”3月15日，鹿钟麟、商震、黄绍竑等53人再度通电：“钟麟等刻已陈师鞠旅，申讨蒋中正，拥护阎冯张李诸公讨贼。”4月1日，阎、冯、李分别通电就任“中华民国军”正副总司令。阎并通电：“古有挟天子以令诸侯者，各国必起而讨伐之；今有挟党部以作威福者，全国人亦当起而讨伐之。”
蒋介石于2月即感山雨欲来，遂命顾维钧赴关外联络张学良，并许打败反蒋派后，北方归张。张学良对冯玉祥不满，又认为阎锡山反复无常，不足以成事；另一方面，张因中东路事件也对蒋不满，唯恐大军入关引起东北空虚、日人进犯，故采取了观望态度。3月1日张学良通电反对蒋介石动武，此举无疑激励了反蒋派。
蒋介石见战事已不可免，于4月5日下令免去阎锡山本兼各职，随后国民党中央执行委员会常务委员会永远开除阎之党籍。5月1日，蒋介石下达总攻击令，中原大战爆发。针对此次大战的发生，有舆论认为，蒋“乃不幸其人不学无术，以偏私之道治军事，且行贪婪之政，遂致国家再乱”。矛头直指蒋的作为不当。
反蒋联盟控有河北、山西、察哈尔、绥远、宁夏、青海、陕西、甘肃、广西、皖北豫东及平津两市。南京方面则有江苏、浙江、江西、山东、福建、湖南、广东，上海、广州、汉口三市及豫皖一部。反蒋军总数约70万人，以冯（约30万人）、阎（约20万人）为其主力，再加上张桂军、石友三等部共5个方面军。冯部分为3个军团，由孙良诚、刘郁芬、宋哲元分别指挥。阎军分为四路，由孙楚、傅作义、杨效欧、张荫梧任指挥官。
中央军兵力略多于反蒋派，兵分四路，分别是韩复榘部、何成浚部、刘峙部、陈调元部，其中以刘峙部为中央军精华，担任主攻任务。蒋介石拟以主力沿陇海路西进，力图在归德一带歼灭冯、阎主力。反蒋联盟方面以晋军沿津浦路攻击，冯军主力及阎军一部加上孙殿英等部集中于陇海路，并在平汉路以东、陇海路以南配置强大机动部队。
战事开始之后，中央军陈诚、张治中、陈继承、冯轶裴等主力全力进攻河南之晋军孙楚、杨效欧部。双方在兰封展开激战，阎军不支被迫后退。冯遂调孙良诚、吉鸿昌、庞炳勋从左路攻击，击溃陈诚；刘春荣、石友三等从右路攻击，击败陈调元，蒋军全线溃退，但冯未下令全力追击，双方遂相持于定陶、民权一线。平汉线上，冯令孙连仲、高树勋、张自忠迎击北进之何成浚部，何被打得大败。若冯此时以主力南下，当可和张桂军会师于武汉，但冯却将主力调至河南。津浦路上阎军乘蒋主力西调之机，于6月25日克济南，但也未全力南下。
张桂军入湘后，蒋介石调粤军蒋光鼐、蔡廷锴部在后尾随，自江西调第九路军会同湘军第十路军由两侧合围，并以何应钦坐镇武汉指挥两师部队，阻其入鄂。张桂军克岳阳后，由于黄绍竑部未按原定计划行军，被粤军一分为二。7月1日张桂军与粤军决战不利，被迫南撤，成为整个战争的转折点。蒋介石遂将对付张桂军之蒋、蔡等部调到北方，调整部署，避开难打之冯军，以主力沿津浦路北进，阎军不支。8月15日，中央军克复济南。同时冯玉祥亦决定决战，于8月6日起集中主力向徐州进攻，此即“八月攻势”。冯军连战7日，但苦于大雨连日，补给困难，再加上阎军徐永昌部突然撤离战场，导致攻击顿挫，冯军陷入泥潭。
1930年9月18日，张学良率东北军进军山海关，阎军撤退，冯军孤立。中央军津浦路得手之后，即将主力移向河南。9月11日，总攻开始。10月6日蒋军克郑州，9日克洛阳，冯在中原之主力全部瓦解，15日阎、冯通电下野。25日中央军克潼关，29日再克西安，中原大战结束。
反蒋联盟不仅在军事上挑起中原大战，在政治上汪精卫改组派、西山会议派与军事实力派也联手组成了扩大会议以再造国民党领导机构，与南京国民党中央对抗。扩大会议的活动以改组派为主。1929年3月，汪派发表宣言，否定三全大会代表的合法性。三全大会后，改组派先后组织了“中国国民党护党同志大同盟”、“中国国民党各省市党部海外总部支部联合办事处”等反蒋组织。1929年9月，由汪精卫领衔，改组派又自组国民党第二届中央执行委员会，并任命各路护党救国军总司令。是年12月，汪被开除国民党党籍。西山会议派在影响上远不及改组派，但与冯、阎关系密切。改组派起初指望张桂军能成功以便在广州另立中央，与西山派看法相左。张桂军失利后，在阎锡山的斡旋下，汪派不得已才与西山派言归于好，最后决定沪二届与粤二届皆为正统。
