1、政策问题
在国家各级政府层面上，针对政府举办的中医馆(中医院)有标准，有支持，但对于民间的中医馆，还是没有非常明确的转入机制和准入标准，所以还是套用国家级标准，尤其是，以后民营中医馆的从业人员职称评定、界别确定、社会保障、审批标准等问题急需研究与解决。
2、监管问题
如何制定中医馆的规范营运标准和监督办法，保证中医馆不以赢利作为最高经营目的，保证消费者利益。同时政府是否介入中医馆的医疗费用收费标准，抑或是放开政策让市场机构确定，政府应该鼓励以医疗和医技作为中医馆医生的主要收入来源。目前中医馆主要还是靠药费收入为主。一般中医医生在中医馆的中药销售额中提成为 15%-20%。这是中医馆很大的一笔支出，导致中医馆不得不寻求低价低质的中药饮片或者提高中药饮片售价。
3、政府扶持问题
主要是以政策扶持、资金支持、准入标准降低、允许保险机构、健康管理机构介入和协同运作，为政府解决老龄化社会难题做出贡献。
4、营运管理
如何让医生把中医馆看成自己开的诊所，认同中医馆的理念和管理方式，尤其是把弘扬中医药文化和养生治未病文化作为自己的责任，带动药食同源产品销售问题，以及中医馆的行医卖药，健康服务的标准化、系统化管理问题，这一点成都德仁堂的中医馆做的比较到位，也在患者中形成了口碑！
5、老中医匮乏问题以及传承、管理问题
名老中医资源匮乏，医师资源不稳定是中医馆普遍存在的难题。
“西医随院，中医随医”说明中医患者对中医的认可更多建立在对中医师的信任上，但目前名老中医资源紧缺，且“望闻问切”的诊断流程决定了中医看诊无法达到西医诊疗的效率，造成国医馆高峰期间，中医师数量无法满足待诊患者的需求。
故此，从我们调研的数据反映，目前国医馆医师配置以“专职 + 兼职”混合模式为主，部分名老中医来自当地中医院，以每周 1-2 天外聘兼职的方式进入国医馆。外聘兼职的名老中医会引流部分原中医院的患者，减轻中医院的诊疗压力。
目前大部分连锁的老中医都是从国有中医院的退休老中医中寻找、从民间寻找，或者从县镇乡的中医中寻找，让其进城，还有一个来源就是异地中医馆相互交流(互派专家坐诊半年，提供一流食宿和旅游服务)，而聘请老中医要有三顾茅庐的精神才行。
另外中医馆要自我探索自己的老中医手艺的继承问题，可以实施师傅带徒弟制度，按照古人师傅带徒弟的程序来实施即可，相信有年轻人原意拜师，侍奉师傅的。目前中医馆要进一步发展，中医来源将是最大的瓶颈。大家都想从中医院挖医生，但我们来看看全国中医的储备。
截至 2015 年 底， 全国中医类医院有 3966 所，其中民族医院 253 所，中西医结合医院 446 所。中医类别执业(助理)医师 45.2 万人(含民族医医师、中西医结合医师)。中医类门诊部、诊所 42528 个，其中民族医门诊部、诊所550 个，中西医结合门诊部、诊所 7706 个。2015 年，全国中医类医疗卫生总诊疗人次达 9.1 亿，全国中医类医疗卫生机构出院人数 2691.5 万人。
因此中医馆如何通过师傅带徒弟方式培养自己的中医，是个必须面临且紧迫的问题。民间中医大部分因学历限制无法考取执业医师证，面临着“非法行医”风险，而国家中医药法逐步完善的《中医药法》已经出台，中医馆应该行动起来，拿出让主管部门认可的管理制度，培养自己的中医师。
还有一个问题就是，个别中医馆仅仅是把老中医变成卖药的工具，时间长了，消费者会反感，药店和中医馆的声誉会受损，因此应该建立老中医坐堂的营运机制，把中医药文化普及、健康养生讲座、居民健康教育、疾病预防、四季养生、治未病、养生延年、药食同源保健等因素相结合，把赚钱和公益结合，对一般人，诊疗费收高，对于特困户和特殊贡献人群，则实施每周一天免费看病，另外就是要组织老中医走进社区做义诊活动。
6、中药来源和质量问题
从目前我们调查的结果来看，中医馆都是自己采购中药，或者自己建立饮片厂，或者自己生产中药饮片。中医馆大部分是比较讲究中药质量的，但是，也有部分中医馆从一些药市批量采购，没有从正规、品牌中药大厂采购、对炮制工艺没有考究、对一些质量指标没有二次检测。
老中医都十分看重中药的来源和品质，老中医到中医馆坐诊前，都是先看你的中药品质，如果你不用他们指定的药或者中药品质不达标，他们就不坐诊开方治病，名医配名药，才能显示医生的水平，这和一些连锁追求高毛利，把低价高毛利中药引进药店是有矛盾的。
我们建议的解决之道：一是通过提高整体诊疗费和药价来解决这一问题，事实上，我们认为，一些稀有和贵细的中药是给有钱人和要命的人用的，就应该卖贵点。二是提高中医馆的定位，就卖贵的药，但一定是有效的和最好的药，当然主要还是根据治病需求来确定用什么药，只要坚持一些产品高端定位，另有一些便宜的中药即可。
我们认为中医馆担心外采中药饮片的质量问题，这是可以理解的，但是目前的问题是自建饮片厂成本很高，因为不能外销、没有规模成本必然居高不下，这不符合产业分工原理，且建个小厂的检测设备也不足，老药工也没有，难以真正保证产品质量。
7、中医馆的营运方式同质化需要突破
运营模式细化到市场营销层面，目前各中医馆大同小异，如各类养生节、膏方节、免费义诊、健康讲座等，都是把老中医介绍放在橱窗明显的地方，缺乏进一步的经营创新。如果没有进一步的创新，又会形成像药店的同质化竞争。
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