1941年11月11日，山本五十六大将率宇垣参谋长、黑岛首席参谋等主要幕僚，乘火车离开东京前往位于山口县的岩国航空大队。在那里，他们登上了前来迎接的“长门”号战列舰。在此之前，已经有不少海军舰船陆续来到这里。小小岩国航空大队刹那间将星云集，阴云密布。
11月13日上午9时，联合舰队在岩国航空大队举行了开战之前最后一次作战会议。会议结束之后，有一张合影照片幸运地保留下来。虽然不太清晰，但还是依稀能够看出那些重要人物的面孔。照片的排次是这样的：
第一排都是司令长官：联合舰队山本五十六大将居中，左右一字排开第一舰队高须四郎中将，第二舰队近藤信竹中将，第三舰队高桥伊望中将，第四舰队井上成美中将，第五舰队细萱戊子郎中将，第六舰队清水光美中将，第一航空舰队南云忠一中将，第十一航空舰队冢原二四三中将。
第二排全是参谋长：联合舰队宇垣缠少将，第一舰队小林谦五少将，第二舰队白石万隆大佐，第三舰队中村俊久少将，第四舰队矢野加志三大佐，第五舰队中泽佑大佐，第六舰队三户寿大佐，第一航空舰队草鹿龙之介少将，第十一航空舰队大西泷治郎少将。
第三排的人大部分面生，是以联合舰队首席参谋黑岛龟人为首的各舰队首席参谋，分别对应为石冢千俊、柳泽藏之助、矢牧章、川井岩、宫崎俊、松村翠、大石保、高桥千隼。除了松村翠和大石保为中佐之外，其余都是大佐。
从名单可以看出，除了小泽治三郎中将的南遣舰队（并不隶属于联合舰队）外，准备参加南方作战以及袭击珍珠港的各舰队司令长官、参谋长、首席参谋均到场了。
由于是战前最后的动员会，会议气氛略显紧张和悲壮。就当前的形势来看，日本与美、英、荷开战已不可避免。这一天的会议结束之后，在场的所有人都将奔赴各自战场，他们中的一些人可能将不会再回来。
山本司令长官首先发言，他以最高指挥官的身份作了感人肺腑的训话，表明了自己亲临战场的决心。“诸君，未来的希望就寄托在各位身上了。此行不论成功与否，大日本帝国和天皇陛下都会将诸位铭记在心。我热切地盼望各位奋勇作战，杀敌立功，凯旋而归！但愿全军将士与本人同生共死！”
之后山本突然宣布了一项匪夷所思的命令：“如果目前正在华盛顿进行的日美会谈达成协议的话，那么在开战之日前一天凌晨1时以前，将命令撤回已经出动的部队。所有部队接到命令后，必须立即掉头无条件返回。”
立即有人提出了异议。第一个发言的竟然是原本战意不足的机动部队指挥官南云忠一：“已经出发的舰队还要返航吗？这个要求不尽合理，将使我们陷入被动挨打的不利局面，也势必影响广大官兵的士气。”
马上有人开始附和：“司令长官，事实上这是一种不切实际的要求，射出去的箭难道还能收回来吗？”
接下来的话就显得有点粗鲁：“这简直是让活人把撒出去的尿再憋回来！”
山本马上一挥手厉声呵斥道：“养兵千日，目的不是为了战争，而是要保卫国家的安全和维护和平。如果在座哪位认为无法执行上述命令的话，请于此时此刻立即递交辞呈！”
担任联合舰队司令长官两年多以来，还从没人看到过山本大将发过如此大的火。所有与会者面面相觑、噤若寒蝉。当然更不会有人真去写辞职书。
看到众人的情绪逐渐平息下来，山本也随即放缓了语气，语重心长地对大家说：“很好！诸位都是大日本帝国海军的精英，都知道誓死服从、效忠天皇陛下的命令。请各舰队按照原定计划做好战斗准备。另外我特别要求，准备参加袭击珍珠港作战的所有舰艇，必须卸下与作战无关的任何东西。由于集结地和所经路线的气候寒冷，各飞机副翼、方向舵、升降舵上都必须涂上防冻油脂。”
从11月16日开始，所有参加袭击珍珠港作战的舰只以“木户部队”为代号开始严格实施无线电静默，以不规则的时间间隔，取不同航线分批驶向北方的集结地。
11月17日早晨7时，“长门”号在没有护航的情况下缓缓驶出了岩国口，于下午13:40驶抵佐伯湾。下午15:00，山本司令长官登上了南云机动部队的旗舰“赤城”号，向即将出征的将士做最后的激励和告别。山本向列队站在“赤城”号甲板上的约100位各级指挥官作出了最后的训话：