1930年7月13日，中国国民党中央党部扩大会议在北平宣告召开，邹鲁、谢持、覃振、陈公博、王法勤等10余人出席，发表联合宣言：痛斥蒋介石托名训政，以行专制；人民公私权利剥夺无余，甚至生命财产自由，一无保障，以致党既不党，国亦不国；表示要“为本党去此败类，为国民去一矛贼，以整个的党，还之同志，统一之国，还之国民，在很短期间必期依法召集本党全国第三次代表大会”。7月22日，汪精卫抵天津，发表五项政治主张：（1）要求蒋介石“自动下野”；（2）希望阎锡山任国民政府主席；（3）发展民主政治，“党内各派联合，以扶助民权发达”；（4）扶助民众组织，实行地方自治；（5）呼吁日本支持反蒋联盟。
汪的到来，给扩大会议以极大鼓舞。7月28日，扩大会议办事处通电发表处理党政的七项基础条件，作为其基本的政治主张：（1）筹备召开国民会议，以各种职业团体为构成分子。（2）按建国大纲制定一种基本大法，确定政府机关之组织及人民公私权利之保障。此基本大法由国民大会表决。（3）民众运动、民众组织应按建国大纲地方自治做起。（4）各级党部对政府及政治，立于指导监督地位，不直接干涉政务。（5）不以党部代替民意机关。（6）总理遗教所谓以党治国，乃以党义治国，应集中人才，收群策群力之效。（7）关于地方与中央关系，按照建国大纲采行均权制度，不偏于中央集权或地方分权。
8月7日，扩大会议在中南海怀仁堂召开第二次正式会议，决定扩大会议的核心机构，汪精卫、赵戴文、许崇智、王法勤、谢持、柏文蔚、茅祖权组成常务委员会；常委会下设组织部、宣传部、民众训练委员会，分别由汪精卫、顾孟余、覃振主持。同时发表扩大会议宣言，指责蒋介石“以党治之名，掩饰其个人独裁之实”，必须实行民主政治，政权不能由国民党独占，应向民众开放。
9月1日，扩大会议第五次会议决定成立新的国民政府，以阎锡山为主席，阎锡山、唐绍仪、汪精卫、冯玉祥、李宗仁、张学良、谢持等为国民政府委员。会议还通过了《国民政府组织大纲》16条，规定国民政府下设内政、外交、财政、司法、陆军、海军、教育、交通、农矿、工商及国营实业11部，以及中央监察院、军事委员会、最高法院、法制委员会、官吏惩戒委员会、考试委员会、蒙藏委员会、侨务委员会。该组织大纲为显示与南京国民政府不同，在相当程度上凸显了民主气氛，如增加各部联席会议以及强化了对官员的监督、惩戒、考核制度等。
9月9日，阎锡山在中南海怀仁堂宣誓就任“国民政府”主席。至20日，迫于东北军逼近北平，扩大会议迁至太原，其后主要工作是制定法律。
胡汉民认为训政时期不需约法，总理遗教即为约法。汪精卫等人则觉得胡的观点为蒋介石独裁统治提供了根据，制定约法便成了扩大会议的一项重要任务。9月15日成立了约法起草委员会，由汪精卫主持，顾孟余、陈公博、邹鲁、张知本、茅祖权等人参与。扩大会议迁至山西后，此项工作更受重视。10月27日《中华民国约法草案》（即太原《约法草案》）被通过，31日正式发表。该《约法草案》内容有以下几方面：（1）建国大纲为建国之最高原则；（2）人民的权利义务，由约法直接保障；（3）明确划分中央与地方权力，中央权取列宁主义，省可制省宪；（4）中央设全国国民代表会，为训政时期国民政府之顾问机构，宪政开始后则有创制、复决、弹劾、监督政府之权力；（5）省县设民意机关；（6）强迫普及教育制度，注重节制资本、保护劳工。该草案颇具民主特色，是扩大会议最为闪光之处，时人虽多对冯、阎、李起兵反蒋不满，但对太原《约法草案》则赞不绝口，蒋介石也被迫要求南京国民党中央尽快召开三届四中全会，确定召开国民会议、制定约法日期。
11月12日，反蒋联盟在军事上完全失败，扩大会议已无存在基础，遂于发表《国事基本主张》后结束。
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