“如果不得已开战的话，那么这次行动就是要在开战之初进攻远在珍珠港方面的美太平洋舰队主力，作战的成败将决定帝国的命运。”
尽管依然是那样的精悍，但山本大将也显示出悲壮的神色。他在对美开战问题上持反对意见，却又是袭击珍珠港的积极倡议者。正因为他充分了解美国的强大实力，才主张必须首先攻击太平洋舰队。在世纪之初的那场与俄国人的大海战中，山本还仅仅是一个初出茅庐的少尉候补生，并在那场海战中身负重伤。如今作为庞大帝国海军的最高指挥官，他将率领联合舰队在辽阔的太平洋上同美国誓死搏杀，一决雌雄。山本心里明白，即使袭击珍珠港能够取得成功，也只是暂时能在太平洋战局中争得主动，把战争时间拖得更长，最终日本仍无法逃脱失败的命运。眼前的这些忠勇之士连同他自己，都将在这场战争中失去生命。
“这次作战要在排除一切困难和出敌不意的情况下进行，作战计划正是基于这种思想制订出来的。但是要知道，美国太平洋舰队司令官金梅尔将军是一个具有远见卓识的杰出人士，他非常小心谨慎。因此可以猜想得出，对于将要发生的一切事态，他可能早已采取了周密的戒备措施，各位将士务必作好充分的思想准备。要想到这次作战将是一场硬仗，切勿掉以轻心。帝国的生死存亡全拜托诸位了！”
有着“黄金假面”之称的宇垣缠参谋长尽管在很多时间里都无所事事，但却有一个写日记的好习惯，他的日记《战藻录》成为战后研究太平洋战争的重要文献。当天晚上，宇垣在日记中写道：“山本司令长官的讲话甚为殷切，真是主将之言，感人肺腑。虽然将士们的脸上流露出某种吃惊的神色，但看来一般都很沉着，大家都已下定决心尽忠报国。尽管不能不预想到此举将会有若干牺牲，但愿神明保佑将能达到其目的。”
出征的将士们一个个血脉贲张，牙齿咬得咯咯直响。他们紧握双拳，激动的心情导致额头的青筋突突跳动，肌肉的痉挛使得面部表情极端可怖。山本大将突然走到飞行队长行列跟前，默默地同渊田海军中佐握手。两个人都一言不发：山本凝望着渊田，眼神中流露出无限的期望和绝对的信赖，渊田中佐则以必胜和誓死相报的目光回答了长官。
与此同时，在吴军港水交社的一个房间里，特种潜艇攻击队的官兵们正聚精会神地举行出击前的最后一次碰头会。山本司令长官派参谋有马少佐出席了会议。有马少佐再次向特别攻击队指挥官佐佐木半九大佐传达了山本司令长官的指示：“特种潜艇不必强行进入珍珠港内。必须在营救官兵方面能够采取有效措施，确保官兵能够顺利返回的情况下才能实施攻击。”特种潜艇的参战官兵留着热泪纷纷写下决心书，委托有马参谋转呈给山本长官：
海军大尉岩佐直治：“尽忠报国”。
海军中尉横山正治：“断然行之，虽鬼神亦避之”。
海军中尉古野繁实：“沉着、勇敢、果断”。
海军少尉广尾彰：“七生报国”。
海军少尉酒卷和男：“细心大胆”。
为了尽可能隐蔽行踪，参加南云机动部队的众多舰艇，都是以不同日期分批从自己的锚地向着集结地单冠湾进发的。在参战舰只一艘艘拔锚起航的时候，联合舰队的其他舰只则实施无线电佯动进行掩护。集结行动极为隐秘，各舰只有舰长一人才知道此行的目的地。
11月18日夜，南云中将的旗舰“赤城”号开始出发前往集结地。航母上实行了严格的灯火管制。在夜幕下，“赤城”号悄悄地由丰后水道南下。在福岛县盐屋崎附近，“赤城”号全部舰载机从母舰起飞，进行了最后一次实战训练。11月21日，“赤城”号在驱逐舰的引导下缓缓驶入了单冠湾。
第二航空战队“苍龙”号和“飞龙”号航母于11月18日中午12：00、第八战队重巡洋舰“利根”号和“筑摩”号于下午14：00分别驶离佐伯湾。19日上午9：15，行进到伊势湾洋面上的“苍龙”、“飞龙”、“利根”、“筑摩”号所有舰上人员列队在飞行甲板上，向着伊势神宫遥遥祭拜，祈祷大日本帝国武运长久。当天傍晚驶过东京湾海面时，秋雨正下得淅淅沥沥，大家又冒雨向皇宫遥拜。此行很可能一去不返，众人只能以这种方式向他们的天皇做最后的告别。
11月18日傍晚，从馆山湾出发的快速战列舰“比睿”号和17日从佐世保港出发的快速战列舰“雾岛”号，也在东京湾外会合后一起向着单冠湾驶去。第五航空战队航母“翔鹤”号和“瑞鹤”号也于19日凌晨零时从别府起航。
八艘主力舰中，独缺第一航空战队的航母“加贺”号。它另有特殊任务需要执行，那就是去运载舰队翘首以盼的改装浅水鱼雷。三菱兵器制作所加班加点连夜制作，到11月10日，才仅仅完成了28条鱼雷的改造。载有12架没有装弹鱼雷机的“加贺”号，也只能先从佐伯港赶到佐世保，停在工厂门口等待正在改造的鱼雷上船。到了11月18日，剩下那12条鱼雷的改造还是没有完成。眼看赶不上集结的时间了，实在没办法的“加贺”号只能把待改造的鱼雷、配件、工人和技术人员一起拉上，在海上边走边改。总算在出发的前一天，也就是11月25日如愿拿到了最后改造好的12条浅水鱼雷。
随着最后一艘大型战舰“加贺”号的到来，南云中将率领的以六艘航空母舰为基干力量的约三十艘水面舰船，已在北方荒凉的单冠湾集结完毕。
40条鱼雷算是有了着落，没想到炸弹又出了问题。水平轰炸机队使用的八百公斤穿甲弹是用战列舰406毫米炮弹临时改造的。炸弹倒是赶制出来了，但是机动部队快要集中的时候才发现，水平轰炸机原来的投弹装置根本装不上这种炸弹。还是老办法，让工人上舰，在机动部队驶往单冠湾的途中完成了投弹装置的改造。
所有参战舰艇上的私人物品以及不必要的设备全被留下，换上来的是一桶桶的燃油。通常当某个舰队离开日本时，舰上装的一般是适合炎热气候所穿的衣服，以及适合在南方气候条件下食用的特制食品。这次意外，除了那些物品之外，官兵们还带上了在寒冷气候下生存所需要的特殊物品，如棉衣、防冻油、特种炮衣和其它防冷设备等。除了极少数人之外，大部分人不知道，带这些玩意儿究竟要干什么。一些自以为聪明的水兵猜测，此行有可能是到北方去进攻俄国人。但马上有人提出疑问，那也不用连夏季的服装和设备都带上呀？
就在南云机动部队陆续向着单冠湾集结的时候，11月21日下午16：00，军令部作战部部长福留繁少将亲自登上了停泊在广岛湾柱岛的“长门”号，向山本司令长官面交了于当日下达的《大海令》。
《大海令》第五号
兹奉敕命令联合舰队山本五十六司令长官：
一、联合舰队司令长官应命令必要部队，为进行作战及时向待命的海面进发。
二、联合舰队司令长官于进行作战准备过程中，若遇到美国、英国或荷兰军队之挑衅，需行使武力进行自卫。
三、有关具体事项，听候军令部总长指示。
军令部总长永野修身
昭和16年（1941年）11月21日
山本长官根据上述指示以及同时下达的《大海指》第六号，于11月22日凌晨零时用电报下达了《联合舰队作战电令第五号》。根据这一电报命令，南云机动部队按预定计划于11月26日从单冠湾出击，向夏威夷远征。电报仍附有那个特殊条件：“根据形势变化，或者日美谈判获得成功的话，作战部队须根据命令立即集中返回驻地。”
千岛群岛中的国后岛横卧在南北狭长的日本列岛北端，同北海道东面的根室仅仅相隔一条海峡。由于一年中大部分时间都是烟雾蒙蒙，因此俄国人将这一片岛屿称之为“烟雾列岛”，日本人则称其为“千岛群岛”，以示其由无数小岛组成。其北侧国后水道对面的择捉岛是千岛群岛中最大的岛屿。该岛形状狭长，从东北向西南延伸。岛上只有一个小小的村庄、一个不大的水泥码头、一个邮局和一个无线电台。单冠湾位于择捉岛中部南岸，那里港湾水深，夏季浪涛汹涌冬季却风平浪静。海湾内有两个渔港，位于外部的叫年萌港，靠里面的叫天宁港。平时只有在渔汛季节，渔船才会到这里集中和分散，因此外人几乎不知道这两个渔港的名字。它们只不过是日本北方一个普通的荒凉港口而已。正由于此，这里就成了南云机动部队最理想的集结地。
荒凉的择捉岛尚不能自给自足，它需要靠班船从根室运来粮食。现在这里既然成了南云机动部队的集结地，那些班船肯定是不能来了。为了保障在此期间岛民的正常生活，海军专门派来了补给船，给岛民运来了粮食和其他生活必需品。为安全起见，那艘来自大凑警备府的“国后”号海防艇已提前来到单冠湾，关闭了镇上的无线电台和邮局，扣压了岛上所有外发的书信和电报，同时那些在单冠湾捕鱼的少许渔民也不许出海打渔或者离开。——真不错，不用干活就有人管吃管喝了。
根据命令，机动部队从这里出发后，所有被扣留的渔船以及补给船还有“国后”号海防艇将继续留在此处，执行和此前一样的任务。这些措施要一直持续到12月8日正式开战后才解除。
千岛群岛的冬天来得很早，十一月间就开始飘起漫漫飞雪。在漫长的冬季，整个岛上都覆盖着皑皑冰雪，静谧中透出一种祥和。已经习惯了平静生活的岛民，在这一年的冬天忽然发现了一件不同寻常的大事，一支庞大的舰队浩浩荡荡地开进了荒凉的单冠湾：一艘、两艘、三艘，数量还在不断增多。岛民织田浩二的小儿子一溜烟似地跑上了山坡，一五一十地数了一遍，——大小舰艇有三十艘之多，其中竟然还有之前只听说而未曾见过的巨无霸战列舰和航空母舰。
“出什么事了？”
“一定是要演习啦。”
“胡扯，我们家在这儿生活了几代人，从来没有见过什么海军来这里演习，肯定是要打仗了。”
就在岛民议论纷纷之际，11月23日下午13：30，第二潜艇部队担任警戒的三艘潜艇驶入港内，至此机动部队所有参战舰艇全部集结完毕。——这是自对马海战之后日本海军最大的一次集结。
机动部队的组成和指挥官是：
总指挥：南云忠一中将。
参谋长：草鹿龙之介少将。
海上空袭部队：司令官南云忠一中将。
第一航空战队：航母“赤城”号、“加贺”号，司令官南云忠一中将。
第二航空战队：航母“苍龙”号、“飞龙”号，司令官山口多闻少将。
第五航空战队：航母“翔鹤”号、“瑞鹤”号，司令官原忠一少将。
海上支援部队：
指挥官：三川军一中将。
第三战队：高速战列舰“比睿”号、“雾岛”号，司令官三川军一中将。
第五战队：重巡洋舰“利根”号、“筑摩”号，司令官阿部弘毅少将。
海上警戒部队：
指挥官：大森仙太郎少将。
轻巡洋舰“阿武隈”号，驱逐舰“谷风”号、“浦风”号、“滨风”号、“矶风”号、“不知火”号、“霞”号、“霰”号、“阳炎”号、“秋云”号。
先遣巡逻队：
指挥官：今泉喜次郎大佐。
潜艇“伊-19”、“伊-21”、“伊-23”号。
海上补给部队：
指挥官：大藤正知大佐、新美和贵大佐。
加油舰“极东丸”、“健洋丸”、“国洋丸”、“神国丸”、“极洋丸”、“东邦丸”、“东荣丸”、“日本丸”。
参与珍珠港作战但没有来到单冠湾集结的还有四支部队，他们的出发地是位于加罗林群岛的特鲁克基地：
先遣编队：
指挥官：第六舰队司令官清水光美中将。
第一潜艇部队：佐藤勉少将率领“伊-9”、“伊-15”、“伊-17”、“伊-25”四艘潜艇在瓦胡岛东北展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。
第二潜艇部队：山崎重晖少将率领“伊-1”、“伊-2”、“伊-3”、“伊-4”、“伊-5”、“伊-6”和“伊-7”七艘潜艇在瓦胡岛与考爱岛、莫洛凯岛之间的考爱海峡、卡伊威海峡展开，监视并伺机攻击美军。
第三潜艇部队：三轮茂义少将率领“伊-8”、“伊-68”、“伊-69”、“伊-70”、“伊-71”、“伊-72”、“伊-73”、“伊-74”、“伊-75”九艘潜艇在瓦胡岛以南海域展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。
特别攻击部队：
指挥官：第三潜艇大队司令佐佐木半九海军大佐。下辖“伊-16”、“伊-18”、“伊-20”、“伊-22”和“伊-24”号五艘潜艇，各携带一艘袖珍潜艇，在空袭前将袖珍潜艇放出，由其自行潜入港内，在第一次空袭开始后乘乱从水下发射鱼雷实施攻击。
要地侦察部队：
“伊-10”号负责侦察南方斐济、萨摩亚群岛方面，“伊-26”号负责侦察北方阿留申群岛美军的动向。
中途岛破袭部队：
指挥官：第七驱逐舰大队小西要人海军大佐，由“曙”号、“涟”号两艘驱逐舰和“尻矢”号补给舰组成，任务是炮击中途岛，策应主力舰队在珍珠港的作战。
